朝廷实权逐渐被载漪等辈掌握，而他孜孜以求的是利用义和团达到排挤洋人、儿子尽快继承大统的目的。附和义和团为良民、神功可灭洋的人日渐聚集到他们身边。
京中舆论已完全被守旧大臣把持。清流领袖、在士林中最具影响的大学士徐桐以仇洋著名，一听议论洋人就掩起耳朵。他的家就在从前被称为东江米巷如今使馆聚居的东交民巷，出门难免与洋人相遇。为了表示气节，他把大门堵上，走后门绕个大圈子上朝。他对弟子们说道：“轮船、火车、邮电、机械，皆出洋人，亦妖术耳，正可利用义和团来拆铁路、炸桥梁、毁电线，譬如治疮，以毒攻毒。”
于是有言官为讨好载漪、徐桐等辈便上折道：“义和乡团，练习拳棍，保护身家，以仇教为名，并无作奸犯科之为。近来直隶、山东拳民殆遍，其势几不可遏。莫如用因字诀，因其私团而官练之，派道府大员，为团练局总办，择公正绅士为团总，申明专备大敌，不得私斗，遇有教堂，共相保卫，一切供支不费民间分文，庶可化无用为有用，并可化有事为无事。”在载漪、刚毅等辈操纵下，朝廷下旨“所奏是否可行，著裕禄、袁世凯各就地方情形，通筹妥议，据实复奏”。
袁世凯一眼看出朝廷中有人要把义和团合法化。如果此议得行，则义和团势必风起云涌，而他在山东严禁义和团的行政岂不是大错特错？交章弹劾，还没坐热的山东巡抚交椅势必易主！他与幕僚商议，最后由阮忠枢起草复奏，把官办私团的提议完全否定。
复奏先详述义和团的历史，说明朝廷一直采取严禁的措施，继而历数近年来义和团非法行为，以及他到山东采取严禁后的效果，态度十分明确：
总而言之，该拳会聚众游行，每于数百里外劫取财物，不得谓之为保护身家。焚杀掳赎，抗官拒兵，不得谓之非作奸犯科。掠害平民，骚扰地方，不得谓之为专仇洋教。本无伎俩，屡战辄败，安足以备大敌？悍不畏法，寻衅滋事，安望其保教堂？如由臣等派道府大员及绅士等，因其众而练为团，姑无论已散者复聚之，已遏者复起之，为政体之所必无，而所派之总办、团总，必须求深明大义之人，在员绅之深明大义者，必不肯为。即勉为之，而该拳会演诵符咒，左道感人，情志既届隔膜，钤束亦无从措手。且聚数千百人而成为团，团练所需，其势不能无费。不取诸民，费将安出？更究其流弊所及，以匪徒冒乡团之名，以邪教借公家之势，明目张胆，一聚不可复散，乘便营私，一发不可复制。其不扰乱大局，荼毒生灵者，几希矣！言者徒因其托名仇教，遂忻忻然加以恕词。不知自古巨奸大憝，无不有所借口，以求其一逞者。如信其假托之名，而不察其居心行事之实，未有不受其祸者也。夫自古断无左道邪教而可资以御侮者。亦断无行劫拒捕而可目为良民者。勿论是会是团，以邪术参杂其间，必酿巨患。勿论为公为私，以莠民于预其事，必长乱萌。是宜严禁预防，未可权宜迁就！
但朝廷已经听不进袁世凯的建议。慈禧派军机大臣刚毅和赵舒翘分别出京到良乡、涿州考察义和团的真实情形。刚毅顽固守旧自不必说，赵舒翘人虽明白，却是刚毅引入军机，因此不得不看他的脸色。他在涿州看了义和团表演神功，心知此法术不可恃，但又不想与刚毅唱反调。他耍了个小聪明，回京向慈禧复旨时，一遍遍向太后表演义和团的神功，希望慈禧能明白，他则可以超然事外，不致得罪刚毅。可慈禧想用义和团来对付洋人，但又怕尾大不掉，所以只问了一句话：“你看义和团闹起来，会不会搞得不可收拾？”
赵舒翘只好回答：“不要紧，臣看不要紧。”
刚毅回京后，他的结论和建议是：“其术可恃，抚而用之，统以得帅，编入行伍，扶清灭洋。”
此时，大沽口外列强军舰云集，数国联军强行登陆，要乘火车进京。慈禧十分愤怒，下令召义和团进入京城，她希望洋人看到大清民意不可违，能够有所收敛。正如俗语所说，请神容易送神难！义和团涌进京城后随处设立拳场、神坛。开始时是一街一坛，或二三街一坛，后来则发展到一街三四坛，甚至五六坛。开始只有拳民供拜神坛，随后有钱人和平民也纷纷加入，上自王公百官，下至倡优隶卒，几乎无人不团，无地不团。并非没有明白人，并非人人都相信所谓神功，而是只有入了神团，才可免于丧失身家的危险。
局面其实已经失控。义和团大开杀戒，载漪的亲信都统庆恒一家十三口全被杀死，载漪也无法过问，其他大臣可想而知。就连宫中也成了义和团的天下，太监都入了神团，头扎红巾，练习神拳。大师兄在载漪的带领下进宫，竟然要抓“二毛子”皇帝光绪，因为光绪曾经主张变法学习洋人。义和团提出要斩一龙二虎，一龙即是光绪帝，二虎一是荣禄，二是李鸿章。荣禄吓得不敢再发声，李鸿章人在广州，义和团是鞭长莫及。荣禄给李鸿章、刘坤一等督抚发电说：“两宫、诸邸左右，半是拳会中人，满汉各营士卒亦大半如此，都内数万人，来去如蝗虫，万难收拾。虽然两宫圣明在上，恐难以扭转众人之心。老天造孽，夫复何言！”
慈禧开始有些慌神，为了约束义和团，命载漪、刚毅为统率义和团大臣，用兵法部勒，希望不致失控。同时，任命刚毅为总理衙门总管大臣，又让徐桐、崇绮等与军机大臣会商一切事宜，内政外交大权完全落入守旧大臣手中。九门提督崇礼被免职，庄亲王载勋接任，载漪之弟载澜奉命掌管虎神营，京城兵权自此全被守旧大臣接管。
义和团进城后，尚未对洋人动手。后来为了展示神功，在刚毅的率领下前去攻打西什库教堂，结果数万人的神团竟无法攻破数十人的防守，反而死伤惨重。走在前面的大师兄中弹倒下，后面的人便一哄而溃。败北者一拥而出西安门，头扎红布、现场督阵的刚毅站立不稳，用力抱住门柱得以免死。
