太平天国运动结束后，清朝步入了一个新的时期，江浙的漕粮海运也面临着新的抉择。就在减赋运动蓬勃开展的同时，江苏省率先恢复了中断了数年的漕粮海运路线。
早在同治二年（1863）二月，在清剿太平军大势已定的情况下，为了更好地保证京畿地区的粮食安全，李鸿章抱着试一试的态度，发动商人通过海路试运米石。这些商人经常往来于江浙与天津港，对于这条海路的基本状况非常熟悉。因此，李鸿章为保证此次海路运输的成功，千方百计地拉拢他们。他劝说各个承运商户，不管是哪些品种的粮食，或者自己运送，或者通过交与其他商人代理，都要征收以供应朝廷。在李鸿章等人的精心策划与安排下，一些商户筹集了3万石大米。经过相关部门的检验与审查，到四月十五日，这批新近购买和征收的米石分别装载在19艘货船上，陆续出航，驶向天津港。
同治二年十二月，江苏布政使刘郇膏召集部属数人讨论冬天漕运米石征收的事宜。当时的实际情况极为惨淡：江苏的武进等7个县仍然被太平天国的军队控制着，那里的漕粮米赋肯定没有办法征收；长洲等15个州厅县，虽然之前已经攻克与收复，但经过三年的太平军统治，百姓流离失所，各个背井离乡，土地荒芜，因而征不起来粮食；而金山、嘉定和丹徒3个县，也因为太平军时常惊扰，耕作荒废而没法儿征粮；仅有华亭、娄县、青浦等3个县还可以按照实际情况酌量征收。如此算来，这一年的漕米征收要比以往逊色很多，整个江苏只征收了13余万石粮食。虽然如此，这也充分显示出江苏巡抚李鸿章对于满清政权的效忠之心。清廷毫不犹豫地对李鸿章进行嘉奖，称赞其办事认真。尽管得到了中央的肯定，但迫于严峻的客观情况，李鸿章也在不同场合表达了自己的无奈与苦衷。他曾在私底下表示，随着形势的变化与社会的发展，以往冗杂、低效的漕粮征运体制已经很陈旧了，需要做出必要的改变和革新。
此后的一年，江苏省如法炮制，一切都按部就班进行，可是在运输工具问题上出现了一些麻烦。原来，经过太平天国运动的打击，以及第二次鸦片战争后外国轮船业势力的急剧入侵，这些年来沙船贸易亏损很严重，由此导致许多沙船停泊在船坞，给征募与雇佣运输船只带来了麻烦。因此，两江总督曾国藩和江苏巡抚李鸿章要求承接运输的商船快去快回，尽可能在一年的时间里来回运输两次。不过，经过诸多人的努力，船只够用，这一年的运输工作只进行了一次就完成了。
曾国藩手迹
出于方便的考虑，曾国藩、李鸿章曾经上奏朝廷，要求将太仓、镇洋等地区的漕粮折成银两来征收。但是清廷指示，改折成银两并不是长时间能够执行的，而且太仓和镇洋这两个地方已经减免过赋税，因此需要照常征收和起运漕粮。现在江苏着手处理天平天国之乱的后续事宜已达两年，老百姓都安心于各自的生计，苏州方面可以停止租捐，竭尽全力办理漕粮的征收和运输工作。这也就是说，不仅常州、镇江两地要起运漕粮本色，苏州也应该与其一样征收正漕。
由于海运与减赋同时进行，有人提议，江苏的海运可以依照章程裁革部分津贴。户部经过讨论，对这一请求予以批示，指出之前河运时的漕粮各经费项目差不多都取自民间，现在将运输方式由河运改变为海运，以往河运中的帮丁不需要征召，运粮船只也尽数毁坏，而那些漕粮运输中的耗米等项目依然取自民间，长久以来就变成了没有用的闲置款项，因而可以将河运的经费拨抵给海运。户部还补充说，即使以后河运重新启动，还能把海运的经费归还给河运。如此看来，朝廷在这一问题上已经做出了很大的让步。
江苏海运的米粮需要到各地采购，刘郇膏等人按照往常的案例给予米商免税优惠。同治四年（1865），米商到江北地区购买大米，可是恰巧当时捻军逼近，耽搁了他将粮食运抵上海的时间。而在这一时期，许多沙船因为常年亏损，基本上处于停歇状态，导致运输工具的缺乏。于是，这一年漕粮通过海路出运的时间相比往年迟缓了很多。直到闰五月二十日，江苏海运漕粮才全部转入通州粮仓。
