新任骑士团大团长阿尔布雷希特肩负着两个使命：拯救条顿骑士团和从波兰的虎口中拯救东普鲁士。最后，他成功地拯救了东普鲁士，却没能拯救条顿骑士团，并且整个过程极富戏剧性。
阿尔布雷希特的私人利益让他想要极力摆脱波兰宗主国的管辖。教皇建议他会见一下宗教改革家路德，接触一下路德教教众，并设法改组萎靡不振的骑士团。虽然阿尔布雷希特没能从波兰国王那里赢得独立地位，但是他见到了路德并采纳了路德的建议：自己先娶一个妻子，然后把整个骑士团世俗化，最后在骑士团的土地上推行路德教并将之转变成世俗的诸侯国。1525年，他迎娶了丹麦国王的女儿，随后波兰国王将世俗化的东普鲁士公国授予他。
这块土地确实变成了霍亨索伦家族的新领地，而公爵在勃兰登堡选侯国的亲戚们很快便看到了争夺这块土地的机会。1569年，在阿尔布雷希特公爵死后，约阿希姆二世选帝侯趁阿尔布雷希特·腓特烈公爵年幼势弱，成功地为自己和自己的继承人攫取了“领地共享”权利。为了达到双重保险的目的，约阿希姆二世选帝侯的孙子约阿希姆·腓特烈选帝侯先迎娶了公爵的一个姐姐，然后他的儿子，同时也是未来的选帝侯约翰·西吉斯蒙德迎娶了公爵的一个妹妹——不过，公爵很快便由愚钝变成为精神错乱。1605年，约阿希姆·腓特烈选帝侯成为摄政，在和波兰做了很多交易之后，约翰·西吉斯蒙德选帝侯最终于1618年得到了以波兰为宗主国的东普鲁士公国。
顷刻之间，之前的《格拉协议》开始具备了可操作性，东普鲁士和勃兰登堡选侯国合并了，几乎没有什么力量可以将之分开。不过，普鲁士这边的人并不欢迎此次合并。新选帝侯暨公爵是一位加尔文教徒，对路德教和罗马天主教怀有敌意。就像15世纪的勃兰登堡容克一样，普鲁士贵族们并不想拥有一个真正的新主人。虽然通过霍亨索伦家族，普鲁士人与公爵以及他精神错乱的儿子建立了浅薄的私人关系，但是他们与勃兰登堡选侯国并没有任何相通之处。在他们看来，那是一个异域的王朝，在宗教、制度以及理念上都和他们有疏离感。选帝侯将会从柏林统治他们，并会把远在欧洲东北角的他们拖入德意志政治中心的旋涡。
因此，在波兰的帮助下，他们试图抵制，而且也确实做出了抵制行动。在很长一段时间里，选帝侯们对公国的控制是极其脆弱的。虽然一开始危机四伏，但是东普鲁士终究还是归到了选帝侯的麾下。后来的历史证明，这块土地上有着霍亨索伦家族最忠诚和最顺从的臣民，有着霍亨索伦实施独裁统治的精英。