良好的制度环境是民办教育健康发展的保障，随着民办教育办学实践的推进，理论界也非常关注民办教育制度问题，具体包括法人制度、产权制度、财务制度和税收制度等方面。涉及的关键词有“产权”“营利性”“非营利性”“合理回报”和“公益性”等。
（一）法人制度
法人制度是国家规范市场主体的重要的法律制度。对法人分类制度的研究认为，我国对非营利性民办学校法人的民办非企业单位法人定位存在缺陷，应探索非营利性民办学校登记为事业单位性质的法人制度，给予公办和民办非营利学校同等法律地位。[7]在法人筹资制度方面，认为民办学校筹资渠道狭窄、规范筹资行为的政策欠缺，应借助债券融资和股权融资等模式拓展筹资渠道[8]，国家应建立有效的政策和法律体系，以规范和帮助民办学校获得更多办学资源[9]。在法人治理制度方面，认为建立完善的法人治理结构，在外部制度上要实现民办学校法人财产权的独立，在内部权力配置上要建立二元管理体制、实现决策和管理的分离，完善学校的决策和监督机制。[10]
（二）产权制度
产权制度是对产权界定、运营和保护等的体制安排和法律规定。对民办学校产权归属的研究，形成了产权归国家所有、归投入主体所有、政府直接投入之外的投入和收益私有，以及依据财产来源和学校类型做不同制度安排这四种观点[11]，而实际上当前我国民办学校产权归法人或学校所有，学校存续期间的举办者和办学者不拥有产权，国家政策对民办学校产权关系界定不清[12]。明晰民办学校产权归属，要承认举办者投资办学逐利倾向的客观性，在借鉴国外私立学校成熟法例的基础上，建立产权清晰、责权明确、权义统一的产权制度。[13]民办学校产权结构包括举办者投入的资产、国有资产、接受社会捐赠和学校滚动发展的资产等，单一产权结构对建立现代法人治理结构不利，多元产权结构对实现教育资源配置更有利，在多元产权结构中多考虑校长及教师的人力资源价值，有利于保障学校产权制度的效率。[14]
（三）财务制度
财务制度是民办学校财务活动和处理财务关系的行为规范。我国民办学校财务制度存在会计主体地位不明确、人员短缺、制度缺失、核算不规范、监督弱化和收费票据管理不规范等问题。[15]完善财务制度，在国家层面上要调整不适应和歧视性的规定，对民办学校财务资产实行全面审计，将财务管理规定进一步可操作化，强化对财务政策执行的监督[16]，民办学校会计准则须全国统一，营利性和非营利性民办学校分别执行以《企业会计准则》和《民间非营利组织会计制度》为基础的会计制度[17]。在民办学校层面上要通过配备合格的会计人员、健全会计预决算管理制度、完善财务审核审批制度、严格资产管理制度、建立监事会财务监管制度等方式加强财务管理。[18]
（四）税收制度
对民办学校税收制度的研究，早期的研究分析了税收制度的问题，认为税收政策存在公办民办教育税收待遇差距较大、管理不公、营利和非营利性不分、对落后地区缺乏照顾等问题。[19]随着分类管理的推进，研究者均支持对非营利性民办学校实行免税政策，也可给营利性民办学校一些税收优惠。[20]进一步完善民办教育税收制度，应健全相关法律制度，明确各级政府的监管、扶持职责和权限，建设学校财务监管和信息公开平台，区别存量和增量资产税收方式，注意防范权力寻租空间的衍生问题等。[21]