中共十一届三中全会以后，改革开放成为我国的基本国策，我国在政治、经济、教育等领域全面拨乱反正，高等教育事业逐步恢复和发展。我国重新确立了对高等教育实行统一领导、分级管理的宏观管理体制，高等教育宏观管理体制逐步完善。
（一）统一领导、分级管理制度的恢复
1977年8月8日，邓小平在科学和教育工作座谈会上发表了《关于科学和教育工作的几点意见》的讲话。他指出，教育工作“需要有一个机构，统一规划，统一调度，统一安排，统一指导协作”[13]。1978年2月，《国务院转发教育部关于恢复和办好全国重点高等学校的报告的通知》的附件《关于恢复和办好全国重点高等学校的意见》要求：“根据有利于党的领导，有利于发挥中央和地方两个积极性，有利于在教学和科学研究工作中早见成效的原则，对全国重点高等学校要实行统一领导，分级管理。教育部应根据党中央、国务院的指示，研究制定有关全国重点高等学校的具体方针、政策和实施办法等。有关部委和省、自治区、直辖市应结合本行业、本地区的情况，组织所属全国重点高等学校贯彻执行。面向全国和面向地区的全国重点高等学校，除少数院校实行有关部委直接领导外，多数院校实行有关部委和省、自治区、直辖市双重领导，以部委为主……面向省、自治区、直辖市的全国重点高等学校，原则上由本省、自治区、直辖市领导，有关部委要给予支持。”这个文件标志着我国开始在全国重点高校恢复统一领导、分级管理的体制。
1979年9月18日，中共中央又批转了《教育部党组关于建议重新颁发关于加强高等学校统一领导、分级管理的决定的报告》，肯定了1963年的《中共中央、国务院关于加强高等学校统一领导、分级管理的决定（试行草案）》的效果，认为除个别条文由于情况发生了变化需要略加修订外，其基本精神和各项主要规定仍是适用的。此后，我国开始在全国高等学校恢复统一领导、分级管理的体制，国务院各部委和各省、市、自治区对各自所属的高等学校的领导管理关系进行了调整。经过这次管理体制的调整，国务院各部委加强了对重点高等学校的领导，各部委所属的高等学校数增加了。至1981年，恢复“中央统一领导，中央和省、市、自治区两级管理”的工作基本完成。1981年，全国共有高等学校704所，由教育部直接领导管理的有38所，由国务院其他各部委领导管理的有226所，由省、市、自治区领导管理的有440所。
统一领导、分级管理的高等教育管理体制的恢复，促进了高等教育事业的发展。但是，随着经济体制改革的逐步深化，统一领导、分级管理的高等教育管理体制的弊端也日益暴露出来，主要表现在中央有关部门对一些具体事务集中管理过多，不利于发挥地方的积极性；对高等学校统得过死，致使高等学校缺乏应有的主动性和活力。
（二）统一领导、分级管理制度的调整
1984年10月，中共十二届三中全会通过了《中共中央关于经济体制改革的决定》；1985年3月，《中共中央关于科学技术体制改革的决定》颁布。经济体制和科技体制的改革必然要求教育体制的改革。1985年5月27日，《中共中央关于教育体制改革的决定》颁布，其有关高等教育体制改革的基本精神是：①高等教育体制改革的关键，就是改变政府对高等学校统得过多的管理体制，在国家统一的教育方针和计划指导下，在加强国家对教育的宏观管理的原则下，扩大高等学校的办学自主权，加强高等学校同生产、科研和社会其他各方面的联系，使高等学校具有主动适应经济和社会发展需要的积极性和能力。②改变高等学校全部按国家计划统一招生，毕业生全部由国家包下来分配的办法，实行国家计划招生、用人单位委托招生和在国家计划外招收少数自费生三种招生办法。③为调动各级政府办学的积极性，实行中央、省（自治区、直辖市）、中心城市三级办学的体制。④为了加强党和政府对教育工作的领导，成立国家教育委员会，负责掌握教育的大政方针，统筹整个教育事业的发展，协调各部门有关教育的工作，统一部署和指导教育体制的改革。⑤鼓励各民主党派、人民团体、社会组织、离退休干部和知识分子、集体经济单位和个人，遵照党和政府的方针政策，采取多种形式和方法，积极自愿地为发展教育贡献力量。1985年《中共中央关于教育体制改革的决定》和1963年《中共中央、国务院关于加强高等学校统一领导、分级管理的决定（试行草案）》的基本精神是一致的，即对高等学校实行统一领导、分级管理。《中共中央关于教育体制改革的决定》更加明确了对高等学校实行中央、省（自治区、直辖市）和中心城市三级办学的体制，扩大了地方和高等学校的办学自主权，从而使高等学校面向社会需要的主动性和活力增强。从这个意义上讲，《中共中央关于教育体制改革的决定》是对我国长期实行的“统一领导、分级管理”体制的进一步发展。
（三）统一领导、分级管理制度的确立
1986年3月12日，为了贯彻落实《中共中央关于教育体制改革的决定》的精神，加强和改进国家对高等教育的宏观指导和管理，扩大高等学校的管理权限，国务院发布了《高等教育管理职责暂行规定》，就国家教育委员会、国务院有关部门和省、自治区、直辖市人民政府对高等教育的管理职责及扩大高等学校的管理权限做出了明确规定。[14]