义和团抬着大师兄的尸体回庄王府，攻打西什库教堂仍然不顺利，有人不免疑问，刀枪不入的神话眼看要破灭。于是神团又有解释：“此处教堂与别处不同，教堂内的墙壁上全是用人皮粘贴、人血涂抹的；又有无数妇人赤身露体，手执秽物站于墙头，又以孕妇剖腹钉于楼上。所以神团请神上身，行至楼前，被邪秽所冲，神即下法。等五台山上的大师兄一到，便可破洋人妖术。”
西四牌楼砖塔胡同口袋底粮台的义和团也参加攻打西什库，当天发布告示，要求京中居民配合：
告 示
各团诸位师兄今为西什库洋楼无法可（克）破，特请金刀圣母、梨山老母每日发疏三次大功即可告成。再者，每日家家夜晚挂红灯一个时辰。京城内可遍为传晓。
金刀圣母、梨山老母不知什么原因不肯帮忙，西什库教堂仍不能攻克。
6月20日，德国公使克林德在去总理衙门的路上被杀，义和团在继续攻打西什库教堂的同时，开始进攻东交民巷的使馆区。而这一天，联军已经攻占大沽，并开始进攻天津。
要不要对洋人开战，慈禧很犹豫，光绪以及部分大臣极力反对，慈禧连续召集三次御前会议不能定议。载漪之流私欲熏心，为了促使太后下定决心宣战，伪造了洋人要太后归政、光绪复位的电报。这是慈禧最不能容忍的，她下令斩杀了反对宣战的许景澄、袁昶、立山、联元、徐用仪五大臣。
1900年6月21日（光绪二十六年五月二十五日），在慈禧的主导下，清廷向英国、美国、法国、德国、俄罗斯、奥匈帝国、日本、意大利、西班牙、荷兰、比利时共十一国宣战。宣战诏书历数大清怀柔远人，而列强恃我国仁厚，欺凌我国家，侵占我土地，**我人民，勒索我财物，是可忍孰不可忍，“与其苟且图存，贻羞万古，孰若大张挞伐，一决雌雄”。号召朝野上下，“彼仗诈谋，我恃天理；彼凭悍力，我恃人心。无论我国忠信甲胄，礼义干橹，人人敢死，即土地广有二十余省，人民多至四百余兆，何难灭此凶焰，张我国威。其有同仇敌忾，陷阵冲锋，抑或仗义捐资，助益饷项，朝廷不惜破格懋赏，奖励忠勋。苟其临阵退缩，甘心从逆，竟作汉奸，朕即刻严诛，绝无宽贷。尔普天臣庶，其各怀忠义之心，共泄神人之愤，朕实有厚望焉！”
袁世凯是收到宣战上谕最早的地方疆吏，因为直隶境内的电报线被破坏殆尽，上谕及一切文报都已不能通过电报发出，只能恢复从前“六百里加急”或“四百里加急”的驿递方式送到济南，再由济南转电江南各省。袁世凯收到宣战上谕的同时还收到了另一份招抚上谕，“现在中外已开战端，直隶天津地方义和团会同官军助剿获胜，业已降旨嘉奖。此等义民，所在都有，各省督抚如能召集成团，借御外侮，必能得力。如何办法，迅速复奏”。
袁世凯看到这两份上谕时正在吃饭，他扔掉手里的筷子连拍着大腿：“坏了坏了，大局要崩溃了！”顾不得吃饭，连忙召集幕僚商议，“朝廷向十一国宣战，真是疯了！甲午年时李中堂麾下还有北洋舰队，对付日本一国尚不能取胜，今日要一国战群雄，必败无疑。”
胡景贵看起来并不担心：“如今朝廷所依仗的是义和团，听说京中义和团已经有数十万之众，也许会有意想不到的战果。”
“月舫，义和拳装神弄鬼的神功，你又不是不知道底细，靠这样的神功去对付训练有素的军队，那不是让他们去送死吗？依我的判断，打不了几仗，拳民必溃逃无疑！”袁世凯摇了摇头。
胡景贵还想辩解几句：“他们当中亦不乏爱国英雄，梁山好汉。”
“哼，我是不敢苟同，我看他们多数人是残杀平民的英雄好汉，在强敌面前则是不堪一击的乌合之众！如果仅仅因为他们竖了‘扶清灭洋’的旗帜而不详察其作为，不能理智清醒，那真是吾国之悲哀。神拳不暇自哀，而后人哀之；后人哀之而不鉴之，亦使后人而复哀后人也。”袁世凯读书不多，唯独对兵书和《阿房宫赋》这类气势磅礴的雄文爱不释手，因此大发感慨。
胡景贵则认为袁世凯对义和团偏见太深，反驳道：“一个国家在外敌入侵时能有人慷慨赴死、抛颅洒血，总比万马齐喑要强得多！”
袁世凯看胡景贵面红耳赤，一副盛怒的神情，连忙道：“咦，月舫何必如此生气？我也只是一家之言。”
阮忠枢这时插言道：“依我看，两位大人在这里争，彼此都说服不了对方。不如向李中堂、刘砚帅、张香帅请教，看他们怎么说。”
袁世凯赞同道：“中，到时萧规曹随，总比咱们在这里闭门造车要得当。”
胡景贵这会儿气也下去了，一省巡抚对他这按察使如此客气，他也不能不给面子，便道：“只是朝廷煌煌上谕，总不能抗旨吧？”
“且等我好好想想再说。”
袁世凯吩咐将两份上谕转发上海电报总局，由他们发给各督抚，同时他又分别致电李鸿章、刘坤一、张之洞，“时局已是大裂，从何收拾？贵处有无此项义民？如何办法，乞示。”
袁世凯的电报首先转到坐镇上海的盛宣怀手中。对京中的形势，他了如指掌。自从京津兴起义和团，他就预感到形势不妙。电报、铁路等洋务都是他最倚重的事业，如果义和团波及全国，他的事业必将全军覆没。好在有袁世凯在山东阻挡，不然与洋商交易最为集中的东南各省将不堪设想。他曾致电荣禄，建议调李鸿章督直，由他替代纵容义和团的裕禄，必能平定内乱，劝阻洋兵进军京津。但荣禄已经自身难保，是爱莫能助。盛宣怀最为担心的是朝廷任由载漪之流胡闹，放手发展义和团。然而，他最担心的事情还是来了！
盛宣怀与幕僚商议，决定两份上谕只发给各省督抚，并建议督抚暂不外泄。他在发给李鸿章、刘坤一、张之洞的电报中说：“朝政皆为拳党把持，文告恐有非两宫所自出者。北事不久必坏，留东南三大帅以救社稷苍生，似非从权不可。”如何从权，他希望三大帅能够出个主意。
