从1992年开始，随着计划经济向社会主义市场经济转型，经济体制改革不断深入，一方面，政府的经济职能与政治职能分离，社会公共管理职责和方式发生了转变。1993年《中国教育改革和发展纲要》提出：“政府要转变职能，由对学校的直接行政管理，转变为运用立法、拨款、规划、信息服务、政策指导和必要的行政手段，进行宏观管理。”另一方面，在学前教育领域，企业开始逐步剥离社会职能，鼓励多渠道、多形式社会集体办学和民间办学。在国家加大改革力度、由计划经济向社会主义市场经济体制转型的历史过程中，学前教育经历了在改革和探索中的曲折发展。
国务院办公厅2003年转发了教育部等部门《关于幼儿教育改革与发展的指导意见》，指出：“坚持实行地方负责、分级管理和有关部门分工负责的幼儿教育管理体制……建立和完善政府领导统筹，教育部门主管，有关部门协调配合，社区内各类幼儿园和家长共同参与的幼儿教育管理体制。”这一文件对中央、省、市、县、乡（镇）五个层级政府在学前教育发展中的具体职责进行了初步规定：“国家制定有关幼儿教育的法规、方针、政策及发展规划；省级和地（市）级人民政府负责本行政区域幼儿教育工作，统筹制定幼儿教育的发展规划，因地制宜地制定相关政策并组织实施，积极扶持农村及老少边穷地区的幼儿教育工作，促进幼儿教育事业均衡发展；县级人民政府负责本行政区域幼儿教育的规划、布局调整、公办幼儿园的建设和各类幼儿园的管理，负责管理幼儿园园长、教师，指导教育教学工作；城市街道办事处配合有关部门制定本辖区幼儿教育的发展计划，负责宣传科学育儿知识、指导家庭幼儿教育、提供活动场所和设备、设施，筹措经费，组织志愿者开展义务服务；乡（镇）人民政府承担发展农村幼儿教育的责任，负责举办乡（镇）中心幼儿园，筹措经费，改善办园条件；要发挥村民自治组织在发展幼儿教育中的作用，开展多种形式的早期教育和对家庭幼儿教育的指导。”同时，《关于幼儿教育改革与发展的指导意见》再次明确指出了幼儿教育的主管部门，并对政府其他相关职能部门的职责做了第三次分工，为学前教育事业发展的权责关系定下了基调。相应地，各级地方政府也根据国家学前教育管理体制的总原则，明确规定了本级政府内部各相关部门的职责分工与工作重点，并通过建立学前教育联席会议制度、第三方参与管理等方式理顺并创新地方学前教育管理体制。例如，上海的托幼领导小组，浙江、山东、河北、广西、辽宁、深圳等地的联席会议制度等都是这一时期地方学前教育管理体制改革的探索。[3]
此外，《关于幼儿教育改革与发展的指导意见》中提出“以社会力量兴办幼儿园为主体”的政策导向，引入了多元投资办学主体，社会团体、组织和个人纷纷投资兴办幼儿园，各种社会力量所办的幼儿园，如民办园、街道园、私立园、合资园、独资园等大量出现，发展很快。但是，由于对转型期政府在学前教育事业发展中的职责、宏观调控中应承担的公共管理责任的认识模糊不清，对幼儿教育的重要性认识不到位，在经济体制转型中，一些地方政府对学前教育事业发展的职责有弱化的趋势，出现了责任不到位甚至推卸责任的现象。由于认识上模糊甚至不重视，领导管理力量薄弱，计划、领导、组织、监管不力，甚至简单套用企业改制的做法将幼儿园推向市场，减少或停止投入，甚至出售，导致学前教育发展出现了所谓社会化和市场化的转向，造成了事业发展方向偏差，在一些地区不仅大批优质教育资源流失，而且教育质量下降，影响了学前教育事业的健康、可持续发展。此外，上述文件虽然从原则上一再强调各级地方政府和各部门的责任，但由于是首次将学前教育事权和财权分开管理而又缺乏适当的协同机制，因而在实践上出现了“教育部门有心无力、财政部门有力无心”的怪现象，最后让学前教育沦落为无人疼爱的“灰姑娘”。[4]
这一时期，我国学前教育事业跌宕起伏，徘徊不前，甚至出现了严重滑坡。“九五”“十五”期间我国幼儿教育事业发展规划目标均未能实现。从1995年至2001年，全国幼儿园数、在园幼儿数以及幼儿入园率呈现逐年下降的趋势：幼儿园数从1995年的18.0万所降至2001年的11.2万所，减少了38.1%；在园幼儿人数从2711.2万人降至2021.8万人，减少了25.4%；3～6岁幼儿入园率从41%降至34%，已低于“八五”末的水平。“十五”初期，在园幼儿数继续下降，2003年降到10年来的最低水平，直到2004年才得到扭转，逐步呈现恢复发展的态势。但到2005年也才恢复到1996年的水平，难以满足广大群众对幼儿接受优质早期教育的需要，与我国经济和社会的发展极不相适应，引发了社会反映强烈的“入园难”“入园贵”，乃至“入园荒”问题，其实质是连续10年削弱的“供”和日益增强的“需”之间的突出矛盾。