到目前为止，普鲁士的关税改革都是受到亚当·斯密的影响，但到了40年代，另一种影响开始成为主流，那就是弗里德里希·李斯特于1841年出版的著作《政治经济学的国民体系》。
李斯特这一著作给财政和经济学说所带来的影响，只有亚当·斯密能与之相提并论。亚当·斯密为工业革命提供了哲学上的解释，为小皮特、赫斯基森、皮尔和格莱斯顿的自由贸易政策奠定了思想基础。而李斯特则是填补了重商主义的不足，为建设统一德意志的政策奠定了思想基础。两个体系同样都是为了促进国家的经济发展，但相比之下，亚当·斯密和他身后的追随者都会建议甚至强调，如果你追求财富，那么你不仅会得到财富，还能得到其他东西，而李斯特则坚持以国家统一和国家实力为主要目标。李斯特表示如果实现了国家统一和国家实力的发展，那么物质的繁荣也自然而然会实现。英国完全有实力推行自由贸易，让其他国家推行自由贸易政策，明显符合英国的利益，关于这两点，李斯特没有否认。他写道：“如果有哪个国家通过保护性关税和通航限制来发展自己的生产和运输能力，进而使得其他国家不能与之自由竞争，那么这个国家不可能成为一个伟大的国家；它只会让别的国家知道自由贸易的好处，到最后只能叹息自己犯了大错，没有看到自由贸易的价值。”但德意志毕竟不是英国，至少德意志事实上并非一个国家，但它必须成为一个国家。在李斯特眼里，贸易保护主义便是最好的工具。
“建立在德意志保护体系之上的是整个德意志民族的生存、独立和未来发展。唯有共同的繁荣才能让民族精神生根发芽、开花结果；只有物质利益的一致才能产生精神力量，而从物质利益和精神力量，又诞生出民族的力量。”
我们发现李斯特突然又成了一名狂热的民族主义者和坚定的贸易保护主义者。他的著作无论从政治上还是经济上都极具吸引力，很快就对爱国者们和德意志关税同盟的官员们产生了深刻的影响。
在1841年后的那几年里(1)，自由贸易主义者和贸易保护主义者连番展开了激烈辩论。其中自由贸易主义者拥有大批的支持者。农业仍是普鲁士的主要产业：时至1850年，2/3的德意志人口都从事着与土地相关的行业(2)；直到1859年，谷物的出口量远超进口量，而工业制成品仅占出口量的1/7。农民几乎毫无例外都支持自由贸易；汉萨同盟城市里的托运人和商人，以及法兰克福的银行家和萨克森的纺织工人也都支持自由贸易。而在另一由大多数南方城市组成的阵营，巴伐利亚、巴登和符腾堡的纺织工人尤其支持贸易保护主义，他们慢慢占了上风。到了1850年，除了生产原材料以外的所有产品的关税都得到了大幅度的提升。