既然高中学段存在重点高中和非重点高中之分，必然引起一些家长想方设法让孩子进入重点高中学习。虽然从20世纪80年代中期开始，对重点高中的质疑声音就不绝于耳，有些地方政府也开始减少对重点高中的投入，以维护教育公平。但是，这些重点高中为了继续保持自己的优势地位，开始出现了向家长额外收费的现象。
1989年年初，受国务院委托，由国家教委牵头，有关部委参加，对各省、自治区、直辖市的中小学教育工作进行了五项督导检查，其中就包括纠正乱收费等情况。1990年，国家教委再次进行了复查，并在各地自查的基础上，组织了对6个省（直辖市）的抽查。
1990年8月28日，《中国教育报》刊登了相关报道：国家教委新闻发言人强调，各地教育行政部门和所有中小学校在开学时，必须认真按国家有关规定做好收费工作，划清合理收费和乱收费的界限，坚决刹住某些地方存在的收取择校费等乱象。应该说在当时，教育领域的乱收费现象比较严重，主要是重点学校通过招收择校生、借读生来收取一些经费。
1990年9月16日，中共中央、国务院发布《关于坚决制止乱收费、乱罚款和各种摊派的决定》，对当时一些地区和部门出现的乱收费、乱罚款和各种摊派（简称“三乱”）的情况进行严加制止。要求各地区、各部门进行清理整顿，不得任意增加收费项目，提高收费标准。文件指出，“三乱”屡禁不止，日趋严重，已成为一个尖锐的社会问题，群众对此反映十分强烈。文件要求各级政府统一思想，提高认识，增强制止“三乱”的紧迫感，自觉防止和抵制“三乱”的滋生和发展。
文件明确了各部门的职责和管理权限。行政事业性收费项目，审批权限集中在中央和省（自治区、直辖市，不含计划单列市）两级。根据收费项目情况，分别由国家物价局、财政部和省物价、财政部门审批，重要项目须报国务院或省政府批准。设立各种基金的审批权集中到财政部，由财政部会同有关部门审批，重要的报国务院批准。
文件还对建立健全收费、罚款和集资的财务、票据管理制度；对不得乱摊派，精简机构，压缩人员，努力减少各种收费；对切实加强监督检查，加强执法队伍的建设，努力提高执法人员素质，切实加强对治理“三乱”工作的领导等做出了明确规定。
1990年治理“三乱”工作后，教育乱收费问题曾一度得到抑制，但是后来又有所抬头，出现了各种新的名目。
1993年10月9日，中共中央办公厅、国务院办公厅转发财政部《关于治理乱收费的规定》，[2]该文件与《关于坚决制止乱收费、乱罚款和各种摊派的决定》相互配合，明确了各级财政、计划（物价）部门为行政事业性收费的主管部门，对财政部门加强行政事业性收费的管理提出了更高的要求。文件强调，为了规范收费行为，促进收费秩序的好转，坚决遏制乱收费行为，各级财政、物价部门以及实施收费的主管部门，都要大力加强行政事业性收费的监督管理，建立健全各项规章制度。
该文件内容主要包括，建立收费项目的报批制度；实行收费许可证制度；健全收费票据管理，实行“收费许可证、收费票据与财政专户存储”三挂钩的管理办法；实行“收支两条线”的收费资金管理制度，任何单位都不得以强调部门的特殊性为由，坐收坐支，拒不专户存储；实行收费年度审验、收费票据稽查制度，对不按期参加年审的收费单位，应视为自动取消收费资格，不得继续收费；建立健全收费的社会监督机制；等等。随后，中央政府又连续发布一系列文件规范了教育收费行为，遏制了一些重点学校乱收费的现象。