薄弱高中转型综合高中的学校主要有两大类，一类是城市薄弱高中，另一类是农村薄弱高中。这一时期，农村薄弱高中转型综合高中的发展进程相对滞后。1999年起，随着高校扩招，高中教育的逐步普及，由职业高中招收普高班而形成的综合高中占有绝对优势。
城市薄弱高中转型综合高中的探索发展，得益于《面向21世纪教育振兴行动计划》的推进。城市薄弱高中转型综合高中的试点工作得以全面展开。比较有代表性的地区或学校有上海市、北京市、江苏省等地区，杭州第九中学、南京行知实验中学等学校。
城市薄弱高中大都经历了两次升级改造，第一次转型为综合高中，在多样化和特色化的发展过程中形成自己的优势。第二次转型升级为有特色的优质高中资源，真正成为适合学生发展的“融合制”综合高中。
例如，上海市教育委员会（以下简称“上海市教委”）“九五”规划重点课题“上海高中阶段教育规模结构布局调整及多样化办学模式研究”课题组就普通高中办学模式展开研究。上海普通高中办学模式改革的难点是一般中学。这类学校生源的文化知识基础比较薄弱，高考升学率较低，按侧重升学预备教育模式办学相当困难。试点学校大都呈现出普通教育基础上兼有职业教育的特征，即在普通高中教育中融入、渗透职业教育的成分，形成综合型普通高中办学模式的雏形。其主要具有以下四种特征。[13]
第一，开设多种课程。除了普通高中必修课程外，学校还开设属于职业技术教育的课程，如“计算机应用与维修”“车工钳工专业技术”“影视广告”等。开设多种课程，适应就业预备教育需要，这是综合型普通高中办学模式形成和发展的开始。
第二，实行弹性学制。试点学校的学生，参加上海市普通高中九门学科会考，成绩合格，即可参加高考；不参加高考或未能考入高校的，可以毕业，也可以继续参加中专或职校学习，完成规定的学习任务，成绩合格，可以取得第二学历。实行弹性学制，学生可以自由选择，这是综合型普通高中的重要特征之一。
第三，试行“双文凭”制或“一张文凭多张证书”制。“双文凭”制即学生参加全市普通高中九门学科会考，成绩合格，取得普通高中毕业文凭；继续参加中专或职校一年或二年的学习，成绩合格，可以取得第二张文凭；“一张文凭多张证书”即除了成绩合格可以取得普通高中毕业文凭外，学生在校期间参加社会有关部门组织的考试，如“计算机等级考试”或“办公自动化考试”等，成绩合格，可取得相应的证书。在普通教育的基础上，学生通过取得“双文凭”或“一张文凭多张证书”，多掌握一些就业需要的职业知识和技能，是综合型普通高中办学模式开始形成的一种标志。
第四，合作办学。试点学校与中专或职业学校，或其他有关教育单位合作或协作办学，以弥补学校进行职业技术教育力量的不足。联合办学起初体现出了普职一体的初步特征，这为最终实现普职一体化、形成综合型普通高中办学模式，奠定了良好的基础。
试点学校的这些基本特征，可以说标志着综合型普通高中办学模式的雏形已经形成，已经与美国的综合中学有些类似。
上海普通高中办学模式改革，尝试探索普职渗透教育、升学预备教育、就业预备教育和特色教育等多种模式办学，符合高中教育形式多样化的国际趋势。但是，试点综合高中在办学目标、办学主体和课程设置等方面仍需进一步讨论研究。
例如，试点学校内部，既有“普通班”，又有“普通职业班”。综合型普通高中所兼有的职业技术教育成分，只能在“普通职业班”群体学生中得以体现，而在“普通班”群体学生中还难以实施。虽然“普通班”试行“二一分段，高三分流”，但是，分流的实科教育或职业教育，在实施中困难重重。因为，实科或职业教育，是对普通教育的一种附加或填补，不是普通教育基础上的职业教育的有机融入，很难受到学生的欢迎，因此，它不是一种“综合教育”，而是比较无奈的“附加”教育，或“填补”教育。[14]
这里，需要深思的问题是在一所学校里，实行综合型一元化的普通高中教育，还是普通教育与综合教育分离的二元化教育。这与由职业高中改造成的综合高中面临的问题是一样的，也可以说，这是创办综合高中时必须面对的根本性问题，即如何在办学目标、模式选择及课程取向上体现其综合性的本质。
在课程取向的选择上，上海试点学校立足开设多种课程，一般的做法如下。[15]以全市普通高中的会考要求为基础，调整和删减必修课的教学内容，适当降低教学要求，腾出一定的课时，增加职业教育的课程或教学内容。因此，在课程上，是普通教育与职业教育课程技术处理上的叠加，还没有实现课程的综合化和多样化。但是，不以课程的综合化、多样化为依据，要实现普通教育与职业教育一体化的办学目标，也是不可能的。
