进入21世纪后，尽管国家统筹下的全国性探索陷入了停滞状态，但综合高中的发展在一些省市仍然延续了下来，并走向了自主发展的道路（见表3.1）。
表3.1 部分省市自主出台的综合高中办学规章
从上述各地综合高中的相关政策文件和执行办法来看，目前我国各地教育行政部门对综合高中的办学理念、培育目标、课程设置、学籍管理、收费、教师队伍建设等方面的认识还存在一定差异，体现出各地根据自身教育发展状况做出的调整。
（一）办学理念
目前各地方对于综合高中理念的界定都集中在尊重学生特点、适应社会需求、促进个性教育与共性教育融合等基本原则上。例如，上海市就将综合高中的办学理念定为更好地适应上海经济建设和社会发展对人才规格需求的变化，充分满足社会日益增长的对多样化高质量教育的需求；浙江省则把综合高中界定为促进职业教育与学历教育相互兼容，为毕业生提供继续学习深造的机会的办学理念；湖南省将综合高中视为执行普通高中课程计划，为在工程技术、科技发明、设计制作等应用领域有兴趣和发展潜质的学生提供学习发展平台，为学生未来的专业选择和职业发展奠定基础；广西壮族自治区《关于开展综合高中试点工作的通知（2011）》则是促进普通高中文化基础知识与中等职业学校专业知识、专业技能的教育一体化，满足不同潜质学生的发展需要。
（二）培养目标
我国目前没有相关文件对综合高中的培养目标做明确的说明，各地方在试行中均按照自身的理解和需要对综合高中的培养目标进行了界定。例如，北京市教委2014年《关于在职业高中开展综合高中班试点的通知》提出，综合高中是高中阶段普通教育和职业教育互相渗透融合，为学生提供升学为主、就业为辅的一种教育模式，培养既有扎实的文化基础知识，又达到一定专业技能标准的综合性人才；上海市2001年《关于本市中等学校进行综合高中试点工作的意见》认为，综合高中的培养目标是培养与社会主义现代化建设相适应，德智体美等全面发展，具有普通高中文化基础知识和中等职业教育专业知识与专业技能，具有继续学习能力和一定就业能力的高素质毕业生；浙江省2001年《关于进一步完善和推广综合高中教育模式的意见》则将综合高中的培养目标定为为高等院校尤其是高等职业技术学院输送合格生源的同时，兼顾部分毕业生直接就业的需求，使所有毕业生均达到普通高中的文化水平，其中升高职和直接就业的毕业生兼有一技之长（即获取初级以上技术等级证书）；重庆市2012年《关于开展综合高中试点工作的通知》则认定目标是培养具有普通高中文化基础知识和中等职业专业知识与专业技能、具有继续学习能力和一定就业能力的高素质毕业生，为学生升入高等院校学习打下坚实的文化基础知识和职业基本技能基础，为社会培养较高文化水平的应用型人才。
（三）课程设置
综合高中的课程设置具有灵活性，各地在考虑自身教育状况的基础上制度了不同的课程体系。课程设计大致上可以分为两种。一种是分阶段授课，典型的是浙江省综合高中的课程设置，即第一学年开设与普通高中相同的文化课，并采用普通高中教材，第二学年开始实行文理分班教学，各增设一两门职业技术的专业基础课，第三学年开始按学生意愿再次分流，分别编成高职预备班、普通高校预备班和就业预备班，对应开设和加强与升学或就业相关的课程。另一种是不分阶段、统筹进行。例如，北京市综合高中的课程就是普通课程和专业课程同时进行，其中普通高中课程按教育部高中课程方案执行，专业课程由市教委根据通用技术课、综合实践活动确定课程内容。
（四）学籍管理
普通高中教育与职业教育间的学籍互转、学分互认是综合高中教育的关键一环。对此，各地在综合高中实施办法中均有明确表述。总的来说，目前各地方对于综合高中的学籍管理制度基本一致，即在入学时按照普通高中登记，在高年级阶段再通过分流制度将部分转制学生归入职业高中。例如，青岛市规定在高一年级第二学期期末、高二年级第一学期和第二学期期末由学校组织测试考核，达到相关要求的学生进行普职学籍转换，原学校获得的学分按照有关规定予以认定。重庆市也采用类似的办法，综合高中学生在高一、高二年级统一注册普通高中教育学籍，第三学年将自愿接受中等职业教育的学生转注册为中等职业教育学籍。
（五）收费与奖励
鉴于普通高中与职业高中在学费上存在差异，为了消除学籍转换后学费改变的状况，一些地区出台了相关的奖励政策。例如，青岛市为支持辖区内30所普通高中和中等职业学校的普职融通工作，设立支持综合高中试点项目的专项资金，并以经费补贴的方式对普职融通工作成绩突出的学校给予支持。石家庄市一方面提高了生均拨款标准，另一方面推行“以奖代补”，对多样化高中建设探索卓有成效的学校给予一次性奖励。
（六）教师队伍建设
综合高中要求教师具备掌握理论与实践的双重能力，这是对普通高中教师提出的新要求。各地方教育部门一方面对教师队伍进行重新培训，另一方面也积极引入专业教师，尤其是加强与高校、科研院所、社会专业团体的合作，以获得更优良的师资力量。例如，重庆市教委就提出，要开展以综合高中文化课和专业课骨干教师为重点的全员培训，鼓励专业课教师和实习指导教师考取相应的专业技术资格或职业资格，有计划地安排专业课教师到对口企事业单位进行专业实习和考察，大力提高专业课教师的专业水平和实践能力，鼓励企事业单位的专业技术人员、管理人员和有特殊技能的人员到综合高中任教。