第二次鸦片战争失败后，咸丰皇帝逃往热河。陈孚恩奏称，在京商贾无利可图，生意日减，且恐土匪及夷人扰动，已经将所有资本暗运出京，店铺也逐渐关闭，“既去之后，难以遽复旧观”。又有人报告，自咸丰帝外逃之后，“搬家者终日络绎，煤米腾贵，睹此时事势，不能禁人心不惊惶也”。当时西方驻华的《North China Herald》（《北华捷报》）记者也观察到，咸丰外逃后，“商人们发现粮食在热河可以比北京卖更好的价钱时，许多北京的粮食被转移走了，结果使得北京的粮食价格上涨一倍”。
圆明园残骸
在败于英法联军的同时，清廷也遇到了太平军的强有力攻击。咸丰十年（1860），为夺取苏州，太平军联合丹阳、常州等处10余万部众，“分番更代，日夜来攻”。四月，苏州失陷，各府州县亦将次不守，“是届冬漕，只将完善之川、奉、南三厅县酌量征运”。因浙漕已经无法起征，苏漕又少，京城只能专恃北省杂粮，“饷糈民食，匮乏立形”。据报，江苏川沙、南汇和奉贤三厅县仅征米36500余石，经剥等米890余石，沙船耗米27600余石，“起运漕米为数无多，一切情形又非往届可比”。江苏此次没有设立海运省局、沪局，而是均由兼署苏藩司吴煦与署粮道李万杰会办，知府汪有勋则前往天津负责交米。因米数太少，本次也没有专派钦差验米验收，只是由天津道酌派数员办理。随后两年，即同治元年（1862）及二年漕运，江苏更是因为“各城尚未收复，奏准停免征运”，漕粮海运完全停顿。浙江省的情况亦复如是。咸丰十一年四月，巡抚王有龄奏称，浙江各属饱遭**，“逆匪所到之处，庐舍化为焦土，人烟寥寂，鸡犬无闻”。浙江新漕无从起运，“惟有候来年各漕察看情形”。结果，从咸丰十一年至同治四年，浙江一直都没有恢复过海运。
对江浙两省的停漕，户部极不情愿。他们曾宣称，十年时江浙两省同时用兵，而各属被扰情形，江省尤甚。江苏苏松太几无完善之区，浙江杭嘉湖尚多保全之地。也就是说，他们仍想让浙江起运本色，但并未收到效果。同治元年闰八月，户部又强调来年新漕亟须赶办，浙江杭嘉湖等属被兵，办理自难措手。江苏则松太两属间有完善地方，且海运系由上海交兑，现在运道无阻，应令该抚选择完善各属，照常征兑，由海运津，“不得以军需紧急，未遑兼顾等词一奏塞责”。但在江苏的强烈反对下，户部最终也不得不同意，将其漕额全行蠲免。
因江浙及两湖、安徽、江西都停止起运本色，河南和山东两省备受压力。为防止河南与山东也起而效法，有言官称：“值此京储告匮，海运米石尚不能预定多寡，全赖河南、山东两省米粮用资接济。”表示绝不允许这两省也行折色。
海运停顿的同时，清廷也开始着手解决减赋问题。江南地区的田赋过重，是一个老话题。当时，江、浙两省每年的漕粮供应量占了全国总量的四分之三，几乎达到了300万石。如此高额的赋税，加上不定期发生的经济动**、水旱灾害等其他不利因素，让江、浙两省百姓背负了愈来愈沉重的负担。监察御史丁寿昌在上报朝廷的奏折中指出：“赋重若此，民何以堪？”减赋的要求一直在提，但并没能得到落实。
李鸿章像
