(2)重修規劃的實施。
菩陀峪慈禧陵重修工程於光緒二十一年（1895）十一月破土，二十二年二月正式動工，因為這是一項先拆後建的工程，所以，至光緒二十四年三月，寶城、方城、明樓等各主要工程方“拆卸將次告竣”。此間，又陸續勘估東西配殿、東西朝房、寶城周圍羅圈紅牆等工程，到最後實施時，工程項目共達41項。除項目不斷增加外，施工中，根據慈禧懿旨，木石等各項用料標準也不斷提高，先後將大殿原奏柁柱梁桁係用梴楠木，鬥棋係用南柏木，簷椽望板檻框等項用杉木、鬆木、椴木，即原擬用舊木五成，改為“除上下簷鬥栱仍照原估用南柏木成做外，其餘均改用黃花梨木”；東西配殿亦仿大殿一切做法，改用黃花梨木；並將方城壓麵石、大殿欄板石、荷葉溝等處石料原估“挑換新石五成，選用舊石五成”，改為“一律換用新石”。
對於工程質量，承辦人員更是絲毫不敢馬虎，每一項工程都製定了詳細的做法清冊，包括在某處釘多少釘，塗幾遍油等無不一一列入，工部屯田司檔案中有一部分菩陀峪各工做法清冊，詳盡記載了這方麵的情況。施工期間，逢八國聯軍入侵，被迫停工兩年，光緒二十八年（1902）二月重新開工，先後派永隆、鐵良、玉山等輪流駐陵監工，整個重修工程，一直延續到慈禧去世前的光緒三十四年（1908）十月才徹底完成，前後用時14年。
這次重修工程，承修工程處借用的是神機營關防，由於八國聯軍入侵北京，神機營檔案丟失，所以這次工程到底動用多少人力，耗費了多少銀兩，無法查到最終確數，但可據現有資料做一估算。首先是前麵所介紹的第一次勘估寶城、方城、明樓，大殿等主體工程需用銀597067659兩；繼之光緒二十二年十二月又續估拆修東西殿、東西朝房、東西焚帛爐等工程7項，除行取物料61種，折合物料銀72832254兩外，加上工價運腳等，共用銀130233017兩；光緒二十四年閏三月再次續估寶城外周紅牆各工經費，除行取物料18種，折合銀兩11611兩，加上工價、運腳等，共用銀1604994兩；光緒二十四年閏三月大殿及東西配殿木植擬均改用黃花梨木、寶城等處石料擬全部換用新石，又追加經費一次，由於此前隻有梨木板價而沒有原梨木價，所以用銀多少無法計算，但根據外務部檔案，光緒三十年（1904）修惠陵隆恩殿和前門城樓時，在新加坡購買原條木價格推算，至少要10萬兩。為此，戶部於光緒二十二年先籌撥工程銀100萬兩，二十五年又籌撥銀50萬兩，二十八年工程複工後，見於檔案記載的又於二十九年二月由戶部撥銀一次。顯而易見，這次重修工程用銀總數遠在150萬兩以上，若再加上第一次興建時用銀227萬兩，慈禧陵是清朝所有帝後陵中耗用銀兩最多的。巨額的投入換來了重修後的慈禧陵的超豪華。