前文我们说过两晋时期世族的特权，以及其形成与发展到后期所带给晋朝的危害。而下面将着重分析一下晋朝门阀世族在东晋王朝中的特殊作用。其实，在前边已经多次讲述过东晋王家、庾家、桓家和谢家这些高门大族在东晋朝廷内外呼风唤雨等历史事实。不过，也正因为晋朝门阀对东晋兴衰的影响力太大了，以至于在东晋的历史上，几乎看不到皇室对天下的统治，看到的只是各大门阀对朝政的轮流掌控。所以具体谈及晋朝门阀从盛至衰的过程，也就从侧面反映了东晋王朝自身的兴衰。
门阀世族是秦汉时期世家地主的继承与发展，是三国、两晋、南北朝时期的一个特殊阶级形式，在上层建筑中，他们具有高度的垄断性。世家地主是指有封国封邑的王侯，门阀世族同世家地主一样，具有世袭的社会身份和政治经济特权，而与世家地主不同的是他们所世袭的土地具有私有性，并非封国、封邑，他们掌握的人口也是荫附于他们的农民，不向国家纳税服役，不入国家户籍之内。所以门阀世族的经济来源并不与国税统一，而是与国税分离的，更重要的是，门阀世族控制了国家的统治机器，他们在宦途上取得了支配的地位，子孙世代居高官显位，这也就是前边所说过的士族特权的一部分。
国家的出现，是阶级分化、发展到高级阶段的必然结果。而既然是阶级社会，就必然有上下等级区分，就如同在商品经济社会中对商品资本进行高度垄断的资本家一样，门阀世族是封建社会中对土地与权力高度垄断的上层统治阶级。当时在地主阶级内，分为已垄断朝政的“士族”和未能垄断统治权力的“庶族”。“士族”为了维护其自身的统治地位，有意与统治集团以外的阶级拉开距离，也就是所谓的“士庶之际，实自天隔”，于是“士族”集团就具有了影响历史走向的能力。
门阀世族的子弟凭借九品官人之法，占据了朝廷中的高级官位，很多资质平庸的人都因此身居高位。正如《南齐书》中所论：“贵仕素资，皆由门庆；平流进取，坐至公卿。”这些门阀世族的子弟一出仕就是秘书郎、著作郎，正是“上车不落为著作，体中如何则秘书”。如此之多的权贵子弟身居高位，他们有的确实有真材实料，如桓温、谢安等；有的则是儒生气十足，但缺少实际的变通才能，如**不羁的周与崇尚空谈的殷浩就属于这种人；而有的则虽受到家学熏陶，与布衣百姓比他们是有知识的大族文豪，但身居高位就成了不务正业，祸国殃民之徒，王羲之子王凝之、谢安弟谢万都是这样的昏庸之人。国家用人不能任贤用能，权力为门阀世族所掌握，良莠不齐的门阀子弟又在家庭背景下相互通婚。如王羲之的伯父是王导，他娶的是豪门大族郗鉴之女，而王羲之的次子又娶妻谢道韫，一个关系繁杂的官僚网络就这样编织而成。门阀世族崇尚血统，虽并非排斥人才，但为了本阶级的利益，众多身份低微的人才就必然会被埋没，一代奇才王猛不接受桓温的聘用，其原因正在于此。所以，东晋的历史上，虽然在门阀世族中也是人才辈出，但其政权的内部却有着众多的昏聩无能的高官，这样的一个政府就成为一个天生营养不良的畸形儿，其内在的软弱无力必然会导致其终究无所作为。
政治上的垄断离不开强大的经济基础。门阀世族的经济基础建立在对土地与人口的私有上。荫附门阀世族的人口不入国家编户，被门阀世族兼并的土地则不缴纳国税，国家的人口与土地多为门阀世族所占，这也就是为什么门阀世族可以不去理会朝廷委派的地方官吏，而朝廷地方官吏要想在其统辖区域内站住脚，就必须依赖门阀世族支持。从西晋到东晋，帝王没有门阀世族的支持，就无法治理国家。东晋的“王与马，共天下”，其内在的含义绝对不只是说王导在建立东晋中所起的重要作用，这句话从一个侧面体现了王导家族在东晋的政治经济地位，说明了这一家族实际力量的雄厚。在东晋建立初期，琅邪王氏完全支撑了东晋的半壁江山。后来东晋王朝内部风雨不断，内讧迭起的实质原因就是伴随着东晋在江南统治地区的扩大，一些门阀氏族迅速崛起，他们为了保证自己家族的利益，进而争夺国家的最高统治权力，由此导致了一次次的武装冲突。
那么门阀世族对国家土地的兼并与人口的掠夺到底达到一种什么样的程度呢？西晋时的王戎，其“广收八方田园水碓，周遍天下”。东晋的门阀世族比西晋有过之而无不及，他们封占山泽，聚敛财富。谢安之后谢混，在东晋时官居三品尚书仆射，其家自谢安以后，“仍世宰相，一门两封，田业十余处，僮仆千人”，而且谢家经过改朝换代的巨变仍兴盛不衰，入刘宋后，谢弘徽仍为三品侍中。另外，在门阀世族土地上的依附民是不缴纳租税、不服徭役的，所以多一户依附民，国家就少一户编户民。加上西晋灭亡以后，大量既不归国家编户，也不在世族豪门家籍的流民南渡，他们“多庇大姓以为客”，以逃避赋税，这样就使“编户虚耗”