最终促使减赋运动成功的，是太平天国运动。太平天国运动历时14年之久，主要战场遍及富庶的长江中下游的江、浙、赣、皖、鄂、湘和福建等地区。战争让这些省区丧失了三分之一的人口，而在江浙征漕地区，即与漕粮海运关系最为密切的松江、苏州、常州、镇江、太仓与杭州、嘉兴、湖州等地，人口减少了62.3%，为1740万人，由此带来了土地荒芜等诸多社会问题。李鸿章于同治二年（1863）考察了江浙一带的漕粮产区，在五月十一日给朝廷上奏时指出其惨烈之状。他说：“以往比较有名的城市都成了焦土一般，尤其在那些道路附近都糟蹋得不成样子。”这些地区毫无生气，偶尔遇到居民，都呈“鹄面鸠形，奄奄待毙。”当时西方人对战争带来的破败也予以比较详细的描述。《北华捷报》记载，南京“满眼所及皆野草，田地无人耕种，道路残破，家畜全无”；杭州的“每个村镇都被撕成碎片，房屋**然无存，少数曾经相当富有的居民现在全都住草棚中。贫穷无处不在，曾经被稻田所笼罩的平原，现在却是灌木丛生，原来划分田地的小田埂依然存在，成为当地曾经繁荣的唯一象征。”
面对种种凋敝之景，各级官员纷纷凑请清廷减免赋税。李鸿章在奏折中指出：“所谓敲骨吸髓者，至此而亦无骨可敲，无髓可吸矣。”与此同时，时任光禄寺卿的潘祖荫也上奏朝廷，要求改革减赋；监察御史丁寿昌则主张永远减免三分之一的赋税。这些建议便于清军在与太平军作战时收复人心，既显示出浩**皇恩，又能增强百姓对清政府的忠诚度，因而得到了实力派地方官员的一致同意，减赋势在必行。
由于江苏受到战争影响较大，这场减赋运动便首先在江苏开展起来。早在清朝政府官方的漕粮政策正式出台之前，江苏省的政府大员、地方豪绅积极活动，就减赋一事展开了激烈的讨论。同治二年正月，松江府地方官向曾国藩、李鸿章上书，说松江、太仓等地的赋税在全国范围内是最高的，恳求减免。曾国藩和李鸿章表示理解。同年二月初一，粮道官员郭嵩焘和潘曾玮拜访当地名绅吴云，后者力劝郭嵩焘裁减江南地区的“浮收”。“浮收”与“浮赋”不一样，指向百姓征收额外的赋税。第二天，吴云又致书潘曾玮，详细叙述了额外征税让百姓困苦的弊端、松江一带征收重税的缘由，以及战争之后实行减赋措施的方便条件。当时，冯桂芬正为李鸿章出谋划策，李鸿章便将此事交予冯桂芬和郭嵩焘二人办理。
冯桂芬行书
冯桂芬系江苏减赋运动中的关键人物。根据其自述所知，太平天国运动爆发后，他曾避居上海，曾国藩曾命钱鼎铭招之为仕，他没有答应，却建议曾国藩减赋。同治元年（1862）春，李鸿章督师到上海，与之约见，又说以减赋，李公欣然相许，冯桂芬成为李鸿章的幕僚。而冯氏之所以会对减赋如此上心，主要是出于家庭的言传身教。冯桂芬的父亲苦于重税，曾经哭着对儿子说：“你如果有朝一日做了官，应该为民请民，把减赋作为第一要务。”冯桂芬铭记在心，并以之为自己的事业。
经过自己的亲身考察与思考，冯桂芬很快就将奏疏起草完毕，并于五月十一日由曾国藩、李鸿章联名上奏朝廷。奏折首先论述了松江、太仓一带额外征收粮赋过多的现象及其原因，继而指出，战争之后当地居民已经没有能力全额缴纳那些赋税，以及谈及了减少赋税的好处。奏折中要求朝廷允许删减苏州、松江以及太仓三地的粮税征收额度，希望能与相对轻赋的常州、镇江等地看齐，每年仍然起运90万至100万石漕米交到通州仓库。奏折抵京后，当天即有上谕，令曾国藩与李鸿章督饬司道设局，按照各州县自身的实际情况，折中议减。清廷又将曾、李二人原折交户部复议，户部将其与潘祖荫、丁寿昌二人的奏折合起来审议，对其办法做出了一些修正：第一，原奏折请求将苏州、松江、太仓漕米征收额度由121万石减为50万，骤减6/10，未免太多，但可减去1/3；第二，常州、镇江二府漕米征收额虽然相对较轻，原奏折没有提出减少，未免显得各地不平等，因此可以酌情减去1/10。
