综合高中的“课程”是最能体现综合高中特点、释放综合高中活力、实现综合高中办学目标的重要依托。综合高中课程设计是一个庞大的体系工程，千头万绪。在这项系统工程中，如果能从几个关键问题切入，就如同牵住了课程设计的“牛鼻子”，使整体设计有了抓手。综合高中课程设计的关键问题主要有三个，即综合高中课程目标的设计、综合高中课程结构的设计和综合高中课程管理的设计。
首先，综合高中的课程目标既要符合高中阶段教育的定位，又要突显其不同于普通高中或职业学校的特征。就高中教育的性质而言，此阶段的教育仍属于基础教育，担负着进一步扩大和加深学生的知识与技能，为学生日后步入成人社会而承担起个人的生活责任做准备的重任。教育目的集中在促进学生知识技能和道德情感的全面发展，培养学生终身学习的能力，使学生具备灵活处理各种信息、适应社会环境变化并能创造性的工作的能力。这是得到世界各国普遍认同的高中阶段教育的目的和任务，同时也是确立综合高中课程目标的首要依据。
作为一种特殊的高中阶段的办学模式，综合高中除了要承继高中教育的使命之外，它在自身定位及培养目标上，有着明显不同于传统普通高中或职业学校的特点。教育家科南特就曾在《今日美国中学》（American High School Today）中指出，综合高中是“按学生受教育的需要而设置课程的中学”[1]，其办学目标除了要重视向所有学生提供合适的普通基础教育之外，还要为高中毕业后就业的学生提供所需要的职业选修课程，为升学的学生提供相应的学术性课程。美国对综合高中的内涵的界定影响了其后诸多国家和地区综合高中的实践。“以兼顾升学和就业双重功能而促进普职融合”和“为不同发展倾向的学生提供相对均等的多次选择的机会”成为综合高中特有的“符号”，直接影响着综合高中课程体系及其目标的设置。
其次，作为支撑整个课程体系的基本框架，课程结构是在具体的课程理念及课程目标的引导下，对构成整个体系的主要课程类型及其比例关系等所做的具体规定。与普通高中或职业学校相比，综合高中课程结构的设置特点反映在课程门类的构成、课程门类的组织以及课时比例的安排三方面。
最后，作为实现综合高中课程理念与目标导向的重要保障，课程管理是对构成课程体系各个要素及其相互关系的统筹安排和管理。为落实综合高中课程的多样性和选择性，发挥整个课程体系的预设功能，保证课程实施过程的有效进行所采取的一系列制度安排，综合高中的课程管理应主要指向两个方面：分权式管理制度和配套式管理机制。