上任不到一周，腓特烈·威廉三世就要处理一个关系到普鲁士和德意志命运的难题。正如我们已经知道的那样，法兰西共和国和德意志诸邦之间签订过很多条约，其中最重要的都是密约。普鲁士、奥地利和法兰西共和国都知道当时德意志帝国（神圣罗马帝国）国力衰弱，但是现在到了该兑现密约条款和落实细节的时候了。
1797年11月，各方在巴登的拉施塔特召开大会。在会议上，德意志皇帝意外地展现出了虚伪的一面——他要求会议“要本着身为贵族的良心和德意志人的坚韧意志来维护祖国的共同利益，各方应和皇帝一起，立足于帝国的统一和完整，追求公正而持久的和平”。只需要看一眼《坎坡·福尔米奥条约》里的秘密条款，我们就可以知道这一要求的荒谬。德意志帝国正是被它国内的这些恶心的邦国背叛了，这一点毋庸置疑，但有没有必要把德意志完完整整保留下来就比较难说了。虽然拉施塔特会议非常严肃，但是与会人员表现得非常轻率。按照常理，各国君主都应该卖力讨好作为胜利者的法兰西共和国：他们信奉的是自私的排他主义（地方割据影响德意志政治长达两百多年），自然要通过讨好法兰西共和国来保住自己的利益；但是看着自己所属帝国的领土被人夺走，还要用玩笑话来轻描淡写，这真的既不符合常理，也不符合逻辑。
当时的拉施塔特会议上充满了无尽的阴谋和讨论，但真正定下来的事情却很少。1797年年底，拿破仑也花了一周时间出席了大会，并就他的观察得出结论。德意志最大的两个诸侯国忌恨无度；奥普两国均把注意力集中于自己的领土和王朝利益；帝国利益遭到漠视；小国奉行排他主义而且有明显的亲法倾向——拿破仑没费什么心思便洞悉了这一切，并在不远的将来把他的见解运用到了自己的政策上。同时法国的使臣在拉施塔特会议上用绝对高超的技巧施展了强硬的手段。法国实际上是这次会议中唯一拥有全面优势的强国。1798年3月，几乎整个莱茵河左岸以及大约300万人口都被正式割让给了法国，这片土地被重组成四个部分，并在法国法律和行政系统中占有一席之地。
现在问题就变成了：失去了土地的诸侯，包括奥地利和普鲁士，要怎么从莱茵河右岸获得补偿。要获得这些补偿，只能通过世俗化或瓜分教会领地。但到了要确定细节的时候，德意志皇帝却退缩了，他的诚信和这种明哲保身的态度无不令人怀疑。
另外，法国也明显决心想让普奥反目，同时让一众小国与普奥反目。如今莱茵兰地区的归属已成定局，而除了莱茵兰之外，法国参加这个会议的唯一目的就是激化德意志诸侯相互间的矛盾。很快，大家就知道，达成的协议所带来的和平并不会持久。
1798年2月，法国侵略神圣罗马帝国并建立了罗马共和国；同年4月，法国建立了赫尔维蒂共和国。5月18日，拿破仑亲自带领远征军从土伦出发前去征服埃及，他这么做的结果便是各国形成了第二次反法同盟：由奥地利、俄罗斯、英国、那不勒斯、土耳其和葡萄牙组成联军，一起进攻法兰西共和国。