曾国藩、李鸿章接到上谕后，转饬江苏藩司刘郇膏设立减赋局，专办此事。刘郇膏对减赋的意见与冯桂芬完全不同，两人都坚持己见，争执不断，再加上一些其他的原因，此事拖了两年多，一直没有办妥。后来还是曾国藩折中了冯、刘两人的意见：第一，常州与镇江二府减税十分之一的说法已经传播了很久，家喻户晓，妇孺皆知，若现在不予执行，则会背负骂名。第二，苏州、松江和太仓减免的漕米额度应遵守规程，统减1/3，反对冯氏的请求再减。第三，冯氏主张将百余种科则合并为9则，曾国藩采取刘氏意见，仍旧保持。第四，对于漕米的核减，他允许苏州、松江和太仓按科则分别递减，只有常州和镇江二府仍普减1/10。曾国藩将大概办法确定后，便命刘郇膏拟出奏稿，并于同治四年（1865）五月上奏，即苏州、松江和太仓按则递减，五升以下不需要一并议减；常州与镇江二府一律普减1/10。清廷命户部议复后批准，但减免钱粮的请求驳回，要江苏仿效浙江的办法，减少钱粮的额外征收而不减定额。江苏减赋的政策最终制定出来。同治四年（1865）九月，李鸿章与刘郇膏奏陈苏州、松江等地的减漕章程，并将减米数的清单一并呈上。次月，刘郇膏又将减赋科则表册呈上。十月初五日，清廷审核同意，准照办理。江苏减漕事宜告一段落。
在办理减赋事务过程中，也发生了不少插曲。因为牵涉事情过多且过于琐碎，非常容易出现差错。例如同治四年（1865）十月，护理江苏巡抚刘郇膏向朝廷奏报，松江府有些田赋本来应该一体核减，但原先的奏报并没有以此为标准进行裁减，所以和赋役全书不相符合，尽管这一变动极小，也只能无奈地重新更正。结果，刘郇膏等人被朝廷处罚。
除了减赋活动，江苏漕粮海运津贴也受到裁减。津贴之名始于海运，从前河运时，旗丁常向州县索取费用，而各州县不得不又向粮户额外征收。各州县津贴并没有确定的额度，这是所谓“帮费”。自从改行海运以来，“帮费除而津贴之名起”。严州署知府戴槃向大理寺少卿殷兆镛极力建议截减津贴。据李鸿章的核算可以得知，江苏海运津贴与所裁革陋规合计，每年可以免去多余的税费一百四十万到一百五十万两，幅度极大。同治五年（1866）六月，李鸿章奏陈江苏减漕未尽事宜，称苏州、松江、太仓和常州四属共减少额外征收的漕米折钱（包括海运津贴及陋规）167万余串。而在民间田亩展开减漕的同时，清廷还批准了对江苏各屯田的减免，其额度为原先额度的10%。
江苏的这场声势浩大的减赋运动持续了相当长的时间，其成果是有目共睹的。尽管在许多地区，沉重的粮赋负担依然是压在老百姓肩上不可逾越的大山，但这一举措极大减轻了江苏漕粮赋重的危机，为清廷重新实施海运提供了坚实基础。
就在江苏省的减赋运动如火如荼进行的同时，浙江也开始了漕粮赋税的裁减。其实早在咸丰七年（1857），在湖北兴办减漕事宜之后，户部便要求浙江照办，遭到了巡抚胡林翼的反对。他认为浙江情形与湖北不同。浙江各个地方遗留的问题太多太严重，减漕的局面有可能会控制不了，因而只有由铁腕人物出面，浙江减漕才有成功的希望。果然，在左宗棠移掌浙江之后，减漕的事情便逐步展开。
左宗棠像
与江苏的情况相类似，减漕在浙江展开之前也出现了两派不同的意见：统减或分减。毋庸置疑，在减漕过程中，肯定是统减容易而分减难。但在实际讨论中，有人主张统减，有人提议分成量减，而当局者又拿不定主意，以至于减漕的相关政策持续数月也没有办法确定下来。同治二年（1863）六月初三日，清朝政府发布上谕，要左宗棠在浙江展开行动，到杭州、嘉兴、湖州三地去考察，将当地征收漕米的实际情况予以调查，进而据此分成量减。当年十二月，左宗棠复奏朝廷，表示杭州、嘉兴、湖州三地都还没有被清军收复，居民流散各地，以前征收漕米的记录也被毁坏，需要等到当地复兴后进行查办。与此同时，他表示，浙江东部地区额外征收赋税的弊端造成了很不好的影响，需要同样予以核减。这就说明虽然浙江减赋运动晚于江苏开始，但是其策划过程却在江苏之前。
