“**”结束后，特别是改革开放以后，我国高等学校的领导体制经历了党委领导下的校（院）长分工负责制、校长负责制的试点和党委领导下的校长负责制几个阶段。
（一）党委领导下的校（院）长分工负责制（1976—1984年）
1978年10月，教育部重新修订了“高校六十条”，颁布了《全国重点高等学校暂行工作条例（试行草案）》（即“新高校六十条”），规定“高等学校的领导体制是党委领导下的校长分工负责制”；“学校党委员会要支持以校长为首的全校行政指挥系统行使职权，并督促和检查他们的工作”。[33]同时，高校系一级也仿照学校领导体制，“实行系党总支委员会（或分党委）领导下的系主任分工负责制”[34]。在这种管理体制下，“学校的教学、科学研究、后勤工作中的重大问题，一定要经过党委员会讨论。党委员会做出决定后，由校长负责组织执行”[35]。校长是国家任命的学校行政负责人，副校长协助校长分工领导教学、科研、总务等方面的工作。
与1961年的“高校六十条”相比，“新高校六十条”取消了校务委员会，设立学术委员会，其职责包括“在校长或副校长领导和主持下，对学校教育事业发展规划、科学研究工作和研究生培养工作中的重大问题提出建议，审查、鉴定科学研究的成果，评议研究生的毕业论文、毕业设计，参与提升教授、副教授工作的审议，主持校内学术讨论会，组织参加国内和国际学术交流活动等”[36]。直到1983年5月的全国高等教育工作会议才提出学校可以试行设立起参谋、咨询作用的校（系）务委员会。1984年12月，《教育部党组关于高等学校试行设立校务委员会的通知》规定：“校务委员会的成员，应以对教育工作有见解、在学术上造诣较深的学者或富有经验的老教育工作者为主体，也要有在教学、科研和管理等方面做出贡献的优秀中青年代表参加。”[37]“高等学校校务委员会是学校工作的咨询机构，在校长领导下开展工作，并可以受校长委托，代表学校进行某些活动。”[38]
党委领导下的校（院）长分工负责制对高等教育战线的拨乱反正及使高等教育事业重新走上正轨起了积极的作用。然而，这种体制仍未能使行政系统形成强有力的独立的工作体系，在实际工作中也未能改变长期以来形成的党政不分、以党代政的格局，影响了行政管理工作的效率，也影响了党的自身建设和思想政治工作。
（二）校长负责制的试点（1984—1989年）
为了推进高等学校微观管理体制改革，1984年11月，中宣部和教育部在四川成都召开高等学校实行校长负责制试点工作座谈会。会议确定在北京工业大学、北京师范大学、辽宁大学、西北工业大学、成都科技大学、同济大学、湖北大学、天津医学院等9所高等学校试行校长负责制，试点学校约占全国高等学校的1%。
1985年5月，《中共中央关于教育体制改革的决定》明确规定：“学校逐步实行校长负责制，有条件的学校要设立由校长主持的、人数不多的、有威信的校务委员会，作为审议机构。要建立和健全以教师为主体的教职工代表大会制度，加强民主管理和民主监督。学校中的党组织要从过去那种包揽一切的状态中解脱出来，把自己的精力集中到加强党的建设和加强思想政治工作上来；要团结广大师生，大力支持校长履行职权，保证和监督党的各项方针政策的落实和国家教育计划的实现；要坚持用马克思主义教育广大师生，激励他们立志为祖国的富强奋勇进取、建功立业，保证学生德智体的全面发展，使学校真正成为抵御资本主义和其他腐朽思想的侵蚀，建设社会主义精神文明的坚强阵地。”该文件为校长负责制试点工作的推进奠定了基础。
1985年9月，国家教委在北京师范大学召开了校长负责制试点工作座谈会，会上肯定实行校长负责制是高等学校微观管理体制的重大改革，认为应积极创造条件，逐步实行。此后，校长负责制的试点步伐逐步加快，到1986年年底，全国进行校长负责制试点的高等学校达100多所，占全国高等学校的10%。
