从新中国成立到改革开放前，我国高等教育宏观管理体制曾几度变更，其发展过程大致可以划分为以下几个阶段。
（一）集中统一管理阶段（1950—1957年）
美国比较教育学家卡扎米亚斯等人在研究了教育的传统及变革后指出：所有社会在民族危机和重大事变时期之后都有过重大教育改组的尝试。[1]新中国成立不久，随着社会政治、经济体制的剧烈变动，政府开始对高等教育管理体制进行改造。
新中国成立之时，全国有高等学校227所，其中，公立学校138所，私立学校65所，接受外国津贴的教会大学24所。为有效地管理全国高等学校，1950年5月，政务院颁布《各大行政区高等学校管理暂行办法》，规定“除华北地区高等学校由中央教育部直接领导外”，“各大行政区高等学校暂由各大行政区教育部或文教部代表中央教育部领导”，“各大行政区高等学校的重要方针，除由中央教育部作一般性的统一规定外，各大行政区教育部或文教部亦得作适应地方性之规定，但须报中央教育部核准后始得执行”。[2]该文件确立了中央教育部对高等学校的领导地位，为新中国成立初期集中统一的高等教育管理体制的确立奠定了基础。
1950年7月，《政务院关于高等学校领导关系问题的决定》提出全国高等学校“以由中央人民政府教育部统一领导为原则”，强调中央人民政府教育部对全国高等学校（军事学校除外）均负有领导的责任，各大行政区人民政府或军政委员会或文教部均有根据中央统一的方针政策，领导本区高等学校的责任。文件还规定：“凡中央教育部所颁布的关于全国高等教育的方针、政策与制度、高等学校法规，关于教育原则方面的指示，以及对于高等学校的设置变更或停办，大学校长、专门学院院长及专科学校校长的任免，教师学生的待遇，经费开支的标准等决定，全国高等学校均应执行。”[3]该文件的颁布，标志着集中统一的高等教育管理体制的正式确立。
1952年11月，中央人民政府委员会第十九次会议决定成立高等教育部。[4]1953年5月29日，政务院颁布了《政务院关于修订高等学校领导关系的决定》，该文件强化了高等教育部对高等学校的领导，规定：“凡中央高等教育部所颁布的有关全国高等教育的建设计划（包括高等学校的设立或停办，院系及专业设置、招生任务、基本建设任务）、财务计划、财务制度（包括预决算制度、经费开支标准、教师学生待遇等）、人事制度（包括人员任免、师资调配等）、教学计划、教学大纲、生产实习规程，以及其他重要法规、指示或命令，全国高等学校均应执行。”[5]文件还强调，高等教育部必须与各有关业务部门密切配合，有步骤地对全国高等学校实行统一与集中的领导。其中，综合性大学由高等教育部直接管理；与几个业务部门有关的多科性高等工业学校由高等教育部直接管理，或经协商后委托某一中央有关业务部门管理，单科性高等学校可委托中央有关业务部门管理；中央部门直接管理有困难的高等学校，可委托学校所在地的大区行政委员会或省级政府管理。高等教育部根据政务院的这一精神，确定了148所高等学校的隶属关系，其中，高等教育部管理8所，中央业务部门管理30所，大区行政委员会管理72所，委托省、市、自治区政府管理38所。这样，就确定了中央高等教育部与中央有关部门分工负责管理学校的领导体制，该体制一直延续到20世纪90年代末。
该阶段的高等教育宏观管理体制基本上是仿照苏联高等教育管理体制模式建立起来的，是当时我国高度集中的政治体制和经济体制在高等教育领域的反映。新中国成立初期的这种集中统一的高等教育管理体制对于保证中国共产党对高等教育的统一领导、保证高等教育满足国民经济发展的需要、恢复和建立正常的教学秩序发挥了积极的作用。但是，正如1956年6月高等教育部部长杨秀峰在第一届全国人大三次会议上所做的《当前高等教育工作中的几个主要问题》的发言中指出的那样：“现有的高等学校的事业体制、计划体制、财政体制、领导关系以及毕业生全部统一分配的制度等等，过多地强调了集中统一，影响和限制了各业务部门和地方上办理高等教育事业的积极性，应该适当加以改变。”[6]
（二）权力下放、分级管理阶段（1958—1962年）
