有些人在评价王敦时，说其是一个政治野心家。这种评价不错，但没有势力的野心家古往今来从来没有。王敦的野心是同其不断壮大的军事势力与政治地位成正比的。王敦是晋武帝司马炎的驸马，娶司马炎的女儿襄城公主为妻。王敦能得到这一特殊身份，并非得力于司马炎的赏识，而是得力于其家世，司马炎嫁女的行为，不过是为了拉拢王氏家族的一种手段而已，是司马炎与王氏家族利益结合的外在表现。不过，不管怎么说，王敦的这一特殊身份，还是为他后来仕途的发展扫除了许多的障碍。
另外，王敦的性格中也带有反叛和冷酷的特点。早在西晋的时候，外戚王恺挥霍无度且行为残忍。一次，王恺请客，王敦与王导都在座。席上有个吹笛子的女孩不小心吹走了调，王恺立即叫人把女孩拖下，当着客人的面用鞭子、木棍把女孩打死。一时间满座宾客都大惊失色，唯独王敦无动于衷，照旧饮酒，神色自若。后来，王恺又叫美女给客人敬酒。有的客人不会饮酒，美人劝敬无效。王恺一见，当即大怒，认为是这名美人没有尽到心意，立即命人把这名美人拖到院子里杀了，又另换美人敬酒。一会儿一美人敬到王导面前，王导的酒量本不大，但还是将酒喝了个干净。
可当美人敬到王敦时，王敦则故意不接。那美人脸色立变，面如白纸，可王敦仍是坐着纹丝不动。王恺见后，果然又将那美人拖出去杀了，而再换美人敬酒。王导见这种情况，怕出事，就拉着王敦向王恺告辞回家了。事后，王导责备王敦，王敦却冷冷地回答：“他自己杀自己家的人，与我有什么关系！”
晋武帝死后一年，太后贾南风弄权，从而引发“八王之乱”。动乱发展到后期，成为司马颖与司马越两大集团之间的角逐。为了击败对方，司马颖与司马越都分别引胡人作为自己的重要军事力量攻击对方。支持司马颖的是匈奴的刘渊与羯人石勒，而司马越则借助鲜卑人的力量。最后，八王之乱的结果是司马颖与司马越两王及其族人全部在战乱中被对方杀死。
北方为胡人所占据，而被司马越派到江左坐镇，既没有足够的威望，也没有足够军事势力的司马睿得到了机会，取得了皇权。
司马睿刚坐镇江东时，全得力于王敦与王导的支持。王敦与王导不仅吸引了大批北方逃难来的士人，也赢得了南方士人的推崇。因此，东晋建立后，王导身居宰相，掌握朝政，王敦担任扬州刺史，掌握兵权坐镇一方。不久，王敦因平定了蜀中杜弢的叛乱，晋封为镇东大将军，兼都督江、扬、荆、湘、交、广六州诸军事，江州刺史。从此，湖北、湖南、广东、安徽、江苏等地都为王敦所管辖。王敦又援引王家兄弟子侄担任各地要职，东晋的半壁江山便操控在了王敦的手中。
东晋初建之时，朝廷的兵力是很弱的，粮草和兵员都十分有限，真正构成东晋军事力量的是皇室以外的三大军事集团。其一当然是王敦，另外两股军事势力是祖逖与陶侃。陶侃被王敦派往广东，因此当时并没有参与建康方面的事情，而祖逖与王敦一向不和。王敦有反叛之心，祖逖是知道的，祖逖生前就曾明确地说过：“我在，他怎么敢。”王敦也确实对祖逖十分忌惮，在祖逖生前他是不敢有任何举动的。王敦的野心一时无法实现，就经常喝酒，喝醉后，便站起身，顺手拿起一只如意敲着唾壶，高声吟诵道：“老骥伏枥，志在千里。烈士暮年，壮心未已。”经常醉，经常唱，经常敲，唾壶的边沿出现许多个缺口。由此也就可以看出王敦的心境了。后来，晋元帝为了加强自己的皇权，派南望戴渊掌控祖逖兵权。祖逖一心北伐，目标无法实现，以至于郁闷而终。继承祖逖的祖约虽对王敦不满，但对晋元帝也没有好感。祖逖一死，王敦就以“清君侧”声讨刘隗为名，于公元322年正月发动了他的第一次反叛。
王敦的反叛，实际上是东晋王朝内部，皇权与门阀势力的一次交锋。
