刘裕，即日后的宋武帝，字德舆，小名寄奴，其先祖是彭城人，后来迁居京口。出身贫寒，年轻时干过力气活，做过小买卖以赚钱养家糊口。
但动**的时代给了他机遇。在战乱中，刘裕投身北府，因骁勇多智而被孙无终赏识。桓玄击败司马道子后，清理北府名将，因当时刘裕有才而又身份低微，遂未被杀害，成为桓玄剪除刘牢之旧部后所重用的对象，刘裕的命运也自此发生了巨大的改变。
桓玄称帝后，知道刘裕的军事才能，一直想用他平定中原。当时有人对桓玄说：“刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐不为人下，宜早为其所。”桓玄却回答：“我方欲平**中原，非刘裕莫可付以大事，关、陇平定，然后当别议之耳。”也就是说，桓玄并不是不想杀刘裕，只是他知道，自己已经杀了北府旧将，此时能平定中原的就只有刘裕一人。他不过是想在关、陇平定后再杀刘裕罢了。但就是桓玄这种心态，终于养虎遗患。
公元404年2月，刘裕以游猎为幌子，与何无忌等收集部众，联合了魏咏之、檀道济、周道民、田演等27人率众起兵，重建北府，在京口、广陵杀死了桓修和桓弘。自刘裕起兵后，桓玄知“刘裕为一世之雄”，故天天忧惧不安。不久，刘裕与吴甫之会战于江乘，吴甫之战败被杀。接着，刘裕进军至罗落桥，与桓玄部下皇甫敷激战，刘裕军愈战愈勇，所向披靡，最后皇甫敷兵败被斩。桓玄听得战报，派桓谦屯兵东陵口，卞范之屯覆舟山西，兵有两万。刘裕率其部饱食之后，将所有余粮全部扔掉，以作破釜沉舟之计，轻装上阵，进到覆舟山东，于山上遍插旗帜，作疑兵之计。双方交战后，刘裕镇定自若，冲杀于前阵，于是，士兵无不殊死奋战，以一当百，最终大破桓玄军。
桓玄见大势已去，留殷仲文守住石头城，自己率子弟沿长江南下。刘裕击败桓玄，从而掌握了朝廷。随后，刘裕追击苟延残喘的桓玄，在峥嵘州再次将其击败。桓玄不久在益州被杀，刘裕则又用了五到六年的时间剪除了桓氏的残余势力。公元411年，刘裕又平定了长达10年之久的孙恩和卢循领导的五斗米道暴动，长江以南由此得以平定。
刘裕平定内乱后，大有收复中原之心。其实，在与桓玄残余势力和卢循交战的同时，刘裕就已经开始北伐，意在收复中原，树立个人威望，以期代晋，做中华真正的主人。公元409年2月，南燕王慕容超大掠淮北，阳平太守刘千载、济南太守赵元都被其抓去，数千家百姓被掳，边境再次告急，刘裕遂出师北伐。四月从淮入泗，五月到下邳，六月即击败慕容超，困慕容超于广固。次年二月，广固城被晋军攻下。慕容超逃跑时被抓，被送往建康斩首，南燕王公以下数千人被俘，南燕灭亡。
公元416年8月，刘裕兵分五路，又一次率军北伐，攻打后秦。新野太守朱超石、宁朔将军胡藩趋阳城；龙骧将军王镇恶、冠军将军檀道济趋许、洛；建威将军傅弘之、振武将军沈田子趋武关；冀州刺史王仲德，由巨野入河；建武将军沈林子、彭城内史刘遵考，自汴入河；九月，刘裕自己率所部驻扎彭城，加领徐州刺史。十月，众军到达洛阳，包围了金墉，姚泓弟弟平南将军姚洸归降。晋军修复晋王陵，置守卫。公元417年正月，刘裕以子彭城公刘义隆镇守彭城，自己率水军入河。北魏步骑10万，占据河津，刘裕命诸军渡河击之。七月，刘裕由洛阳到达陕城。八月，扶风太守沈田子大破姚泓于蓝田，王镇恶也攻占了长安，活捉了姚泓。九月，刘裕也到达长安，谒汉高祖刘邦陵，大会文武于未央殿。
