1985年开始的办学体制改革由政府主动并且强制放权，数年的持续放权使得公立学校，特别是高等学校具备了一定的独立能力。为使公立学校能够适应社会主义市场经济的发展，进一步建立与政府、与社会的适当关系，释放办学活力，有必要就公立学校的自主办学权给予进一步的保障。在这一背景下，学界出现了重新定位公立学校的法律地位，赋予公立学校以法人身份的意见。所谓法人，是确立社会组织的民事权利主体资格的制度。法人制度源于古罗马时期罗马法学者提出的“团体人格”理论，但直到市场经济高度发展后才真正成为经济生活中的一项重要制度。1900年实施的《德国民法典》首次规定了法人制度，此后资本主义各国的民商法立法中普遍确认了这一制度。在我国，法人制度的确立源自1986年《中华人民共和国民法通则》（以下简称《民法通则》）的颁布。该法根据是否从事营利性活动的标准，将我国的法人分为以营利为目的的企业法人和不以营利为目的的非企业法人两类。后者主要从事国家行政管理和各类非经济活动，具体包括了机关法人、事业单位法人和社会团体法人三类。根据《民法通则》第三十六条，法人具有“民事权利能力和民事行为能力，依法独立享有民事权利和承担民事义务”，因此不以营利为目的的非企业法人在民事活动中同样能够具有独立的民事活动主体地位，有能力独立承担责任，积极有效地减轻了国家举办社会事业的负担，提高了社会运行的效率。鉴于法人制度的上述优点，国家也开始探索学校法人地位的改革。1992年8月，《关于国家教委直属高等学校内部管理体制改革的若干意见》提出：“国家教委直属高等学校是由国家教委直接管理的教育实体，具有法人地位。”同年9月，国家教委党组《关于加快教育改革和发展的若干意见》进一步提出“通过立法，逐步确立高等学校的法人地位”的发展思路。1993年《中国教育改革和发展纲要》也要求“在政府与学校的关系上，要按照政事分开的原则，通过立法，明确高等学校的权利和义务，使高等学校真正成为面向社会自主办学的法人实体”。
1995年颁布的《教育法》第三十一条正式确立了学校的法人地位。该条规定：“学校及其他教育机构具备法人条件的，自批准设立或者登记注册之日起取得法人资格。学校及其他教育机构在民事活动中依法享有民事权利，承担民事责任。学校及其他教育机构中的国有资产属于国家所有。学校及其他教育机构兴办的校办产业独立承担民事责任。”该法第二十八条和第二十九条分别明确了学校享有的权利和应履行的义务。法人身份的获得为政府与学校之间的分权提供了法律依据，学校的办学自主权由此得到了法律的确认，公立学校能够独立地与其他民事主体发生各种民事法律关系，依法在财产、土地、劳动用工、捐赠等各类民事事务上自主决策。
1998年《高等教育法》第三十条规定：“高等学校自批准设立之日起取得法人资格。高等学校的校长为高等学校的法定代表人。高等学校在民事活动中依法享有民事权利，承担民事责任。”与法人身份相应，该法在第三十二条至第三十八条确立了高等学校在招生、学科和专业设置、组织实施教学活动、科学研究、对外科学技术文化交流与合作、内部组织和人员管理、财产管理和使用等方面享有各项自主权。公立高等学校的法人身份及与此身份相匹配的权利义务在法律层面得以明确。
当具备法人条件的公立学校取得法人资格后，公立学校与外部的法律关系相应发生改变，具有了两种确定的法律关系。其一，公立学校和政府之间，具有以政府对学校的行政管理为主要内容的传统的教育行政法律关系。教育行政法律关系是一种以权力服从为基本原则的纵向型法律关系。这种双方地位不对等的关系发生于政府对公立学校的教育行政管理过程中，其实质是国家对教育活动的领导、组织和管理。在此关系中，政府占据主导地位，代表国家管理教育事业，要求公立学校按照其规定行事。公立学校虽然享有《教育法》所规定的自主权利，但是也必须履行其法定义务并接受政府的领导和管理。若公立学校不履行其职责时，政府部门可依据行政管理的权力强制其履行；反之，若政府机关未履行自身教育职责时，公立学校无法对之予以强制，只能请求其履行，或通过提起申诉及行政诉讼的方式解决。教育行政法律关系在传统上以“命令—服从”的行政命令关系为基本特征。但是在我国朝向社会主义市场经济的发展过程中，政府行政体制日益规范化，行政管理也日益科学化、民主化，政府在对公立学校的管理中更积极地使用了行政指导和行政合同等柔性的行政管理手段，这也使教育行政法律关系日益具有民主化的特征。