第二次鸦片战争后，外国航运势力入侵，并从沿海向内地渗透。外国轮船在航运技术上有着明显优势，这使得中国传统木帆船运输业受到了前所未有的巨大冲击，陷入迅速衰落的境地。在这种情况下，轮船招商局应运而生。轮船招商局的创办是清代漕粮海运史上具有划时代意义的大事。我国“自营轮船事业，当以李鸿章、盛宣怀等所组织之招商局为滥觞”。招商局是晚清洋务派创办的第一家“官督商办”企业，也是洋务运动最重要的成果之一。它的成立，既是洋务派对漕粮海运解决办法的一个贡献，对洋务运动的发展也具有巨大的推动作用。可以说，招商局对洋务运动以及近代中国的社会变迁，起了非常重要的作用，而这种作用的发挥，无疑又是和漕粮海运密切联系在一起的。
不过，一般人认为，因洋轮入侵，原有沙卫等船遭受致命打击，数量急剧下滑，漕粮海运船只不敷，招商局得以创设。应该承认，洋轮入侵在很大程度上威胁了漕粮海运，并左右着社会舆论；沙卫等传统木帆船的衰落，也为招商局的出现提供了最佳时机。但最终促使招商局创立的，主要还是源于洋务派政治权力的壮大。通过招商局成立初期的情况来看，当时木帆船显然还没有到无法完成漕粮海运任务的地步。时人曾言：沙船其初往北专装豆饼等货，贩诸浙闽，不愿装漕，“诚以贩运之利，厚于漕米之水脚”。以后轮船畅行，兼载豆饼，沙船失业，“屡求多装漕米”。也就是说，漕粮海运虽然因招商局的创设而受益，但创立招商局在很大程度上却是洋务派官员利用漕运之名，推动洋务事业，应纳入洋务运动整体战略中去考虑。所谓人事即政治，这是应该首先指出来的。
鸦片战争后，外国航运势力入侵。轮船在技术上所显示的优势，使得传统木帆船的业务受到巨大冲击。东南沿海许多口岸木帆船都遭到轮船排挤，经营范围受到严重削弱，船只数量大为减少，漕粮海运受到威胁。外国商船“资本既大，又不患风波盗贼，货客无不乐从，而上海之商船船户，尽行失业，无须数月，凋敝立见”。美国驻华公使列卫廉也不讳言：中国大部分沿海贸易，“从本地船只转移到外国船只手里”。漕粮海运过程中试用夹板船，正是对此局面一次不成功的挽救。
首先还得从豆石开禁说起。在当时，沙船每年北上到牛庄、登州两处口岸，采购东北、山东等地的大豆，南下运往上海，再转销东南各省。这被称作豆石运输，是中国传统的沿海大宗转运贸易。因其销路广泛，盈利颇丰，各省的商船往来贩运，络绎不绝，以此为生的人不下数万。然而，西方列强觊觎这块“肥肉”已久，想要将此贩运之利夺为己有。第二次鸦片战争后，中英签订的《天津条约》中，将牛庄、登州、汉口、九江、南京等九处列为通商口岸。不过，《天津条约》并未允许外国船只从事沿海土货贸易。同年签订的中英《通商章程》中也只是允许外国船只在通商口岸贩运铜钱、米谷。所以，清政府根据条约规定，不准外船将这两地的豆石装运出口。当英国商船执意前来时，当地的商民也不肯与他们交易，他们只好怏怏打道回府。英方还想在这两个地方设立码头，也遭到了清政府的坚决抵制。
但是，随着时间的流逝，情况出现了很大的转变。牛庄最大的输出品为大豆、豆饼及大豆榨的豆油，这些货物虽然不可能成为运往英国的回头货，但却给从上海装来洋货的外国轮船提供了回头货。洋商甚至雇用空船，把大豆运往上海、宁波，“这对外国航运是很有利的”。在利益的驱使下，外国的轮船仍渐渐插手了豆石转口贸易，有些商人甚至雇用空船进港，只为将这些原料运往上海、宁波等地，赚取丰厚的利润。因为洋轮资本雄厚，船体宽阔，行驶安全，运价较低，速度又远在沙船之上，所以生意非常兴隆，而沙船生意则日渐凋敝。尽管如此，为了保证外商们能更加顺利地开展此项生意，同治元年（1862），英方还是照会总理衙门，他们声称牛庄与登州的豆禁对中外的商民都有所阻碍，非常不利。洋船北上原为装洋货，而豆货乃是粗鄙价廉之物，如果洋商有包揽贸易之心，空船北上去装运大豆是得不偿失的。况且洋船所装的货物不及内地的1%，如若开禁，对双方也是没有什么妨碍的。而此时太平军已攻占杭州、宁波，正威胁着上海的安全，清政府需要借助西方列强的军事力量来抵御太平军，维系岌岌可危的政权，“北洋海防紧要，资其协卫，不得不略从宽大，以示羁糜”，因此不得不满足英国的要求。