当时长安城内物资丰富，币藏盈积，刘裕完全可以乘胜前进，平定陇右，恢复中华。而就在此时，刘裕的心腹刘穆之发病而死。消息传到长安，刘裕望北痛哭，知再无望收复中原。原来，刘穆之一死，刘裕后方就失去了支撑，为防止此时朝廷会有人趁机夺权，所以刘裕只能虎头蛇尾，急忙赶回建康了。
刘裕回建康后开始抓紧篡晋。公元418年，刘裕受封为相国、宋公。
年底他缢死了晋安帝司马德宗，改立司马德宗的弟弟司马德文为帝。一年半后，刘裕又迫使司马德文禅位给自己。司马德文欣然谓左右说：“晋氏久已失之，今复何恨。”乃书赤纸为诏。公元420年6月，刘裕正式称帝，国号为宋，改元永初，定都建康，史称宋武帝。东晋由此灭亡。
刘裕称帝后并没有放过司马德文。他先封司马德文为零陵王，居于秣陵。司马德文也同样担心被害，当时褚后一直保护着司马德文，刘裕不愿被人直接指骂，于是未敢妄动。平日里，褚后不离司马德文左右，饮食所资，褚后都要亲自过问。最后，刘裕实在沉不住气了，诏褚后兄叔请后，褚后出见兄长，刘裕派出的杀手趁机翻墙入户，弑杀了司马德文。司马德文时年36岁，死后葬于冲平陵。
点 评
古往今来，往往以成败论英雄。所以史书上对司马道子父子多为批驳。其实，司马道子一老一少，虽非大忠，也非大奸。他们所做都是为了维护司马家族的利益。只是司马道子才能有限，而司马元显统兵之时年仅16岁，少年得志，有胆识而少圆滑，处事往往锋芒过甚，思虑不密。本来，司马元显征兵，本为维护中央权势，但不想适得其反，引发了一连串的政治问题。桓玄出兵时，他又确实是乳臭未干，正是“关键时候掉链子”，缺少足够的智谋与勇气攻击桓玄。在政治斗争中不容许犯错，一步错而步步错，终于一败涂地，身首异处。
至于司马道子父子的野心，从古到今，人居高位，而能急流勇退者少之又少，无野心之人，实在是凤毛麟角。只不过，处于动**乱世，本无回天之才，却处中流之位，力不能扛鼎，以护宗庙，那就是一种罪过了。这种罪，为上天所赐，非人力所能挽回。
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恭帝司马德文
恭帝司马德文是安帝司马德宗的胞弟。在位一年半被废，第二年被杀，终年36岁。初封琅琊王，历中军将军、散骑常侍、卫将军、开府仪同三司，加侍中，领司徒、录尚书六条事。元兴初，迁车骑大将军。桓玄执政，进位太宰，加兖冕之服，绿綟绶。
司马德文小的时候性颇急躁，被封为琅琊王后，曾令善射者射马为戏。不久有人对他说：“马是国姓，杀马为戏，不祥之极。”司马德文听了，猛然醒悟，十分后悔。以后，他开始信浮屠道，造丈六金像，亲自步行十余里，迎于瓦官寺。而安帝性痴呆，生活不能自理，吃饭不知道冷热，这些都是由司马德文照顾。
桓玄篡位，以司马德文为石阳县公，与安帝同居寻阳。桓玄败死，桓振至司马德文与安帝居处，跃马奋戈，直至阶下，瞪着眼睛对安帝说：“臣门户有什么地方对不起国家的，而被屠灭到这种程度？”司马德文见状，对桓振说：“这些难道是我兄弟的意思？”桓振知杀桓玄实为刘裕，只是一时无处出气而已，听了司马德文的话，感到理亏，于是下马致拜。