等发完电报，他立即约上海道余联沅密议。余联沅是湖北孝感人，任过巡城御史、河南道监察御史、四川道监察御史，刚直不阿，人称铁面御史；后又出任福建盐法道、上海道，在任兴利除弊，民声颇佳。盛宣怀的父亲盛康当年曾任湖北盐法道，与时任御史的余联沅多有交往，因此盛宣怀与他算是老相识。如今两人都驻上海，交往更密。
盛宣怀叫着余联沅的字道：“晋珊，京津已乱得不像样子了，你知道吧？”
余联沅叹了口气道：“唉，新闻纸上全是义和拳杀人放火的消息。”
盛宣怀又问：“如果两江、特别是上海也闹起义和团，你认为如何？”
“那还了得？上海一乱，商业停顿，海关税收立马锐减，你让我这海关道喝西北风去？”余联沅立即瞪着眼睛道。
“哦，晋珊只着眼海关道的一亩三分地。如果有人想让他们到江南来扶清灭洋，你欢迎不欢迎？”盛宣怀又笑问道。
“啊，那可真是疯了。”
“他们可是刀枪不入的英雄好汉，打出的是‘扶清灭洋’的旗号，我没想到你这为民请命的铁面御史也会反对。”盛宣怀行的是欲擒故纵之计，因此要多绕几句话。
“真是岂有此理。杏荪，铁面御史也要论是非。他们是打出了‘扶清灭洋’的旗号，可是要说他们是英雄好汉，我不敢苟同。我是听其言，更要观其行。向手无寸铁的教民开刀算什么英雄好汉？烧教堂、攻使馆、杀害外交人员，更不是泱泱大国所为。再说，天下何来刀枪不入的神功，若有此神功，又何必孜孜于洋务，办船厂、造兵舰，岂不都是多此一举？”
“偏偏有这样的傻子。”盛宣怀把两份上谕递给余联沅，“当然，朝中的拳党未必真傻，也未必真相信什么神功，但他们却愿朝野上下都相信，都成为任他们摆布的傻子。”
“幸亏还有明白人。亏得袁慰廷还算有见识，把义和团挡在了江北，不然祸及东南，大清国真正要体无完肤了。”余联沅赞道。
“袁慰廷也没辙了，接到朝廷的上谕也急得团团转。”盛宣怀把袁世凯的电报递给余联沅，“不奉诏便是抗旨。抗旨是什么罪？谁担得起来！”
“奉诏便是害国。你既然赞我一声铁面御史，所谓铁面，不惧权贵、不怕恶人是铁面，关键时候能豁得出顶戴和身家，为国为民鼓与呼也是铁面。杏荪足智多谋，必已有良策，不妨明言。”
“晋珊有此胆识，话就好说了。现在的局势，幸而上海没有乱。但只保上海没有用，上海是百货云集的大码头，而这些货是由整个长江两岸源源运来。所以，要保，就要保住长江两岸，保住整个东南。”盛宣怀娓娓道来。
“这话对头。如果能够有良策保住东南，那就为大清保住了半壁江山，更为大清保住了命脉。”余联沅赞同。
“现在的危险有两个。”盛宣怀伸出两个手指，“第一不必说，是拳匪殃及江南的风险；第二，则是洋人乘机搅乱江南的风险。长江是英国人的利薮所在，他们已经向两江刘砚帅和湖广张香帅提出，要派兵舰进入长江护商。如果任由他们的兵舰进入长江，恐怕会得陇望蜀，埋下无穷巨患。所以我有个想法，与洋人来个互保，我们保证不让拳匪闹到东南，保证中外商人身家性命安全；洋人也保证，除上海外，不派一舰一船一兵一卒入长江。这样中外两不相扰，必能确保东南稳定。”
“好极了！如果东南互保能够办成，真是举国之幸！”余联沅兴奋道。
“不见得。”盛宣怀摇头道，“袁慰廷在山东严禁拳匪，骂他奸人、洋奴的大有人在，听说还有人在他巡抚衙门前画了一只舔洋人屁股的乌龟。我们要是搞东南互保，必有人骂我们是卖国贼。被骂也是轻的，万一将来那些纵容拳匪的人当政，恐怕要拿你我项上人头！晋珊，这可不是闹着玩的，一家老小的性命都挂到裤腰带上了。”
“我不入地狱谁入地狱？”余联沅一副豁出去的神气，“我已将身家性命置之度外。”
“好！要办成这件大事，一方面要说服东南督抚们支持，严禁拳匪等一切匪类，保持地方治安；另一方面则要说服洋人，让他们不要火上浇油，不要派兵进腹地。与督抚们沟通的事，我来办；与洋人沟通的事情就拜托你这海关道了。办理外交是你海关道的职责，也是晋珊所长。”
“好，与洋人谈前，咱们先要商量个条目。”
到了第二天，盛宣怀再给李鸿章、刘坤一、张之洞发电报：
今为疆臣计，如各省集义和团御侮，必同归于尽。欲全东南以保宗社，东南诸大帅须以权宜应之，以定各国之心。仍不背各督抚联络一气以保疆土之旨。
上谕的要求是集义和团御侮，而东南互保的办法则是剿义和团以结好列强，所谓仍不背旨不过是掩耳盗铃。虽然违旨，却是保疆土的办法，从保疆土的角度来说，不违旨也不是没有道理。短短数十字，却别有玄机，盛宣怀不愧是刀笔吏出身。
盛宣怀的倡议很快得到响应，鄂督张之洞首先回电，“敝处意见相同，愿列敝衔以上奏朝廷，敢恳杏翁帮同与议，指授沪道，必更妥速。长江一带只有会匪，并无可恃义民。”江督刘坤一复电说，“欲保东南疆土，留为大局转机，非照杏翁办法不可。”而粤督李鸿章的回电更妙，“此矫诏，粤断不奉。”既然是矫诏，必不是出自两宫，而是出自拳党；既然是矫诏，不奉诏也就谈不到罪不罪。盛宣怀不由得感叹，姜还是老的辣！
上海道余联沅经过数次协商，与洋人达成了《东南互保章程》，主要内容包括：上海租界归各国共同保护，长江及苏杭内地均归各督抚保护；各口岸已有的外国兵轮照常停泊，但士兵水手均不可登岸，如不待中国督抚商允派兵轮驶入长江等处，以致百姓怀疑，毁坏洋商教士的人命产业，事后中国不认赔偿；吴淞及长江各炮台，各国兵轮不可近台停泊，不可在炮台附近地方练操，彼此免致误犯；内地如有各国洋教士及游历洋人，遇偏僻未经设防地方，切勿冒险前往。
