朱翊钧万历时代，明朝腐败政治已经发展到最高点。朱翊钧、朱由校、朱由检三朝，统治阶级内部发生大混乱，起初士大夫分邪、正两派，互相攻击，朱翊钧概不理会，任令自胜自败；后来朱由校重任大阉魏忠贤，邪派结成阉党，正派大败，惨被杀逐；最后朱由检斥退阉党，起用正人，阉党改换面目，用阴谋诈术，取得由检的信任，正人全被排去，明朝也就灭亡。
（一）朱翊钧时代邪、正两派互斗
明朝皇帝照例一二十年不见朝臣，一切政令，由司礼太监批朱，交内阁首辅拟票，次辅数人只能共同商议，无权拟票，必须首辅退位，次辅才得依次递补。凡内阁大学士，一定是老进士，他们周围各有一群同年（同科考取的进士）、门生（本人考取的进士）、同乡等关系的官员，希望首辅权位巩固或次辅升充首辅。入阁资格，是六部尚书或品级相等的大官，经过廷推（朝臣共同推举）的程序，皇帝选定其中一人，就算入阁拜相。同年、门生、同乡在廷推中起着很大的作用，所以阁臣要酬谢他们，使他们升官致富。大学士多数是贪污腐朽的老官僚，其中自然也偶有公正清廉人，这样，拥护人中同年、门生、同乡关系外，又加上邪、正的分类。邪派人数多，正派人数少，邪派政治上有地位，正派请议（舆论）上占优势，两派各立门户，各拥徒属，互相攻击，主要目标是夺取内阁的大学士。
两派互攻的题目，大致有下列几个。
争国本——朱翊钧万历十年生子朱常洛，十四年生子朱常洵。常洛母王恭妃无宠，常洵母郑贵妃谋夺常洛长子继位权。内阁大学士申时行、王锡爵、王家屏请早立常洛为皇太子，朱翊钧意在常洵，再三推延，不肯立常洛。一部分正派朝臣疑内阁顺从朱翊钧，不敢力争，群起责难，大学士间又意见不一，王家屏赞助正派朝臣，被斥出阁，沈一贯（浙江宁波人）有才能，善于迎合朱翊钧，得入内阁。一贯纠集浙江京官，号称浙党，与正派首领顾宪成等为敌。宪成革官回家（江苏无锡县），在东林书院讲学，组成东林党，对抗浙党。当时皇帝、内阁、朝臣、浙党、东林党互相间大起纷扰，朱翊钧想立常洵，朝臣公意想立常洛，内阁一派朝臣主缓争，东林一派朝臣主急争。主急争一派自称争国本，主缓争一派认为多事，有意压抑，两派怨仇愈结愈深，政见的争斗转成私人意气的争斗。二十九年，常洛封太子，常洵封福王，沈一贯出力不小，争论应该解决了，可是东林党主张促福王出京就藩国（河南洛阳县），朱翊钧不肯，纷扰又起。四十二年，福王就藩。四十三年，发生梃击案，纷扰又起。常洛登位，发生移宫、红丸两案，并梃击称三案，争论直到亡国才停止。
首辅王锡爵被政敌攻走，万历三十六年，朱翊钧召令还朝，锡爵密奏称：“皇上对臣下奏章，当作禽鸟鸣叫，留中（搁置）不省（不理），这只能激起更多的喧闹。臣请皇上尽除关税，召还内官（监税监矿的阉官），散多余的库藏，补军饷的不足，臣民自然欢呼踊跃，歌颂圣德。奏章按照事情缓急，或留中，或发表，不可一概不理。”这些话本不算错，政敌都御史李三才探得密奏中有禽鸟鸣叫语，激怒众官道：“王锡爵骂我们是禽兽。”众官大怒，引起一场争闹。
