埃及差不多是最后进入波斯帝国的一个重要地区（虽然，在埃及之后还有别的地区，例如东方的印度和欧洲的色雷斯地区，但印度距离波斯的中心地区太远，而色雷斯地区在波斯人统治下的时间很短，在希波战争后就不再属于波斯帝国了，而且在波斯帝国中的作用和影响也很有限），也是离帝国中心较远的一个地区。但它对波斯帝国来说，却是一个非常重要的地区，它的古老的文明，它的富庶，它的人力资源等，在波斯帝国中都占有非常重要的地位，有非常重要的影响。
在波斯人统治埃及的一百多年的时期里，埃及人曾多次起义进行反抗。其原因在于包括赋税和徭役在内的沉重的负担。例如，除了上面提到的冈比西斯和大流士统治初期的起义以外，在公元前486年，在大流士因马拉松战役中的失败，准备对希腊进行报复的战争时，埃及发生了**。据埃及官吏赫努麦马赫特从埃列芳提那送给波斯帝国驻埃及总督费伦达特的信中提供的信息，一个名叫奥索尔康的人命令赫努麦马赫特带上埃列芳提那岛上的犹太驻防军的波斯司令官阿尔塔邦前往埃塞俄比亚，以便从那里用船运输谷物。但运来的谷物卸在河岸后，却被起义者抢走。因此，奥索尔康要求费伦达特命令阿尔塔邦对船队进行监护，把卸在岸上的谷物尽数运到埃烈芳提那的西耶恩城（即今天的阿斯旺）。
当年10月，**转变成起义。11月，大流士死了。据出自科普托斯的一段铭文，继承了王位的薛西斯在公元前484年镇压了起义，并对起义者进行了残酷的报复。希罗多德也说，薛西斯在大流士死后第二年，就向背叛者进军了，他征服了埃及人并使埃及人受到比在大流士的时代要苦得多的奴役，他把统治权交给了大流士的一个儿子，他的亲兄弟阿凯美涅斯（或译为阿赫明纳），即让他担任了埃及总督，以代替费伦达特。[1]从很多神庙的财产被没收以及神庙祭司把薛西斯称作恶魔等情况看，可能，一些神庙的祭司也卷入了这次起义。
公元前460—前455年，在埃及发生了新的起义。关于起义的情况，在希罗多德、修昔底德、克特西乌斯和戴奥多洛斯等人的著作中都或多或少有所反映。在这次起义中，总督阿赫明纳被杀，据希罗多德说：“在阿赫明纳担任总督的时候，他却被一个利比亚人普萨美提科斯的儿子伊那罗斯杀死了。”[2]关于这次起义，修昔底德报道说：
“埃及边界上的利比亚国王普萨美提卡斯的儿子伊那罗斯在腓罗斯岛之南一个市镇美里亚，发动了几乎波及整个埃及的暴动，脱离波斯国王阿塔薛西斯而独立。”起义者还寻求雅典的支援，这时候“正碰着雅典人率领他们自己的和同盟国的船舰二百艘，准备远征塞浦路斯岛；他们放弃了这个远征，来到埃及，由海道入口，溯尼罗河而上。他们控制了尼罗河和孟菲斯城的三分之二，于是他们企图攻下其余的三分之一，那个地方叫白塞，那些逃走了的波斯人和米底人以及没有参加暴动的埃及人都住在那里。”[3]
起义者的领袖是伊那罗斯和阿米尔提。起义者赶走了波斯的贡赋征收人，控制了三角洲地区，并向河谷地区推进。总督阿赫明纳调动了一支相当大的军队来镇压起义。但在公元前460年的一次大会战中却遭到惨重的失败。阿赫明纳就是在这次会战中被杀的。在雅典人的帮助下，起义者对孟菲斯围攻了一年多，雅典人遭到重大损失，但始终未能攻下该城。后来，波斯国王阿塔薛西斯一世派河外省的总督麦加比兹前去镇压起义，伊那罗斯同自己的部分起义者、雅典人一起逃到了三角洲西部的普罗索比提岛上。在那里，在公元前454年，他们被波斯人包围。半年后，伊那罗斯同部分支持者，还有部分雅典人投降；部分雅典人突围到了昔勒尼。赶来援助起义者的一支雅典舰队被波斯人消灭。只有阿米尔提率领的一支起义者队伍在三角洲西部的沼泽地带隐蔽了下来，未被消灭，并坚持了战斗，但影响已不很大。波斯人巩固了自己在埃及的统治。大流士之孙阿尔沙马被任命为埃及总督。
