咸丰六年（1856）九月，“亚罗号”事件爆发。英法联军于八年三月到达大沽口，双方开始谈判。九年五月，英法军队再赴大沽，遭僧格林沁重创。十年六月，联军又至大沽，占领天津后直趋北京，九月火烧圆明园。咸丰帝逃往承德，于十一年七月十七日病死。在此期间，清廷政局动**，英法军舰在沿海频繁出现，并一度占领天津，使得江浙两省漕粮海运饱受影响，河运呼声抬头。与此同时，在与太平天国起义军作斗争的过程中，随着曾国藩、李鸿章等人作用的发挥，清廷逐渐取得军事上的优势，并克复了江浙大部分地区。与军事活动相配合，清廷也着手推行政治攻势，大力施行收买人心的举动。其中最重要的举措就是减赋运动。当然，这种减赋运动，是随着战争的升级而逐步摸索出来的，并基本上与曾国藩、李鸿章等务实派人物控制地方实权的步伐一致。减赋运动曾广泛开展于诸多省份，虽时间不尽相同，但主要集中于核定地丁漕粮、裁革部分浮收这两个方面。与漕粮海运最为相关，效果也最为明显的，当为江浙两省。
在有漕诸省开展减赋运动的同时，清廷也开始进行恢复漕运制度的努力。只是这种努力在江西、湖北、湖南、安徽等省没有收到好的效果，它们的河运漕粮制度已经在事实上宣告结束，再也没有恢复。能够继续起运南漕本色的只有江浙两省。经过减赋运动，江浙两省的漕运体制得到整合，使得海运还有留有余地。这也是为什么江浙海运能够得到恢复、并有所发展的原因。应该说，随着太平军的被镇压，在曾国藩、李鸿章、左宗棠等人的努力下，清廷似乎又恢复了生机和活力。漕粮海运的重新进行，正是其中的重要步骤。
当浙江巡抚何桂清调任两江总督时，他也将自己的工作作风带到江苏。他坚决反对江苏截漕，指责江苏官员“凡事为私不为公，为官不为国”。经他斥责，使得截漕之事“办得无人有脸敢见我”。他又宣称：“处处向人求乞，年年要截漕米，真不能不叹辜恩溺职者，满目皆是也。试问天下尚有何处富于此邦，而能接济此邦者耶？”在他的努力下，江苏八年漕粮没有像以往那样进行截留。
随着英法军舰开抵北方，此年漕粮海运的困难变得严重起来，“英国非常了解漕运制度对中国朝廷的重要性，所以希望拦截漕船。在前一个冬天，Thomas Wade,一个英政府的基层中国翻译，被额尔金爵士要求提供漕运制度的所有情报”。拦截漕粮已是英法联军战略考虑的一部分。八年二月，上海道吴煦表示，此年上海漕粮验兑似不至阻截，然英法军舰北行甚速，“屈计夷船抵津，正在交兑之先，设或反颜相向，所虑更不止此，言之可胜杞忧”。当时西方报纸也作出了如下评论：“彼时北京米粮由粮河运京，番兵非以踞南京为重，乃以截运河为重。今日运河已塞，北京米粮全靠海运，是以此次仍攻天津，方能截海运之米粮。”在他们看来，“现在踞天津，胜于复踞南京多矣”。
据八年海运章程可知，江苏应交仓米914000余石，经剥耗食米24000余石，沙耗米74000余石，总计约1010000余石。其头批运米68000石用船60只，于七年十二月二十五日开行，也就是说，战争使海运时间大为提前。次年三月，吴煦指出，海运漕米陆续出洋，英法军队已经到达天津，不可不加意提防。捕盗局如探有滋扰情事，即沿海传谕米船收入山东石岛、武定、胶州，浙江米船也应一体照办。吴煦还特派五品翎顶勇张大刚赴佘山、十滧一带传谕。