在总结部分高等学校校长负责制试点的基础上，1988年4月，国家教委发出《关于高等学校逐步实行校长负责制的意见》，指出：“高等学校必须按照党政分开的原则，逐步实行校长负责制。”[39]文件充分肯定了校长负责制，指出“高等学校实行校长负责制的方向必须明确，态度要坚定，步子要稳妥。已经实行校长负责制的学校，要认真总结经验，逐步完善这一领导体制；尚未实行校长负责制的学校，要进一步理顺党政关系，加强行政组织职能，积极创造条件，条件成熟时，改行校长负责制”[40]。文件还规定了高等学校校长的主要职责：“根据社会主义现代化建设的需要，支持制定并组织实施学校事业发展规划和年度工作计划；领导教师和职工不断提高教育质量和科学水平，保证完成培养人才和科学研究等项任务；抓好学生的思想政治教育，推动教职工教书育人、服务育人，使学生在德育、智育、体育等方面都得到发展；加强教职工队伍的建设，不断提高他们的政治、思想和业务素质；采取切实措施，逐步改善师生员工的工作、学习和生活条件。”[41]对于党组织在高等学校中的作用，文件规定：“学校党组织应当对党和国家的方针、政策在本校的贯彻执行和教育任务的完成负有保证监督的责任。”[42]
从1984年11月9所高等学校试点校长负责制至1989年8月《中共中央关于加强党的建设的通知》的颁布可以看出，高等学校实际上运行着两种微观管理体制：一种是大部分高等学校实行的党委领导下的校（院）长分工负责制，一种是在部分高等学校试行的校长负责制。
（三）党委领导下的校长负责制（1989年以来）
1989年8月，《中共中央关于加强党的建设的通知》颁布。该文件规定：“高等院校实行党委领导下的校长负责制。试行校长负责制的范围不再扩大。已经试点而收效较好的，可以继续试验。无论实行何种领导体制，党委都是学校的政治核心，全面领导思想政治工作，管理干部，同时支持行政领导独立负责地工作，力戒包揽行政事务。”1990年7月，《中共中央关于加强高等学校党的建设的通知》颁布。该文件再次明确“高等学校实行党委领导下的校长负责制”，并指出：“经上级主管部门和地方党委确定继续进行校长负责制试点的学校，要做好试点工作。在这些学校，党委要发挥政治核心作用，坚持党管干部的原则，全面领导学校的思想政治工作，参与对教学、科研和行政管理工作重大问题的决策。”根据上述文件精神，原先试行校长负责制的学校，大部分开始实行党委领导下的校长负责制，少数仍继续进行校长负责制的试点。
在1989年之后的几年，虽然中共中央和政府的不少文件都强调高等学校在微观管理体制上实行党委领导下的校长负责制，但并没有完全排斥校长负责制。即使在1995年3月颁布的我国教育的根本大法《教育法》也明确规定：“学校的教学及其他行政管理，由校长负责。”这里所说的“学校”虽然并没有明确说明包括高等学校，但同样也没有把高等学校排除在外。这样，在20世纪90年代初期，我国高等学校微观管理体制仍然维持着党委领导下的校长负责制和校长负责制两种制度并存的局面。
1996年4月，中共中央颁布《中国共产党普通高等学校基层组织工作条例》，结束了高等学校内部领导体制的模糊状态，“党委领导下的校长负责制”成为唯一选项。文件第三条规定：“高等学校实行党委领导下的校长负责制。校党委统一领导学校工作，支持校长按照《中华人民共和国教育法》的规定积极主动、独立负责地开展工作，保证教学、科研、行政管理等各项任务的完成。”第十一条又明确了高等学校党的委员会的主要职责：“1.学习、宣传和执行党的路线、方针、政策，坚持社会主义办学方向，依靠全校师生员工推进学校的改革和发展，培养有理想、有道德、有文化、有纪律的社会主义事业的建设者和接班人。2.按照从严治党的方针，加强学校党组织的思想、组织、作风建设，发挥党的总支部的政治核心作用、党支部的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用。3.讨论决定学校改革和发展以及教学、科研、行政管理等工作中的重大问题。4.领导学校的思想政治工作和德育工作。5.按照干部管理权限，负责干部的选拔、教育、培养、考核和监督。6.领导学校的工会、共青团、学生会等群众组织和教职工代表大会。7.做好统一战线工作。对学校内民主党派的基层组织实行政治领导，支持他们按照各自的章程开展活动。”