盛宣怀不满足于仅互保长江流域，而是扩大互保的范围，达到“保东南，挽全局”的目的。他将李鸿章、刘坤一、张之洞已联络一气、力保东南的消息先后电告闽浙总督许应骙、浙江巡抚刘树棠、四川总督奎俊，他们都表示愿意附衔画押，互相保护。山东位置独特，在阻挡义和团向南发展上发挥着重要作用，盛宣怀单独给袁世凯发电，邀请他参与互保。
袁世凯收到盛宣怀的电报时，正与胡景贵密议山东藩、臬的人事变动。
载漪、刚毅等人见动不了袁世凯，就改为剪其羽翼的办法。山东布政使张人骏、按察使胡景贵，已成袁世凯的得力助手，因此皆被调任。张人骏已经先后任过广西、广东、山东三省布政使，论资历、论能力都该往前升一升，因此可算因祸得福，出任漕运总督，由从二品升正二品。新任命的山东布政使是湖南按察使胡廷干，他对洋人向来强硬，很对载漪、刚毅的胃口。胡景贵则被调往湖南，接胡廷干的按察使。
“你是布政使的大才，怎么能再任按察使？朝廷用人真是莫名其妙！”袁世凯大发牢骚，“月舫，我知道有些时候你看不惯我，可我对你的才能和人品十分感佩，很希望你能在山东再帮我一把。我就问你一句话，你还愿不愿帮我袁某人。”
山东布政使出缺，本来是胡景贵递补升职的一个好机会，没想到朝廷把他平调到湖南，因此情绪十分低落：“我当然愿意与袁大人共事，无奈德才不济，如之奈何？”
“你只要愿留在山东，我就有办法给你腾挪。”
袁世凯的意思是让胡景贵署理山东布政使。理由是山东当要冲之地，又值多事之秋，佐治需人，布政使升调，按察使再调走，藩臬两司同时易生手于地方行政极不利。再说胡廷干从湖南到山东尚需时日，因此应当留胡景贵署理藩台。按察使一职，则请胡景贵推荐人选署理。署理布政使，虽然将来难免要把位子让出来，但署理期间大有可为，安插私人，腾挪平衡，其中机巧颇多，好处当然也不少；胡景贵是正人君子，不屑于谋利，但署理布政使也算是仕途上的一个重要资历，因此乐于接受袁世凯的建议。
“好了，你安心署理藩司，随后我就奏请，若无意外，必定获准。”袁世凯把盛宣怀的电报递给胡景贵，“现在有件大事与你商议。”
“东南半壁尽行互保，可见拳党不得人心。”胡景贵看完电报后问，“那你的意思怎样，是站在南边与他们亦步亦趋，还是站在北边支持义和团勤王？”
“我两边都站。江南十余督抚愿列衔名，可见人心思定，而且这也是保国护民的切实之策，当然赞成。”
胡景贵建议道：“此中风险极大。我建议咱们可仿效他们的办法，在山东与洋人推行互保，却不必在电报上列衔。”
与十余督抚列衔上奏，尤其是与李鸿章、刘坤一、张之洞这样举足轻重的疆臣站到一起，袁世凯认为是一个难得的扬名机会。但胡景贵的建议也有道理，行互保之实，而不急于向朝廷亮明自己的态度，便道：“好，我要给上海的英国领事发封电报，表示山东将与东南诸省一样中外互保，维持和平。同时再让唐少川、午楼与各国驻烟台、胶澳、威海的领事联络，签订互保协议。”
胡景贵又建议：“形势紧迫，瞬息万变，最好把洋人都送到烟台或威海或胶澳，避免有洋人伤亡，把洋兵引到山东来。”
“中，这样最保险。让各州县务必在三天内将洋人护送到通商口岸，鲁北、鲁西的可集中到济南，再乘轮船到烟台。其他地方，只能走陆路了。”
胡景贵有些疑惑道：“最近境内义和团受京津影响，又有复燃的苗头，朝廷又有这样的旨意，你说两边都站，我不明白你是如何打算？”
袁世凯诡异地一笑道：“朝廷的上谕再好不过，我得好好利用。上谕中说，让各省召集成团，以御外侮。那好啊，现在外侮在哪？在京津！京津官军正与洋兵大战，如果是义和团，那就到京津前线去；如果国难当头，却不肯到前线效命，必是假团，必是土匪冒充，本抚必当痛剿！”
胡景贵不得不佩服，袁世凯随机应变的能力实在无人可比，他这是要借上谕的名义痛剿义和团，便提醒道：“大人不能一味用剿，人皆有父母子女，或为人子女，脑袋掉了可就再也长不出来了。”
袁世凯对胡景贵的提醒不以为然：“我不剿义和团，我只剿不去御侮的假团。”
两天后，袁世凯下令给全省司道府县和驻军：
本部院风闻直隶保定、河间一带，有义和团聚会，多各自称能避枪炮，可御强敌。现在天津、津沽等处洋兵麇集，侵扰甚急。该拳民等应克日前往，奋勇助战，以践前言，决不致窜回山东省。倘若有畏葸不前，托词观望，分散流窜山东沿边一带，必是土匪冒充义和拳会之名，希图结党滋事，乘机抢掠。此辈为乱民，并非义民，应即刻查拿首领，严加惩办，以靖地方而安良民。须知拳民、土匪本有区别。迅往天津前敌助战者，即是拳民义士；回窜内地滋扰者，即是土匪。盖当时局艰危，果然是义民，必有赴汤蹈火而唯恐落后者，怎肯扰害地方？其到处扰害地方，必是土匪无疑。万不能因其冒充拳民，遂从宽典。
袁世凯如今是按“召集成团，借御外侮”的上谕行事，所以只要有人打出义和团的旗号，一概强令到京津去与洋人作战“御侮”，如果不肯奉命，则毫不客气当土匪剿。因此不出十天，山东义和团基本偃旗息鼓。
这天，有位号称来自端王府的大师兄手持王命令箭非见袁世凯不可。袁世凯让胡景贵先去接见，摸清他的底细。一会儿胡景贵回来了，禀道：“端王派他持王命令箭前来，要在山东设坛。”
袁世凯一口回绝：“那不行，他要一设坛，义和拳非死灰复燃不可。”
“如今端王是统率义和团王大臣，不让他设坛，怕是有违王命，端王行事霸道得很，得罪了他对你的前程……”