对于清政府如此软弱无能的表现，华商们痛心疾首。船商王永盛等联名禀报江海关道吴煦，请求禁止外商染指此项贸易，并恳请将上海豆石运输专归华商。他们在文书中写道，各个通商口岸的贸易外国已占了十分之九，唯一剩下的这项豆石生意是华商的谋生之路。如果一网打尽，中国的商船势必一蹶不振。沙船业一旦破产，不仅仅是十万余名船工失业，激起民变的问题，更将危及到漕粮海运，后果堪忧！吴煦知道此事关系到军需海运，虽然条约已经议定，难以再做修改，但是如果能够保留上海这一处例外的话，也许还能为华商的生计留有余地。他当即便将此文书递送到主管洋务的南洋通商大臣李鸿章那里。李鸿章接到江海关转递的呈文后，对船商的提议表示支持，随后转呈总理各国事务衙门，商请总理衙门照会英方，要求将上海一口保留。
总理各国事务衙门
但是英方立即拒绝了这一提议，他们认为如果上海例外的话，那岂不是在这之前对外商的所有优惠政策都可以不算数？况且英国此时正在帮助清政府，参加对太平军的镇压，清政府开禁还未满一年，又想复设禁令，此举实在很不合时宜。英国公使威妥玛更是当场宣称，由此引起的一切后果由清政府承担。总理衙门只能表示，等太平军的事件平息之后再与英国商量恢复旧约。
同治三年（1864），沙船商人郁森盛等人又联名向江海关道丁日昌禀告，再次请求清政府将上海一口的豆石仍归华商运销。丁日昌经李鸿章向总理衙门转呈了这份报告，要求其与英方再次协商。显然，西方列强是不会将到手的利益拱手让出的。直到同治四年（1865）四月，清廷仍然没有收到任何回复。眼看沙船业逐渐萧条，清政府不得不另想他法加以扶持，将沙船的助饷捐、捕盗捐及油豆饼各捐，都酌减三成，以表示对沙船业主的“格外体恤”。但这只是杯水车薪，未能扭转沙船业的颓势。沙船数量从道光年间的三千多号，到同治六年（1867）降至四五百号。
外国轮船在中国的江海航线上，不仅通过竞争的手段使中国传统的豆石运输迅速衰减，而且依恃治外法权，强迫中国商船接受它们的“保护”，否则一律当成海盗船抓起来。就连英国公使额尔金也不得不向英国政府报告：“在这期间，我在福州附近看到几艘快艇，各装有十门至十二门重炮。这些船据我们所知，大部分是从事沙船队护航的，表面上是为了保护沙船，以防海盗，可是他们在许多事例中证明他们本身就是最恶毒的海盗船，这已经是恶名昭彰的事实了。”这些西方侵略者所制造出来的“护航”和“防海盗”加深了对中国木帆船运输业的打击。
除了外轮的竞争和敲诈，木帆船衰落的原因还应包括清政府对船只的任意征用和剥削。在当时，只要有需要，清廷可以征用任何船只。另外，除了对中国商船征收原定的商税、船钞之外，清廷还增加“海船商号输捐”。商船承载300担需要捐银25两；自400担起，每增加200担要加银25两。就是说，一艘1500担至2000担的船只出海，非得先上交数百两银子不可。官方的这种强盗盘剥行为，对于沙船来说，无疑是雪上加霜。
沙船业的衰落使漕粮海运成为了一个尖锐的问题。总理衙门饬令内阁大臣、南北洋通商大臣们筹议此事，要求他们务必拟定一个妥当的办法，以解决当下的漕运危机。围绕这一难题，朝廷内部有三种不同意见：有人主张重新修复运河，恢复河运；有人提议全部修复已经废弃的沙船，维持海运；还有人认为要增加沙船的运漕经费。但是李鸿章否定了以上三种方法。在他看来，恢复河运已经是一条走不通的死胡同。运河淤塞已久，若要修复，花费巨大。况且有现成的便捷海道不用，何必执著于废弃的河道。其次，据李鸿章估算，修复沙船至少需要3000万两银子，另外还要修建库容量为万石的仓库400余座。财政拮据的清政府是难以承担这份庞大的开支的。至于增加运费，曾国藩和李鸿章也曾提议过，但这只能救一时之需，不是长久之计。
