1992年，中共十四大确定我国经济体制改革的目标是建立社会主义市场经济体制。随着经济体制、政治体制和科技体制改革的深化，我国原有的与计划经济体制相适应的高等教育宏观管理体制也暴露出一些弊端，主要表现在：高等学校隶属关系复杂，管理上“条块分割”现象严重，不利于统一管理；中央与地方教育行政部门之间、各级教育主管部门与高等学校之间职权、责任不清；政府对高等学校包得过多、统得过死，高等学校缺乏必要的办学自主权。在这种形势下，高等教育宏观管理体制必须进行改革，逐步建立起与社会主义市场经济体制、政治体制和科技体制相适应的高等教育管理体制。
（一）以适应经济体制转型为基础的高等教育管理体制改革
从1992年到1997年，我国高等教育管理体制改革的重心在于突破适应计划经济体制的高等教育管理体制的障碍，探索适应社会主义市场经济体制的高等教育管理体制。
1993年1月，国务院批转《国家教委关于加快改革和积极发展普通高等教育的意见》，指出：“高等教育管理体制和改革方向是，逐步实行中央与省（自治区、直辖市）两级管理、两级负责为主的管理体制。”[15]为此，文件要求改革原有的由国家包办高等教育的单一体制和模式，探索适应社会主义市场经济体制、调动社会办学积极性、多种形式和途径发展高等教育的新路子；进一步改革原有的国家集中计划和政府直接管理的办学体制，逐步建立和完善国家统筹规划和宏观管理、学校面向社会自主办学的新体制；改革高等教育投资体制，逐步建立财政拨款为主、多渠道筹措经费的投资体制；进一步改革招生计划体制，实行国家任务计划和调节性计划相结合；进一步改革高等学校毕业生“包当干部”和由国家“统包统分”的就业制度，实行少数毕业生由国家安排就业，多数毕业生自主择业的就业制度。
1993年2月，中共中央、国务院印发了《中国教育改革和发展纲要》，要求深化高等教育体制改革，主要是理顺政府与高等学校、中央与地方、国家教委与中央各业务部门之间的关系，逐步建立政府宏观管理、学校面向社会自主办学的新体制。主要改革措施包括：第一，改革办学体制，改变政府包揽办学的格局，逐步建立以政府办学为主体、社会各界共同办学的体制。第二，在政府与学校的关系上，要按照政事分开的原则，通过立法，明确高等学校的权利和义务，使高等学校真正成为面向社会自主办学的法人实体；政府要转变职能，由对学校的直接行政管理转变为运用立法、拨款、规划、信息服务、政策指导和必要的行政手段进行宏观管理。第三，在中央与地方的关系上，进一步确立中央与省（自治区、直辖市）分级管理、分级负责的教育管理体制。中央直接管理一部分关系国家经济、社会发展全局并在高等教育中起示范作用的骨干学校和少数行业性强、地方不便管理的学校。在中央大政方针和宏观规划指导下，对地方举办的高等教育机构的领导和管理，责任和权力都交给省（自治区、直辖市）。第四，在国家教委与中央业务部门的关系上，国家教委负责统筹规划、政策指导、组织协调、监督检查、提供服务。中央业务部门要加强对本行业的人才预测和规划，协助国家教委指导本行业的人才培养工作，负责管理其所属学校。第五，改革高等学校的招生和毕业生就业制度。改变全部按国家统一计划招生的体制，实行国家任务计划和调节性计划相结合。改革学生上大学由国家包下来的做法，逐步实行收费制度；改革高等毕业生“统包统分”和“包当干部”的就业制度，实行少数毕业生由国家安排就业，多数由学生“自主择业”的就业制度。第六，改革对高等学校的财政拨款机制，充分发挥拨款手段的宏观调控作用。[16]
1995年7月，国务院办公厅转发《国家教委关于深化高等教育体制改革的若干意见》，肯定了前一阶段高等教育管理体制改革取得的进展，但是同时也指出，从总体上说，高等教育体制改革的进程仍然滞后于经济体制改革和社会发展，与社会主义市场经济体制的建立不相适应，必须抓好高等教育管理体制的改革。文件提出：“高等教育管理体制改革的目标是，争取到2000年或稍长一点时间，基本形成举办者、管理者和办学者职责分明，以财政拨款为主、多渠道经费投入，中央和省、自治区、直辖市人民政府两级管理、分工负责，以省、自治区、直辖市人民政府统筹为主，条块有机结合的体制框架。”