袁世凯当然很看重自己的前程，他口中“嗯嗯”应着，想了一会儿道：“有了，我不妨学一下李中堂。”
怎么学李中堂，他没说，只让人安排“升大堂”。
巡抚大堂很少用，只有众僚属“堂参”或遇有大案堂审时才“升大堂”。袁世凯升大堂不用衙役，而是用武卫军，洋枪加水火棍，十分别致。但这吓不住大师兄，他怀捧王命令箭，大模大样站在堂上道：“请大人接统率义和团王大臣端王令箭。”
“且慢，我要验下令箭真伪。”令箭呈上来，袁世凯把玩良久才说，“令箭果然不假。”
“大人接王命，端王口谕……”大师兄如释重负。
袁世凯摆手问道：“且慢且慢，你有王爷手令？”
“没有。令箭在此，何须手令？”
“可有兵部行文？”
“没有，王爷委派，何须兵部行文？”
“那么有军机处的札子也行。”
“也没有。”
闻言，袁世凯一拍桌子道：“好大的胆子，竟然偷窃王爷令箭招摇撞骗，推出辕门立即斩首。”
武卫右军天天练操，难得有杀人机会，袁世凯一声令下，早有六七个人拥上来，任大师兄跳脚大骂，不管三七二十一推到辕门外当街枪毙。
袁世凯当堂写了一封信，说有人偷了王府令箭到山东招摇，已被当众正法，令箭璧还，然后派武巡捕老吕亲自送到京城。
胡景贵大悟道：“大人这分明是学丁宫保。”当年慈禧派宠监安德海到江南，在山东被丁宝桢当众斩首，借口就是没有内务府的“勘合”，是私自出京。
“甭管学谁，反正不能让他们在山东设坛。”
袁世凯又把武卫右军派出大部到直鲁边界，严令义和团不得进入山东境内。再加上他把洋人全部护送到了烟台、威海等地，因此没有再发生一起洋人被伤的事件。无论是德国人还是英国人、美国人，都对袁世凯赞不绝口，认为他在山东施行了卓有成效的管理，是真心维持和平的封疆大吏。
袁世凯在封疆大吏中，也成为万众瞩目的人物，因为山东的地位陡然提高了。京津电报线已经完全被割断，朝廷下发上谕，必须驿递到济南，再由济南转电各省；而疆臣有所奏陈、驻外使臣有所奏报，必得发电至济南，再由袁世凯派驿卒驰递京师。因此山东几乎成了另一个行政枢纽，他也因之与各督抚建立起特殊关系。
7月14日（六月十八日），他与两广总督李鸿章、两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、闽浙总督许应骙、四川总督奎俊、署两广总督善联、大理寺少卿盛宣怀、浙江巡抚刘树堂、安徽巡抚王之春、护理陕西巡抚端方联名上奏《时局危迫谨合词敬陈四事折》，一是请明降谕旨，饬各省将军督抚仍照约保护各省洋商、教士；二是请明降谕旨，德国公使被杀，切实惋惜，并致国书与德主，以便别国排解；三是请明降谕旨，饬顺天府、直隶总督查明，除因战事外，此次匪乱被害之洋人、教士等所有损失人命、物产开具清单，请旨抚恤，以示朝廷不肯延及无辜之恩义；四是请明降谕旨，饬直隶境内督抚、统兵大员，如有乱匪、乱兵，实系扰害良民，焚杀劫掠，饬其相机力办。
这四条要求完全否定了朝廷的宣战上谕，全国督抚二十人，如今有十二人联名列衔，这在大清历史上绝无仅有。第二天，他们又联名上折，请保护使馆，并请宋庆派兵保护各国公使到天津；五天后，又再次联名上奏，还是要求保护使馆和在华洋人。慈禧看到十二督抚的联名陈奏，其震惊、悲凉和愤怒可想而知，但又无可奈何。其实她已经有些后悔，所以在攻打使馆的同时，又密令荣禄给使馆送瓜果蔬菜，留一线谋和的希望。但此时，谋和已经不可能。
自从宣战后，董福祥的武卫后军和荣禄的武卫中军就开始抢劫，因为二毛子、洋教堂和百货店已经被抢光了，所以他们专抢官员和富户，京城完全失控。天津的洋人军队不断增加，聂士成率武卫前军与洋人血战，而义和团却乘此机会劫持了他的家人；他忧愤交加，身穿甲午战争中御赐的黄马褂，策马到前敌督战，结果被洋炮炸死在天津城南门外的八里台。聂士成一死，官军士气大挫，天津城被联军攻破。联军与教民**掳掠，大肆报复。宋庆、马玉昆的武卫左军及直隶总督裕禄所部退到城郊的北仓。联军兵力再次得到补充，总数达到四万余人，留一半防守天津，另派一万八千余人一路北上，连克北仓、杨村、河西务，官军及义和团一溃再溃。直隶总督裕禄自杀，帮办直隶军务、奉命统率义和团作战的钦差大臣李秉衡退守通州后自杀。
朝廷屡次急催袁世凯派军增援，但他不想拿鸡蛋碰石头，尤其是他的武卫右军是他的**，更不能派出去送死。后来实在推脱不过，他派武卫右军先锋队夏辛酉率三千人赴援，但走走停停，天津失陷后才赶到沧州；朝廷再令夏辛酉部与马玉昆会合，袁世凯以找不到马玉昆搪塞；直到联军逼近京城夏辛酉才向荣禄报到，与联军接触打了一仗，就随荣禄退到了保定。这支援军从济南赶到北京用了一个多月的时间，显然是有意拖延。不然，夏辛酉胆子再大，也不敢如此贻误军机。
8月13日，联军开始进攻京城，此时防守京城的还有武卫中军大部、八旗驻防营、载漪统率的神机营、载澜统率的虎神营以及直隶练军，总数不下十万，而会神功的“义民”则不下二三十万，但他们却抵挡不住联军进攻。15日，联军攻入内城，无论官军还是义和团都闻风而溃，来不及出城的义和团遭到了联军疯狂的报复，仅在庄王府一处就有一千七百余团民被杀戮。联军大掠三日，当时上自联军将军、下至普通士兵、公使及传教士，还有随联军进城的教民都参与了抢劫和屠杀。日军从户部抢去白银三百万两，并纵火毁灭罪证。各衙门所存库款、财物都被劫掠一空。