尽管如此，湖广道监察御史尹耕云仍指出其危险：上海为海运出洋总口，“在夷人纵无觊觎之渐，我国家宜为慎重之际”，若等夷船返航再行起运，则风潮已过，开驶较难，“且犬羊之性尤虑，其不可情输而理喻。若竟卤莽而行，以百余万天庾正供侥幸以求一试，非全策也”。相比之下，河运就保险得多。黄河自决口以来，虽淤垫较多，商人往来无虚日。或曰此为“空船”，但云南每年运铜近70余万斤，“亦空船乎”？清廷对这种建议不能不有所动心。三月初二日，清廷发布上谕：江苏海运米石头批业已放洋，驶赴十滧者亦已占7/10，“此时若全出大洋，设有疏虞，所关匪细”，命何桂清、赵德辙悉心妥筹，能否将未放洋之米截留河运，或暂囤仓廒，俟运河开通再行运赴，务于无可设法之中，“力筹善策，是为至要”。但接到上谕时，江苏沙船未放洋者仅五六百石，且亦已兑运上船。粮道王有龄还听说，浙江有截漕拨充军需之请，若将江苏已经兑运上船之米截回河运，不知何时方抵京仓，“更虑市侩闻风居奇”，故尔拒绝。十天后，江苏再次奏称，所有沙船均已放洋，河运无法进行。
浙江曾表示，京仓支放专恃海运，他们不会将八年漕粮截留，合计数量在73万石以上。清廷一度也有让浙漕分成河运的想法，经军机大臣彭蕴章等人提议，咸丰帝谕令：“海运漕粮本属一时权宜之计，现在瓜镇克复，江路已通，运河设法挑浚，人力可施。”应将粮石酌分成数，河海并运，“以图经久之规”。浙江应于海运漕粮内分成河运；倘因赶办不及，来年亦应预为筹定，说得相当隐晦，似乎和战争毫不相关。不过，浙江巡抚晏端书奏复，头五批漕粮已经开行，无从赶办。后来因为战争的影响，第六批漕粮截留变价，以济军饷。
咸丰九年（1859），江浙两省漕粮海运数量有了极大增加。这与战场上的局面密切相关。江苏溧阳失守后，常州民心惶惑，经过努力，清军于八年十月初七日克复溧水县城，共计征米100万石以上。江苏局面大定，浙江亦随之而定，“盖因今日之浙江，与曩年情形不同，不能不视江苏以为准则”。当何桂清、赵德辙将咸丰九年海运章程上报时，户部作了如下批复：“此年江苏交仓正米993000余石，经剥食耗等米26000余石，沙耗80900余石，共有110万余石，浙江米数亦较往届为多。考虑到两省同时运输，船只不敷而会两运，故要求天津快速验兑。至于停运河漕水手的安置，因各船全行折变，现折各船给予2分5厘月粮，毋庸全支。”可见到了此时，对河运水手的考虑，已经退居次席。
咸丰九年海运受阻，朝廷中河海之争重起，咸丰帝谕旨：“但能全数海运，总宜循兹善策，勿堕此办法为至要。惟全漕尾数可预筹，河运以备不虞，该督抚等身受厚恩，天良俱在，谅不敢献媚于部员，市恩于河员。务坚持定见，断莫惑于菲言，尔部即遵谕速行。”他既希望推行海运，又不希望唯有海运一途。两江总督何桂清主张，河运为国家定制，海运实变通良规，江苏恢复河运困难重重，只能仍主海运。因他在抄录上面一段朱批时，只写了“但能全数海运……勿堕此办法为至要”几句，咸丰帝大为光火，在此话旁加上朱批：“何不全录？抑系部行节录，着明白回奏！”何桂清只有认错。
新任浙江巡抚胡兴任也反对河运。本年江苏打算将宁波“宝顺”号驶沪听候调令，但宁波府报告，“宝顺”号火炉水管泄漏，“一时难以觅买”，浙省正值商船回南之际，只得另雇广艇水勇出洋巡缉。浙江九年应运米石731779石，分为6批，头批米12万余石于正月十七日开行，第六批则带米121288石，于四月初九日开行，共用船414只。火轮船护航曾使山东巡抚崇恩极为不满，但当此海疆多事之秋，山东水师广艇又未回省，崇恩只得奏请：“查江浙两省于咸丰四五年间，仿照西洋式样各制火轮船一只，上两年护漕捕盗，深资其力”，坚决请求让这两条轮船“一体护送北上。”
