事情免不了要經過一番調查。這差不多用了兩年的時間。調查事故原委這種事情是不可能在幾個小時內完成的，電視裏播放的新聞就是另一回事了。
一個小組去調查了真正的爪哇星辰號貨輪的情況。從它安放龍骨開始，到裝載著液化石油氣駛離文萊，開往目的地澳大利亞西部弗利曼特爾港的整個過程。
證人們證實，該船由赫爾曼船長指揮，一切都很正常。此後不久，在繞過加裏曼丹島東北角的時候，海上有兩個船長還見到過它。由於它載運貨物的特殊性，兩位船長都特別注意到它與他們相距很遠，他們還在航海日誌上記錄了它的船名。
爪哇星辰號船長簡短的求救信號播放給一位挪威的心理學家試聽。該專家確認，確實是由他的挪威同胞用流利的英語說出來的，但似乎處於脅迫之下。
那位聽到爪哇星辰號的位置並趕赴現場的水果船船長，也被追尋到了，並對他進行了一次采訪。他重複了他聽到和見到的情況。但海上消防專家認為，如果爪哇星辰號機艙內的火勢是赫爾曼船長無法控製的，那麽大火勢必會引燃它載運的貨物，引起整艘船爆炸燃燒。在那種情況下，在它沉沒的水域裏就不應該有救生衣在漂流。
在美軍武裝直升機的支援下，菲律賓特種部隊對阿布沙耶夫反政府武裝的大本營三寶顏半島發動了一次襲擊。經過仔細搜索，他們抓住了兩個居住在叢林裏的獵人。
這兩位獵人偶爾也為恐怖分子作點事，但他們不想麵對行刑隊的槍口。他們供認，曾在叢林深處的一個狹窄的小海灣裏看見過一艘中型化工船，有一群工人拿著乙炔氣割機和電焊機在船上忙活。
爪哇星辰號調查小組一年後寫了一篇調查報告。報告聲稱，爪哇星辰號並不是因為船上起火而沉沒，而是被完整無損地劫持了，此後不厭其煩地作了一番刻意的準備工作，為的是使航運界深信它已經不複存在。“全體船員已經死亡”隻是一個推斷，還需要得到核實。