在联军进攻京城的次日早晨，慈禧携光绪、大阿哥以及载漪、载澜等亲贵大臣换上百姓衣服，出宫经西直门逃往昌平，开始了“西狩”。因为实在太匆忙，既没带银两，更没有换洗衣服，而且百姓已经逃光，要找一口吃的也很难，平时御膳上百个菜的慈禧也只能喝凉水、啃生玉米。一直到了怀来，才遇到第一位前来接驾的官员——曾入李鸿章幕府的曾国藩孙女婿、怀来知县吴永。吴永千方百计准备的食物被溃兵抢光，只勉强护住了一锅小米粥。慈禧等人用高粱秆做筷子，顾不得体面，狼吞虎咽得以饱餐。吴永又将自己家眷的衣服献给太后及跟随的妃嫔，慈禧才得以换下已经馊臭难闻的衣服。
袁世凯得到两宫西行的消息已经是数天后。向山西打听消息最方便，但山西巡抚毓贤支持义和团，电报线全部破坏。他只能舍近求远，发电报给陕西巡抚端方，得到消息说两宫已经进入山西境内，三两天预计可到太原。袁世凯料到两宫路上一定十分狼狈，立即下令从布政使、盐运使等各衙门库中凑集现银十万两，并截存安徽、江苏解京饷银十六万两，一并派人送往山西。另外时近中秋，山东的例行贡品包括香橼、佛手、恩面、凤尾菜及羊皮等，每年于八月初送进京中。但因为战争原因，派出的专差又折回德州。香橼、佛手等如果再送到山西，必定全部烂掉。袁世凯考虑到天气很快转寒，山、陕地方穷困，设法采购了绸缎一百六十匹，派专差解送到行在。他把胡景贵叫到签押房道：“月舫，有一个差使辛苦异常，不知你是否愿意走一趟？”
胡景贵问：“什么差使，大人吩咐就是。”
“哪谈得到吩咐，是送银物去行在的差使。解银和送贡礼都已有专差，但我对他们不放心，总得把咱们的一番心意表达清楚。另一个原因，则是让你能够见到两宫，将来有机会我上荐折，也好铺陈一笔。”
这趟差使辛苦不说，还有性命之虞，因为路上一则有义和团，二则有联军士兵，押解银钱贡物最容易“劫纲”。但正如袁世凯所说，这是一个讨好太后的难得机会，胡景贵不能不领情：“大人如此用心，我没有推托的理由。我收拾一下，大人说什么时候起程？”
“当然是越快越好。最好赶在其他省份的前头，将来各省银物陆续解到，就不稀罕了。”
袁世凯着人起草了两份奏折，奏明派员贲饷及进贡绸缎的情况，以六百里加急送往行在，而胡景贵则随后出发，一路西去。随后袁世凯又续拨藩库银四万两，东海关京粮银三万两，粮道库边粮银三万两，共计十万，再次派员解往行在；同时又采购时鲜果品四十桶，一并解往。山东的饷银和贡品可称得上是雪中送炭，慈禧十分感动，接见胡景贵时道：“这一路上吃的苦，可真是没法说。如今各省的饷银都没有到，山东的首先送来，真是救了急，尤其是绸缎更是得用。听说他还赶办了一批水果，正在路上，难得他如此用心。”
胡景贵回奏道：“山东抚臣袁世凯，每念及两宫蒙难，夙夜难眠，虑及行在万众扈从，度支浩繁，因此派臣专差解送以救急。袁世凯对臣说，国难时期，不比寻常，不能拘于常年山东协饷多少，应当设法筹款，源源接济。”
慈禧连连点头，就是恨透了袁世凯的光绪也不能不受感动。
慈禧记性极好，问道：“胡景贵，当年你好像参过袁世凯，看样子你们两个处得好像还不错。”
胡景贵闻言尴尬了一下便回道：“臣公私分明，袁世凯也是深明大义之臣，臣与袁世凯有时候会争得面红耳赤，但并不影响公事公办。”
慈禧赞许道：“这就好。你回去告诉袁世凯，山东的防务十分重要，让他严密布置，力顾全局为要，尤其不要让德国人得了空子。皇上已经下旨，此次案起，实由义和团肇祸，非痛剿不可。山东一直严禁拳乱，功不可没，告诉袁世凯，若有京津拳匪溃入山东，或者山东再有义和团复起，绝不姑息。李鸿章已经奉旨进京议和，不久当有结果，此时尤不准拳匪再生事端，有碍和议。”
袁世凯已接到痛剿义和团的上谕，山东的形势的确不容乐观。原来，联军占领北京后，以追剿义和团为名四处派兵烧杀抢掠，但一到山东边界便不再进兵，因为联军元帅瓦德西有令，山东保护洋人，为了表示对袁世凯的尊重，不许联军踏进半步。山东边界百姓纷纷在墙上用白石灰写上“山东界”以求平安，直隶的一些村庄也纷纷效法，以至于所谓山东界深入直隶数十里。山东的百姓也大都改变了对袁世凯的评价，认为幸亏袁巡抚头脑清楚。
这样一来，山东就成了义和团逃生的好地方，边界上扎红头巾的义和团络绎不绝，境内又有多处呼应，揭竿而起，打出义和团的旗号。袁世凯发布了新的《严拿拳匪暂行章程》，布告说义和团是拳匪，是祸根，如不解散，格杀勿论，除恶务尽。他派武卫右军的张勋、曹锟、倪嗣冲、雷震春等人率军到各州县兜剿。炮队管带雷震春驻扎在齐东，这里有一个七百多户的大村庄，大都参加了义和团，筑有坚固的堡寨，还备有快枪，官军无可奈何。雷震春专程跑到济南请示袁世凯，袁世凯对他大声道：“办大事不可有顾忌心，假如一再姑容，何日才能肃清？你带队前往，如果拒不解散，再敢抗拒，你立即开炮轰洗，造孽归袁某一人，有什么责任由我担着。”
雷震春回到齐东驻地，派人前往劝说无果，他果真下令开炮，发射了一百余发炮弹，把偌大的村子夷为平地。消息传出，各地义和团深受震动，纷纷解散。到初冬的时候，山东复又平静下来。
随着义和团被朝廷明令剿除，当初支持义和团的官员开始受到清算。封疆大吏中山西巡抚毓贤在山西放任义和团，杀教民、毁电线，首先被革职。慈禧首先想到的是署山东布政使胡景贵，希望他能把袁世凯在山东的举措带到山西，尽快恢复秩序，因此下旨胡景贵署理山西巡抚，即刻赴任。但在赴任途中，胡景贵得到儿子因袒护义和团被联军杀害的消息，他万念俱灰，投井自尽。朝廷于是改派湖南布政使、蒙古镶蓝旗人锡良巡抚山西。