李三才——万历二十七年，漕运总督、凤阳诸府巡抚李三才奏陈矿税的弊害道：“陛下知爱珠玉，百姓也知求温饱，陛下知爱子孙，百姓也知恋妻儿，为什么陛下要厚聚财宝，却不让小民有升斗的享受？陛下要富贵万年，却不让小民得暂时的乐趣。从古没有政治败坏如此还能免祸乱的。现在弊政太多，归根由于陛下贪财嗜利。臣请陛下大发德音，罢除天下矿税，贪心一去，才能谈到政治的改善。”朱翊钧得奏不理。三才又奏称：“陛下每有征求，总说内库（宫内库藏）匮乏。其实内库如果真匮乏，那是国家莫大的福利，一人瘦，天下肥，岂不很好？可惜陛下所谓匮乏，只是黄金还没铺遍地、珠玉还没碰到天罢了。小民糟糠不饱，仍被暴敛，牢狱人满，无处求命，一朝变乱发生，小民都成敌国，陛下独坐宫中，即使黄金满库，明珠塞屋，谁替陛下守护？”朱翊钧得奏仍不理。顾宪成深信三才是正人，东林党想推三才入内阁，邪党群起攻击，伪造三才大奸大诈罪状，三才愤怒自辩，请求派官查勘，朱翊钧不理。邪、正两方辩驳剧烈，三才怒极，辞官归家。邪党怕他再起，接连猛攻。天启三年，三才死，邪党请魏忠贤革去三才官号。
东林党——东林与邪党争论国本和李三才问题，同时东林这个名号也成了争论的问题。东林的起源是顾宪成力争国本，大学士王锡爵对宪成说：“朝廷的是非，天下人一定要反对，真是怪事。”宪成说：“我只见天下人的是非，朝廷一定要反对。”锡爵怒。万历二十二年宪成革官回无锡，修南宋杨时讲道的东林书院，聚会失官归隐的正人高攀龙、钱一本、薛敷教等人讲程朱派道学。一时政治上不得志的士大夫争着进书院听讲，多至宿舍不能容。宪成标示讲学宗旨道：“当京官不忠心事主，当地方官不留心民生，隐居乡里不讲求正义，不配称君子。”因此书院诵习古书以外，兼议论时政、批评人物，成全国舆论的中心地。在朝一部分正派官员，与东林通声气，依舆论力量对抗邪党。当时邪党分齐、楚、浙三党。齐党亓（音其）诗教等为首，楚党宫应震等为首，浙党刘廷元等为首，合力攻正派。凡主持正义、爱惜名誉的士大夫，不论在野在朝，一概指为东林党人，斥责不遗余力，在邪派看来，东林二字就是犯罪的代名词，给政敌加上东林名号，就可借题攻击。虽然有些人不承认自己是东林党，有些人却求挂名东林党，自以为荣幸，讲学议政的东林，事实上确成为有力的政党了。东林党人多重名轻利，往往被人诬陷，发怒辞官，邪党中人酷爱官位，宁死不退。万历末年，邪党得势，吏治边防全不过问，专着重禁道学（东林）一事。
（二）朱由校时代，邪党转成阉党，大杀东林党人
朱常洛死，子朱由校继位。由校异常昏愚，政权全委阉官魏忠贤管理，忠贤结合由校的乳母客氏，玩弄由校同婴儿一样。邪党顾秉谦、魏广微、崔呈秀等见忠贤掌权，相率投靠门下，得入内阁或掌部院要职。东林党副都御史杨涟奏劾忠贤二十四大罪，忠贤恐惧，秉谦、广微等教忠贤尽杀诸正人，造《缙绅便览》一册，正人如叶向高、赵南星、高攀龙、杨涟、左光斗、魏大中等一百余人称为邪党，邪党霍维华、阮大铖等六十余人称为正人，请忠贤按名赏罚。又造《三朝要典》一部，定红丸、梃击、移宫三案是非，颠倒黑白，钳制公论，士大夫敢违《要典》发议论，依大逆治罪。忠贤门下大奸徒有五虎、五彪、十狗、十孩儿、四十孙，各大奸徒门下又有无数小奸徒，除了少数正人，其余内外文武官员，几乎全部加入阉党。五虎首领崔呈秀起初见东林名大，求入党，东林人恶呈秀贪污无耻，拒绝不纳。呈秀赃罪被吏部尚书赵南星揭发，大窘，夜见魏忠贤叩头涕泣，哀求充当义儿。忠贤正想招收朝臣合力杀逐在朝东林正人，得呈秀大喜，令与霍维华同为谋主，参与机密。呈秀造《天鉴录》，内列邪党一百三人姓名，分真心为国、不附东林、横被排斥、久抑林野（被东林革逐）、冷局外转（被东林斥逐出朝当外官）等名目。又造《同志录》，内列东林二百四十五人姓名。别一阉党王绍徽造《点将录》，仿《水浒传》天罡地煞星数，分配东林诸人姓名，如“天罡星、托塔天王”李三才、“及时雨”叶向高、“浪子”钱谦益、“圣手书生”文震孟、“大刀”杨涟、“智多星”缪昌期等三十六人，“地煞星、神机军师”顾大章、“鼓上蚤”汪文言等七十二人。又一阉党阮大铖造《百官图》，详叙某人该杀、某人该逐，先后次序，布置分明。魏忠贤依据这些名册，杀害东林，无一人得免。