漕粮的征运事关满清政权的生死存亡，因而在选任相关官员的时候，清廷费尽心思，慎之又慎。其中，责任心、事业心成为中央考察的重中之重。同治六年（1867），在天津交兑漕粮时，具有13次署理漕粮海运经历的江苏天津交米总办委员候补知府汪有勋，由于长时间奔波，劳累过度，感染重病。尽管多加治疗，但终因沉疾已久，于六月十二日去世。事后，两江总督曾国藩协同署江苏巡抚郭柏荫上奏朝廷，称汪有勋是负责漕运的忠心老臣，因而要求依照满清军营立功后病故的待遇对他的亲属予以抚恤。户部表示同意，并援引在内河运漕途中溺水身亡的例子，依照盐运使的级别以及光禄寺卿的级别展开追悼，封赏他的儿子入国子监读书，授予官职。
浙江的漕粮海运在同治五年（1866）得到恢复。在此之前，户部曾经多次提议浙江重新开启海运，无一例外遭到浙江拒绝。直到朝廷同意推行海运经费一揽子计划，加大津贴力度，浙江才允诺恢复。户部指出，浙江办漕向来只准动用漕截，各州县借口征集津贴，搜刮民脂民膏。而到现在，朝廷审议的经费款项几乎增加了一倍多，这实在是难得的举动。也正因为有了这种改变，浙江才爽快答应户部实行漕粮海运。考虑到北京缺少粮食，户部不仅指示江苏和浙江两省多多筹集漕粮海运，还要求山东也同样办理。朝廷的意图很明显，能够多运输一石粮食，就可以多储备一石粮食。至于江北地区，户部则命令漕运总督吴棠仿照本年通过的河运方案，起运漕粮。他们声称，即使不能照此办理，至少也要由该省酌情处理，划分成多项路线，河运海运并行。
同治四年（1865）九月二十日，浙江巡抚马新贻开设海运局，开展相关工作。尽管同意海运，巡抚马新贻还会时不时地向朝廷诉苦。他说，杭州、嘉兴和湖州三府地区发生战争后，人口大为减少，农田荒废过半，夏秋之季蝗虫水灾不断，民众困苦情形不言可喻。如果国库充实，还需要朝廷予以赈济。然而京仓粮食缺乏，就不得不酌情征收漕粮实施海运。在马新贻的奏报中，还提到了海运护航轮船的相关信息。他说，浙江停止漕粮海运已经有几年，宁波“宝顺”号能否捐献出来护航需要等待审查，或者可以让江苏省的轮船护航。之后几天，他再次向上级报告，“宝顺”号轮船在上一年得到了修理，船身坚固，船上火炮器械以及兵勇一应俱全，能够确保护航。
在浙江漕粮海运的经费周转过程中，汇兑业发挥了重要的作用。举个例子，浙江在同治五年（1866）的海运经费，由虞庆澜与钱振衡两人负责，当时一共有白银50000两，押到上海后交给票号汇兑。这一年选择了新泰厚等3家票号，其中新泰厚票号汇出白银20000两，谦详益票号汇出白银25000两，宝森票号汇出白银5000两，并收取该银号汇票5张。如此也说明清代汇兑业是比较发达的。
在浙江漕粮海运得以恢复的同治五年（1866），其首先遇到的问题是船只能否够用。早在前一年十月，省海运局就命宁波道查明停于宁波的运粮船数量，并要求后者于5天内给出答案。但5天之后宁波方面并没有回复，省海运局只得再次派专员朱其昂等人前往调查。据税牙（税牙是清政府指派的对沙船商人进行严密控制的人，他们百般索诈商船商人）叶顺利等禀报，宁波港口给照疍船、三不像等船共计190只，现停泊42只，其中有27条因年久霉烂，难以装运，可以用的船只有15只。此外还有一些船出海去了北方未归港，由于装货时间未定，因而年内回到南方的船只数量可能不到一百。担心运送船只不够，鄞县知县姚光宇干脆命令，一旦遇到使回南方的船只，统统截住不许出关。代理镇海县知县顾德恒则称，从前鄞、镇二县原有300余号船只，自从太平天国运动爆发以来，海上充斥着海盗，一时间贸易衰落，船舶运输业停歇。朱其昂赶到宁波后立即封锁港口，雇用船户，但效果并不明显，只找到48号船商。宁波北商义记等43号船商则宣称，因为修船需要花费大量的金钱，但是自己贸易不顺而无法支付，需要向官方借3万两白银。经过讨论，省海运局同意其请求，答应拿出库平银2万两，由负责征收宁波关税的部门拨款。