1956年以后，我国开始以扩大地方管理权力为中心的行政和经济管理体制的变革。与此相适应，我国高等教育管理体制在1957年下半年也进入调整时期，开始了高校管理权限下放工作。1957年10月，原由高等教育部直接领导的，以及委托各省代管的高等农业院校，除个别院校仍由农业部领导外，其余一律转交省级政府领导，或以省为主，与农业部双重领导。1957年12月，国务院又将高等医学院校逐步下放给各省、市、自治区政府领导。
1958年3月22日，《中共中央关于高等学校和中等技术学校下放问题的意见》颁布。文件规定：除少数综合大学、某些专业学院和某些中等技术学校仍旧由中央教育部或者中央有关部门直接领导以外，其他的高等学校和中等技术学校都可以下放给省、市、自治区政府领导。[7]根据该文件精神，教育部只保留清华大学、北京大学等7所高等学校的直接管理权，而将以前由教育部管辖的另外39所高等学校移交给省、市、自治区政府，7所移交给业务部门。另外，中央各部门管辖的47所高等专业学校中的21所也移交地方管辖。这样，当时的229所高等学校中有187所先后下放给地方管辖。
同年8月4日，《中共中央、国务院关于教育事业管理权力下放问题的规定》颁布，调整了中央与地方的管理权限，要求“必须改变过去条条为主的管理体制，根据中央集权和地方分权相结合的原则，加强地方对教育事业的领导管理”[8]。根据这个文件，教育部和中央各主管部门的管理权限主要是集中精力研究和贯彻执行中央的教育方针和政策，综合平衡全国的教育事业发展规划，组织编写通用的基本教材、教科书，拟定必要的全国通用的教育规章、制度，办好直接管理的学校；各地方根据因地制宜、因校制宜的原则，可以对教育部和中央主管部门颁发的各级各类学校指导性教学计划、教学大纲和通用的教材、教科书，领导学校进行修订补充，也可以自编教材和教科书；对于国务院或教育部颁布的过去全国通用的教育规章、制度，地方可以结合当前工作发展的情况，因地制宜、因事制宜地决定存、废、修订或者另行制定适合地方情况的制度；新建高等学校，地方可自行决定或由协作区协商决定。
这次改革将高等教育的管理权下放给地方，对于改变高等教育管理上以条条为主、集中过多的状况，发挥地方办学的主动性和积极性，为高等教育适应地方社会经济发展需要发挥了很大作用。但由于中央政府缺乏对高等教育发展的宏观控制，而地方政府对高等教育的管理又缺乏经验，在高等教育发展上出现了盲目冒进的问题。特别是在1958年9月，《中共中央、国务院关于教育工作的指示》提出了“我们将以15年左右的时间来普及高等教育”[9]这一严重脱离我国国情的目标后，教育领域出现了“教育革命”“教育大跃进”，导致各省、自治区、直辖市，各厂矿、企业、人民公社出现盲目大办高等教育的局面。仅三年时间，全国高校数量由1957年的229所猛增至1960年的1289所，不仅超过了当时国民经济的承受能力，而且严重影响了教育质量。
（三）统一领导、分级管理阶段（1963—1965年）
在经历了“大跃进”之后，1961年1月，中央提出了“调整、巩固、充实、提高”的方针，我国国民经济进入了调整时期，与此同时，政治、思想、文化方面也进行了政策调整。1961年9月，《中华人民共和国教育部直属高等学校暂行工作条例（草案）》颁布，成为高校调整和发展的依据。关于教育部直属高等学校的管理体制，文件指出：“教育部直属高等学校，行政上受教育部领导，党的工作受省、市、自治区党委领导。省、市、自治区党委和学校党委对这些学校的领导，应该根据中共中央、国务院的方针、政策和教育部的各项有关规定办事。”[10]“教育部直属高等学校规模的确定和改变，学制的改变和改革，都必须经过教育部批准。”[11]该文件开始适当收回1958年不当下放的权力。
