司馬道子昏聵無能，司馬元顯倒行逆施，父子兩人雖都在極力維護司馬氏宗族的利益，但他們的才能高不過他們的野心，一係列錯誤的政治舉措終於引發了“五鬥米道”起義。
五鬥米道的淵源甚遠，其創立者是東漢末年的張道陵，即道教徒所信奉的張天師。張道陵在蜀郡鵠鳴山中造作道書，創立五鬥米道。因張道陵及其信徒用符咒給人治病，事後隻索取五鬥米作為酬勞，於是民間喚其法師為“五鬥米師”，其道為五鬥米道。張道陵後，傳教給兒子張衡，稱“嗣師”，張衡又傳其子張魯，稱“係師”，這就是道教中的“三師”。
東漢末年，天下大亂。張魯據漢中，建立起政教合一的漢中政權，修築義舍，設立義米，給過路人食宿之用。在戰亂中走投無路的貧民大批投奔張魯，張魯因而聲勢大振。公元215年，張魯投降了曹操，曹操給了他很高的地位，於是五鬥米道得到了更廣泛的傳播。
自古以來，天下亂而術士興，天下昌而民安樂。五鬥米道的興起正是因為自漢末以後，天下未曾久安。
孫恩是琅琊人，其家世代為五鬥米道信徒。孫恩叔父孫泰，是著名傳道師杜子恭的弟子。杜子恭死，孫泰襲位。孫泰善於鼓動，百姓一時間將他奉為神明，不惜竭盡家中所有以侍奉，甚至有人將子女交給他，祈求福慶。司馬道子擔心孫泰為亂，將孫泰流放至廣州。在廣州，孫泰得到信奉五鬥米道的廣州刺史王懷之的關照。王懷之讓孫泰代理鬱林太守。不久，太子太傅王雅向孝武帝推薦孫泰，說孫泰有養生妙術，可以長生。孝武帝遂將孫泰召回建康。而司馬道子對此不以為然，複將孫泰派為徐州主簿。
孫泰於徐州繼續鼓動人心，很快就遷升為輔國將軍，新安太守。
在司馬道子與王恭爭鬥時，孫泰趁機起兵，召集信徒數千人，稱為義兵，參與討伐王恭。這一策略十分成功，因為他不僅避免了一開始就與朝廷衝突，更在一定程度上得到了朝廷的認可。當時，司馬元顯也多次去向孫泰請教長生秘術。孫泰於是大肆發展信徒，建立組織，準備起事。孫泰的舉動早就傳到了朝中，隻是因孫泰與司馬元顯關係密切，朝臣畏禍，一時閉口不言而已。後來會稽內史謝楢將此事告知司馬道子，孫泰遂被司馬道子擒住。