“亞細亞”星艦的Tr-13古樹是星艦聯盟最古老的樹，它紮根在一片叫作新雲夢澤的大湖泊中心，幾乎跟星艦聯盟一樣古老。在漫長歲月中，它不知道倒下過多少次，又頑強地重新抽根發芽，每一段嶙峋的枝丫都掛著褐色的氣根，老的樹幹腐爛完了，新的氣根沾到泥土之後又生長發育為新的枝幹，一層層、一簇簇地向外蔓延著生長。整個Tr-13古樹已經找不到最早的主幹，卻有著數以萬計從氣根發育成的新主幹，共同支撐著它占地近百平方公裏的樹冠，不知道從什麽時候起，人們給它起了一個充滿敬意的名字—樹祖。
在地圖上，新雲夢澤、有巢市和樹祖的坐標是重合的，在星艦聯盟草創之初的艱難歲月裏，樹祖隻是一棵紮根在熾熱的原始地表上的小樹苗，那時的有巢市還隻是一個叫作096號的小小星艦的人造生物圈監控中心，隻有區區幾名工作人員。後來隨著生物圈的建成，越來越多的生物學家和為這些科學家服務的後勤人員從流浪飛船來到星艦表麵定居，圍繞著這座小小的實驗室，慢慢變成096號小村、096號小鎮，直至擴張為一座三十萬人口的小城市。
樹祖的成長跟城市幾乎是同步的。在城鎮擴張的早期，人們在這棵慢慢長大的大樹上建造樹屋、鋪設吊橋和道路。不知不覺幾千年過去，這裏竟然變成一座巨樹上的城市，生活在這棵巨樹上的人就像樹蔭裏的小螞蟻，巨樹刺破雲靄，宛若盤古巨神撐起整個天空。
當096號定居點發展到城市規模之後，人們覺得有必要給這座特殊的城市起個名字，一句玩笑話成了這座城市名字的由來：你看我們像不像祖先有巢氏那樣以樹為家？於是這座建築在樹祖巨大的枝丫上的城市就有了一個特殊的名字：有巢市。
樹祖不是地球上的任何一種樹種，它是五千年前在建造人造生物圈時，為了能在當時劇毒的原始大氣和滾燙的原始岩石地殼中紮根生長，承擔起改造大氣環境的責任，由最高科學院設計的人造植物。它沒有繁殖能力，但頑強的生命力賦予了它近乎永恒的生命，幾千年來始終枝繁葉茂。今天的有巢市見不到在其他城市中常見的高樓，隻有綠葉成蔭的大樹上如果實般倒掛的樹屋，一座座吊橋和纜車在七八米粗的樹杈之間縱橫交錯。很久以前滾燙的大地如今已經變成一片水鄉澤國，樹祖是這中心唯一的城市，人們在樹祖的氣根下劃船、養魚，在這個世界中過著獨一無二的樹中生活。