进入柏林后，拿破仑还和以前一样，表现得像一个粗俗的征服者。他亲手亵渎了位于波茨坦的腓特烈大帝墓，派人把腓特烈大帝的剑和围巾送回巴黎荣军院；他在皇后露易丝的宫殿墙壁上涂抹了猥亵的侮辱性文字；他下令拆掉了罗斯巴赫战场上的纪念碑；他把勃兰登堡门上的胜利雕像掠回巴黎，并下令像赶牲口一样把普鲁士士兵驱赶到菩提树大街游行示众——供市民们观看嘲笑。不过，拿破仑并没有把全部精力投入在上面这些行为中。他于11月21日在柏林发布了著名的《柏林敕令》，正式确立了大陆封锁政策，妄图把英国踩在脚下。
接下来，拿破仑开始处置普鲁士的盟友们。他对萨克森的处理相当仁慈，这也为之后1813年萨克森对拿破仑的回报埋下了伏笔。萨克森选帝侯被升格为国王，但是萨克森和其他几个境内的小诸侯国也被打包并入莱茵联邦。黑森-卡塞尔和不伦瑞克被合并到由拿破仑的弟弟热罗姆·波拿巴担任国王的威斯特伐利亚王国。