同治三年（1864）八月，湖州再次被清军收复，浙江西部地区也得到了很好的整治与肃清，左宗棠便与布政使蒋益沣、粮储道杨昌濬商议，在杭州设立清赋总局。他们宣称，杭州、嘉兴和湖州三府的漕米税额与苏州、松江和太仓类似，江苏方面筹划减免1/3的漕赋，浙江也应该以此为榜样，仿照办理。十月，清赋局通过广泛调查，完成了一份内容详实的报告。报告介绍了减赋的大概情形，为主政者提供了丰富的材料。根据这份调查报告，左宗棠提出四种办法：减少应该征收的赋税额度、减少额外征收的赋税额度、筹集相应的运费，裁减部分陋规。
当户部的行文到达浙江之时，左宗棠已经率军赴闽剿匪，减赋事宜由巡抚马新贻接管。同治四年（1865）三月二十二日，马新贻上奏，指出浙江西部的三府所辖地域原本是财政赋税上缴的重镇，但深深地为贼人**糟蹋，数年之间，穷乡僻壤，搜括无遗，往昔繁华强盛的村落，到现在已经成为了荒郊野岭。他首先对当年三府应征、缓征以及免征钱粮分别请示。当年闰五月，他又会同左宗棠奏呈浙江漕米应该征收的份数，即按照8/30的比例，将浙江各属漕粮全部额减。清朝政府要求浙江省督抚立即将减免漕赋的事情以文报形式遍行张贴，务使家喻户晓，以便更好更快地收买人心，这也让浙江的减赋运动告一段落。
在漕粮减征时，由于征税体制过于死板，导致减赋中出现了一种奇怪的现象，即无闰月的年份扣算的灰石与有闰月的年份相比，反而有增无减。对于这种情况，马新贻也极为糊涂，他不禁自问：“无闰之年，何以多于有闰？”后来，布政使蒋益沣又派人对此展开调查，经过仔细核实，最后终于发现了其中的奥秘：原来浙江省漕粮由额征正改兑米、灰石以及耗米等项目合并计算，有闰月年份和无闰月年份的征收总额差别极小。其中正兑米为运抵京仓的漕米，改兑米为运抵通仓的漕米，耗米指官府征收钱粮时以弥补损耗为名而多加征收的部分。有闰月的时候，正兑不在闰月征收，其中的税赋改成折换灰石正耗米予以加征，但减少闰月漕米征收，因此，有闰月的年份，灰石米又增加，而漕粮反而更少。这样的事情于情于理都说不通，但是它居然会堂而皇之地出现，并且会被一以贯之地执行下去。
同样的例子还可以举出，浙江省其他地区，如昌化县、兰溪县、龙游县，也出现了“原额月折月本银两，有闰额数较与无闰原额转致减少”的现象，其原因则是“无闰原额系照咸丰二年奏册为额，有闰原额系照咸丰十年奏册为额”。由于这些账册已经上报户部，马新贻只能上奏请求更改。而清廷对此做出的最终修改结果，以昌化县为例，有闰月的年份仍然按照咸丰十年的原本额度征收；无闰月的年份则依照有闰月年份的原本额度，均匀减少部分闰月漕米，使这一数额变小。由于前后数据变动比较多，到最后连户部也颇不耐烦。他们干脆规定：无闰月的年份，应依照咸丰九年分奏册作为定额；有闰月的年份，则按照咸丰七年分作为定额。然而，这种表面上的改革意义不是很大，因为有闰月年份的米数与此次所改之数“悉属相符”，而无闰月年份的米数，相差也微不足道。同时，这些更改并没有从根本上对其性质有所改变，那些曾经出现过的问题依然存在。而清朝政府也因为这些统计方式上的困扰而被耗费掉了太多的精力。