尽管科学社会主义面临着前所未有的发展机遇，但也面临着极为严峻的挑战。
1.社会主义尽管出现了某些复苏现象，但总体上仍然处于低潮
20世纪80年代末90年代初，世界社会主义运动出现了严重曲折，实行社会主义制度的国家由15个国家缩小为5国，陆地面积由占全球陆地面积的24%缩小为占7%，共产党数量由180多个减少为现在的130多个，党员人数相应减少。现存的许多共产党人数在减少，有的甚至羞于谈论党员人数。苏联解体、东欧剧变之后，这些国家大都效仿民主社会主义实行以多党制为基础的议会民主制，以私有制为基础的社会市场经济，都转向了资本主义。共产党执政的社会主义国家的力量和影响明显减弱。可以说，以苏联解体、东欧剧变为标志，世界社会主义遭受了严重挫折，全球近95%的国家选择了非社会主义道路。国际金融危机的暴发打击了资本主义，但同样也重挫了社会主义。社会主义处于低潮阶段，客观上对社会主义理论研究形成了挑战。
2.日益严重的全球性问题对社会主义理论创新提出了新挑战
尽管我们现在还不能预测整个21世纪世界究竟会发生哪些变化，但就世纪之初的国际政治经济格局的新变化来看，在21世纪，“西强东弱”“北强南弱”“资强社弱”的格局暂时无法改变。当代资本主义的新发展、科技革命的新变化、经济全球化的新进程、政治格局的新变迁及世界文明的多样性的确会对社会主义的发展提出挑战。尤其需要指出的是，随着全球化的加速发展，人类之间普遍联系和相互依赖增强，人类社会的全球性问题也在日益增多。我们可以看到，这些问题的存在或多或少大都同资本主义有着密切联系，这些问题的根本解决也不能依赖于资本主义，而必须依赖于社会主义。而社会主义在应对这些挑战的过程中，必须进行实践基础上的理论创新、制度创新，为解决这些问题拿出社会主义的方案。
3.西方国家的“西化”“分化”图谋并未消除，对宣传社会主义形成一定的挑战
“冷战”结束后，世界范围内围绕发展模式和价值观的竞争日益尖锐，意识形态领域内渗透与反渗透的斗争尖锐复杂。在国际范围内，资本主义意识形态仍然处于强势地位，西方发达资本主义国家仍然利用其经济、军事、科技上的优势强化其价值观的主导地位，并向非西方国家广泛渗透。这种情况不利于社会主义思想的传播，也不利于社会主义运动的展开。
对于社会主义中国来说，改革开放以来，中国经济社会发展取得的显著成绩令世界赞叹，也令西方资本主义制度和西方价值观倍感冲击。西方一些敌对势力总是想方设法遏制我们，一直对我们实施“西化”“分化”，进行意识形态渗透，其渗透破坏活动组织越来越严密，方式越来越多样，企图搞垮中国共产党、瓦解社会主义制度、搞乱社会主义中国。国内也出现一些否定社会主义、否定共产党、否定改革开放、否定党的理论和路线方针政策的言论。如何做好新形势下中国特色社会主义理论宣传工作，用中国特色社会主义理论体系武装全党、教育人民，是科学社会主义理论创新面临的新课题。
4.社会主义理论研究的内容被碎片化
“冷战”后，国外学者正在突破以往的单一研究范式，对社会主义作整体性的研究。与此相对，中国学者对社会主义的研究领域却越来越窄，内容越来越碎片化。从20世纪80年代国内出版的几本《科学社会主义》教材来看，原来教材中的内容十分丰富，高原教授主编的《科学社会主义》分为21章，赵明义教授编写的《科学社会主义（增订本）》分为22章，到20世纪90年代，高放教授主编的《科学社会主义的理论与实践》只剩下了5章内容。[15]现在国内学者对社会主义的研究，重点转向了中国特色社会主义的研究，但忽略了社会主义基础理论的研究。为什么会出现如此大的区别，主要是因为从20世纪80年代开始，随着改革开放的深入，国内哲学社会科学学科建设逐步走上正轨，学科进一步分化，成立了许多新的学科。科学社会主义这个学科的许多研究内容被其他学科划走，或者成为其他学科建设的主要内容。