公元前4世纪末，对波斯帝国来说，是一个多事的时期。本来，希腊的伯罗奔尼撒战争（公元前431—前404年）给了波斯人一个很好的发展机会：可以加强对希腊的影响；可以加强对帝国内各被征服民族的控制。但是，在此时执掌政权的大流士二世和波斯统治集团却未能把握好这个机会。这时，波斯的宫廷倾轧和阴谋接连不断。这严重削弱了帝国的实力，转移了波斯统治集团的注意力，特别是那时正是埃及发生阿米尔提二世起义的时期，波斯人内部的矛盾和内耗，对起义的发展是很有利的。
阿米尔提二世大概是前述阿米尔提的孙子，起义发生于哪一年还不能确定，可能是在公元前405年。在起义发生前，在埃及南部的埃烈芳提那已发生**，摧毁了犹太军事殖民者的神庙。在公元前404年时，起义者已占领了下埃及；到公元前400年时又把上埃及控制到了自己手中。据阿拉美亚纸草文献（AP35），这时候在埃及的犹太殖民者也转到了起义者一边。阿布洛科姆率领的波斯驻守叙利亚的军队准备去镇压起义，但小亚发生的小居鲁士叛乱打乱了他们的计划，阿布洛科姆不得不去帮助国王对付小居鲁士。这给了埃及的起义者以很好的机会发展自己。他们甚至将军事行动扩展到了叙利亚。波斯人在埃及的统治暂时中断了。阿米尔提建立了第二十八王朝，首都舍易斯。
据曼涅托（Manetho）提供的资料，第二十八王朝只有阿米尔提一个国王，他统治了6年（公元前404—前399年）后被推翻，取代他的统治的是出自中部三角洲的门德斯城的涅菲利特。他试图同斯巴达结盟，公元前395年，他曾派了一支舰队到在罗多斯岛的斯巴达舰队那里去，但却落入雅典人手中。过了两年，即到公元前393年，涅菲利特之子阿荷利斯即位为王。他一方面在国内注意发展经济，加强军事力量（主要是利用希腊雇佣军）；另一方面，在国外，同雅典、塞浦路斯岛上的艾瓦尔戈、小亚的比西狄人和部分阿拉伯人等结成同盟，反对波斯的统治；支持腓尼基和小亚的基里基亚反对波斯人的斗争。公元前385—前383年，波斯人对阿荷利斯发动了大规模的军事进攻，但遭到失败。阿荷利斯一直统治到公元前382年。他死后，他的儿子普撒姆提克只统治了一年。而后上台的涅菲利特二世也只统治了几个月，又被出自三角洲的舍百尼塔地方的涅克塔涅布夺取了政权，他建立了第三十王朝。公元前373年，波斯军队在法尔纳巴兹的率领下，向埃及发动进攻，他的舰队在尼罗河口登陆后，大肆进行抢劫，并对居民进行屠杀或将他们卖为奴隶。此后，又向孟菲斯推进，但这次波斯人又遭失败。后来，埃及内部发生内讧，严重地削弱了自己的实力。公元前343年，波斯人终于重新占领埃及，建立了第三十一王朝。直到公元前332年，马其顿亚历山大远征，占领埃及，波斯人对埃及的占领终结。
[1] 见《历史》，第7卷，7。
[2] 见《历史》，第7卷，7。
[3] 见《伯罗奔尼撒战争史》，第73页。