从新中国成立到改革开放前，我国高等学校微观管理体制大体经历了以下几个发展阶段。
（一）校（院）长负责制（1950—1956年）
新中国成立后，中央按照“维持原有学校，逐步加以必要的与可能的改良”的指导思想，对高等学校采取先接管、接收、接办然后予以改造的方法。各高等学校成立校务委员会（临时管委会）作为临时性、过渡性的领导体制，行使管理学校的权力，维持高等学校教学秩序。
1950年4月，中央教育部指示：“高等学校一律实行校长负责制。”同年8月14日，中央教育部颁布了《高等学校暂行规程》，规定“大学及专门学校采校（院）长负责制”，并明确校（院）长的职责如下：“（一）代表学校；（二）领导全校（院）一切教学、研究及行政事宜；（三）领导全校（院）教师、学生、职员、工警的政治学习；（四）任免教师、职员、工警；（五）批准校（院）务委员会决议。[24]”文件还规定，在校（院）长领导下成立校（院）务委员会，负责审查各系及各教研组的教学计划、研究计划及工作报告；通过预算和决算；通过各种重要制度及规章；议决有关学生重大奖惩事项；议决全校（院）重大兴革事项。
1952年我国开始进行院系调整，进一步确立了校（院）长负责制，校（院）长领导高等学校内部的全盘工作，直接向党和国家负责。当时高等学校党的组织实行党组制，即党组成员以行政负责人的身份贯彻党的方针、政策，而学校的党委会和政府机关的党委一样，在政治上起核心作用，不领导行政工作。1955年5月，中宣部《关于学校教育工作座谈会的报告》指出：“学校中的党组织和学校行政互相间都没有领导或指导关系，但应互相帮助，密切配合，为搞好教学、办好学校而协同进行工作。”[25]该报告得到中共中央的支持。1955年8月，中共中央批转中宣部《关于学校教育工作座谈会的报告》，要求各地党委认真研究执行。
我国高等学校的校（院）长负责制，是在新中国成立初期对旧中国高等教育进行接管和改造的一种体制形式，明显受到当时苏联高等学校行政首长一长制的影响。这种管理体制既保证了中国共产党在学校内部的政治核心地位，又稳定了学校的秩序，推动了高等学校的调整与改造，对于高等教育事业的发展起到了积极的作用。
（二）党委领导下的校（院）务委员会负责制（1956—1961年）
1956年，我国社会主义改造基本完成，开始探索自己的社会主义发展道路。1956年9月，中国共产党第八次全国代表大会通过的《中国共产党章程》第五十一条第一款规定：“在企业、农村、学校和部队中的党的基层组织，应当领导和监督本单位的行政机构和群众组织积极地实现上级党组织和上级国家机关的决议，不断地改进本单位的工作。”[26]根据这一精神，高校内部开始加强党委的领导。
1958年9月，《中共中央、国务院关于教育工作的指示》明确规定“一切教育行政机关和一切学校，应该受党委的领导”；“在一切高等学校中，应当实行学校党委领导下的校务委员会负责制；一长制容易脱离党委领导，所以是不妥当的”。[27]在这种体制下，党委全面领导学校的政治思想教育、行政管理、教学、行政和生产等工作；校务委员会是在党委领导下的权力机构，实行集体领导，由校长主持；学校工作中的重大问题，由校长提交校务委员会讨论，做出决定，由校长负责组织执行。
这种管理体制强调了党对高等学校的领导，这在当时是十分必要的。但是随着我国政治形势的发展，特别是1957年反右派斗争严重扩大化以后，“左”的错误思想滋长起来，出现了以党代政、党政不分的情况，校（院）务委员会有名无实，党委包办了学校的行政事务，校（院）长的作用难以发挥，党委领导下的校（院）务委员会负责制实际上成了党委书记负责制，对我国高等教育事业的发展产生了明显的消极影响。
（三）党委领导下的以校（院）长为首的校务委员会负责制（1961—1966年）
1958年以后，受“左”的错误思想的影响，我国出现了困难和挫折。1961年，中共中央开始纠正“左”的错误思想，实行“调整、巩固、充实、提高”的八字方针。1961年9月，经过总结新中国成立12年来高等教育工作正、反两方面的经验教训，中共中央批准了《中华人民共和国教育部直属高等学校暂行工作条例（草案）》，其中规定：“高等学校的领导制度，是党委领导下的以校长为首的校务委员会负责制。高等学校的校长，是国家任命的学校行政负责人，对外代表学校，对内主持校务委员会和学校的经常工作。”[28]该文件还规定“高等学校设立校务委员会，作为学校行政工作的集体领导组织。学校工作中的重大问题，应该由校长提交校务委员会讨论，做出决定，由校长负责组织执行。”[29]“校务委员会在校长的主持下，讨论和决定学校工作中的重大问题。”[30]文件还对高等学校党的组织和党的工作做了规定：“高等学校的党委会，是中国共产党在高等学校中的基层组织，是学校工作的领导核心，对学校的工作实行统一领导。高等学校中，党的领导权力应该集中在学校党委会一级，不应该分散。”[31]
这种管理体制纠正了党组织包办一切的做法，学校在党委统一领导下党政分工比较明确，党的思想政治工作得到了加强，校长和行政系统的作用得到了发挥，从而调动了知识分子的积极性，对我国高等教育事业的发展起到了很好的作用。但是，由于当时“左”的错误思想并没有彻底纠正，这一管理体制没有坚持下来。特别是1962年以后，“左”的错误思想日益严重，在高等学校的管理体制上又出现了强调党委的领导而削弱行政管理的倾向。
（四）党的一元化领导下的革命委员会制（1966—1976年）
1966年，我国开始了长达十年的“**”。在此期间，广大干部和教师成为专政和批判的对象，高等学校的党政领导均遭受空前破坏。1967年1月，革命委员会成立，并成为权力机构。1968年7月，工宣队、军宣队进驻高等学校，此后，全国高等学校都由工宣队和军宣队实施领导。1971年8月，中共中央批准的《全国教育工作会议纪要》规定，学校“实行党的一元化领导。毛泽东思想宣传队要长期留下去，在党委统一领导下充分发挥政治作用”；“革委会是党委领导下的权力机构”。[32]这样，高等学校的党政领导组织被以工宣队为主体的“三结合”（指工农兵、革命技术人员和原有教师三结合）的革命委员会代替，学校各系、各行政职能部门大多数也由工宣队参与领导。这种管理体制既否定了党的领导，又取消了校长的行政领导，使高等学校的管理体制遭受了严重破坏，高等教育事业发展严重受挫。