1963年5月，中共中央、国务院在总结前一阶段高等教育管理体制改革经验教训的基础上，颁发了《中共中央、国务院关于加强高等学校统一领导、分级管理的决定（试行草案）》。该文件规定：“为了加强对高等学校的领导和管理，中共中央和国务院决定对高等学校实行中央统一领导，中央和省、市、自治区两级管理的制度。在高等教育工作中，各地区、各部门、各学校都要贯彻执行中央统一的方针政策；都要遵守中央统一规定的教学制度和其他重要的规章制度；都要按照全国统一的高等教育事业规划和计划办事。在中共中央和国务院的统一领导下，中华人民共和国教育部（以下简称中央教育部），国务院其他各部、委（以下简称中央各业务部门）和省、市、自治区人民委员会，对高等学校的管理工作进行适当的分工合作，共同办好高等学校。”[12]该文件还对中央教育部、中央各业务部门和省、市、自治区人民政府管理高等教育的职权分工做了规定。根据该文件，中央教育部是在中共中央和国务院的直接领导下管理全国高等学校的行政机关，中央各业务部门协同教育部分工管理一部分高等学校。省、市、自治区政府和高教（教育）厅、局在地方党委的领导下，根据中央的方针政策、计划和规章制度，进行中央授权的行政管理工作，直接管理一部分高等学校，并在工作中同时对教育部负责；省级有关业务厅、局协同高教（教育）厅、局分工管理与本部门业务有关的高等学校，并在工作中接受中央有关业务部门的指导。
这个时期开始形成全国高等学校在中央统一领导下，由中央部、委和省、市、自治区两级管理的体制。这为加强国家对教育工作的宏观管理和指导，同时调动各方面办学的积极性起到了积极作用。经过调整，全国高校由1960年的1289所下降至1963年的407所，到1965年，全国有高等学校434所，其中，由高等教育部直接管理的有34所，由中央业务部门管理的有149所，由各省、市、自治区管理的有251所，形成了中央统一领导、中央与地方分级管理的格局。
（四）管理失控阶段（1966—1976年）
从1966年到1976年，我国处于“**”时期。“**”期间，包括高等学校在内的教育事业成为斗争的焦点，高等学校的管理权力再次下放，一些高等学校被撤、并、迁，正常的管理体制被打乱，高等学校处于管理失控状态。
管理权力的再次下放是从招生权力下放开始的。1966年6月，中共中央批转教育部党委《关于改进1966 年高等学校招生工作的请示报告》，决定将招生工作下放到大区或省、市、自治区办理，继续采取推荐与考试相结合的办法，招收经过“三大运动”（土地改革、抗美援朝、镇压反革命）、有高中毕业文化程度的工农青年入学。1966年7月，《中共中央、国务院关于改革高等学校招生工作的通知》出台，决定根据中央关于领导体制适当下放、充分发挥地方积极性的精神，从当年起，高等学校招生工作下放到省、市、自治区办理；教育部负责编制各高等学校招生计划和检查各地贯彻执行中央的方针政策，以及完成招生任务的情况。
1969年2月，全国计划工作座谈会召开。座谈会根据毛泽东关于经济建设问题的一系列指示，批判了所谓“条条专政”，提出条块关系要以“块块”为主，绝大多数企业要有准备、有步骤地下放。与经济体制的改革相适应，1969年10月，中共中央发布了《关于高等院校下放问题的通知》，该通知规定：国务院各部门所属的高等学校（包括半工半读、函授学校），设在北京市的仍由各有关部门领导；如果搬到外地，可交由其他省、市、自治区革委会领导，与厂矿结合办学的，也可交由厂矿革委会领导；设在其他地方的，交由当地省、市、自治区革委会领导。教育部所属的高等学校（包括函授学校），全部交由所在省、市、自治区革委会领导。高等学校在本校所在省、市、自治区以外设有分校或教改机构的，则实行以总校为主、当地革委会为辅的双重领导。根据上述规定，除国务院各部委所属的在北京的少数院校外，包括北京大学、清华大学在内，都下放归省、市、自治区领导；部分高等院校被撤销或合并。到1971年，全国原有的434所高等院校，继续办学的还有328所。
这个时期高等教育管理体制的最大特征是管理权力的下放，但是由于从1966年至1975年教育部被撤销，教育事业长期没有专门的主管部门，缺乏宏观的领导和管理，同时各级政府基本上处于瘫痪状态，全国高等学校的管理实际上处于一种失控状态。