桓振被击败后，司马德文又恢复了琅琊王的身份，领徐州刺史，被拜为大司马，领司徒，加殊礼。刘裕北征时，司马德文曾上书，与刘裕同行。公元418年12月，安帝被刘裕缢死，葬于休平陵。司马德文被推上帝位，成为东晋最后一帝。公元420年6月，刘裕至京师，令司马德文草诏禅位。司马德文对左右说：“晋氏久已失之，今复何恨。”于是退位，不久为刘裕所害。
明帝以后的东晋皇帝
晋成帝司马衍，晋明帝与庾皇后所生之子。其父晋明帝早死，公元525年，年方5岁的司马衍即位。晋成帝即位后，由其母皇太后庾氏秉政，而当时，东晋朝廷的真正权力在其大舅庾亮手中。晋成帝的一生毫无作为，东晋的权力先后掌握在庾亮与王导手中，他一生的大部分时间就是在这两大权臣之间过着傀儡生活。
晋明帝死前，为维护皇权，本令代表不同门阀势力的护军将军的庾亮、太宰司马羕、司徒王导、尚书令卞壸、车骑将军郗鉴、领军将军陆晔和丹杨尹温峤等八人共同辅政，辅佐小皇帝司马衍。而晋明帝一死，朝权就尽归庾亮。庾亮辅政后，开始加强自己家族在朝中的地位。他首先联合门阀世族的力量剪除了以司马宗为首的宗室力量，巩固了门阀的地位，同时也为自己专权扫清障碍。随后，庾亮采用法家思想，加强中央集权，想通过这一手段巩固自己在中央的权力。为解除藩镇对朝廷的威胁，他积极筹划解除藩镇的兵权，结果激化了朝廷与藩镇的矛盾，令苏峻反叛。
公元327年，苏峻反，第二年攻进建康。苏峻在建康烧杀抢掠，无恶不作。被困在建康的皇太后庾氏不堪侮辱，自缢而死，年仅八岁的小皇帝就这样失去了母亲。第二年，苏峻之乱平。庾亮出镇外藩，朝政落到了王导手中。晋成帝没有了父母的保护与管教，生活在门阀势力的夹缝中，受到的教育也很不好，到成人时还不能识句读。公元243年，这位傀儡皇帝在庾亮、王导死后不久，也莫名其妙地病死了。
晋康帝司马岳，字世同，晋成帝司马衍之弟，在位只两年，和晋成帝一样是一个傀儡皇帝。司马衍死后，司马岳被庾亮弟庾冰拥立为帝。晋康帝时，朝政掌握在外戚庾冰、何充手中。司马岳天生体弱多病，本不适合当皇帝。晋成帝司马衍死后，中书令庾冰以舅父的身份当朝，他担心自己死后，庾氏家族的地位会被替代，于是说：“国有强敌，宜立长君。”所谓强敌指的是北方的石虎政权。在庾冰的支持下，司马岳登上了帝位。康帝时期，是庾、王两家政权的尾声，这一时期，庾氏对王氏取得了压倒性的胜利，王允之死后，琅琊王氏就再没有能影响朝政的人了。而庾翼借北伐为名，侵占桓宣的襄阳后，庾氏家族的地位达到了顶峰。
晋穆帝司马聃为晋康帝子，字彭子。晋康帝早逝，当时晋穆帝只有两岁，尚不会说话，就被权臣弄上了皇位，而他在位17年，死时19岁，其时正是他将要弱冠，能够亲自执政的时候。
晋穆帝司马聃于公元245年9月被立为皇太子。当月，晋康帝崩，司马聃即皇帝位。11月，庾冰死。庾冰死后，庾氏家族的地位逐渐被桓氏代替，其在朝中的势力迅速解体。而在桓氏取代庾氏之前，有一段相对平和的时期，这一时期各门阀世家的势力趋于平衡，虽之间时有摩擦，但并不见有任何一家具有明显的优势。后桓温崛起，晋穆帝遂沦为桓氏的傀儡。
桓温胸有韬略，为一世奸雄。其先举兵灭蜀，从而声名大振。随后他苦心经营荆州，先后三次北伐，其功绩当时无人能及。公元262年5月，晋穆帝司马聃于显阳殿崩。史家对他的功过并无特别的评价。