清军在僧格林沁的指挥下首次战胜英法军队，清廷认定他们会卷土重来，漕运必受影响，但又实在想不出可行的对策：以清水济运，虽不至巨费，而自江苏宿迁至山东之韩庄，捻军“防不胜防，殊非善策”；从四川通过陕西转运，400余里皆崎岖山径，耗费巨大，也不可行。最终的结果，是将漕运提前到九年年底开办，但效果并不理想。
大沽炮台
咸丰十年正月，何桂清奏称，英方卜鲁斯屡有拦阻漕船放洋之议，拟以兵船阻止海船出口。上海华夷各商纷纷传说，“众口佥同”。当时头批米船虽将放洋，能否平安出口尚未可知。他闻迅后即会同巡抚徐有壬飞饬吴煦，密嘱华商向夷商开导，设使漕粮海运稍有阻滞，必致上海闭关，“尔等运来之货即无从销售，内地之货亦不准转运来口，我们两国商人皆无买卖可做，必致绝尔我生理”。华商以此转告洋商，洋商深以为然，并私下相告：“卜鲁斯之未经撤回，不过全其体面，实已无甚大权。必待该夷兵头曼斯必到后，始定如何办法。”他们情愿力阻卜鲁斯拦截漕粮。洋商还保证，卜鲁斯前既办理不善，“此番或可不再执拗”。
何桂清在这里所称的“华商”，乃系“老成殷实，与夷商素相契洽之华商”徐昭珩、杨坊两人。因他们与洋商之怡和、广隆等有贸易往来，“即以正大之词，反复开导，该夷商等已允相机行”。然而，当华商表达了清廷意愿后，卜鲁斯不但置之不理，反而召集洋商于三月二十六日会议，议办拦漕、停税二事。华商探知会议之期，邀集沙船舵水人约1000余人，与卜鲁斯议事时，群呼：“尔等用兵，不令货船往来，是绝我等生路。我等与其坐以待毙，不如今日与尔拼命。”卜鲁斯见人多口杂，气势汹汹，初疑官为指使，继经洋商剖说，实系华商情急。法国领事布尔布隆闻言默然，卜鲁斯转而改口称：“此乃我国来书教办，若竟中止，恐将来担咎不起。”洋商表示：“本国来书，原准众商会议。今众商不欲办此二事，情愿公同立据，以此意系出众商，为保全贸易起见”，承诺不用卜鲁斯负责。卜鲁斯见洋商众口一词，无可如何，“遂令该商等出据，始罢拦漕、停税之议”。
以上仅系何桂清的上奏辞令，实际情况远非他所描述的那么生动。王有龄给吴煦写信，声称本届海运之难，“非亲历其境者不知，道听途说者反说许多现成话。此中情节，通省无几人知也”。何桂清也承认：“来年新漕如何能运？人虽不愁，弟与雪轩则两月焦急，不能自已。”只是他认为可以将漕粮提前，先期于八年年底运粮50万石运津，都中得此米数，可多支持数月。俟大局定后再办海运，“彼族其奈我何哉”，似乎胸有成竹。
提前赶办的主意并非何桂清“原创”，而首先由署苏松太道吴煦向江苏布政使王有龄倡议。吴煦表示，八月至十月之间，英法毫无防备，以商运为名，“本无痕迹可按”。且商贩之事，“该夷亦知众怒难犯，未必即有举动”。他打算令沪商趁重阳汛前贩米赴津，就近在天津北仓交卸。当时商人想先行借银58万余两，但江苏无钱可借，只得由商人垫付。牛庄豆石青黄不接，价值昂贵，海运沙船回空，多欲贩货北上买运新豆，所谓“机有可乘，时不可失”。若迟至明春再令商船承运，“亦无不望而生畏”。他们密饬上海绅商，先行起运四五十万石，以10万石为一批，从中秋后起至十一月陆续放洋。如果年内不能交兑，则暂泊天津，等冰融化后再议。当然，漕粮海运也应按时进行，只是稻谷尚未收获，必须采买，不能皆为粳米，且采买之资甚巨，先由商垫资，俟征收新漕陆续给还。至于二成免税，系照例案办理，本年漕运必办两次，两次免税，“老关征数难以总计，然以大局为重，他所不顾也”。
