尽管40年来我国高等教育办学体制改革取得了令人瞩目的成就，但现有办学体制还远远不够完善，仍然存在诸多问题和不足，主要表现在以下几个方面。
（一）高等教育中的非政府办学主体力量仍然较弱，难以满足人民群众对高等教育多样化的需求
从机构总数来看，截至2016年年底，尽管我国民办高等学校达1555所，但其中具有颁发学历文凭资格的民办高校仅742所（其中独立学院266所），而全国公立普通高等学校和成人高等学校总共为2138所。具有颁发学历文凭资格的民办高校数与公立高校数之比约为0.35∶1，公立高校的数量远远超过民办高校的数量。
从办学层次来看，目前民办高校主要开办本、专科层次教育，仅有极少数民办高校取得了研究生教育的举办权。虽然266所独立学院全部属于本科院校，但独立学院主要由其母体公立高校举办，带有很大的公立高等教育的特点。
从学生人数来看，截至2016年年底，民办高校在校生共计634.06万人，其中，硕士研究生在校生715人，本科在校生391.52万人，高职（专科）在校生242.46万人；另有自考助学班学生、预科生、进修及培训学生35.45万人。而公立高校在校生总数为2844.28万人（包括普通高校生和成人高校生），民办高校（包含独立学院）学生数与公立高校学生数之比为0.22∶1。
也就是说，无论从机构数看还是从学生数看，民办高等教育仍然处于绝对弱势地位，主要开展本、专科层次的学历教育和其他类型的培训教育。这一方面说明民办高等教育的总体办学水平还有待提高，同时也说明民办高等教育的发展规模仍然偏小，虽然形成了“一主多元”的办学体制，但居于支配地位的还是“一主”，即以政府办学为主。“一主”办学的局面没有得到根本改变，人民群众对于高等教育多样化的需求仍然没有得到充分满足。
（二）关于高等教育办学体制的法律、法规、条例等政策规定模糊、笼统，缺乏可操作性，执行效果不佳
国家发展民办高等教育的初衷是解决国家教育经费不足、高等教育规模有限与不断增长的高等教育需求之间的矛盾，而不是着眼于改变公立高校效率低下、资源浪费的弊端，提高高等教育领域的效率和竞争力，促进高等教育办学模式的多样化。中央政府及教育主管部门先后在多个重大法律、法规、条例、决定中提及民办教育的发展问题。总体上看，民办高等教育的地位在不断提高，但是这些法律、法规、条例、决定反复多变，随意性太强，政策前后多次自相矛盾，没有形成一套有效的机制和制度。有关部门在发展民办教育上缩手缩脚，不敢放手，提防、控制多于支持、鼓励，民办高等教育的发展缺乏整体规划和完善的制度保障。民办高等教育的发展与否、发展快慢在很大程度上取决于主管领导的意愿，“长官意志”严重地影响民办高等教育的发展。
民办教育的有关法律、法规、条例、决定内容空洞、模糊，只具有导向性，缺乏可操作性，结果无法落到实处。如2002年颁布的《民办教育促进法》第五条规定：“民办学校与公办学校具有同等的法律地位，国家保障民办学校的办学自主权。国家保障民办学校举办者、校长、教职工和受教育者的合法权益。”但没有就如何保障民办学校的地位和权利做出具体的、可以操作的规定。法律对民办学校的产权界定也比较模糊。对产权关系的界定不明确、对营利问题的争论不休，直接限制了民办高等教育的发展。民办高等教育的办学者缺乏对未来的预期，办学的热情和积极性没有得到充分激发。这也是民办高等教育发展实力较弱，难以与公立高等教育竞争的原因所在。
即便是法律、法规、条例、决定中有规定，但在具体执行中也会大打折扣，甚至走样。一些组织会采取各种方式和途径进行游说、讨价还价甚至违规操作，使一些规定形同虚设。例如，《独立学院设置与管理办法》第七条规定：“参与举办独立学院的普通高等学校须具有较高的教学水平和管理水平，较好的办学条件，一般应具有博士学位授予权。”这一规定看似明确，实则含糊不清。如何判断举办独立学院的普通高等学校“具有较高的教学水平和管理水平，较好的办学条件”？判断的具体指标是什么？如何理解“一般应具有博士学位授予权”？这些含糊不清的规定实际上为执行中的“寻租”和“违规”行为提供了机会。事实上，从教育部公布的独立学院名单看，办学质量平平、没有博士学位授予权的普通高等学校举办的独立学院不在少数。
令人欣慰的是，以上问题正在逐步得到解决，相比之前法律、法规的模糊性，2016年11月7日第二次修正的《民办教育促进法》在民办高等教育的办学性质和营利问题上进行了明确界定，并对民办高校及其师生的合法权益做出了明确的规定。