晋哀帝司马丕，为晋成帝司马衍长子，字千龄。虽年长即位，但为权臣所制，在位近5年，无多能为，史书言病死，终年25岁。东晋一朝，壮年病故的皇帝着实太多，这也是历史上的一件怪事，或可说是一系列悬案。
其实，早在二十多年前，就应以长子司马丕为帝，但当时，庾冰为保护家族利益，于是立晋成帝司马衍弟司马岳为帝。司马丕是一个看破红尘，醉心于黄老，一心想成仙的人。《晋书》中记载：“帝雅好黄老，断谷，饵长生药，服食过多，遂中毒，不识万机，崇德太后复临朝摄政。”
所以，晋哀帝司马丕也是一个毫无建树的皇帝。公元263年，司马丕于西堂崩。
晋废帝司马奕，哀帝司马丕之弟，字延龄，咸康八年被封为东海王，哀帝死，被立为帝，在位只6年，即为桓温所废。咸安二年正月，司马奕被降封为海西县公，故史家又称他为海西公，于45岁病死，葬地不详。
桓温在第三次北伐进攻前燕时，因率军深入，供给为前秦所阻，结果大败而归。于是朝中桓温的敌对势力趁机诋毁桓温，桓温名望一落千丈。
桓温性格较为两极化，在这种情况下，他回师后不久，就直奔建康，造谣说晋废帝司马奕不谙男女之事，所生三子都为其嫔妃与其他男人通奸而得。司马奕则常常在宫中扮演女人，和弄臣鬼混。随后桓温上表太后褚蒜子，请废司马奕。蒜子出身江南世家，曾祖褚碧当过安东将军，祖父褚洽做过武昌太守，父亲褚裒是当时极为著名的文人。褚太后受封不久就成了寡妇，但在宫中的地位很高，几代皇帝的即位都是由她亲批。当她看到桓温的上书后，明白是发生了什么事，但面对当时的情况，她也没有办法，只好含泪照准了。
桓温废司马奕后，下令杀死了司马奕的三个儿子和三子之母，降司马奕为海西县公，徙居吴县，令吴国内史刁彝和御史顾允监察司马奕的一举一动。当年十一月，卢悚想造反，遣弟子殿中监许龙见司马奕，假称有太后密诏，奉迎司马奕兴复。司马奕听后本想接受，被其保姆劝止住了。
许龙便问：“大事将捷，焉用儿听女子言乎？”司马奕听后对答说：“我得罪于此，幸蒙宽宥，岂敢妄动哉！且太后有诏，便应官属来，何独使汝也？汝必为乱。”随即令左右缚许龙。司马奕自知自己已经不可能再登帝位，此后为避免桓温寻借口杀害他，就装疯卖傻，纵情酒色，“耽于内宠，有子不育，庶保天年”。太元十一年十月，司马奕于吴地病死。
晋简文帝司马昱，字道万，为东晋开国皇帝司马睿最小的儿子。司马奕被废后，他被桓温推上皇位，在位只有几个月，就病死了，终年55岁。
司马昱性清心寡欲，尤善玄言。咸和元年，永昌元年，司马昱生母郑夫人死，时年司马昱只有七岁，号啕泣血，感动了晋成帝，后徙封为会稽王，拜散骑常侍。晋废帝司马奕即位后，因琅邪王绝嗣，又徙封司马昱为琅邪王，封司马昱子司马昌明为会稽王。司马昱辞让不去，“故虽封琅邪而不去会稽之号”。司马奕被废，司马昱被桓温稀里糊涂地拉出来，成了皇帝。
桓温入朝后，大杀异己。先奏废了太宰、武陵王司马晞及子司马总，后奏请简文帝诛司马晞。简文帝不许，桓温再三奏请，简文帝于是写手诏对桓温说：“若晋祚灵长，公便宜奉行前诏。如其大运去矣，请避贤路。”桓温这才不得已只好作罢。但还是废除了司马晞及其三子的职务，把他们迁到了新安。