吴煦的设计虽好，但从反馈信息来看，商情并不踊跃。头批20万石尚缺船7万余石，赶雇沙船凑数，各号商多方推托，恰逢船主虚报船数，被吴煦抓住机会，杀一儆百，号商求情，“情愿认运头批足数”，此事才告一段落。第一批米石于十月十一日载运出发，共过关验米20万石。至于运津之米，有不少系谷粞搀杂，只因秋冬之际陈糙绝少，各处搜括，未能一律，只得通融验收。
江苏原打算提前赶办商运米四五批，但十月后大洋风雨不停，沙船不敢多装，且听说英国军舰已经开到中国海岸，“商船畏葸不前”。有的船商甚至将已购之米粜价归本，“商情已涣，势禁有所不能”。最终此年仅办理商运米两次，合计米数23万余石，给发三成米价银。因商力不济，王有龄只好将白粮72000石仍归州县征解。尽管是商人出资垫运，交兑方式仍照海运成案，由朝廷派员赴天津照料。又因此次商垫与漕粮有别，所以议定，“设有遭风及意外各事，均惟商人是问，不便援案请豁”，户部当然不会有异议。因本年曾奏定洋药（鸦片）厘税章程，凡海运洋药100斛，纳税银30两，“与寻常货物不同，嗣后海运沙船进口，倘携带洋药，亦应令照新章纳税”。又因米石无多，“无庸封雇民拨”。
商运米刚结束，王有龄又上陈海运方面的困难。此次109万余石粮食，至十一月中旬尚有86万余石未办。吴淞到有印度轮船，因议抚未成，英法军队必来，屯泊各口拦截商船。粤海关监督来函称，这些兵系由印度调来，不畏冰冻，不日到沪。考虑到英国人“或系大言要挟，而来信似确，不得不预为防维”，商人不愿受雇。另筹别口进出，我能往，寇亦能往，万一被拦截，百万漕米尽赍盗粮；若将漕米全行存仓，俟夷务平定再行起运，东南地方卑湿，久储易致霉变；如果照节省丁耗变价报拨，江浙两省同时粜变，“非第粮价大减，拥滞难销，恐一时无此殷商购囤，势必报拨之款转致虑悬”。他拿不出任何行之有效的办法，只得仍饬各属开仓收纳，随时变通。考虑到当时的局势，户部也只得请旨：“不得稍有短少迟延，万一海口或有阻隔，不能照常放洋，应令该督抚等随时察看情形。”
英军除了想阻挠海运，还有破坏护航的计划。薛焕奏称，他打算派候补知府蓝蔚雯乘坐捕盗船赶赴天津，原定于二十二日启程，不料二十一日午后，捕盗局委员俞斌禀称：“该局轮船水手，向系雇用外国夷人，今该水手等全数被英酋卜鲁斯唤去，不能行驶。”捕盗局轮船原系上海船商集资置买，为捕盗护漕之用，中国人不熟悉其中机巧，故雇用外国水手驾驶。卜鲁斯将水手唤去，使船只无法行动，“居心殊不可问”。不过，薛焕私下对吴煦表示，捕盗轮船乃向美国所买，“花旗（美国）与我并无嫌隙，亦非英、法所能收回。即使花旗将船上水手唤去，尚可另雇小国人驾驶，此亦不足掣肘我也”。他甚至宣称：“如明春他要阻我漕务，可告以尔要阻漕出运，我即阻货物不准出口，亦可以此挟制之。”心态相当幼稚。
十年正月二十五日，王有龄指示吴煦，漕米已到未兑者，请饬上栈；已买未来者，请饬退还。已兑未开者，暂停数日，开行时间再定。运未之米，则应查明各短若干，以便改运。一方面要求各州县放慢运送上海的步伐，另一方面加大放洋力度。二月二十七日，何桂清表示，“彼族来船不少，粤东亦专人前来报信，此间总不为其所摇”，海运仍陆续开行，旬余即可全完，“寸衷稍慰”。咸丰帝谕令：“夷船北驶，意在拦阻漕船，为胁和之计，除头、二批业已放洋，其三、四批漕船则暂缓放洋，以防疏失，现在京仓米石可放至明年四月，俟事定再图北上，亦尚无妨。”未接谕旨之前，江苏第三、第四批米船已经放洋。没有出运的204000余石粮食，因浙江与太平军斗争到达白热化阶段，江苏巡抚徐有壬指出，“大兵云集，需米孔殷”，可将漕粮拨济浙江，俟军务稍缓后再行筹办。户部表示支持：杭州城虽已克复，但米价仍昂，军食维艰，江苏米贩亦稀，市价日长，“民食米糈深虞缺乏”，同意拨济兵食，只是要求“明年补足运津”。
