马端临在《文献通考》中所反映出来的历史思想，是一种进步的历史观。这主要表现在马端临对历史的认识既包含着朴素的唯物因素和辩证因素，也包含着进化的观点。在这些方面，他继承了前辈史学家、思想家的优秀遗产，同时也在不少地方反映了自己提出来的新的思想表述形式。人们对于《文献通考》这部巨著，犹如对于《通典》这部巨著一样，较多的是把它作为文献资料使用，而很少对它的思想资料进行清理、总结。这种情况是有待改变的。马端临十分重视历史上的社会经济活动，发展了《通典》“食货为之首”的唯物思想。他不仅仍以食货居于《文献通考》之首，而且对于“食货”所包含的一些主要部门之相对独立和相互关系提出了更明确的认识。正如上文表中所示，《通典·食货典》所述内容在《文献通考》里已分为八个相互联系的独立部门，这首先是中国封建社会经过两宋时期，社会经济的发展在国家经济制度上有了更明确、更细致的规定的反映，同时也是在考察前代史家在这个问题上分门立目的得失而提出来的。马端临以田制与赋税合为田赋，以土贡从赋税中析出而自成一考，都有别于《通典》，这说明他对于“食货”这一领域思考之深。他的许多认识，是基于“生民所望，曰衣与食”的唯物观点提出来的。
马端临的唯物观点，反映在他对异常的社会现象和自然现象的解释方面，也是很突出的。他在列举前人关于妖祥的说法后，以事实反驳说：“妖祥之说，固未易言也。”譬如，人们通常认为“治世”则凤凰见，故有虞之时，有来仪之祥；然汉桓帝元嘉之初、汉灵帝光和之际，凤凰亦屡见，而桓、灵并非“治世”之时。人们通常认为“诛杀过当，其应为恒寒”，故秦始皇时有四月雨雪之异；然汉文帝四年也出现六月雨雪，而汉文帝并非“**刑之主”。他如斩蛇、夜哭，在秦则为妖，在汉则为祥；僵树、虫文，在汉昭帝则为妖，在汉宣帝则为祥，等等。于是，马端临认为：“前史于此不得其说，于是穿凿附会，强求证应而罙有所不通。窃尝以为，物之反常者，异也……妖祥不同，然皆反常而罕见者，均谓之异，可也。故今取历代史五行志所书，并旁搜诸史本纪及传记中所载祥瑞，随其朋类，附入各门，不曰妖，不曰祥，而总名之曰‘物异。’”[6]《文献通考·物异考》就是按这个思想编纂的。用“反常”“罕见”谓之“异”来代替唯心主义的妖祥说，继承了古代史学里的唯物思想传统，并提出了具有独到见解的表述形式，从而进一步揭去了笼罩在社会历史上的神秘外衣，这是马端临唯物思想中很可贵的地方。
马端临的历史思想中也包含着辩证的因素。他论国用与政治统治的关系时，引用了贾山《至言》中讲到周秦财之多寡与祚之延促的历史经验教训，结论是“国之废兴，非财也。财少而国延，财多而国促，其效可睹矣”。马端临进而分析说，两汉以下财赋所得，一归“国家之帑藏”，一归“人主之私蓄”，关键在于处理好这里的“公”“私”关系：“恭俭贤主，常用内帑以济军国之用，故民裕而其祚昌；**侈僻王，至糜外府以供耳目之娱，故财匮而其民怨。此又历代制国用者龟鉴也。”马端临一方面认为贾山所论是有道理的，一方面还是主张增长财富而推崇“恭俭贤主”。“民裕而其祚昌”，这其中包含着朴素的辩证思想。
关于“封建”问题，马端临也是从“公”心出发来分析的，认为“必有公天下之心而后可以行封建”，而汉代以下“为人上者苟慕美名，而实无唐虞三代之公心；为诸侯者既获裂土，遽欲效春秋战国之余习，故不久而遂废”。此后，魏晋分封，也都没有达到“藩屏之助”的目的。马端临总结了两汉、魏晋、南朝的历史经验教训，指出：“封建之得失不可复议，而王绾、李斯、陆士衡、柳宗元所论之是非亦不可得而偏废。”他用“公心”来说明“封建”之可行，其见识显然远逊于柳宗元，但他认为两汉以下不可再行“封建”，并应全面考虑在“封建”问题上两种不同意见中合理的因素，这是从更深一层提出了如何处理皇权和地方关系的问题，其中也包含着辩证思想的因素。
马端临的历史进化思想，从上举各例中已大致可以看出一些。此外，他针对一些主张恢复“封建”和井田的议论，尖锐地批评说：对于秦制，“所袭既久，反古实难，欲复封建，是自割裂其土宇以启纷争；欲复井田，是强夺民之田亩以召怨讟。书生之论，所以不可行也”。他在讲到货币的质地和形式的变化时说：“夫珠玉、黄金，可贵之物也；铜虽无足贵，而适用之物也……至于以楮为币，则始以无用为用矣……然铜重而楮轻，鼓铸繁难而印造简易。今舍其重且难者，而用其轻且易者，而又下免犯铜之禁，上无搜铜之苛，亦一便也。”他认为这种变化的原因，是“古者俗朴而用简，故钱有余；后世俗侈而用糜，故钱不足。于是钱之直日轻，钱之数日多”。在这种发展趋势下，乃有飞券、钞引、交子、会子的出现，乃有以楮为币。这些认识，都是从承认历史的变化中看出了历史的进化。
《文献通考·自序》及诸多按语中所反映出来的马端临的历史思想是很丰富的，上面提到的是比较重要的几个方面。这足以说明，《文献通考》并非只是文献的简单排比，它是一部有明确的历史思想作指导而编纂起来的巨制。马端临在观察、阐述历史的方法论方面，给后人留下了不少值得总结的遗产。