之后，《中国共产党普通高等学校基层组织工作条例》关于高等学校微观管理体制的规定，被1998年通过的《高等教育法》以法律的形式固定下来。《高等教育法》[43]第三十九条第一款规定：“国家举办的高等学校实行中国共产党高等学校基层委员会领导下的校长负责制。中国共产党高等学校基层委员会按照中国共产党章程和有关规定，统一领导学校工作，支持校长独立负责地行使职权，其领导职责主要是：执行中国共产党的路线、方针、政策，坚持社会主义办学方向，领导学校的思想政治工作和德育工作，讨论决定学校内部组织机构的设置和内部组织机构负责人的人选，讨论决定学校的改革、发展和基本管理制度等重大事项，保证以培养人才为中心的各项任务的完成。”第四十一条第一款规定了校长的职责：“高等学校的校长全面负责本学校的教学、科学研究和其他行政管理工作，行使下列职权：（一）拟订发展规划，制定具体规章制度和年度工作计划并组织实施；（二）组织教学活动、科学研究和思想品德教育；（三）拟订内部组织机构的设置方案，推荐副校长人选，任免内部组织机构的负责人；（四）聘任与解聘教师以及内部其他工作人员，对学生进行学籍管理并实施奖励或者处分；（五）拟订和执行年度经费预算方案，保护和管理校产，维护学校的合法权益；（六）章程规定的其他职权。”另外，《高等教育法》第四十二条规定：“高等学校设立学术委员会，审议学科、专业的设置，教学、科学研究计划方案，评定教学、科学研究成果等有关学术事项。”第四十三条规定：“高等学校通过以教师为主体的教职工代表大会等组织形式，依法保障教职工参与民主管理和监督，维护教职工合法权益。”
2010年7月颁布的《教育规划纲要》提出了要求：①完善中国特色现代大学制度和高校治理结构。“公办高等学校要坚持和完善党委领导下的校长负责制。健全议事规则与决策程序，依法落实党委、校长职权。完善大学校长选拔任用办法。充分发挥学术委员会在学科建设、学术评价、学术发展中的重要作用。探索教授治学的有效途径，充分发挥教授在教学、学术研究和学校管理中的作用。加强教职工代表大会、学生代表大会建设，发挥群众团体的作用。”②推进政校分开、管办分离。“适应中国国情和时代要求，建设依法办学、自主管理、民主监督、社会参与的现代学校制度，构建政府、学校、社会之间新型关系。适应国家行政管理体制改革要求，明确政府管理权限和职责，明确各级各类学校办学权利和责任……健全校务公开制度，接受师生员工和社会的监督……探索建立符合学校特点的管理制度和配套政策，克服行政化倾向，取消实际存在的行政级别和行政化管理模式。”③加强章程建设。“各类高校应依法制定章程，依照章程规定管理学校。尊重学术自由，营造宽松的学术环境。全面实行聘任制度和岗位管理制度。确立科学的考核评价和激励机制。”④扩大社会合作。“探索建立高等学校理事会或董事会，健全社会支持和监督学校发展的长效机制。探索高等学校与行业、企业密切合作共建的模式，推进高等学校与科研院所、社会团体的资源共享，形成协调合作的有效机制，提高服务经济建设和社会发展的能力。推进高校后勤社会化改革。”
为了落实文件精神，2014年，中共中央办公厅印发了《关于坚持和完善普通高等学校党委领导下的校长负责制的实施意见》，指出党委领导下的校长负责制是中国共产党对国家举办的普通高等学校领导的根本制度；2017年9月，中共中央办公厅、国务院办公厅印发《关于深化教育体制机制改革的意见》，要求坚持和完善党委领导下的校长负责制，发挥党委领导的核心作用，党委领导下的校长负责制得到巩固。至此，我国高等学校微观管理体制经过几十年的变化与反复，终于在21世纪初形成了一个符合中国具体国情、具有中国特色的基本框架。