浙江巡抚罗遵殿奏称，本年浙江征收正耗各米共720000余石，考虑到征漕的困难，他欲折价买米，但咸丰帝颇感头痛：“所奏殊无把握，层层折耗，实非计之得也。”当罗遵殿照例提出本年米质不好，须红白兼收，首尝鸦片战争胜果的咸丰帝显然已经昏了头，所以才会降旨：“所请红白兼收、籼粳并纳之处，着不准行。”事实上，最后此年仍是红白兼收、籼粳并纳。
本年浙江海运漕粮分为六批，头批米12万石于九年十二月二十八日放洋。太平天国进攻杭州后，浙江仅起运4起，共运米45万石，未运米30万石。因杭州陷落，浙江到处戒严，其中临安、长兴、德清、武康、安吉五县未运之米，被太平军“焚劫”。经此打击，浙江漕粮海运正式停止。
战后的天津大沽口炮台图
在海运的另一头天津，也大受战争影响。八年四月初七日，英法战船共计13艘到达海口，系沙船进口必经之地。最初两不招呼，尚无阻碍。次日大沽炮台失守后，英法军队遂进驻运河，商船被抢被毁“不下数十只”。具体抢劫则有如下奏报：“已卸之宁沙各船，夷人逐只上船抢掳；未卸之船，失去米石多少不等，银两衣物亦多抢失。”十三日，英法军舰驶至紫竹林一带，漕米不能起卸。因江浙两省总局皆设立于海河西岸，系夷船经过之所，他们只得将文案封存，印信钱物转移，停泊西门城外，验米大臣也随船同住。次日，英法军舰停泊风神庙，直隶总局门前剥船全部逃散，沙船多被抢劫。十七日，英法联军在望海楼西沽停泊，将望海楼、风神庙等处作为公馆。更为狠毒的是，“此次夷匪兴戎，虽出自英、法两国，而俄美始而露面，继则藏踪，暗合明分，中藏叵测”。起空沙船虽已络绎出口，而已验未起之米船则屡被劫掠，“所失米数或数至十石至百余石不等”。直到四月下旬，英法军舰还停泊西沽红桥地面，系北运河南口。因漕粮沙船俱被拦住，“进不能进，出不能出”，海运验米完全停顿下来。
天津租界
受到战争影响的还有山东及奉天等地。四月下旬，江浙粮道接到命令，前往山东商办起卸，“维时适奉江督牛庄之议，遂罢前议”。牛庄方面也遇到同样的问题。营口有漕船43只停泊在岸，江浙粮道想将漕粮卸于牛庄，庆祺等人表示愿意协助，并请派员前往验米。但该处天热河窄，虽有店栈，闲空无多，且距大洋尚远，起剥折耗必多，又不能露天卸剥，所以通知各船户，“先将所载货物准其卸载销售，腾出空舱，以便分米风晾而保无虞”。奉天还建议，如果立秋后夷人仍然未退，则可在牛庄卸剥。江浙粮道将此情况反馈各省，“目下惟盼夷务早了，仍可由津起运，斯为大幸”，随着天津战事的结束，牛庄卸囤之议并未成行。
此年海运受阻船只大多停泊于山东境内，江苏署粮道朱钧和浙江粮道王友端于五月到达山东。他们对山东巡抚崇恩建议，必须夷务平定，仍由海道运津。双方商量的结果，仍然是认为不如仍将漕船暂行停泊牛庄。另外，山东河运漕船于在北行，前帮行抵德州柘园镇，听闻洋船已驶至天津三岔河，漕船赴通必由该处，“夷情诡谲异常，自未便轻率前进”。崇厚命令粮道金肇洛将所有漕船全部停泊，“俟夷船退出天津海口，再行挽运”。这些漕粮一直拖延到八月初，才全部北行运津。
