1992年，我国由计划经济体制向社会主义市场经济体制转变，私营、民营经济获得合法性地位。党的十四大报告中明确提出“鼓励社会力量办学”，推动民办高等教育进入快速发展期。
《中国教育改革和发展纲要》指出“高等教育要逐步形成以中央、省（自治区、直辖市）两级政府办学为主、社会各界参与办学的新格局”，标志着我国民办高等教育进入快速发展期。这一阶段，国家针对民办高等教育的政策法规频出，明确了民办高等教育“不得以营利为目的”，政策导向总体上是鼓励、支持、引导和管理，但其间也出现过限制民办高等教育的政策。1993年8月，国家教委颁布了我国第一部专门针对民办高等教育的行政规章《民办高等学校设置暂行规定》，明确了民办高等学校是我国高等教育事业的组成部分，规定了民办高等学校不得以营利为办学宗旨，阐述了民办高等学校设置的原则、标准和程序。此后的《教育法》《关于民办学校向社会筹集资金问题的通知》《关于加强社会力量办学管理工作的通知》等法律和文件都不断重申民办高等教育不得以营利为目的。1994年，陕西省政府正式批准成立民办西京大学（筹办）。《社会力量办学条例》明确了国家对社会力量办学实行“积极鼓励、大力支持、正确引导、加强管理”的方针。然而，民办高等教育却没有像民办职业教育、民办成人教育和民办学前教育那样得到大力支持，反而受到限制，条例中特别强调“国家严格控制社会力量举办高等教育机构”。不过，仅仅过了一年的时间，国家的政策就发生了转向，从限制变成明显的鼓励和支持。1998年8月，《中华人民共和国高等教育法》（以下简称《高等教育法》）颁布，其中第六条提到“国家鼓励企业事业组织、社会团体及其他社会组织和公民等社会力量依法举办高等学校，参与和支持高等教育事业的改革和发展”。此后，《面向21世纪教育振兴行动计划》《中共中央国务院关于深化教育改革 全面推进素质教育的决定》等政策文件不断明确国家对社会力量举办高等教育的支持态度。1999年，第三次全国教育工作会议召开，时任国务院总理朱镕基指出，城乡居民教育消费意愿十分强烈，居民家庭储蓄中有相当的比例准备用于教育，现有教育资源还有很大潜力，社会力量也有办学的积极性，鼓励社会力量尝试举办民办高等学校。
1999年，党中央、国务院做出了要进一步扩大高等教育规模的决策，极大地拓展了民办高等教育发展的空间。在此阶段，我国民办高等学校的数量和规模呈爆发式增长。资料显示，1994年全国民办高等教育机构数为880所，到1999年已经增加到1277所。为落实扩招政策，在当时高等教育资源普遍紧缺的情况下，江苏浙江一带公办高校开始探索试办具有民办性质的二级学院（独立学院），其中相当一部分未经过教育部审批，由公办高校自己试办；部分学校经省级教育行政部门同意。二级学院试办以后，社会上议论纷纷，见仁见智。到2002年，民办二级学院的办学模式已成为较快较好地发展高等教育，特别是本科教育的一种新途径。这一时期，以浙江大学城市学院（1999年成立）为发端，国有民办二级学院如雨后春笋般在全国大规模发展，推动了我国民办高等教育的发展和全国高等教育大众化的进程。截至2001年，全国共有独立学院318所，在校生186.6万人，占全国民办高等教育在校生总数的53.4%；其中，独立学院本科在校生165.7万人，占全国民办本科高等教育在校生总数的88.7%。[1]
在这一时期，我国民办高校多点开花，快速发展。