同治五年（1866），上海海关道应宝时两次提出解决漕运问题的办法。起先，他提议清政府收买全部沙船为官船，并加修整，以确保漕运。但是全部收购的价钱约为70余万两，另外每年的修理费约为26万两，显然不符合当时财政紧张的实际情况。随后，他又提出“官买夹板船济运漕粮”的建议。总理衙门将他的办法呈与户部，户部顾虑到船少粮多，建议除官买夹板船济运之外，如果每年能划分数成漕额，招商承运，应该效果更佳。总理衙门肯定了户部的主张，但是担忧华商会通过“诡名寄产”骗捐取利，而使得政府利益受损，倒不如明定章程，允许内地商人购造轮船，这样既可以避免其中流弊，又能够辅助漕运。
第二年，应宝时再次献策，希望能通过减少货物的税捐来招徕华商多置洋船。总理衙门转致两江总督曾国藩，希望他据此上奏清廷，并借其声望促成此事。但是年逾古稀的曾国藩觉得难以实行，他认为购买轮船、夹板船动辄需要花费数十万两银子，多买难以筹款，少买些又不济事。至于招商承运，“中国商贾久不愿与官交涉”，未必愿意购买夹板船济运海漕，即便是有愿意承运的，又恐怕不会遵守章程，受政府约束。此事只可通知各海关，以后凡是有华商造买洋船，或租或雇，悉听尊便，既不用章程约束，也不强令他们济运。总之，在曾国藩看来，这项提议困难重重，无从下手，应宝时的方案无形中也被取消了。即便如此，面对当时漕粮海运十分困难的实际，经过总理衙门与曾国藩、李鸿章等的反复磋商，最终在1867年10月3号颁布了《华商买用洋商火轮夹板等项船只章程》。
容闳像
在章程颁布前，应宝时就预言“华商自必闻风兴起”。在这种形势的推动下，一些华商提出了兴办新式航运企业的要求。
1867年，从美国留学归来的容闳向曾国藩建议：仿造洋商的做法，组织华商建立轮船公司。容闳是中国第一位留美学生，著名的买办商人，一向为曾国藩所倚重，而且与其他洋务派官僚如李鸿章、丁日昌等都来往密切。为了能够实施这项提议，容闳还拟定了《联设新轮船公司章程》。在章程的序文中，他指出因目睹旗昌轮船公司垄断长江航运，操纵贸易，对华商大有“窒碍”，所以新轮船公司要全部由华商合股而成，这样才能使公司购置和驾驶船只的权力掌握在中国人手中。章程的主要内容是：议设公司本银须40万两，分为4000股，每股100两；船只分走长江与天津、奉天等处；公司司事都必须由股东担任，且由众人抽签公举；利润分配自负盈亏。这是中国商人最早筹划组织股份公司的一个章程，它仿造西方企业的办法，对集资办法、人事管理、利润分配等方面都作了详细具体的规定。但是曾国藩与总理衙门在审阅该章程时，怀疑会有洋商或洋行买办参与其中，并未予以通过。最终，容闳的建议被束之高阁。
第二年，又有船商赵立诚向曾国藩呈帖，请求承办轮船运输，同样没有获得批准。与此同时，常镇道许道身也向曾国藩建议招商集资购买轮船，春夏承运漕粮，秋冬揽客运货。曾国藩当面告知许道身，漕粮海运必须先尽量使用沙船，其次或用轮船，或用夹板船，许道身的倡议也无疾而终。
曾国藩像
到了同治七年（1868），沙船运漕已呈现江河日下之势，无力承担如此重任。在一些官员的劝说下，曾国藩终于奏请朝廷，准备在江苏漕粮海运中试用夹板船。夹板船是一种洋式帆船，风帆转向灵活，在轮船出现之前，是海船中最大的一种。不过曾国藩仍然十分保守，对此次试行海运留有很大余地。他表示，“正漕有关天庾正供，未敢轻为尝试”，所以这次先试着承运普通的“米石”，而不是“漕粮”。1868年春，在曾国藩与江苏藩司丁日昌、苏松太道应宝时的主持下，夹板船运输米石的试验开始。一家叫郭德盛的上海船商统包全部米石，所有雇船、运输及一切盈亏都由郭德盛号自行负责，公家绝不干预。从四月十九号到五月初八，郭德盛号雇用了意大利等国九条轮船进行装运，并陆续运往天津。
