（一）21世纪初期我国高等教育办学体制改革的深化
如果说整个20世纪90年代我国办学体制改革的重点是法律制度的建设，那么，21世纪的前十年，其主要任务就是如何对之前的法律制度进行完善，更加深入地进行办学体制改革。《中华人民共和国民办教育促进法》（以下简称《民办教育促进法》）和《独立学院设置与管理办法》的先后出台，对社会力量举办高等教育起了非常重要的促进作用，同时，也对社会力量办学进行了必要的规范和管理。
2002年12月28日，在社会各界的强烈关注和期盼下，《民办教育促进法》终于通过，这是迄今为止第一部专门规范和促进民办教育发展的国家法律。《民办教育促进法》重申了国家对民办教育实行“积极鼓励、大力支持、正确引导、依法管理”的方针。为了进一步加强对《民办教育促进法》的贯彻执行，国务院于2004年颁布了《中华人民共和国民办教育促进法实施条例》，对《民办教育促进法》中的一些条款做了明确的说明。至此，民办高等教育的发展逐步趋向规范化和有序化。
《独立学院设置与管理办法》主要是针对20世纪90年代以来部分省市的公立高等院校以新的机制举办的民办二级学院（现在统称为“独立学院”）的发展现实而制定的。通过一段时期的探索，独立学院从最初的试点到大面积推广，逐渐形成了一种新的办学机制，在保证高等教育规模扩大、增加高等教育资源等方面起到了积极作用。但是，一些独立学院在办学过程中出现了不少问题，对相关的政策急需进一步明确，管理工作亦应加强和规范。因此，教育部于2003年提出了《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》，明确要求独立学院的办学要贯彻“积极支持、规范管理”的原则。为了更好地促进和规范独立学院持续、健康发展，教育部又于2008年4月1日起施行《独立学院设置与管理办法》，对独立学院的性质、设立、组织运作、监督管理和法律责任等问题进行了明确规定。
改革开放以来，在中国共产党的正确领导下，经过多次重大改革和政策调整，我国的教育事业取得了举世瞩目的成就，已拥有世界上规模最大的基础教育和高等教育。但是，我们也应该清醒地认识到，由于历史欠账和现实国情，我国的教育事业跟发达国家相比，还存在很大差距和不少问题，如教育发展不平衡，教育公平问题仍然突出，政府对教育经费的投入长期严重不足，教育行政化色彩较浓厚，学校办学自主权短缺，国民总体教育程度不高，职业教育水平较差。总之，我国的教育事业发展水平与建设人力资源强国的目标还有很大的距离。因此，中共十七大以来，我国教育体制改革的步伐不断加快。在科学发展观的指引下，中共十七大对优先发展教育、建设人力资源强国做出了新的部署，阐明了深化教育改革的战略思路。
2008年3月，胡锦涛总书记、温家宝总理分别做出重要指示：要把研究制定中长期教育规划纲要作为新一届政府必须着力做好的一件大事。2008年8月29日，温家宝总理主持召开国家科技教育领导小组第一次会议，听取教育部关于制定《教育规划纲要》工作情况的汇报，审议并原则通过规划纲要制定工作方案，决定成立教育规划纲要领导小组和工作小组，正式启动《教育规划纲要》的编制工作。经过长达两年时间的深入调研、专家咨询和民意征求，2010年6月，中央政治局审议通过了《教育规划纲要》。
《教育规划纲要》从我国现代化建设的总体战略出发，描绘了我国未来10年教育改革发展的宏伟蓝图，科学确定了到2020年我国教育改革发展的战略目标、工作方针、总体任务、改革思路和重大举措。这是21世纪以来我国第一个教育改革发展规划纲要，是指导我国教育改革发展的纲领性文件。
《教育规划纲要》明确提出要深化办学体制改革，坚持教育公益性原则，健全政府主导、社会参与、办学主体多元、办学形式多样、充满生机活力的办学体制，形成以政府办学为主体、全社会积极参与、公办教育和民办教育共同发展的格局，调动全社会参与的积极性，进一步激发教育活力，满足人民群众多层次、多样化的教育需求。
《教育规划纲要》明确提出大力支持民办教育发展，各级政府要把发展民办教育作为重要工作职责，鼓励出资、捐资办学，促进社会力量以独立举办、共同举办等多种形式兴办教育，依法落实民办学校、学生、教师与公办学校、学生、教师平等的法律地位，保障民办学校办学自主权，清理并纠正对民办学校的各类歧视政策，制定、完善促进民办教育发展的优惠政策。
为进一步深化教育体制改革，根据《教育规划纲要》的部署，2010年12月，《国务院办公厅关于开展国家教育体制改革试点的通知》出台，决定在部分地区和学校开展国家教育体制改革试点。关于深化办学体制改革方面，该文件要求：“探索营利性和非营利性民办学校分类管理办法（上海市，浙江省，广东省深圳市，吉林华桥外国语学院）。清理并纠正对民办教育的各类歧视政策，保障民办学校办学自主权（上海市，浙江省，广东省深圳市，云南省）。完善支持民办教育发展的政策措施，探索公共财政资助民办教育具体政策，支持民办学校创新体制机制和育人模式，办好一批高水平民办学校（上海市，浙江省，福建省，江西省，广东省深圳市，云南省，宁夏回族自治区，武汉科技大学中南分校）。”
（二）中共十八大以来我国高等教育办学体制改革的突破
中共十八大以来，我国的办学体制改革继续深化，并取得了重大政策突破，最主要的体现是国家对民办教育发展政策的调整。《中华人民共和国国民经济和社会发展第十三个五年规划纲要》提出：“建立分类管理、差异化扶持的政策体系，鼓励社会力量和民间资本提供多样化教育服务。”2016年11月7日，第十二届全国人民代表大会常务委员会第二十四次会议通过了《关于修改〈中华人民共和国民办教育促进法〉的决定》，对2002年颁布、2013年第一次修正的《中华人民共和国民办教育促进法》做出了第二次修正，规定：“民办学校的举办者可以自主选择设立非营利性或者营利性民办学校。但是，不得设立实施义务教育的营利性民办学校。”“营利性民办学校的举办者可以取得办学收益，学校的办学结余依照公司法等有关法律、行政法规的规定处理。”这次法律修正的亮点是允许非义务教育阶段的民办学校举办者取得办学收益，突破了之前“民办教育不能营利”的政策限制，必将激发社会力量举办教育的热情，促进民办教育这一办学模式的进一步发展。
经过七年的教育体制改革试点，2017年9月，中共中央办公厅、国务院办公厅印发《关于深化教育体制机制改革的意见》，明确提出我国深化教育体制机制改革的指导思想、基本原则和主要目标。在指导思想方面，《关于深化教育体制机制改革的意见》指出，要全面深化教育综合改革，全面实施素质教育，全面落实立德树人根本任务，系统推进育人方式、办学模式、管理体制、保障机制改革，使各级各类教育更加符合教育规律、更加符合人才成长规律、更能促进人的全面发展，着力培养德智体美全面发展的社会主义建设者和接班人，为实现“两个一百年”奋斗目标、实现中华民族伟大复兴的中国梦奠定坚实基础。关于办学体制，《关于深化教育体制机制改革的意见》指出，要改进产教融合、校企合作的办学模式。健全行业企业参与办学的体制机制和支持政策，支持行业企业参与人才培养全过程，促进职业教育与经济社会需求对接。