第一，国家教育委员会在国务院的领导下，主管全国高等教育工作，其主要职责是：贯彻执行党和国家有关高等教育的方针政策、法律和行政法规，制定高等教育工作的具体政策和规章，指导、检查各省、自治区、直辖市，以及国务院各有关部门和高等学校对党和国家有关高等教育的方针政策、法律和行政法规的贯彻执行；组织进行全国专门人才需求预测，编制全国高等教育事业发展规划和年度招生计划，调整高等教育的结构和布局；审批高等学校（含高等专科学校，下同）、研究生院的设置、撤销和调整；制定招生和毕业生分配工作的规定，编制国家统一调配的毕业生年度分配方案；制定高等学校、研究生院的设置标准，制定高等学校的基本专业目录与专业设置标准，组织审批专业设置；会同国务院有关部门制定高等教育的基建投资、事业经费、人员编制、劳动和统配物资设备的管理制度和定额标准的原则；制定高等学校人事管理的规章制度，规划、组织高等学校师资队伍和干部队伍建设；指导高等学校的思想政治工作、教学工作、科学研究工作、研究生工作、体育工作、卫生工作和总务工作；指导和管理到国外高等学校留学人员、来华留学人员及对外智力援助的工作，促进高等学校的国际学术交流与合作；组织为高等学校提供教育情报、人才需求信息和考试等方面的服务工作；指导各种形式的成人高等教育，编制成人高等教育发展规划，制订和下达年度招生计划；直接管理少数高等学校。
第二，国务院有关部门在国家教育委员会的指导下，管理其直属高等学校，其主要职责是：贯彻执行党和国家有关高等教育的方针政策、法律和行政法规；组织进行本系统、本行业专门人才的需求预测，编制直接管理的高等学校的发展规划、年度招生计划和自行分配部分的毕业生分配计划；对直接管理的高等学校的设置、撤销和调整及所属专业的设置和重点学科建设进行审查，向国家教育委员会提出申请或建议；接受国家教育委员会的委托，按照有关规定，审批直接管理的高等专科学校所属专业的增设和撤销；负责直接管理的高等学校的基建投资、统配物资设备、事业经费预算的分配和决算的审核；指导直接管理的高等学校的思想政治工作、教学工作、科学研究工作和总务工作；按照国家教育委员会的统一部署，会同有关省、自治区、直辖市对高等学校对口专业的教育质量组织评估，组织和规划对口专业的教材编审；指导和协调高等学校学生在本系统的生产实习和社会实践，鼓励高等学校有关专业、研究机构参加本系统的科学技术开发，促进企业与学校的联系；鼓励直接管理的高等学校面向社会办学，实行本部门与国务院有关部门、本部门与地方联合办学；管理本部门成人高等教育、专业培训、继续教育和有关教材编审的工作。
第三，省、自治区、直辖市人民政府管理本地区内的高等学校，其主要职责是：负责指导、检查本地区内各高等学校对党和国家有关高等教育的方针政策、法律和法规的贯彻执行；组织进行本地区专门人才的需求预测，编制直接管理的高等学校的发展规划、年度招生计划，组织领导招生和毕业生分配工作；对直接管理的高等学校的设置、撤销和调整及专业设置进行审查，向国家教育委员会提出申请或建议；接受国家教育委员会的委托，按照国家有关规定，审批直接管理的高等专科学校所属专业的增设和撤销；负责直接管理的高等学校的基建投资、统配物资设备、事业经费预算的分配和决算的审核；指导直接管理的高等学校的思想政治工作、教学工作、科学研究工作和总务工作；组织本地区内各高等学校的校际协作和经验交流，进行教育质量的检查与评估；鼓励本地区各高等学校面向社会办学和跨地区、跨部门联合办学；在国家教育委员会的指导下，对国务院有关部门直接管理的高等学校，在保证投资、经费和人才需求等条件下，统筹组织联合办学的试点，促进高等学校与科学研究、生产等部门的联合与协作；管理本地区所属成人高等教育。
第四，扩大高等学校管理权限，增强高等学校适应经济和社会发展需要的能力，其主要内容是：在保证完成国家下达的培养人才任务的前提下，可以按照国家规定的比例实行跨部门、跨地区的联合办学，接受委托培养生和自费生；执行勤俭办学的方针并在遵守国家财务制度的前提下，按照“包干使用，超支不补，节余留用，自求平衡”的经费预算管理原则，可以安排使用主管部门核定的年度事业经费；按照主管部门批准的总体设计任务书、总体规划、长远和年度基建计划，在向主管部门实行投资包干的前提下，可以自行择优选择设计施工单位；按照干部管理权限，可以根据规定的干部条件、编制和选拔步骤，由校长提名报请任免副校长，任免其他各级行政人员，聘任、辞退教师和辞退职工；经过批准的高等学校，可以按照国家有关规定，评定副教授的任职资格，其中少数具备条件的高等学校，可以评定教授的任职资格；审定授予硕士学位的学科、专业，增补博士研究生导师；根据党和国家的教育方针政策及修业年限、培养规格，可以按社会需要调整专业服务方向，制订教学计划（培养方案）、教学大纲，选用教材，进行教学内容和方法的改革；在保证完成国家下达的科学研究任务的前提下，可以自行决定参加科学研究项目的投标，承担其他单位委托的科学研究任务，面向社会开展技术服务和咨询；在国家外事政策和有关规定的范围内，积极开展对外交流活动。