所谓权力是凭借力量而产生的威信，东晋自从立国之始，皇室就从来没有足以维护其皇权的力量。在王敦第一次反叛前，晋元帝也是有所准备的，但这些准备中既有其主观错误，也有很多是当时的历史环境所造成的。晋元帝对王氏家族势力的扩张和王敦的专权跋扈是又气又怕。为此晋元帝开始培植起自己的势力，重用刘隗、刁协等人，实行“以法御下”的法家思想。而在政治斗争中，刘隗、刁协认识到，欲加强皇权，仅仅实行“以法御下”是不行的，还必须削弱乃至剥夺门阀世族的兵权。于是，刘隗竭力劝说晋元帝司马睿任用心腹为外藩方镇长官，以收外藩兵权。这时恰巧湘州刺史出现空缺。湘州号称“南楚险国”，据长江上游之势，位于荆交广三州交界处，是“用武之国”。王敦得知消息后立即表请以自己的亲信、宣城内史吴兴、沈充为湘州刺史。如果司马睿能控制湘州，对建康朝廷来说，无疑等于在王敦势力范围内打进一个楔子。因此，晋元帝在刘隗、刁协等人的劝告下，未理会王敦的表请，而任命自己的从叔父左将军谯王承为湘州刺史。可谯王承本人将才不足、能力较低，王敦凭借湘州位于自己的都督区内，既不给本来就缺少军队的湘州增加兵员，也不供给湘州军事器械。谯王承坐镇湘州毫无作为。主弱臣强的局面也因此没有任何实质性的变化。
不久王敦向朝廷提出，要将部下在扬州的家属接到荆州。王敦的这一招可说是阴毒至极，如朝廷同意这一要求，他则可收买人心，并防备来自建康的不虞；如朝廷拒绝，他则可因此煽动将士对朝廷不满，为起兵提供借口。刘隗、刁协在这一问题上的处理过于激进，接到王敦的上表后，认为王敦奸逆之心已经昭著，拒绝了王敦的要求，以期以王敦部下家属为质，牵制王敦，并积极地着手建立一支由朝廷直接控制和指挥的新军。可在当时的军户制里良人无当兵的义务，军户又多由门阀世族所把持，故要建立新军，就必须解决兵源问题。无奈之下，太兴四年五月，晋元帝下诏发奴为兵，征发扬州诸郡的奴客为兵，以备征役。七月，晋元帝任命亲信、尚书仆射戴若思为征西将军、都督司兖、豫并雍冀六州诸军事、司州刺史，镇合肥；以丹杨尹刘隗为镇北将军，都督青徐幽平四州诸军事、青州刺史，镇淮阴，各领以奴为兵者万余人，名义是为了防御北方入侵，实际上则是使合肥、淮阴、建康形成掎角之势，以应付王敦。
刘隗出任外藩后，仍掌理着朝政，凡是朝廷重要事务，晋元帝都要与他商议后才作决定，王导则被架空，郁郁而不得志。王敦得知这一消息后，写信跟刘隗说：“近来皇帝非常信任你，如今中原动乱、大贼未灭，要是我能与你和周等人平安相处，齐心协力，辅佐王室，以安天下，则皇室国运可以历久不衰，反之，则天下将永无安日。”刘隗则毫不客气地回信，表明自己的态度，拒绝了王敦的拉拢，又含蓄地指斥王敦怀有不臣之心。王敦见信后自然气急败坏，更加怨恨刘隗。此后他在荆州聚集军队，加紧战备，更加积极地筹划东征京师建康一事。同时，王敦利用北方世族地主对朝廷征兵的不满情绪，派沈充到扬州，纠合反对朝廷的势力，以配合反叛。
王敦军至芜湖，又上表列举了刁协的罪状。晋元帝见表大怒，命令刘隗、戴若思，急速率兵回建康勤王助讨。刘隗到建康后与刁协一同入宫见晋元帝，竭力主张诛杀留在建康的以王导为首的琅邪王氏。晋元帝未采纳这一建议。刘隗知晋元帝是在为自己留条退路，平叛的信心并不坚决，由此感到前景不妙，忐忑不安。晋元帝首鼠两端的这一态度，直接影响了整场战争局势的发展。当时，众多不满“以法御下”政策的门阀世族对王敦是支持的，这样就使得王敦进军神速，一路上几乎没遭到什么抵抗，兵锋直指建康。而晋元帝虽口喊平叛，却畏敌如虎。在王敦的兵威下，他不再疏远王导，竟滑稽地任命最为支持王敦的王导为前锋大都督。王导被任命后，建康城的守卫形势岌岌可危。晋元帝这才又派琅邪王廙带旨劝说王敦止兵，而王廙一去，竟如泥牛入海，再不回头，直接投降了王敦。在这关键时刻，晋元帝又任用大族名士周札为右将军，都督石头城诸军事。世族头面人物周此时则被任命为尚书左仆射，而力主平叛的刁协、刘隗却没有在平叛中受到重用。刁协的实权实际上已被剥夺，刘隗也只能戍守位于建康外围的丹杨江乘蒲上的金城，作为建康的外援。不久，王敦兵临建康城下，石头城守将周札未加抵抗就打开石头城门，投降了王敦。