[17]在这个体制框架中，国家教委和中央业务部门仍要继续办好、管好少数有代表性的骨干学校，以及一些行业性强而一个省（自治区、直辖市）需要量有限、不便管理的学校；积极促进那些专业通用性强、地方建设又需要的中央部门所属院校，转由省、自治区、直辖市人民政府领导和管理；积极推进中央部门与地方政府共同建设、共同管理高等学校的改革试验，淡化学校单一的隶属关系观念，拓宽学校的服务面，加强条块结合；积极开展多种形式的合作办学试验，距离相近的不同类型、不同科类的学校，开展学校之间的合作办学，在自愿互利的基础上，实行资源共享、优势互补、学科交叉、协调发展，共同提高办学水平和效益；积极创造条件，促进部分学科互补的或一些规模较小、科类单一、设置重复的学校进行合并；鼓励企业、企业集团、科学研究单位积极参与高等学校的办学和管理，加强学校与企业、科研单位的联系，促进教育、科研、生产三结合。
这一阶段高等教育管理体制改革的主线是淡化和改革学校单一的隶属关系，加强省级人民政府的统筹，变条块分割为条块有机结合，通过“共建”“合作”“合并”“协作”和“划转”等形式推进改革；通过“双轨并存”（即公费和自费）的过渡和“并轨”改革的推进，进一步确立大学生“缴费上学”制度。据统计，到1997年年末，全国已有30个省、自治区、直辖市和48个中央部委不同程度地进行了高等教育管理体制改革的探索，涉及普通高校400多所、成人高校200多所；1000多所普通高校全部实行了公费和自费“并轨”；实行不同形式共建的高校共有100所，其中，国家教委所属高校31所，其他部委所属高校54所，地方所属高校15所；159所高校合并成74所，减少了85所，使全国高校由1994年的1080所变为1997年的1020所（含新批的若干所）；进行各种形式合作办学的高校达到288所，形成了162个合作办学体，总计372校次；5000多家企业和科研单位参与了217所高校的办学与管理；8所中央部委所属高校调整为地方政府管理的高校。[18]但是，由于部门办学体制的改革步履维艰，条块分割的体制还没有实质性的转变。
（二）高等教育管理体制改革的全面推进
1997年9月召开的中共十五大十分重视高等教育改革，提出了“优化教育结构，加快高等教育管理体制改革的步伐，合理配置教育资源，提高教育质量和办学效益”的改革思路，成为新一轮高等教育改革的指导思想，高等教育管理体制改革也进入全面推进的新阶段。
在中共十五大召开之前，国家教委就开始尝试在直属高校的管理体制上进行改革。1997年1月颁布的《国家教委关于转变职能，加强宏观管理，扩大直属高校办学自主权的若干意见》指出，根据我国高等教育体制改革的目标，将加强地方政府对所在地区学校的统筹权，国家教委逐步淡化以“条条”为主的管理办法，促进“条块”的有机结合，进一步发挥学校在区域经济建设和社会发展中的作用。文件还要求进一步改进管理决策体系，加强社会参与，促使决策民主化、科学化。
为落实中共十五大精神，大力推进高等教育管理体制改革，国家教委于1998年1月17日至19日在扬州召开了全国高等教育管理体制改革经验交流会。会上，李岚清副总理指出，我国现行的高等教育的办学和管理体制是适应当时高度集中的计划经济体制形成并发展起来的，它的最主要特征是“条块分割”，主要弊端是在低水平上重复设置高等学校和专业，教育资源不能优化配置和充分利用，造成很大浪费，从而影响了整体教育质量和办学效益。高等教育的发展必须从过去“条块分割”体制下主要靠外延扩张式的发展转变为主要靠重视质量的内涵式发展。通过教育体制改革，建立起与社会主义市场经济体制及科技进步和社会发展相适应的教育管理体制。李岚清副总理提出，高等教育管理体制改革要实行“共建、调整、合作、合并”的八字方针。[19]