由于船只严重缺乏，这一年浙江对船只的封雇更为严格。镇海县禀称，他们发现金晋发船和新庆安船进入关口，金晋发船系钓船式样，新庆安船系闽船式样，这些船内都由福建人驾驶。省海运局对此发出指令，如果这两艘船可以运载漕粮，那就将它们都雇佣起来。后来，经宁波知府边葆诚检查，这些船只既没有归入宁波船号，也不是经常在宁郡贸易，更重要的是它们船身很小，很难进行远洋航行。出于这一结果，这些船才免于征调。
为保证漕粮海运顺利进行，清政府不得不对船商加以照顾。同治四年（1865）九月，山海关监督成林禀称，奉天出产的米谷杂粮已经准许沙宁船贩运，如果其税比豆税更轻，则商船必然会装更多粮食，进而导致大豆出口受到影响。户部商议，认为可以仿照临清关的做法每石杂粮征收税银1分1厘，第二次出行则又减去1厘。十二月，通商大臣李鸿章向清廷奏称，沙船主要运贩北洋豆货，自从外国轮船进入中国市场以来，沙船贸易受到巨大冲击，船只无法出海，多半废搁，因此请求从同治五年（1866）开始，待海船交清米石后，由天津局、江苏浙江粮道分别填写漕米装运的细节，准许他们在天津、牛庄往南方运货，并给予免税优惠。
尽管李鸿章的建议尚有不太完善的地方，依然获得了户部的批准。接着，三口通商大臣崇厚对李鸿章的建议做了进一步补充。他奏称，海运船只较多，没法在同一处购运货物，因而沿海各口应该都准许沙船贸易，并予以补贴。除此之外，这年还有一些水手也提出优惠的要求。他们以前在北方出海，由于薪水很低，便在船主的允许下私自带一些货物倒卖，以此补贴生计。可是近几年官方要求对这些私自携带货物征收一定的捐税，导致他们收入顿减，他们要求免税免捐也得到批准。
浙江省局在审议讨论同治六年（1867）海运章程时，曾做过这样的规定：“卫船不得受雇”。原来卫船抵到天津后，仗着自己是本地土著，往往在漕粮入关后就开始以水相兑，并勾结剥船户任意舞弊。当然，宁波本地的船只也有诸多问题。据护理浙江海关印务分巡宁绍台道史致谔禀报，海运章程规定沙船和卫船都被准许免税两成，应该开着空船去上海装米。但宁波船一经封雇，就在宁波装货，没有等到查验完毕，就扬帆出口。这对海关的管理很不利，且给了一些投机分子行偷税漏税的机会，导致浙江海关收入短缺。因此，他们坚持本年仍按照两成免税，且剩下的货物仍照例科税。
浙江漕粮海运时，各县也把剥船运到上海，并停泊在董家渡之对港白莲泾口，但由于这一入口地在地理位置上有点偏僻，浙江上海运局将剥船停泊的地方改在小南门外码头的东面，码头的西面则停泊着各个宁波沙船，并由浙江盐业局派拨炮船二、三号巡查。运输船经过一路前行，抵达天津，并在当地收取余耗。上届交兑漕粮核出余耗三成，白粮四成，填入联单，但效果不佳，由于船商仍将商耗私自变卖，以致商船到天津时的余耗比较稀少，没法收买。
漕粮海运制度的弊端还不仅限于剥船。同治三年（1864），在江苏省白粮海运的过程中，天津道发现有七条沙船所装的粳米中均掺杂着籼米，还有些米色发黑。因此，他们不得不将这些船暂时查封，并将黑色的米石去除。对于这件事，李鸿章认为，本届漕粮到达通州的时间较早，因为当时正在商议是否要改为民剥，放置40多天之后天津道才开始验收，受到海气的熏蒸漕粮才会发霉，并非他们有意为之。他要求仓场查照捐输米石的章程，将籼米按八折抵交。仓场侍郎碍于李鸿章情面，也体谅江苏办理漕运也非易事，同意以八折验收。
同治四年（1865），因上届漕粮的质量有严重问题，仓场侍郎钟岱和宋晋下了一道命令：如果沙船被检查到有大量霉变漕粮的情况，或者责令船主赔偿，或者酌情进行惩处。钦差验米大臣兵部尚书载龄、仓场侍郎宋晋还特意给江苏和浙江发了一份通知，告诉他们如果有沙船强行上交坏米，且不肯进行晾干的话，就处罚船长和水手，并命他们上交免税印单。之后，二月二十二日，验米大臣抵达天津，并于二十五日开验，但他很快发现，本年的沙船虽然够用，但剥船不敷的问题又显露出来。天津道向他禀报，官剥船仅存910只。除了提前调去运送奉天存仓米石的一部分船，现在仅有的官剥、民剥船只共703只，明显不够用。他们曾向天津各相关州县屡次催促，但各州县所交的船只很少，甚至有些地方还一船未交。直到青县的知县刘杰等人受到弹劾，情况才有所好转。