简文帝入宫后，自知大限已到，但为家族与国家命运殚精竭虑，只几个月，就须发如霜。公元373年7月，简文帝病危，他一再派人请桓温前来安排后事，桓温都推脱不至，无奈之下，他只好立自己的儿子司马曜为太子，撒手西去。
晋孝武帝司马曜，简文帝第三子，字昌明。司马曜继位时年只十多岁，也是少主即位。司马曜喜好“黄老”，万事无为，就是在简文帝去世时，他也没有流一滴眼泪。晋孝武帝临朝以后，更是终日醉生梦死，好酒喜色。虽有以谢安为代表的陈郡谢氏辅佐，处淝水战后的有为之时，但他听信谗言，为制约谢氏势力，而起用司马道子，以致酿成司马道子之乱，最后竟因一句戏言，被妃子杀死。
司马道子执政时期，孝武帝司马曜和司马道子，一君一相，整日以酣歌为务，“官以贿迁，政刑谬乱”。司马道子本身身体不好，却喜欢长夜之宴，每天喝得蓬首昏目，事情不到紧急关头从来不管。
公元396年，司马曜与年已30岁的张贵人吃酒作乐，司马曜于酒醉中对张贵人说：“爱妃你老了，过些日子我就要把你废入冷宫。”张贵人听后，一怒之下用被子蒙住司马曜，将他闷死了。事后，执政的司马道子竟将这件“大逆不道”之事不了了之。《晋书》中说：“初，简文帝见谶云：‘晋祚尽昌明。’及帝之在孕也，李太后梦神人谓之曰：‘汝生男，以‘昌明’为字。’及产，东方始明，因以为名焉。简文帝后悟，乃流涕。及为清暑殿，有识者以为‘清暑’反为‘楚’声，哀楚之征也。俄而帝崩，晋祚自此倾矣。”
晋安帝司马德宗，孝武帝长子。是我国历史上第二个白痴皇帝。在位22年，最后被刘裕杀害。《晋书》中说：“帝（司马德宗）不惠，自少及长，口不能言，虽寒暑之变，无以辩也。凡所动止，皆非己出。”
司马曜死后，司马德宗以太子的身份即皇帝位，会稽王司马道子为太傅，行摄政。由此引发了王恭、殷仲堪等人以讨王国宝为名起兵的叛乱。
司马道子在无奈之下，诛王国宝，暂时令王恭退兵京口。司马道子为防王恭、殷仲堪再次起兵，用其子司马元显为征虏将军，并率领卫将军府兵和徐州兵，用王国宝之兄王愉为江州刺史，并割豫州四郡使王愉为督，以监视王恭。结果，王恭联合殷仲堪、桓温之子桓玄再度起兵。司马道子以司马元显为征讨都督、假节，领兵讨伐王恭。司马元显使人劝说王恭手下大将刘牢之叛变，许事成后即以王恭的位号授他。刘牢之遂叛，投司马元显，致使王恭兵败被斩于建康。
此后，桓玄趁机吞并了殷仲堪等人，将势力扩大。在孙恩作乱时，桓玄攻破建康，杀死了司马道子父子。公元403年，桓玄令人写下让位诏书，宣布司马德宗已经禅位于他。公元404年，刘裕起兵攻进建康。桓玄抵挡不住，带着司马德宗和家人败逃到荆州。刘裕紧追不放，夺回了司马德宗，桓玄则在益州被杀。公元419年，刘裕为称帝而杀司马德宗。当时在市井流传“昌明之后只二帝”的谶语，于是刘裕又立了司马德宗的弟弟司马德文为帝。
晋恭帝司马德文，安帝司马德宗胞弟。刘裕杀司马德宗后，立其为帝，以应“昌明之后只二帝”的谶语，他在位只一年多，就为刘裕所废，东晋遂亡。
司马德文性格善良，司马德宗不能自理，生活上都由他照料。司马德文曾随大将军刘裕南征北伐，由此也可见他是个有胆略的人。公元420年，刘裕让他禅位，司马德文平静地说：“晋朝早已经失去天下了，现在禅位还有什么可遗憾的呢？”于是禅位。第二年，刘裕为绝除后患，派人将司马德文暗杀。