1998年3月，九届全国人大一次会议通过了国务院机构改革方案，国家教育委员会更名为教育部，其职责和权限也做了相应的调整。在国务院机构改革中，原机械工业部、煤炭工业部、冶金工业部、化学工业部、国内贸易部、中国轻工总会、中国纺织总会、国家建筑材料工业局、中国有色金属工业总公司九个部门改组或组建为国家经济贸易委员会（以下简称“国家经贸委”）管理的九个国家局。1998年7月1日，《国务院关于调整撤并部门所属学校管理体制的决定》颁布，决定对这九个部门所属的211所学校（其中，普通高等学校93所、成人高等学校72所、中等专业学校和技工学校46所）的管理体制通过共建、合并、合作、调整等方式进行调整。其中，93所普通高等学校原则上都实行中央与地方共建，以地方管理为主；72所成人高等学校，除几所由中央财政负担的管理干部学院原则上就地并入普通高等学校或改制为培训教育机构外，其余由企事业单位举办的成人高等学校一律划转地方管理；46所中等专业学校和技工学校划转地方管理。1998年7月3日，国务院办公厅转发《教育部、国家经贸委、国家计委、财政部关于调整撤并部门所属学校管理体制的实施意见》，在93所普通高等学校中，除中国矿业大学、华北矿业高等专科学校暂时仍由国家煤炭工业局管理外，其余91所普通高等学校都实行中央与地方共建。1999年3月16日，国务院办公厅转发《教育部、国防科工委、国家计委、财政部关于调整五个军工总公司所属学校管理体制的实施意见》，对原中国船舶工业总公司、中国兵器工业总公司、中国航空工业总公司、中国航天工业总公司、中国核工业总公司五个军工总公司（以下简称“五公司”）所属的25所普通高等学校实行中央与地方共建，其他34所成人高等学校、98所中等专业学校、232所技工学校改制为非学历教育培训机构或划转地方举办和管理。1999年12月，《国务院关于进一步调整国务院部门（单位）所属学校管理体制和布局结构的决定》颁布。文件规定，除教育部、外交部、国防科工委、国家民委、公安部、安全部、海关总署、民航总局、体育总局、侨办、中科院、地震局等部门和单位继续管理其所属学校外，国务院部门和单位不再直接管理学校；按照“共建、调整、合作、合并”的方针，在对有关部门和单位所属普通高等学校管理体制调整的同时，调整学校布局结构，优化教育资源配置。2000年1月29日，教育部、国家计委、财政部联合下发了《关于调整国务院部门（单位）所属学校管理体制和布局结构的实施意见》，开始对161所普通高等学校和617所成人高等学校、中等专业学校和技工学校的管理体制进行调整。
1998年通过的《高等教育法》[20]，以法律的形式巩固了前一阶段高等教育体制改革的成果。其中，第十一条规定：“高等学校应当面向社会，依法自主办学，实行民主管理。”第十二条规定：“国家鼓励高等学校之间、高等学校与科学研究机构以及企业事业组织之间开展协作，实行优势互补，提高教育资源的使用效益。国家鼓励和支持高等教育事业的国际交流与合作。”第十三条规定：“国务院统一领导和管理全国高等教育事业。省、自治区、直辖市人民政府统筹协调本行政区域内的高等教育事业，管理主要为地方培养人才和国务院授权管理的高等学校。”第十四条规定：“国务院教育行政部门主管全国高等教育工作，管理由国务院确定的主要为全国培养人才的高等学校。国务院其他有关部门在国务院规定的职责范围内，负责有关的高等教育工作。”第二十五条规定：“设立高等学校，应当具备教育法规定的基本条件。大学或者独立设置的学院还应当具有较强的教学、科学研究力量，较高的教学、科学研究水平和相应规模，能够实施本科及本科以上教育。大学还必须设有三个以上国家规定的学科门类为主要学科。设立高等学校的具体标准由国务院制定。设立其他高等教育机构的具体标准，由国务院授权的有关部门或者省、自治区、直辖市人民政府根据国务院规定的原则制定。”第二十九条规定：“设立高等学校由国务院教育行政部门审批，其中设立实施专科教育的高等学校，经国务院授权，也可以由省、自治区、直辖市人民政府审批。对不符合规定条件审批设立的高等学校和其他高等教育机构，国务院教育行政部门有权予以撤销。审批高等学校的设立，应当聘请由专家组成的评议机构评议。高等学校和其他高等教育机构分立、合并、终止，变更名称、类别和其他重要事项，由原审批机关审批；章程的修改，应当报原审批机关核准。”第六十条第一款规定：“国家建立以财政拨款为主、其他多种渠道筹措高等教育经费为辅的体制，使高等教育事业的发展同经济、社会发展的水平相适应。”第六十条第三款规定：“国家鼓励企业事业组织、社会团体及其他社会组织和个人向高等教育投入。”
1999年1月，国务院批转教育部《面向21世纪教育振兴行动计划》，要求“继续实行‘共建、调整、合作、合并’的方针，今后3～5年，基本形成中央和省级政府两级管理、分工负责，在国家宏观政策指导下，以省级政府统筹为主的条块有机结合的新体制。除少数关系国家发展全局以及行业性很强，需由国家有关部门直接管理的高等学校外，其他绝大多数高等学校由省级政府管理或者以地方为主，与国家共建”。