五彪首领田尔耕掌锦衣卫，又一首领许显纯掌镇抚司，广布侦卒（特务），毒刑锻炼冤狱，惨杀东林党杨涟、左光斗、周顺昌、黄尊素等十余人，每一人死，剔取喉骨装小匣献给忠贤，表示功绩。十狗之一曹钦程，在阉党中尤龌龊，连魏忠贤也觉得可厌，革钦程官职。钦程临走在忠贤前叩头道：“儿子去了，永远忘不了爷的恩义。”说罢涕泣退下。十孩儿中有李蕃、李鲁生。二李卑污奸险，先谄事魏广微，后改事冯铨，又改事崔呈秀，最后得充魏忠贤义儿，时人号二李为四姓奴。其他官员媚阉丑行，如浙江巡抚潘汝祯首先建魏太监生祠，各地效尤，多至数百所。蓟辽总督阎鸣泰建生祠七所，督饷尚书黄运泰建生祠两所。运泰对忠贤像正拜三叩头，率文武将吏排班在阶下行礼，礼毕，进至像前口称“某事赖九千岁（阉党称忠贤为九千岁，比皇帝少一千岁）栽培，叩头谢恩”，又称“某月蒙九千岁提拔，叩头谢恩”，谢毕，跑回阶下归班，又率众官行五拜三叩头礼。各地生祠竞巧斗丽，一祠建筑费多至数十万两。像用沉香木雕刻，手足能转动如活人，腹中肺肠用金玉珠宝制造，衣服冠履全装珠宝；头髻上穿一孔，插四时香花。每祠设游击一员守卫。国子监生陆万龄别出新计，说孔子作《春秋》，厂臣（魏忠贤掌东厂）作《要典》，孔子诛少正卯，厂臣诛东林党，请国子司业（近似副校长）朱之俊代奏，请建厂臣祠与孔子庙并列。之俊又在大路上立木牌，上书“魏上公的功德，比禹小一些，比孟子大得多”。一姓张监生又出新计，倡议奏请奉厂臣像入孔子庙与孔子并坐。朱之俊正要代奏，不料朱由校死，魏忠贤倒败，之俊赶快劾奏陆万龄媚阉罪状，万龄下狱，之俊得漏网，不入逆案。
朱由校时，满清兵力已极强盛，明朝边防军腐朽不堪，每战必败。辽东经略熊廷弼坚主守边屯田，整顿军纪，再议出击，阉党姚宗文想冒边功升官，托廷弼保荐，廷弼不从，宗文怒，约同党攻击廷弼。廷弼得罪革职回籍，清兵乘机攻破辽阳，京师大震。朱由校不得已，急起用廷弼，又用阉党王化贞为巡抚，领兵十四万，廷弼拥经略空号，只有兵数千。化贞恃魏忠贤威势，任用汉奸孙得功做大将，虚报战功，冒受重赏，不服廷弼调度。清军攻来，化贞不战逃入山海关，委罪廷弼，阉党群起攻击，廷弼被杀，传首九边示众。阉党诬廷弼侵吞军费十七万两，并诬东林杨涟、魏大中、左光斗、顾大章等受熊廷弼贿赂，下狱追赃，用惨刑打死。
（三）朱由检时代阉党改换面目，用阴谋排斥东林
朱由校死，弟朱由检继位。由检杀魏忠贤及客氏，定逆案，布告天下。逆案分七等定罪：一等，首逆，魏忠贤、客氏二人，凌迟处死；二等，首逆同谋，崔呈秀等六人，即时斩决；三等，交结近侍（阉官），刘志选等十九人，秋后斩决；四等，交结近侍，情迹较轻，魏广微等十一人，充军；五等，交结近侍又较轻，顾兼铨等一百二十九人，徒刑三年，徒满赎身为民；六等，交结近侍，情迹颇轻，黄立极等四十四人，从宽革职闲住；七等，忠贤亲属及内官附逆五十余人。逆案宣布后，阉党力谋翻案，由检坚持不动，阉党无法，群推不在逆案中的周延儒、温体仁为首领，先用柔伪顺从的面目，取得朱由检信任。二人相继入阁，陆续排斥东林，准备起用逆案中人。