此年失事船只，据报有江苏钮隆盛沙船被夷人将船掳去，抢米900余石。该船在北上时见米船数百只，在山东石岛、俚岛一带停泊，未敢前进。到咸丰九年，据吴煦回忆：“去年未到漕米4船，必须严办，此风诚不可长耳。”可见还有漕船抗命不交。此年运通剥船木兴明等14位船主舞弊，具体数目不清，至十年七月时，仍欠交700余石。按规定，应由经纪与船户各赔一半，结果发现“均系剥船全数独赔，经纪并未分赔”，究其原因，乃是本年仓场侍郎改变旧章，将原来分赔改为船户独赔。钦差验米大臣文彩认为，这样的章程实在无以服船户之心，责令仓场恢复旧章。
咸丰九年、十年两年海运，天津验兑仍受影响。因清廷与英法军队尚未交火，九年验兑并未发生冲突，但战争影响仍无处不在，此次漕粮受兑被分成两截。直到六月，钦差大臣僧格林沁与直隶总督恒福还奏称，有5只沙船在英法军舰退远后到津，均曾“为夷船所拦阻”。恒福本想截留漕米1万石以济兵食，因夷船远退，天津粮台采买足供兵食，故只截留5000石。
大沽炮台旱雷分布图
受战争影响，本年还出现商船壅积、剥船回空迟滞的局面。验米大臣兵部尚书全庆和仓场廉兆纶决定，将进口漕粮暂卸北仓二三十万石。有人提议可以截拨兼办，通州中、西二仓若能多卸数十万余石，先尽城外四仓坐派，较之截卸北仓“尤为简便”。全庆当即派坐粮厅柏寿赴通商办，结果通仓竟可卸米30万石，截卸北仓之议作罢。
海运受战争影响，还有一条资料可供参考。何桂清奏报，咸丰九年六月中旬，“英酋意在搜寻衅端，因不知我海运已竣，于十四日，将酋乘坐南旋之火轮船一只驶往天津，欲阻我沙船进口。此时英酋意欲阻我今届海运，业已无能为役”。他指出，下届海运漕粮，因军饷无可取资，民心益加惶惑，钱漕均形棘手，“正不必该夷勾结粤逆为患，而误漕误饷，均不待言，是该夷不烦张弓只矢，我已坐受其困”。不过他安慰朝廷，现在上海通商，“该夷囤寄货物不少，必自知顾惜，且有各商从中劝解，当不致在沪猖獗”。吴煦等人也禀称，英方阻漕不成，不知未到漕船不多，苏省海运已设法报竣，“总因败后蓄恨，作此无聊之举，与议停关税同一意也”。他听说英夷逐日搜觅船只，与海运为难，“闻欲将上海捕盗局所有轮船二只一概收回”，虽难尽信，但种种行径“不可不防”，要求将已驶赴镇江的“天平”号暂缓回沪。
咸丰十年漕粮海运受阻的记载变得多起来。薛焕奏报，北回沙船于四月二十二、二十三等日，在山东成山以北洋面遇到英法军舰40余艘，沿途拉有沙船30余只，卫船40余只，船上货物全被抛入海中，砍去船桅，每3只连为一处，带赴北驶。四月二十四日，清廷在上谕中提及英法军队抢劫漕船之事，咸丰帝还宣谕，沙船运米到津，以前未闻有被火轮船抢劫之事，何以此时纷纷被劫，且有致毙人命之事？“难保非冒充英、佛之人所致”。命薛焕照会英、法二国，如系该国之船，务须严行禁约，免起争端。倘有别国冒充，即由该二国查明，一面饬商仿照前次之举，“向其理论，尔国既绝我等生计，只好从此罢市”。但当薛焕按照指示派华商与卜鲁斯理论时，卜鲁斯却称：“向来行军，既入敌境，兵将任意糟蹋，事所恒有。我国前既允许不拦漕船，固无拦船之理。如欲拦漕，亦断不止拦此数船。想是小兵头因天热夺船，借以装人载物，亦所不定，允为饬查给还。而佛酋则推为不知，亦无给还之语。”
天津验收也很不理想，抽查漕粮御史阿克敦布和林寿图上奏，本年江浙海运加上河南、山东河运，自津验放者仅21起，由通报运者仅17起，到桥掣量者仅16起，“是津通剥运不免停滞”。万一海氛有警，堆积河干，“其丛弊有不可胜言者”，咸丰帝只得谕令，天津通州验米大臣会同仓场侍郎，赶紧运入城仓，“不得以车辆、口袋不敷周转为词”。阿克敦布奏复，督催之责如受牧羊，视其后者鞭之而已。“仓场侍郎其主运者也”，矛头直指仓场侍郎。