改革开放后，随着经济体制的调整和社会结构的变化，“主体一元化”社会中形成的类似行政机关内设机构的公立学校办学定位与社会发展的需要日益脱节。政府对公立学校的严格控制导致学校办学僵化、效率低下，并且难以调动各方面力量拓展办学资源，严重限制了公立学校的发展和办学质量的提升。在急需依靠教育“多出人才、快出人才、出好人才”以大力建设社会主义的情况下，公立学校在办学体制上的弊端不仅受到了教育研究者的批评，也引起了决策层的关注。为形成既利于政府统筹管理，又能让学校具有适当的办学自主权，还能调动社会力量积极参与办学的新型的权力关系，1985年，《中共中央关于教育体制改革的决定》正式启动了办学体制改革。《中共中央关于教育体制改革的决定》指出：“在教育事业管理权限的划分上，政府有关部门对学校主要是对高等学校统得过死，使学校缺乏应有的活力；而政府应该加以管理的事情，又没有很好地管起来。……要从根本上改变这种状况，必须从教育体制入手，有系统地进行改革。改革管理体制，在加强宏观管理的同时，坚决实行简政放权，扩大学校的办学自主权；调整教育结构，相应地改革劳动人事制度。还要改革同社会主义现代化不相适应的教育思想、教育内容、教育方法。”根据改革目标的上述表述，“简政放权，扩大学校的办学自主权”是教育体制改革的重要方向。因此，在这场对办学权力的再分配中，放权不仅包括从中央向地方这一向度，还包括从政府向学校放权这一在新中国教育历史上首次出现的新向度。
在高等教育阶段，根据《中共中央关于教育体制改革的决定》的安排，“简政放权”给予公立高等学校的办学自主权包括：“在执行国家的政策、法令和计划的前提下，高等学校有权在计划外接受委托培养学生和招收自费生；有权调整专业的服务方向，制订教学计划和教学大纲，编写和选用教材；有权接受委托或与外单位合作，进行科学研究和技术开发，建立教学、科研、生产联合体；有权提名任免副校长和任免其他各级干部；有权具体安排国家拨发的基建投资和经费；有权利用自筹资金，开展国际的教育和学术交流；等等。”简政放权之下，政府与公立学校之间原有的“支配—服从”关系开始发生变化，特别是高等学校获得了一定程度的办学自主权。此后，1986年国家教委、财政部又沿袭《中共中央关于教育体制改革的决定》的逻辑，制定了《高等学校财务管理改革实施办法》，规定高等学校有权按照“包干使用，超支不补，结余留用，自求平衡”的原则自主使用主管部门核定的预算经费；允许学校的后勤单位和校办工厂等采取“定额承包或其他形式的经济承包责任制”或“事业单位、企业化管理、独立核算、自负盈亏”的管理办法。高等学校在事实上成为一个经费独立的单位，也因此具有了与财权相应的独立承担民事责任的能力。
在基础教育阶段，“简政放权”的重点在于对政府的办学权力进行纵向分权，确定了“基础教育管理权属于地方。除大政方针和宏观规划由中央决定外，具体政策、制度、计划的制定和实施，以及对学校的领导、管理和检查，责任和权力都交给地方”的分级管理原则。1986年，第六届全国人民代表大会第四次会议通过了《义务教育法》，该法第八条规定“义务教育事业，在国务院领导下，实行地方负责，分级管理”，标志着基础教育领域中央和地方之间的权力下放得到了法律的确认。
1992年年初，邓小平的南方谈话解决了人们对如何定位和建设社会主义的迷茫，我国开始由计划经济体制向社会主义市场经济体制全面转轨。1993年，中共中央、国务院颁布《中国教育改革和发展纲要》。作为改革开放后第二部就教育体制改革做出规划的重要政策性文件，《中国教育改革和发展纲要》将教育体制改革的目标定位为“建立起与社会主义市场经济体制和政治体制、科技体制改革相适应的教育体制”，为此需要“解决政府与高等学校、中央与地方、国家教委与中央各业务部门之间的关系，逐步建立政府宏观管理，学校面向社会自主办学的体制”“改变政府包揽办学的格局，逐步建立以政府办学为主体、社会各界共同办学的体制”。《中国教育改革和发展纲要》继续坚持了“简政放权，扩大学校的办学自主权”的改革思路，还新增了积极利用市场运作机制的改革思路，如：要求对社会团体和公民个人依法办学，采取积极鼓励、大力支持、正面引导、加强管理的方针；允许在国家有关法律和法规的范围内进行国际合作办学；运用金融、信贷手段，融通教育资金，支持校办产业、高新科技企业的发展；改革学生上大学由国家包下来的做法，逐步实行收费制度；改变全部按国家统一计划招生的体制；改革高等学校毕业生“统包统分”和“包当干部”的就业制度；对教职工实行岗位责任制和聘任制；进行学校内部管理体制改革，实现后勤服务社会化；等等。依据《中国教育改革和发展纲要》，公立学校切实地获得了一些办学自主权，资源配置的方式也因为市场力量的介入而开始发生深刻变化。但是，公立学校办学自主权是以政府自上而下的强制性制度变迁的方式实现的，而并非公立学校作为办学主体的自主意愿表达。因此，在之后的办学实践中，也出现了部分学校没有善用所具有的自主权的情况。
从公立学校的法律定位上看，自主权的获得并没有改变公立学校作为“国家全额拨款事业单位”的性质。这是因为，学校的办学自主权来源于政策文件而并非由全国人大制定通过的法律。因此公立学校的办学自主权尚未获得立法确认，无法通过法律得到保障，存在不确定性。公立学校是否具有办学自主权、能够在多大范围内行使办学自主权，取决于政府的放权。当政府决定不再由学校代为行使之前下放的决定权时，学校所获得的自主决定权随时可被收回。因此，学校办学自主权的行使最终仍受制于政府的意志，各级各类公立学校与政府之间依然存在以隶属性为基本特征的纵向的内部行政法律关系。