朱由检杀逐阉党，召用东林党人。由检性急躁多疑，自恃聪明，大小事统归一人独断，不喜听逆耳的话，更不喜臣下说相同的话，认说相同话是结党营私。周温及一群邪党看清由检这个弱点，大家只顺着说话，理由是“皇上神圣，臣下不宜异同（相反）”。凡荐举奸邪，先令一人发言探试，别一人从旁赞助，排陷正人，先设法激由检发怒，自动杀逐，邪党不出面攻击。由检自以为进退群臣全出独断，其实早落邪党的计谋中。东林党人喜直言，喜替受屈正人说公道话，邪党指证这是结党，由检也疑忌这是结党，正人自然不能在朝立足了。由检在位十七年，内阁换五十余人，在内阁最久的周延儒、温体仁，由检认为是无党的正人，等到发觉二人有党，国事败坏已经不可收拾。黄道周奏论危亡的原因说：“皇上禁止私交结党，邪人却因诬告陷害得升官；皇上奖励清廉气节，邪人却因假装谨慎得宠信；皇上讲励精振作，邪人揣摩奉迎，表示恭顺；皇上讲考核实效，邪人琐碎奇刻，表示能干。邪人处处自称替皇上真心办事，其实处处替自己打算身家利禄。皇上误信这些人，聚天下奸邪在朝廷，如何救得危亡？”道周又说：“皇上下诏求直言，直言的却遭斥逐，皇上下诏慎刑狱，正人却纷纷下狱。臣愿皇上训练军士，防守边疆，选举贤能，管理民政，尤其重要的是容许刚直敢言人立朝议论，这样，国家才会有转机。”黄道周屡次直言，不畏奸人，几乎被由检杀死。
东林党人经多年杀逐，得生存的寥寥无几。太仓人张溥集本郡文人标榜复兴古学，号称复社，继东林驰名全国。奸党群起诬攻，指张溥结党议政。朱由检将兴大狱，幸张溥病死，得免杀戮。此后东南名士，多是复社中人，邪党概指为东林，合力对他们攻击。
（四）南京小朝廷，邪党继续杀逐正人
阉党阮大铖曾造《百官图》献给魏忠贤，杀杨涟、左光斗，出力最多。大铖在阉党中尤狡诈，每谒见魏忠贤，厚赂阉人退还名片，借免后患。忠贤死，大铖在乡（安徽怀宁县）起草两个奏章，一个专攻崔（呈秀）、魏（忠贤），一个东林、崔、魏并攻，密嘱杨维垣（阉党）看形势奏上。御史毛羽健揭发大铖奸谋，被列入逆案第三等，废斥为民，失意凡十七年。崇祯末年，流寇逼安徽，大铖避居南京，招集无赖谈论兵机，想借将才名义召用。复社名士黄宗羲等发表《留都（南京）防乱揭》，严厉斥责，大铖惧，闭门不敢动，密与别一奸人马士英结交，共谋起用。崇祯十七年，李自成攻破北京，朱由检自杀，福王朱由崧（常洵子）、潞王常淓避乱至淮安，南京诸大臣谋立新帝，恐福王追怨争国本梃击等案，引起纠纷，议立潞王为明帝。凤阳总督马士英联合总兵官高杰、刘泽清、黄得功、刘良佐拥福王入南京称帝，在朝正人，一概指为东林余党，与阮大诚合力排斥。二人共据内阁，引用奸邪，无恶不作，小朝廷内讧大起。清军乘虚攻破南京，马士英被俘，阮大铖降清军充向导，攻福建唐王朱聿键。清军用不着他们，在路上把二人杀死。
夏允彝《幸存录》评论东林党与阉党，有些话说得还公平。他说：“两党对国事都不能说无罪，但平心说来，东林党领袖最初为顾宪成、邹元标，继为杨涟、左光斗，又继为文震孟、姚希孟，最后为张溥、马世奇，这些人学问气节，确有不可及的地方。攻东林的首领最初为沈一贯（浙党），继为亓诗教（齐党），继为魏忠贤、崔呈秀，继为周延儒、温体仁，最后为马士英、阮大铖，全是天下共弃的奸邪。东林中也有不少败类，攻东林的也偶有清廉，两党领袖却相差太远了。东林人好发高论，但对筹边防寇，颇求实效，攻东林的只知争夺权位，从不想到防御外患。东林中败类还知畏惧清议，不敢公然行贿，攻东林的酷爱财帛，明目张胆，不以为耻，反以为荣。东林人绝少交结阉官，攻东林的竟拜魏忠贤为父为祖为九千岁，不知人间有羞耻事。至于东林嫉恶太甚，双方怨仇愈结愈深，造成亡国破家的惨祸，东林也不能说全没有责任。”