正如我们已经了解的，宗教在选帝侯们的个人生活和理想中占据着重要的地位，但16世纪的宗教改革，不仅重塑了勃兰登堡这个选侯国的结构和特征，也改变了勃兰登堡人的生活。然而推动宗教改革的并不是这个选侯国的宫廷。
约阿希姆一世（1499—1535年在位）因为兄弟是美因茨和马格德堡的红衣主教，所以他坚持旧的宗教信仰，反对条顿骑士团的世俗化。但他的继任者约阿希姆二世（1535—1571年在位），却没有阻止臣民转信路德教，而且一开始就给查理五世皇帝提供政治支持。但由于臣民的感情太过强烈，他站到了信奉新教的萨克森和黑森一边，并在1555年签订《奥格斯堡宗教和约》后对他的领土进行了重大的调整。莱布斯、哈韦尔贝格和勃兰登堡三个地方的宗教信仰被世俗化了，宗教的管理权转到了选帝侯手中，而路德教成了宫廷和选侯国的宗教。此外，通过约阿希姆二世的孙子约阿希姆·腓特烈（1598—1608年在位），霍亨索伦家族获得了马格德堡的宗教改革和管理权——这是选帝侯对宗教职位提出的政治主张，即便到了1648年，大选帝侯也没有忘记。
安斯巴赫家族和拜罗伊特家族的分支很早就信奉了新教，因此到16世纪末，在勃兰登堡、法兰克尼亚和东普鲁士，霍亨索伦家族都是新教政治势力的强大盟友。选帝侯约翰·西吉斯蒙德后来改宗加尔文教，深深地冒犯了在勃兰登堡和东普鲁士占有压倒性优势的路德派信徒，他们坚决拒绝追随西吉斯蒙德。但这件事有一个令人意外的结果。在1608年之后，信奉加尔文主义的选帝侯绝对是少数派，因此，他们很早就知道宽容的必要性和价值。在普鲁士国家的形成过程中，我们很容易看到，却很难定义、衡量或放大统治者的宽容所产生的深远影响。
起初，霍亨索伦家族凭借直觉和经验行事，但最终还是相信他们深思熟虑后提出的政治主张，以及国家行动的原则。这代表了新教最为高尚的一面——真理和道德良知没有被削弱，而是通过人们对精神的自由探索而得到加强，人的理性包含了权利和义务、国民的忠诚、统治者的权威、为国家服务的义务，这些东西与各种宗教信仰是相互包容和相互独立的。