此时北方已经很冷，而京中相当多的官员因为被再三洗劫，连一件像样的衣服也没有。山东籍的京官纷纷向袁世凯求助。袁世凯把幕僚们召集起来说明道：“京中的情形糟得很，先是拳匪杀教民，联军入城后，教民又助纣为虐，报复百姓。官员也不例外，先是被官军洗劫，然后又遭联军劫掠，好多人家已经是家徒四壁。井中全是死尸，井水不能饮用，又缺衣少粮，真是食不果腹，衣不蔽体。山东籍的官员咱们责无旁贷，皇亲贵胄也急需接济，他们是养尊处优惯了，想来真是可怜。”
袁世凯的办法是，各州县捐粮捐米捐冬衣，他又将武卫右军库存的棉军服留少部分备用外，全数拨解入京，交由与洋人谈判的李鸿章与庆亲王奕劻分发亲贵宗室。李鸿章大发感慨道：“此次巨祸，幽蓟云扰，唯齐鲁风澄，皆袁世凯之功。如今天下二十余督抚，唯有山东率先救济京师，素顾大局，可见一斑。”李鸿章又与奕劻致电各省，效法山东，接济各省在京官员。袁世凯此举大获好评，平日那些对他不以为然的人也佩服得五体投地。
李鸿章与洋人的谈判并不顺利，因为各国要求惩办祸首，而慈禧则一方面希望自己不列入祸首名单，另一方面又希望亲贵大臣能够保住命。但洋人不肯让步，最后结果是慈禧免于列入祸首，新年一过，庄亲王载勋赐自尽于蒲州；流放新疆的毓贤正法于兰州途中；英年、赵舒翘自尽；启秀、徐承煜（大学士徐桐之子）被杀，刚毅于数月前病死于途中，但仍然判赐死；载漪、溥儁由于身份特殊，总算保住性命，但一年后仍被判流新疆。除此以外，各省凡是袒护义和团的官员，不少人被革职、查办。
慈禧痛定思痛，不得不对近年来的作为作一番检讨。自己信任的守旧大臣眼界闭塞、盲目自大，连刀枪不入的可笑伎俩竟然也奉为救国良策，以致杀人放火抢劫皆以爱国的名义大行其道。夜郎自大、故步自封那一套走不通！如今列国都呼吁大清革故鼎新，她也不得不走到维新变革的路子上来。
年底前，她以光绪的名义下诏宣布改弦更法，“世有万古不易之常经，无一成不变之治法，不妨如琴瑟之改弦。”“深念近数十年积习相仍，因循粉饰，以致成此大衅。现正议和，一切政事，尤须切实整顿，以期渐图富强。懿训以为取外国之长，乃可补中国之短；惩前事之失，乃可作后事之师。”“著军机大臣、大学士、六部、九卿、出使各国大臣、各省督抚、各就现在情形，参酌中西政要，举凡朝章国故、吏治民生、学校科举、军政财政、当因当革、当省当并，或取诸人，或求诸己，如何而国势始兴，如何而人才始出，如何而度支始裕，如何而武备始修，各举所知，各抒所见，通限两个月，详悉条议以闻。”
慈禧当然不会像光绪那样妄想三两年大清就富强自立于列国之间。年后，成立督办政务处，总揽一切新政事宜。这个督办政务处不仅有朝廷重臣庆亲王奕劻、大学士荣禄、王文韶、昆冈、户部尚书鹿传霖，也有封疆经验丰富的李鸿章、刘坤一、张之洞。
朝廷改弦更法，袁世凯十分支持。当年他告密，其实并不是反对变法，而是反对康梁式的变法。何况如今他已经跨入疆吏的行列，当然要展示自己参与朝廷大政的能力。他是个极善把握时机的人，与幕僚们三番五次讨论，总结了戊戌变法及近年来的教训，于光绪二十七年三月初七（公元1901年4月25日）上《遵旨敬抒管见上备甄择折》。奏折首先谈办理新政的一个基本原则，那就是不能急于求成，“现或苦于人才之不敷，或绌于财力之不足，而又有浮议挠之，锢习蔽之，虽有良法美意，未易一概施行。臣权衡轻重缓急，通盘筹划，其骤难兴举者，贵乎循序渐进，不可操切以图；其亟须变更者，又贵乎明断力行，不为庞言所动。核其要在于熟审治法，能慎始乃能图终”。
袁世凯提了十条建议，一是“慎号令”。这其实是针对光绪变法时一天连颁数道上谕的教训而言，他认为，号令者，国之大权，“必精审详度，计天下实可遵行者，而后毅然出之，决无反讦，期在必为，始可风动四方，日臻上理。倘不慎之于始，或发一号而窒碍多端，势将半途中辍。或施一令而流弊丛出，又将易辙而行”。二是“教官吏”。他建议在京师设立课官院，精选官员入院学习，课以本国史学、掌故、政治、律例以及各国约章公法、西政西史。各行省也要设立课吏馆，令候补人员入馆学习吏治、时务、交涉等项。对入学者严加考核，量才使用。三是“崇实学”。“百年之计，莫如树人。古今立国，得人则昌。作养人才，实为图治根本。查五洲各国，其富强最著者，学校必广，人才必多。中国情见势绌，亟思变计，兴学储材，洵刻不容缓矣。拟请饬将京师本有之大学堂认真整顿，竭力扩充。并饬下各行省厚筹经费，多设学堂，或仿照各国学校章程，区分等次，依次推广。务使僻壤穷乡，皆有庠序。”接下来又建议“增实科”，即改革科举制度，拿出百分之二十的名额，专设实学一科，让那些精通外语、善于办洋务的人获得正途出身；五是“开民智”，建议各省一律官办报纸，发行至穷乡僻壤，用以启发民智，耳目日新，既可利益民生，并可消弭教案；六是“重游历”，建议“简派王公，分赴外洋各国，慎选留心时务之京朝官随从游历，考究各国政治、学术、风土、人情，既资以广见闻，亦借以观敌势，濡染既久，智慧日生”。同时鼓励各衙门人员到外洋游学；七是“定使例”，对外交人员加强培训和管理；八是“辨名实”，就是提高官员俸禄以养廉，同时加强厘税管理，以杜绝贪腐；九是“裕度支”，也就是广开财源，采矿产、造铁路、兴商务、通货币及一切生财之道，凡利国利民者，官方皆提倡保护。最后一条是“修武备”，虽然放在最后，但袁世凯用心颇多。他建议各省多设武备学堂，广储资材。并建议朝廷简派知兵大员，详定营制操法及选将募兵各条规，请旨颁发各省遵照办理，并分调各省军营弁目，遴派大员，督率训练。其实只要一用心，就知道袁世凯想借此进一步扩大他武卫军的影响力。因为如今能督率训练的，当然是他的武卫右军将官为佳！
