（一）财政扶持型
民办高校的办学经费主要依靠学费收入，经费匮乏一直是制约民办高校发展的瓶颈问题。我国部分地区政府在财政上对民办高校予以扶持，效果显著。
陕西省从2012年起每年拿出3亿元设立民办高等教育发展专项基金，重点用于民办高等教育公共服务和信息平台建设、高水平民办高校建设、改革创新、师资队伍建设、实验室和实习实训基地建设、科学研究、表彰和奖励为民办高等教育做出突出贡献的集体和个人等方面。[7]截至2016年，省财政累计拨付专项资金15亿元，民办高校基础能力得到全面提升。2017年陕西省再度明确，省级财政继续设立民办高等教育发展专项基金，每年安排4亿元用于支持非营利性民办高校“四个一流”等重大项目建设。山东省大力支持民办本科高校优势特色专业建设，对优质民办高校给予奖励。2014—2016年，山东省财政累计安排1.18亿元，实施“民办本科高校优势特色专业支持计划”，支持全省民办本科高校60个优势特色专业建设。2016年，省财政安排民办高校奖励资金5400万元，对山东英才学院、山东协和学院等15所办学成效显著、为社会培养高素质人才数量较多的民办高校给予奖励。
（二）土地优惠型
土地是民办高校赖以生存的基础，部分省、市为推动民办高校的发展，出台了诸如返还土地出让金、无偿划拨等土地优惠政策，使得一些民办高校从中获益。
如2000年《陕西省人民政府关于进一步办好民办高等教育的决定》规定，“民办高校建设应当根据国家有关规定纳入当地建设规划。民办高校在规划范围内依法征用土地，在减免建设配套费方面享受与公办高校同等优惠政策。政府鼓励企事业单位、公办学校将闲置的场地、设施、设备等资源优先出租、转让给民办高校办学”[8]。这些扶持政策的制定为陕西民办高校的兴建奠定了良好的基础。
2008年，重庆市制定了《重庆市人民政府关于促进民办教育发展的意见》，提出各区县（自治县）人民政府和市政府有关部门要把民办学校办学用地纳入城镇建设土地利用总体规划。民办学校新建、改扩建用地可以采用出让的方式征用。民办学校教育教学用地按收支两条线的办法先交纳土地出让金，再申请返还。该规定极大促进了重庆市民办高校的新建和发展，各区县政府和市级国土部门把民办学校用地纳入城镇建设土地总体规划，并给予优惠。一种方式是先交后返，另一种方式是直接优惠，如重庆传媒职业学院获得土地出让金返还款2.15亿元、重庆工程学院获得土地出让金返还款0.7亿元，重庆机电职业学院以每亩1万元的优惠价格取得土地。
2002年，江西省政府对南昌市昌东高校新区建设用地按无偿划拨供地方式提供，涉及农民问题，征地补偿费由当地政府与用地学校协商解决。新增建设用地有偿使用费从2001年8月至2004年年底，除30%上缴中央财政外，其余70%全部免缴，免征契税、耕地占用税，征地管理费减半征收，并对其建设配套设施费用优惠。[9]
再如，珠海市政府分别为北京师范大学珠海分校、吉林大学珠海学院、北京理工大学珠海学院无偿划拨5000多亩土地作为校园建设用地，这3所民办高校都是以土地资源为驱动，按照独立学院的机制和模式运作。诸如此类，还有海南省政府和三亚市政府2005年给三亚学院划拨土地3000亩，支持三亚学院建设；海南省政府和海口市政府2009年给海口经济学院划拨土地1780亩。
（三）师资配置型
师资配置是高校为社会输送优秀人才的核心要素，各地政府为提升民办高校办学质量，实现内涵、特色发展，在师资配置上采取了一些措施。如2010年，上海市在实施《上海教育规划纲要》“十大工程”之一的“教师专业发展工程”时，给予民办高校和公办高校同等待遇，教师出国进修、产学研以及学生的实践实习等相关项目对民办高校实现全覆盖。为缩小民办学校教师与公办学校教师退休待遇的差距，上海市教委于2009年起探索实施民办学校教职工年金制度，鼓励民办学校参照企业年金制度为专职教师缴纳年金。针对民办高校师资队伍水平和整体教育质量不高的现状，从2012年起，上海市教委每年投入约2000万元财政专项资金，用于对民办高校青年教师和管理干部的集中培训，支持民办高校青年教师开展海外研修、产学研实践。针对民办高校教师待遇低的情况，上海市在2012年就拟制定进一步提高民办学校专职教职工收入的指导性意见，将专职教职工收入与学校学费收入、办学结余挂钩，设定比例要求，并将这一比例作为核定学校政府扶持专项资金的重要依据之一。同时，加强制度建设，发挥导向作用，通过多渠道（如企业养老金、企业年金和共享费等）提高民办学校专职教职工退休待遇。如宁波市政府大力支持民办高校发展，给予宁波大红鹰学院800个事业单位编制。
（四）严格管制型
各地政府在扶持民办高校的同时，也对民办高校实行严格管理。
一方面，严格对财务进行监管，如上海市从2010年开始，统一全市所有民办学校的财务管理制度和会计核算方法，安装了财务网络监管平台，推行了资金专户监管。对于办学使用经费，民办学校的举办者只能对其中14个项目进行自主支配使用，其他所有项目均要通过监管单位审批后才能使用。2013年广东省《关于促进民办教育规范特色发展的意见》指出，民办学校要建立和完善内部预算管理制度，健全财务管理制度，实行财务公开，确保教学和人力资源等投入到位。民办学校从财政部门和主管部门取得的有指定项目和用途的专项资金，应当存入经主管部门审核的银行专款账户，保证专款专用和单独核算。2018年公布的《浙江省民办学校财务管理办法》，明确民办学校财务机构负责人（会计主管人员）实行回避制度，董事会、理事会或类似决策机构（以下简称决策机构）人员的直系亲属不得同时被聘任为民办学校财务机构负责人（会计主管人员）。民办学校财务机构负责人（会计主管人员）的直系亲属不得在本单位财务机构中从事会计工作。举办者以实物、土地使用权、知识产权以及其他财产出资的，必须在民办学校法人登记成立后1年内办理过户手续，将资产过户到学校名下。
另一方面，政府不断加大对民办高校的监督检查力度。2008年8月，山东省委高校工委、省教育厅研究制定民办高校督导专员党建工作联络员选派和管理暂行办法及具体实施办法，首批选派24名督导专员、党建工作联络员赴全省24所民办高校开展工作。江西省向13所民办高校新派或委派了13位政府督导专员，并分别兼任所在学校的党委书记。陕西省民办高校及独立学院2014年年检，2所民办高校被要求整改，要求按照专家组反馈意见，加大学校整改工作力度，纠正不规范办学行为；尽快落实投资主体，加大资金投入；加强基础设施建设，完善办学条件；完善内部管理机制，加强师资队伍建设，提升办学水平。基本合格学校的整改期限为半年，学校整改完成后应及时将整改情况书面报送省教育厅。江西省教育厅2014年年检结果显示，6所专修学院被终止办学。