还是因章程限定过死，本年采办米石与承运正漕同时进行后，麻烦再次出现。按规定，采买米石均由天津道雇人办理，不归船商押运，也不给他们发耗米。此次因为同时并运，与以往直接由天津道验运的情形有所不同，此次应该筹集一些经费给船商，以免船商有赔款的风险，也不至于出现枵腹从公的情况？最后，江苏粮道奇克坦泰请示布政使刘郇膏，根据实际情况对章程进行变通，仿照承运正漕的规章，给船商一些津贴，这才算将问题解决。
恢复海运之后，船只失事的情况也屡见不鲜。在同治六年的漕粮海运过程中，江苏的阳恒泰商船装运了奉贤县886石漕米，于二月二十八日在养马岛数十里外东北大洋遭遇风暴，篷缆俱断，船底触礁，漕米货物与舵工水手全部落水。江苏的郁隆吉船装运了1200余石吴江米，四月四日晚上在芝罘岛以西外洋遇大风，船只搁浅进水，漕米浸湿25石左右，最后只好将破船变卖，另雇船只装运漕米赴津。浙江方面也有一艘船，放洋后旋即遇上大风浪，发生渗漏，只能折回上海进行修补。类似的米船在洋遭遇风暴的案子在当时屡见迭出，后来连清廷也表示怀疑，是否有人盗卖漕粮，而捏造事故的情况。结果还真的发现有这样的事情。
咸丰九年（1859），江海关监督即称：沙船百弊丛生，竟视添装漏税为惯常，“每逢海运又以避运为积习，真属不成事体”。船商在漕粮海运过程中的违法行为，当以同治六年（1867）孙元茂案为典型。据荣城县知县孙禧余禀称，七月初一日，该县石家泊村南海边有商船1只被风浪击碎，耆民水手各自上岸逃走。海保李德赓将水手施何大抓住。施何大声称，他与宋大奎等13人在江苏沈元茂船当水手，耆民系凌洸照、顾禄开和顾禄发3人。他们于四月在上海领吴江县白粮正米1000石，耗米100石，经耗50石，搭运上届福增赔米140余石，搭货客任香泉，一行17人。顾禄发因以前有亏空漕米290余石，六月初一日驶至烟台，停泊在外国船只外边，将船上旗号收藏，充作民船，陆续将漕米盗卖与义生、恒茂、鼎元等店。而福山县刘老三、杨虎也两次卖米。耆舵凌光照等人知情后，“恐被连累”，顾禄发称全由自己承担。他还让任香泉代为写给字据，人手一份。事后，顾禄发将船开出，以图报灾，不料大雾弥漫，误至石岛泊口抢滩。除任香泉由烟台赴津，其余均被差役抓获，并搜出现银670余两。
后来据调查，当顾禄发等人于六月初一至烟台时，正值捻军东行，烟台一带米价昂贵，顾禄发起意盗卖，先后卖给给主生号王德谦106石，恒茂号王锡贤12石，鼎元号孙振甲44石。又托刘老三、杨虎两次卖给洋行434石。共计卖米596石，得银1192两，其中顾禄发得银938两，归还拖欠义生等商铺的银子253两，又因顾曾欠刘老三银200两，杨虎银50两，所以特意给刘老三250两银，米30石，给杨虎则米20石，多给的部分算是“封口费”。这些赃款现仅剩银677两。当时因系被官访查，急速开船，失事后又因银子太重，交水手代为收入衣包，“背负逃生”。
按清代律令，盗卖漕粮超过60石者首犯拟斩监侯，故将顾禄发拟斩监侯，秋后归入情实问斩，并在脸上刺“盗官粮”三字，家产抄没。耆民凌光照不行告发，发配云贵两广极边烟瘴充军3年，杖100，刑满后就地落籍。水手姚永昇等人为其背银，又不报官，各杖80。顾禄发之父顾锡荣当时也在船上，虽“患病不省人事”，因不能约束儿子，笞40。刘老三得银也被追回。又因沈元茂沙船系上海牙行朱通裕经保，清廷当即将该牙行革除。上海局派船兑运事务系由松海防同知严锡康、上海知县王宗濂、上海主簿陈元燮、宝山主簿王鍪等人主持，“失于觉察，究属疏忽”，也被交部议参，均降一级调用。
清代杖刑