讲完十条建议，袁世凯笔锋一转，谈他对大清未来的认识。自甲午以来，大清积贫积弱，变法失败了，义和团又溃败了，数万联军如入无人之境，横扫京津，创巨痛深，财绌力竭，朝野上下一片悲观。他认为朝野上下首先要振作精神，才谈得到希望，因此不吝笔墨，大谈对未来的信心，也算是给朝廷鼓劲，这也正是慈禧所喜欢的：
中国自甲午以来，积弱甚矣。复当大衅，创巨痛深，忧时之士，感虑不支，臣独以为未也。在昔越王勾践，困辱备尝，生聚十年，卒雪大耻。近世普法之战，法几不国，经营未久，复抗群雄。日本一岛国耳，幅员不及我之三省，明治维新遂成望国。况我中国土地之广，人民之众，物产之饶为万国所不逮，果能切实整顿，力求富强，取人之长，补我所短，必能收事半功倍之效。伏愿我皇太后、皇上兢业一心，恢张百废，行之以渐，不责近功，持之以恒，不摇定见。斯治安之理已得，即强盛之效可期。
袁世凯的复奏递到行在，又在慈禧面前讨了个好彩头。原来，慈禧当年不惜发动政变，反对变法，如今偏居一隅，发这样一个上谕，到底是真心还是应付列强？封疆大吏摸不准太后的真实心思，都不敢贸然复奏。眼看已经两月又十天，却没有出现热议新政的局面，实在令慈禧有些尴尬，所以袁世凯的复奏，可谓正当其时。
袁世凯不仅第一个率先复奏，他还决定山东要在新政上先行一步。应当举办的新政颇多，但他认为最急需而又易见成效的就是兴办学堂。他召集幕僚们商议，唐绍仪已经出任山东洋务局总办，他及手下的几个会办是必不可缺的人。其中有一个叫周学熙，是周馥的四儿子。他十六岁即考上秀才，但后来参加顺天府乡试时卷进了一场科举舞弊案。朝廷彻查，核对考卷，最后查实了三人，周学熙有惊无险，但由此对官场生畏。后来捐了个直隶候补道，三年前出任了开平煤矿的会办。能得此优差，除了他本人能干外，主要是与主政开平煤矿的张翼有姻亲关系——周学熙的七弟娶了张翼的女儿作为继室。如今京津义和团闹得鸡犬不宁，周学熙随唐绍仪一起投奔袁世凯，被安排到洋务局。他对外国的教育颇有了解，对举办新式教育也多有所献议。
外国教育的惯例是小学升中学，中学升大学。袁世凯与众人连番商讨，大约有了个设想。他的计划是小学由州县办，中学由府里办，而大学则在省城先办一所。但如果等州府的中学办出眉目，学生再升入大学，则势必要等上若干年，袁世凯如何等得及？所以他主张在济南办一所从小学到大学一贯制的学校。学生大致设四级，第一级为蒙养学堂，挑选七岁至十四岁的幼童入学，学习八年，专读经史，并授以简易的天文、地舆、算术知识。毕业后选入第二级“备斋”，除温习经史外，再学习浅近政治，大约相当于州县的小学。备斋毕业后入第三级“正斋”，学时四年，分科为中国经学、中外史学、中外政治学、商学、工学、矿学、农学、测绘学、医学等十门，大约相当于各府的中学。正斋毕业后升入第四级“专斋”，相当于国外的大学，学习二至四年，所学内容将来慢慢规划。至于经费，暂定六万两，将来山东财赋宽裕，随时补充。
袁世凯让唐绍仪推荐举办山东大学堂的人员，唐绍仪笑道：“远在天边，近在眼前。”他所推荐的正是周学熙，袁世凯也有此意。其他人员则由周学熙筹划，洋教员的聘任则请唐绍仪的洋务局帮忙。具体到学制、管理等各项制度，概由周学熙负责。
袁世凯托付道：“缉之，俗话说‘十年树木，百年树人’。我把山东大学堂看得很重，你可不要把自己当个教书先生不以为意。重任在肩，山东新政全由你来开篇呢。”
周学熙回道：“大人放心好了，办新式学堂也是我的夙愿，定然全力以赴，不负所托。”
兴矿业、办金融、整财税，袁世凯还有好些计划想展开，但他的母亲刘氏却于节骨眼上去世了。袁世凯的生母刘氏和嗣母牛氏一直生活在乡下，去年嗣母去世后，他才将生母接到济南。但义和团闹得厉害，各种流言传入老太太耳中，老太太以为儿子杀伐太重，日日念阿弥陀佛，但心病难去，积郁成疾，又加冬天受了风寒，病情加重，四月二十九日于济南病逝。
袁世凯立即交代政务，上奏朝廷。山东官员都不愿袁世凯离开，司道官员和地方绅士纷纷上折或给在京主持和议的李鸿章写信，请求朝廷夺情。当时电报已经修复，袁世凯和官员的奏请很快便到了西安。慈禧见袁世凯在山东深得民心，感慨不已。此时和议商未签字，山东位置特殊，当然不能放袁世凯回籍。因此事隔一天，便下旨“夺情”：
袁世凯现丁降服忧，理应守制，唯山东伏莽尚多，交涉尤关紧要，袁世凯抚东以来，办理均臻妥协，正赖该抚通筹全局，以济时艰。著赏假百日，即在抚署穿孝，假满后改为署理，照常任事，用副委任。山东巡抚著胡廷干暂行护理，遇有要事，仍著商同袁世凯，妥为筹办。钦此。
袁世凯再奏请扶棺回籍营葬，朝廷还是不准，要他移孝作忠，待大局初定也就是和约签订后再回籍营葬。上谕评价袁世凯生母“教义有方”，又派官员代表太后赐祭。一个任职仅一年多的巡抚得如此殊荣，可见朝廷的倚重和赏识。而山东官员百姓对袁世凯的攀留，更可见他在山东民声颇佳。