不过，仅仅三周之内，普鲁士这个曾经如日中天的军事专制政权就迅速被击垮了。此时距离腓特烈大帝去世才过去二十年。这二十年里，普鲁士的军队没有任何改进，可以说已经跟不上当时战争理论快速发展的时代节奏了。军队的组织、演习、战略战术等，都还是腓特烈大帝留下来的老一套。除了时间过去二十载以外，军官还是原来那一批，加上久未演练，能力早已退化。普鲁士步兵军团的七位将军，五位年龄超过七十岁；骑兵军团的将军中，只有两位在六十五岁以下。正如罗伯茨勋爵所指出的：“普鲁士国内极少数有远见的人曾经意识到近在咫尺的危险，整个军事体系需要重建，才能焕发生机和活力。在耶拿战役发生前的几年里，曾经出现过很多改革方案，但是……什么都没有发生。”此中寓意，也许身处其中的人更能理解。“从耶拿战役的故事中……从普鲁士1806年的悲剧中，每个人都会意识到什么是……命运……如此急转直下，如此严重的危机，可能随时倾覆一个国家。这个国家曾经有过英雄主义的传奇过往，但是现在只有建立在虚幻基础上的安全。这个国家如同鸵鸟一般，它自私自利、无动于衷地藏在自己的世界里，拒绝正视一切危险，妄想只要一动不动便可苟且偷生。”
普鲁士军队狂妄自负，事实上却不堪一击。正如布吕歇尔将军所言：“普鲁士的几个将军加一块也抵不过一个拿破仑。”普军在人数上的劣势不算太大。不伦瑞克公爵和霍恩洛厄亲王统率着14万大军（包括来自萨克森的2万援军）驻扎在萨勒河畔的耶拿附近。法军有20万之众，驻扎在美因河上游。10月10日，两军在萨尔费尔德发生了第一次遭遇战，普鲁士军队惨败。四天后，决战时刻来临。10月14日，拿破仑在耶拿给了霍恩洛厄亲王致命一击，同时达乌元帅在奥尔施泰特战役击溃了不伦瑞克公爵的军队。一次决战便让普鲁士军队土崩瓦解：不伦瑞克公爵严重受伤；2万士兵伤亡；200门大炮被缴获，大量士兵被俘。但更糟糕的还在后头。本来普鲁士还有很多严密驻防的军事要塞，如果下定决心坚决抵抗，即使不能击败法军，至少也可以无限期推迟拿破仑的进攻计划。但是这些堡垒一个接一个地向法军敞开了大门：10月25日，埃尔福特、哈雷、斯潘道投降；10月28日，霍恩洛厄亲王在位于什切青西部30英里的普伦茨劳率部投降；什切青也于次日陷落；虽然布吕歇尔殚精竭虑，想要挽狂澜于既倒，但也不幸于11月7日在吕贝克附近被俘。11月8日，在强固的马格德堡，2万名普军士兵向法国的次等军投降。在这之前的10月25日，达乌元帅已经率军攻陷柏林，其间没有遇到反抗。两天之后，拿破仑胜利地进入了普鲁士的首都柏林。