其二，公立学校具有由法人身份带来的，在民事活动中，与包括政府在内的其他社会组织和个人之间发生的民事法律关系。在民事法律关系中，公立学校和其他各方当事人之间的法律地位平等。双方以自由自愿的意思表示为基础，以等价、有偿为主要原则，就可能发生民事所有和流转的权益达成一致意见。双方形成的民事法律关系受民法管辖。这种关系不仅可以发生在公立学校与企事业单位、其他社会组织和个人之间，也可以发生在公立学校与政府之间。例如，政府部门与高等学校签订委托培养合同，或者与基础教育学校签订学校托管合同。学校提供相应的教育服务，政府部门则需要遵循市场原则支付与服务对等的费用。合同一经签订就对双方产生了约束力，非经双方协商一致不得取消，任何一方违约都必须承担违约责任。[3]
根据1995年《教育法》第二十五条规定的“任何组织和个人不得以营利为目的举办学校及其他教育机构”，取得法人资格的公立学校应当属于非营利性法人。国务院1998年10月颁布的《事业单位登记管理暂行条例》第二条规定，事业单位是“国家为了社会公益目的，由国家机关举办或者其他组织利用国有资产举办的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织”。可见，公立学校属于事业单位。再比照《民法通则》对非营利性法人的划分，公立学校显然应当定位为“事业单位法人”。但是“事业单位法人”并不能完整和准确地反映公立学校的法律性质。原因在于，从实际的办学情况来看，公立学校在进行学生处分、学位颁发等活动中，还具有代行政府授权的公权力的重要特点。因此，20世纪90年代末至21世纪初以“田永案”“刘燕文案”为代表的学生诉学校浪潮中，司法部门在实践中重新审视公立学校的法律身份，使用了“法律法规授权组织”这一概念来定位公立学校在行使公权力时的法律身份。虽然这一概念仍然存在模糊之处，但是公立学校的行政主体地位确实因此得到明晰，公立学校的内部管理行为也纳入了法治轨道。
一方面，法人资格的确立和学校权利的法律保障，极其有力地推动了办学体制改革，加强了公立学校与社会的联系，释放了公立学校的办学活力和创造力。在积极利用市场机制的教育改革中，这也使市场因素快速地介入。另一方面，立法在给予公立学校法人资格时，忽视了对学校作为非营利性组织在民事权利方面应有的限制；同时法律法规授权学校从事公共服务，履行公权力，因此公立学校事实上也是一类特殊的行政主体，但是其行为并没有从公法的角度受到必要的规约。公立学校法律定位与办学权力转换过程中的规约缺失，使公立学校在取得法人资格之后获得了可与企业比肩，且远比国外同类学校大得多的办学权力。在发展教育的正式目标和利益寻租的个体动机的综合驱动下，公立学校办学体现出了“诱致性制度变迁”特征，学校充分利用法人的民事权利，创新出诸多前所未有的教育资源分配方式和人才培养方式。典型情况如以下六类：①公立学校的象征性市场化运作，即将学校或教育设施的署名权这种公共产品象征性地转化为一种有价的署名商品，并通过市场运作来出售。这种形式存在于各级公立学校中。②公立学校的局部运作市场化。除了与国家长远利益相关的办学活动由公共财政给予支持外，将后勤管理、校办产业等按照市场化方式运作，进行产业化开发。③公立学校“一校两制”的市场化运作。包括公立高等学校下设非独立二级学院、公立学校举办独立的“校中校”等。这类新设机构的建设或办学通过市场方式进行运作，经费主要来自通过捐资、合资、银行贷款、合作办学等不同渠道吸纳的民间资金。④改制学校的市场化运作。公立基础教育学校引入市场机制，建立起以资产公有、日常经费自筹、办学自主为特征的“公校私营”“公办民助”等不同形式的改制学校，以解决优质教育的供需矛盾问题。⑤股份制学校的市场化运作。由政府牵头，以股份制的融资方式吸引社会各方面力量广泛参与学校办学活动，以集聚民间资金，解决办学经费不足的问题。⑥教育中介组织的市场化运作。社会转型和教育发展的过程中，产生了协调和沟通学校与政府、学校与社会之间关系的教育中介组织。从运作方式来看，教育中介组织包括半官方的、中立的和市场化的三种类型。[4]这些新举措及其形成的公立学校办学中与市场的自由交易关系，极大地丰富了教育样态、提升了办学活力并拓展了办学资源。但是，市场机制缺乏制约深度地渗透公立学校系统，导致国有资产流失、乱收费、教育腐败、公共教育资源分配有失公平等负面现象的出现与加剧，对公立学校，特别是公立义务教育学校的公益性构成严峻挑战。[5]