石头城陷，建康危在旦夕。晋元帝命令刁协、刘隗等人反攻，企图夺回石头城，刁协、刘隗攻城不下，为王敦所败。王敦乘胜进入建康。叛军入城后四处劫掠烧杀，无恶不作，建康城内一片混乱，宫省内百官公卿惊恐万状，奔逃一空。晋元帝知大势已去，于是脱去了戎衣，改穿朝服，派使者对王敦说：“你如果仍忠于朝廷，就息兵停战，天下尚可以维持安定；如不这样，朕将回琅邪国为王，让你为帝。”刘隗、刁协这时也已无回天之力。他们败退到台城，在太极殿东侧见到了晋元帝。元帝令人给刘隗、刁协人马，让他们自寻生路。无奈之下，刘隗、刁协与晋元帝挥泪告别。刘隗行至淮阴，为刘遐袭击，不得不带着妻子、子女和亲信二百多人投奔了后赵的石勒。石勒用刘隗为从事中郎，太子太傅。成帝咸和八年，刘隗随石虎征前赵，战死于潼关，时年61岁。刁协年老体弱，出逃后行动迟缓，且他对下属向来毫无恩惠，行至江乘时，被人诛杀，首级送给了王敦。王敦允许刁氏家属为刁协收尸埋葬。晋元帝听到刁协死讯后，十分悲痛，秘令人捕杀了送刁协首级的人。
不过王敦此时还不具备夺取皇权的条件，因为包括王导在内的江南士人只是支持他“清君侧”，并不支持他称帝。在石头城内，王敦曾对王导说：“刁、刘余党还立在朝廷，斩草须除根。就是主位不移，朝政也应革新了。”王导听后回答说：“只要朝廷悔过，我兄弟长得安全，祖业得以维继，就到此为止。不要有什么非分之想了。”可见王敦与王导当时在是否废司马睿的事情上是有争议的。王敦想废司马睿主要是从个人野心出发，而王导则考虑到了家族的利益。在王导等人的抵制下，王敦也就没能兴废立之事。王敦知道时机还不成熟，在京中杀了周、戴渊，任免了一批朝臣，就只好带兵返回了武昌。同年，晋元帝在忧愤中死去，太子司马绍即位，是为晋明帝。
由于王敦反叛之心已昭然，所以晋明帝即位后积极采取措施，准备与王敦决战。晋明帝命华恒为骠骑将军，督石头城水陆诸军事，命郗鉴为安西将军、兖州刺史，都督扬州、江西军事，镇合肥。王敦则以沈充、钱凤为心腹，以兄王含为征东将军，东晋皇室与门阀势力双方剑拔弩张，战争再一次一触即发。
在这里有必要提及郗鉴这个人。如果说王敦为东晋强藩居上游以压帝室打下了基础，那么，郗鉴在这一时期的政治活动则影响到了后来东晋帝室与强藩之间的关系的另一种关系——平衡。郗鉴字道徽，高平金乡大族。他曾受学于东汉大儒郑玄，建安年间官至御史大夫，年轻时即以儒雅著名，被称为“兖州八伯”。八王之乱中，郗鉴30岁左右了，为赵王伦辟为掾。他“知伦有不臣之迹，称疾去职”。赵王伦篡位后，郗鉴闭门自守，不与赵王伦同流合污。匈奴刘渊、羯人石勒的势力壮大后，随着西晋愍、怀二帝的被俘，西晋在北方的统治即告瓦解。郗鉴于八王之乱后期回到家乡。永嘉之乱起，郗鉴与乡里千余家避难鲁国邹山，郗鉴被推为坞主，率众与石勒等日日交兵，据山自保。郗鉴在邹山坚持数年，随着东晋的防线节节南撤，郗鉴在王敦第一次叛变，攻下建康后不久，率众退屯合肥。郗鉴撤到合肥不久，即奉召渡江，卷进了东晋的政治旋涡之中，这主要是因为他手中有一支流民军。
郗鉴被迅速诏过长江，表面上是由晋元帝下的诏，实际上是王敦的意思。当时，南北方广大汉族人民将司马氏政权视为自己的民族旗帜，这是王敦篡晋的最大障碍。由于王敦与郗鉴过去同居司马越府，郗鉴又是北方抵抗石勒的主要将领，在南北方都颇有影响，若能得到郗鉴的支持，也就有可能缓解反对情绪。王敦认为凭过去的关系，郗鉴一定会支持自己。