1999年6月，《中共中央、国务院关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》发布，要求“进一步简政放权，加大省级人民政府发展和管理本地区教育的权力以及统筹力度，促进教育与当地经济社会发展紧密结合。今后3年，继续按照‘共建、调整、合作、合并’的方式，基本完成高等教育管理体制和布局结构的调整，形成中央和省级人民政府两级管理、以省级人民政府管理为主的新体制，合理配置教育资源，提高教育质量和办学效益。经国务院授权，把发展高等职业教育和大部分高等专科教育的权力以及责任交给省级人民政府，省级人民政府依法管理职业技术学院（或职业学院）和高等专科学校”。文件还要求“按照《中华人民共和国高等教育法》的规定，切实落实和扩大高等学校的办学自主权，增强学校适应当地经济社会发展的活力……进一步扩大高等学校招生、专业设置等自主权，高等学校可以到外地合作办学。深化学校内部管理体制改革，进一步精简机构，减员增效”。
自1993年中共中央、国务院做出逐步推进高等教育体制改革的正确决策，提出“共建、调整、合作、合并”的八字方针，到2002年，我国对517所高校进行了管理体制调整，实行以地方为主、中央和地方共建的体制；对29所重点高校实行以中央为主、中央和地方共建的体制；在317所高校开展校际合作办学，形成了227个合作办学实体；先后将637所高校合并组建为70所多科性和综合性高校。改革基本扭转了长期形成的部门和地方条块分割、重复办学、教育资源浪费严重的局面，对大多数高校确立了中央和省级人民政府两级管理、以省级政府管理为主的新体制，扩大了高校的办学自主权，初步实现了教育资源的优化配置，使办学的整体质量和效益明显提高。至此，“全国高校大规模的共建、调整、合作、合并工作已基本告一段落。下一阶段，高校要按照‘巩固、深化、提高、发展’的要求，把高等教育全面改革与发展引向深入”[21]。
2010年7月，《教育规划纲要》发布，开启了我国新一轮的教育改革。该文件要求：①深化办学体制改革。“坚持教育公益性原则，健全政府主导、社会参与、办学主体多元、办学形式多样、充满生机活力的办学体制，形成以政府办学为主体、全社会积极参与、公办教育和民办教育共同发展的格局。”②简政放权，明确各级政府责任。“中央政府统一领导和管理国家教育事业，制定发展规划、方针政策和基本标准，优化学科专业、类型、层次结构和区域布局。整体部署教育改革试验，统筹区域协调发展。地方政府负责落实国家方针政策，开展教育改革试验，根据职责分工负责区域内教育改革、发展和稳定。”③进一步加大省级政府对区域内高等教育的统筹。“完善以省级政府为主管理高等教育的体制，合理设置和调整高等学校及学科、专业布局，提高管理水平和办学质量。依法审批设立实施专科学历教育的高等学校，审批省级政府管理本科院校学士学位授予单位和已确定为硕士学位授予单位的学位授予点。”④转变政府教育管理职能。“各级政府要切实履行统筹规划、政策引导、监督管理和提供公共教育服务的职责，建立健全公共教育服务体系，逐步实现基本公共教育服务均等化，维护教育公平和教育秩序。改变直接管理学校的单一方式，综合应用立法、拨款、规划、信息服务、政策指导和必要的行政措施，减少不必要的行政干预。”⑤落实和扩大学校办学自主权。“政府及其部门要树立服务意识，改进管理方式，完善监管机制，减少和规范对学校的行政审批事项，依法保障学校充分行使办学自主权和承担相应责任。高等学校按照国家法律法规和宏观政策，自主开展教学活动、科学研究、技术开发和社会服务，自主设置和调整学科、专业，自主制定学校规划并组织实施，自主设置教学、科研、行政管理机构，自主确定内部收入分配，自主管理和使用人才，自主管理和使用学校财产和经费。”⑥培育专业教育服务机构。“完善教育中介组织的准入、资助、监管和行业自律制度。积极发挥行业协会、专业学会、基金会等各类社会组织在教育公共治理中的作用。”经过近十年的落实，符合中国具体国情、具有中国特色的高等教育宏观管理体制正在形成。