综合型普通高中课程的多样化，其课程目标的指向，一般来说，应当是职业共通的基础知识与技能，让学生有比较充分的选择余地。上海近年来产业结构的调整显示：“高中阶段的职业教育过于专业化，难以满足学生就业后由于产业结构或职业转岗的需要；同时，普通高中传统的‘普通’教育内容，也有一部分不适应学生的就业或职业专岗的需要”[16]。
北京市也有一些普通高中进行了办学模式的改革，地安门中学从1985年开始创办综合高中。他们在高一、高二时加强基础课，学生通过各科会考，同时让学生掌握两三门通用技术，如计算机应用、中英文打字、家用电器维修等。学生升入高三时，准备考大学的进入文科或理科班学习；准备就业的则进入专业班加强专业技能的学习训练。[17]
1990年，南京行知实验中学率先在江苏省进行高中阶段“二一分段，高三分流”的整体改革实验，探索薄弱普通高中逐步走出困境的路子。经过几年的实践探索，其呈现出四个特点：初步形成了“三教统筹，相互沟通，多向交流”的办学格局；“必修加选修，课程加活动”的课程结构；“上挂、横联、下辐射”的办学运行网络；“一张文凭，多种证书”“一门进，多门出”的办学特色。[18]
2004年，杭州市第九中学积极探索综合高中的办学模式经验以《学会选择——杭州九中“综合高中”办学模式的探索与实践》为题发表在《教育探索》上。杭州市第九中学围绕“让学生学会选择”的教育理念，构建起有特色的综合高中教育模式。这种教育模式有着鲜明的四大特点：一个进口，多个出口；多次分流，多次选择；普职融合，校际流动；学制灵活，强调技能。为支撑这种教育模式，学校采用了“厚基础、活模块”的课程结构形式、“面向全体、尊重个性”的学分管理办法和“横向交流、纵向衔接”[19]的管理思路。杭州市第九中学的具体做法如后文。
让学生将职业性向的选择权一直保留到高三年级。在三年中，学生经过多次选择，最后流向四个出口，即普通高校、高职院校、成人高校和就业。学生在高一结束时可以分流，在高二结束时也可以分流，甚至在学年的中途、学期的中途还可以分流。学生还可以享受普高、职高转换的自由，四个出口选择的自由，转学、休学、复学的自由。学校完全尊重学生的意愿，让学生有最大的选择空间，可以充分自由地发展。
杭州九中综合高中还设置了“第四学年”，实现学制的灵活性，有三年制的，有四年制的。尽量延长没有就业门路的学生受教育的年限，让他们在走上社会之前再做一次选择，帮助他们掌握立足社会的技能。
学校课程设置主要采用“厚基础、活模块”的板块结构形式，将学科内容分为四大板块：基础学科板块、人文学科板块、自然学科板块和专业技能板块。“厚基础”指基础学科板块按学科课程模式进行教学，便于学生系统扎实地掌握学科的基础知识和自学的能力。“活模块”指在自然学科板块、人文学科板块和专业技能板块中设置必修和选修两类课程，学生可以根据自己的个性、特长、爱好以及高校对人才的需求灵活选择，这就为学生个性的发展提供了更大的空间。
学校为保证课程实施，采用学分管理办法。学分由基础学分、绩点学分和附加学分三部分组成。基础学分反映学生达到合格标准课程的学习活动总量；绩点学分反映学生取得基础学分的学习质量；附加学生由创新学分和奖励学分两部分组成，反映学生开展创造性实践活动的状况、个性特长的发展状况和超越冒尖的程度。附加学分单独立项，当基础学分总分达不到规定要求时，附加学分可转换为基础学分。
总之，综合高中可以帮助较薄弱高中缓解一部分升学压力，为地方经济建设服务，根据学校特色优势寻找发展路径，使学生能根据自己的个性及升学、择业的志向，自主、灵活、多方位地选择出路，以适应经济社会发展对就业者文化层次的需求，从而更好地实现普通高中教育的“双重任务”。
综合高中这种办学模式比较适用于一般高中，尤其是农村地区的普通高中。在《面向21世纪教育振兴行动计划》强调经济比较发达的地区可发展部分综合高中，推迟到高三年级分流的同时，也有人呼吁“经济欠发达地区应及早试办综合高中”[20]。要农村地区试办“综合高中”可以吸引一部分家在农村、成绩较好、家庭经济条件较差的初中毕业生报考。综合高中也能比较有效地抑制“普高热”对职校招生的冲击，缓解就业的压力。
从我国高中教育改革发展实践来看，我国综合高中实践探索兴盛于1995—2009年，大体遵循着两种选择模式，即职业高中改办的综合高中和薄弱高中转型而成的综合高中。这些具有综合性质的高中，在一定程度上改变了普通教育与职业教育的分离状况，促进了我国高中阶段“普职融通”与“普职一体化”的进程，也助推了我国高中教育的普及化、均衡化、优质化和多样化发展。