司马睿于永昌元年十一月死去后，明帝即位。过江以后的郗鉴不但没有支持王敦，更向晋明帝提出了用流民军以遏制王敦的策略。郗鉴的这一建议自然得到了明帝的赞同。明帝于是拜郗鉴为安西将军、兖州刺史，都督扬州、江西诸军，假节，镇合肥。有了流民军作为东晋帝室的外援，也就改变了建康在军事上孤立无援的局面。明帝的做法引起了王敦的猜疑，他要求改授郗鉴为尚书令。这时明帝的军事准备还没有完成，无奈之下只得诏郗鉴还朝。郗鉴途经姑孰，为王敦扣留，但因郗鉴声望甚高，又有流民军为后盾，故王敦未敢加害，威逼利诱一通后，不久也只好放还。郗鉴回到建康后即与明帝谈议讨伐王敦。
太宁元年，即公元323年，王敦移镇姑孰，谋再度起兵反叛。晋明帝为探王敦虚实，微服芜湖，得知王敦谋逆实情，于是决心与王敦一战。而就在这战事一触即发之时，王敦却病倒了。公元324年，明帝得知王敦病重，乘机下诏讨伐。钱凤问王敦：“如果主公遇到不幸，后事应如何安排？”王敦回答说：“有三计可行。上计为在我死之后，解散军队，归附朝廷，这样可保全门户；中计是带兵退回武昌，收兵自守，以为国家做贡献；下计就是趁我还活着时，顺江而下，倘若侥幸，或可一举成功。”钱凤明白王敦的意思，就对属下说：“王公下计实为上上策。”王敦的第二次叛乱由此开始。这一次反叛，已无“清君侧”的口实，王敦大军所向，自有兴废之举。在行军过程中，钱凤又问王敦：“克建康以后，要将天子怎么办呢？”王敦回答说：“尚未南郊，哪里有天子？你就尽力攻打，只保护东海王及裴妃就可以了。”这些话，就和东晋皇帝是无玉玺为信的“白板皇帝”，和江左一脉本为东海王司马越旧部有直接关系了。当然，王敦要立东海王的想法不过是为了称帝过渡一下而已。
在晋明帝这边，此时的形势与晋元帝时期有所不同。一来，晋元帝得到了来自北方的郗鉴、温峤等人的支持，另外，由于王敦专政以后，过于排除异己，而晋明帝为笼络人心，多与江南世族接触，此时也没有了“以法御下”，所以世族多拥护晋明帝而反对王敦。王导这时的态度也是站在晋明帝这边的，以致喊出了“宁忠臣而死，不无赖而生”的口号。
这时王敦已病得不能率军，只好派其兄王含和亲信钱凤率5万大军自武昌顺流而下。王含军临城下，明帝则据城为守。王含知建康守备薄弱，于是他在逼近建康时偃旗息鼓，打算突袭攻城。但温峤率军烧掉了秦淮河上的朱雀桁大桥，与王含夹水而战，王含大败。王含的这一败致使王敦军锐气被挫，同时也为司马氏外援军队进入建康争取了时间。不久，临淮太守苏峻、兖州刺史刘遐等都带兵赶到，建康兵力从而增加。当时，有人建议趁王含军远道而来立足未稳时，明帝应亲自率兵出战。在这关键时刻，郗鉴向明帝分析了两边的情况，他认为王含兵精将勇，又有顺流之势，如贸然出战，则有很大的危险。而王敦过去对建康周围抢掠，使得百姓人人痛恨。如今王敦倾巢出动，所求唯有速战，所以则应坚守避战。时间一久，义军必起，到时王含必败。明帝听从了郗鉴的建议。后来形势正如郗鉴所预料。当王含兵临建康后，三吴的江东世族纷纷起兵攻击王敦的部下沈充。会稽大族虞潭也在会稽招合宗人及郡中大姓，共起义军，以至万人。三吴“义军”的兴起，改变了建康两面受敌的形势，整个战争形势也开始倒向司马氏。
而王含战败不久，王敦就忧愤而死。王敦一死，叛军也就随之分崩瓦解。王敦临死，曾嘱咐过继的儿子王应说：“我死后，王应你要立即称帝，先立朝廷百官，然后再安排葬事。”可王应是一个不问政事的浪**子，王敦死后，他将父尸用席子一裹，涂上一层蜡，直接埋在了议事大厅下面，然后就与属下喝酒嫖妓去了。由此可见，王敦也是气数已尽。平叛后，晋明帝挖掘王敦尸首，焚毁衣冠，象征性地将尸首绑赴刑场，枭首示众。一代枭雄就落了个这样的下场。