的问题变得异常突出，世家与官府间对劳动人手的争夺也更为尖锐。在《晋书·颜含传》中，颜含被升任吴郡太守，王导问他：“卿今莅名郡，政将何先？”颜含回答：“王师岁动，编户虚耗，南北权豪，竞招游食，国弊家丰，执事之忧。且当征之势门，使反田桑，数年之中，欲令户给人足。”由此可知，在东晋初年，门阀世族对土地人口的掠夺就已经十分严重。晋哀帝兴宁二年三月，桓温进行了一次土断，史称“庚戌土断”，由于将当时众多的闲散流民编入了户口，解决了国家的财政问题，进行得比较彻底，被史家给予了好评。但“庚戌土断”并没有触及门阀世族的根本利益。
在东晋门阀政治中起过重大作用的士族，是琅邪王氏、高平郗氏、颍川庾氏、谯国桓氏、陈郡谢氏，以及太原王氏。开启东晋门阀政治的，当然是琅邪王氏。王与马的结合，既有偶然性，也是当时政治变化的结果。
司马氏与琅邪王氏可“共天下”，而并非与其他门阀世族结合，这里是有历史和地域的特殊性的。
西晋武帝分封诸王，诸王一般都重视与封国内的士人结交，甚至姻亲相连，主臣相托，从而形成了比较密切的个人和家族关系。司马睿受封为琅邪王与琅邪国内士人交往，形成比较牢固的历史关系，也就是当然之事。司马睿之祖司马炎于西晋平吴之前徙封琅邪王，其时琅邪国内最显门第，当数临沂王氏。琅邪临沂王祥于曹魏黄初年间为徐州别驾，讨破利城兵变，为时人所歌：“海沂之康，实赖王祥；邦国不空，别驾之功。”自此以后，王祥威望日隆，历居魏、晋三公的高职，其宗族繁衍，名士辈出。所以琅邪王氏无须为光大门户而去结交琅邪王，但琅邪王欲善待国人以广声誉，就必须与业已显赫的王氏家族结交。司马炎、司马觐、司马睿，三代相继为琅邪王，与琅邪王氏家族交好联姻，前后历数十年之久。这样王氏兄弟与晋元帝司马睿的关系就如他们所说，是朋友之情、手足之谊。
尽管王、马的个人关系非同一般，但这种情谊是建立在家族利益基础上的，是一种互相为用的政治关系。如果家族集团利益与个人情谊发生矛盾，个人情谊也就微不足道了。西京覆没，元帝将立时，王敦“惮帝贤明，欲更议所立”的原因也就在于此。正如南宋陈亮在其《念奴娇·登多景楼》中所写：“六朝何事，只成门户私计！”王、马的结合，是因政治环境的需要，而当政治环境变化后，王、马的关系也发生了变化。在王敦死后，琅邪王氏盛极而衰，失去了掌握朝政的能力，而司马家族在复杂的政治环境下又无法独挽狂澜，这样，顺应时事而起的新的门阀家族也就迅速取代了琅邪王氏的地位，高平郗氏、颍川庾氏、谯国桓氏、陈郡谢氏、同太原王氏就是在这样的历史环境中先后登上了历史的舞台。
面对门阀世族，东晋皇室软弱无力的原因除了历史因素外，还有一些名义问题与强藩割据的因素。司马睿在登上帝位时，只是得到了晋愍帝口头上的允许，并没有得到皇权的信物——传国玉玺。《南齐书》中说：“乘舆传国玺，秦玺也，晋中原乱，没胡，江左初无之，北方人呼晋家为白板天子。”《太平御览》中也说：“元帝东渡，历数帝无玉玺，北人皆曰司马家是白板天子。”这一历史事实在其他的史书中也多有提及，所以东晋天子就成了一个无信物的自署天子。天子之名不正，也就为王敦与桓温等世家门阀在作乱时，想要自立为帝提供了方便——天子既然本来就是自署的，没有信物凭证，那么这个天子其他人也就可以取而代之了。
东晋政权在这样的情况下维持了一个世纪之久，其政局的发展，就成为几家门阀世族势力由平衡进入不平衡，经过复杂的演化又进入新的平衡的过程。而这种平衡稳定的取得，往往有赖于强臣中的“处其利而无心者”。如王导、郗鉴、谢安等名臣都属此流。东晋门阀强大的因素除皇权不振外，另一重要原因就是世族专兵。世族专兵这一现象为东晋所特有，其缔造者当为王敦。王敦手握兵权于荆、江诸州，其先后讨平华轶、杜弢、王机、杜曾，这些功业的积累，使他有了凭凌晋室的能力。而自王敦以后，东晋居上游者多踵王敦之迹，恃兵恣擅，力图以此巩固门户利益，以致多生叛逆。
门阀世族是由时代所造就，在东晋灭亡时，其势力也大大削减，在南朝时期就已经无法构成拥兵专权了，但其最后的衰落以至消失，是到南朝后期的事。经过数百年时代的变革，门阀世族在农民起义与战乱的屠戮中，逐渐衰弱，到南朝后期，“寒门俊才”被广泛任用，世族的存在也就完全失去了意义，最终门阀世族退出了历史的舞台。