当沙船装运的正漕如数抵达天津的时候，夹板船所运的米石反而未能到齐。清政府命令曾国藩和丁日昌彻查，“其中有无掣肘？”原来夹板船从上海起航后，一路行进顺利，到达大沽口时却发现该处河势浅狭，装载着8000石粮食的船只吃水太深，无法进港，只得由洋商雇船剥去4000石，才能继续前行。这批粮米到津后，很长时间都要囤积在栈房，官员们验收完正漕之后才去验兑。加之栈租每万石月需银400两，逾月加倍。转剥的费用加上栈房的高额租金，使得商人“赔累，大有悔心”。这次带有试验性质的夹板船运漕行动最终还是遗憾收场。
户部在议复此事时，又接到崇厚的报告。崇厚宣称，本届所用夹板船运米吃水太深，雇卫船转剥多费剥价，“业经赔累”。虽然现在也有吃水较轻的夹板船可以径驶紫竹林，但率多洋商自运货物，“未必尽为我用”。他建议，与其创议试行夹板船，莫若谕令沙船户修整旧船。户部对此不置可否，继续命两江总督、江浙巡抚等人妥筹办理。此时两江总督已经转由马新贻升任，曾国藩则调任直隶。因浙江漕粮海运系由江苏二运沙船承担，使马新贻印象极为深刻，而江苏巡抚丁日昌也是轮船运输的积极支持者。他们二人一拍即合，随即奏称，江苏现只有沙船400余号，根本不敷装运。若再待二批回空沙船续运，为时已迟。试行夹板船虽有诸多不便，如果来年能参用夹板，“或由官办，或招商运”，仍不失为一个好办法，可见他们愿意再次尝试。
此时，又有华商吴南记等人向曾国藩提议，再次请求集资购买四只轮船试行漕运，以补沙船之不足。轮船水脚钱仍按照海运定章，不需要再增加，并且保证如果能拨三成漕粮给轮船，即不会亏损。但曾国藩坚持认为，轮船运漕的时间一年不过数月，其他时候必须要自谋生计。华商购买船只，要筹集资金已非易事，如果终年没有可运之货，必然会导致亏折。本次试用夹板船失败，轮船运漕的效果也可见一斑。现在沙船虽然渐少，但也还足以应付；如果一次运不完，不妨分两次来运。沙船运漕是根本，非到万不得已的时候不要贸然改变。
丁日昌对曾国藩的态度极为痛心。他私下给曾国藩写信：“中国试轮船公司，原为收回利权起见”，并非一有轮船即能与彼族争雄海上。但只有商船日盛，饷源才能渐旺。轮船公司“本属自强嚆矢”。虽然曾国藩主张“装货揽载为第一义，以运漕办公为第二义”，轮船需要自己寻找生存之道，不能指望朝廷拨漕养命，但他仍然相信，轮船起办之初贵在立脚坚定，“又似非先办漕运无为以体，继办揽载无以为用”。总之，“邻氛日逼，不能不尝胆卧薪；积习太深，不能不改弦易辙。非蒙中堂坚持定见登高而呼，则某虽痛哭陈词，恐亦不能挽回万一耳”，可惜曾国藩不为所动。与曾国藩持同样意见的还有江西巡抚刘坤一。他奏称：七年漕粮海运时，“虽有粤商愿造轮船领运，又须先借官本银25万两，将来于水脚内分年扣还。”但他认为，制造轮船颇多滞碍，“未敢遽议举行”，也将其否决。
曾国藩在当时之所以顽固反对创办轮船运输业，并非只是他自己所说的“恤疲商，念旧谊”，念及沙船业在镇压太平天国运动中对清政府的财政所作的重大支持。实际上，他担心的是“用轮船，则沙船尽革，于官亦未得计”。也就是说，他害怕大量的沙船业主和运输工人一旦失去生计，可能会酿成民变和暴乱，威胁社会的安宁和清王朝的统治。与曾国藩持相同意见的还有江西巡抚刘坤一，他也认为不能轻易使用轮船运漕。在曾国藩等人的影响下，户部也渐渐趋向于反对试用夹板船。直到曾国藩去世，轮船都没能再次参加到运漕活动中来。