如马克思主义国家学说、阶级理论、民主理论、专政理论被政治学学科划走；无产阶级政党理论、统一战线理论被中共党史、党建学科划走；社会主义时期的宗教问题，被宗教学学科划走；社会主义时期的民族问题被民族学学科划走；工人、农民、知识分子等阶级、阶层问题被社会学学科划走；社会主义时期的经济建设被经济学学科划走；无产阶级的国际主义、社会主义国家的对外关系和对外政策被国际政治、国际关系学学科划走。20世纪90年代以来，国内科学社会主义研究逐步转向中国特色社会主义的研究，但现在在马克思主义理论一级学科中，又增设了马克思主义中国化研究这一二级学科，专门研究中国化的马克思主义。这样一来，科学社会主义原理就只剩下了社会主义从空想到科学的发展、无产阶级革命、社会主义改造等内容，科学社会主义研究内容受到了相当程度的挤压。
5.科学社会主义的研究范畴正在逐步被替代
随着世情、国情和党情的新变化，科学社会主义研究的内容在遭受挤压的同时，科学社会主义的许多研究范畴被替代。如“剩余价值”被“利润”所取代，“两极分化”被“贫富收入差距”所取代，“阶级”被“阶层”所取代，“私有制”被“非公有制”所取代，“私营经济”被“民营经济”所取代，等等。还有一些概念被逐步放弃，如“专政”因其含有暴力色彩被许多马克思主义者所放弃，也被许多共产党放弃。在这些概念和范畴被逐步取代的同时，科学社会主义的一些基本原理也逐步淡出了学术研究的视野，如“暴力革命”这个被称为无产阶级革命一般规律的原理，因其显得不合时宜而从许多教科书中消失；“国际主义”这个在无产阶级革命时代具有广泛感召力的口号也因为世界范围内无产阶级的分化而淡出社会主义研究的领域。这一切表明，科学社会主义的进一步发展，除了规范自身的研究内容外，还需要从研究范畴和研究方法等角度寻求新的突破。
6.科学社会主义理论研究队伍被分化
马克思主义哲学、政治经济学、科学社会主义是新中国成立之后中国最早发展起来的学科。这些学科的建立以及相关理论的研究，对推进马克思主义时代化、中国化、大众化起到了十分重要的作用，也培养了大批马克思主义研究和社会主义研究的人才。改革开放以来，随着学科的分化，原来的科学社会主义研究队伍也发生了分化。有许多以前从事科学社会主义理论研究的专家、教授先后被调剂或充实到政治学、社会学、行政学、党史党建、民族学、宗教学等学科担任学科带头人，有部分教师也相继转了行。现在，虽然有很多人还在继续从事科学社会主义的研究，但绝大多数人并不在科学社会主义专业招生，全国高校的科学社会主义教研室越来越少，科学社会主义专业的硕士研究生和博士研究生毕业后因为找不到对口专业工作，也相应转入其他研究领域。这就在一定程度上造成了研究队伍的萎缩，影响了科学社会主义学科建设和人才培养。
7.科学社会主义研究的后续力量严重不足
在马克思主义的三个组成部分中，马克思主义哲学、政治经济学都有本科生或本科专业，形成了从本科生到博士生的完整培养序列，而且发展相对比较稳定。20世纪80年代，在我国普通高校中还有一些学校设有科学社会主义专业，培养本科生。后来，这些学校的本科生招生逐渐停了。比如，中国人民大学的科学社会主义系，先是改成国际政治系，后来又改成国际关系学院。山东大学原来设有科学社会主义专业，后来也一直在萎缩，现在还招少量学生。华中师范大学的科学社会主义研究所，原来以培养科学社会主义专业人才为重点，现在研究重心转移到政治学和农村问题的研究。原来一些师范院校的政教系还开设科学社会主义原理、国际共产主义运动课程，有些学生因为听此类课程走进科学社会主义的研究队伍中。但1985年高校思想政治理论课改革之后，本科生不再开设科学社会主义原理课，因而不再接受科学社会主义的教育。这样一来，科学社会主义专业难以招到本专业的研究生，研究生毕业后因为社会需求减少而转向其他研究领域，从而造成科学社会主义专业的后续力量严重不足。