在江浙漕粮海运如火如荼进行的同时，清廷中恢复河运的呼声也不绝于耳。试行夹板船失败之后，朝廷关注的焦点也渐渐转移到河运上来。漕粮河运的恢复既有海运不安定因素的影响，更与河运相关利益集团的努力争取密切相连。
同治四年（1865），漕运总督吴棠向朝廷提出奏请，称太平军的威胁已经解除，东南军务大定，请求试办河运。他打算动用淮军军需捐款来购米2万石河运，最终得到朝廷的批准。后来，清廷又要求吴棠将采购的米数增加到30600石。这次河运江北漕粮于次年的八月全部抵达通州，相关的人员也得到奖赏。不过，此次试办算不上是一次成功的河运。因为当漕船返回山东的时候，河道出现淤塞，使得船只直到同治五年（1866）的三月都未能顺利南归，船主深以为苦。
同治五年（1866）初，河运再起。不料，此时捻军向东进军，淮河一线形势变得紧张万分。直到四月十五日，江北漕粮才决定从扬州启程北上。可是，河东河道总督张之万却又发来急报，要求漕船推迟启程，原来捻军威胁尚未解除，且还需要仰赖运河来抵御进攻。朝廷只得饬令粮道随时探明捻军的行动，相机行事，妥善安排好漕粮的运输进程。结果这一年河运的效果比以往更糟，为了区区4万石米，山东不得不耗费大量人力物力去疏浚运河及黄河。
清代两江总督衙署
同治六年（1867），江北的漕粮因为水灾被全部截留停运。随后两年漕粮都改行海运。同治八年的十一月，在户部的要求下，两江总督马新贻重提河运，并于次年二月上奏了河运章程。同治九年（1870）六月，马新贻再次向朝廷奏报，河运的漕米已经分六次购置完毕，但其中过程实在艰辛。四月以后，因为下河一带天气持久地干旱，河水干涸，必须用小船将米粮运至高邮的头二闸及子婴闸，然后再用箩筐挑运，每天收米不过数十石至百余石不等。随后又遇上连日大雨，经过一番周折，漕粮在五月底才结束交兑，正式启程。
开行后的情形也不容乐观，李鸿章向朝廷清楚地奏报了这批漕船出发后的困苦境遇：因为春夏久旱，济宁至清江的运道水浅难行，载重量大的船只无法通过。后来，汛期黄河水暴涨，向运河倒灌，而等到运船赶到的时候，黄河水已经枯竭。江安粮道王大经一路随行监督漕船的行程，期间被困在八里庙河一个多月不得动身。山东巡抚想要引黄河水来补充运河，结果徒费工力。王大经决定改由陆路将漕粮运到临清，然后再换用船只运往目的地。虽然这样要付出一大笔额外的经费，但是只要最终能够抵达就算是一件很幸运的事情。可是，屋漏偏逢连夜雨，当船只抵达通坝、正要陆续过闸的时候，雪期将近，气候寒冷，闸河又出现冻结。毋庸置疑，以上的种种情形又证明了此年的河运还是一次失败的行动。
山东直隶段黄河图
同治九年（1870）七月二十六日，两江总督马新贻遇刺身亡，曾国藩回任两江总督一职。他向朝廷上奏，认为上一年河运委员之间呼应不灵，才导致在漕粮交兑和开行的时候动作迟缓、效率低下。因此，下一年的河运应该责令漕船于春初就在淮河交兑完毕。后来，据曾国藩奏报，由于起运较早，所有漕船均在同治九年十二月二十八日前验装开兑，并且在同治十年（1871）二月二十八日抵达了终点。曾国藩仍然照例为此次河运之人请奖，人数多达38位。此后，曾国藩又积极策划下一年的江北冬漕计划，并与同僚制订了详细的十条河运章程，此时的他俨然已经成为主张河运的中心人物。所谓“海运本属权宜之策，自应徐图规复旧章”的态度，说明了他的守旧有余与创新不足。
受到同治十年江北河运成功的鼓舞，同治十一年（1872）江苏也被要求加拨部分漕粮试行河运。在朝廷的指派下，江苏将在丹阳和金坛采办的2万石交由河运，中央委派直隶州知州松亭负责河运的各项事宜。但是，事后总结时人们发现，从运输效率及经费开销两个方面来比较河运和海运，明显河运很不划算。即便如此，此次办理河运的官员还是受到了奖赏：松亭获得了交部从优议叙，甚至书吏曹鼎铭也得到了八品职衔。
在江北恢复河运的同时，江浙与直隶的有关各方，对海运的一些细节也进行了小幅的调整，主要是加大对海船及剥船的津贴。例如，同治八年（1869），江苏将征漕的公费统一定为1500文，避免了有些县市因为银钱比价的波动而征不敷解的情况。
运河终点通州漕运图
天津剥运章程曾有这样的规定：将官方的剥船酌情分成几个帮派，由各派之中职位较高的武官来管辖本派。但是当时的直隶总督曾国藩认为，如果以数百只船为一帮，每次必须要兑足一帮方可启程，难免会耽误时日。户部则为自己辩解道，他们并未限令每一帮船只的数量，更没有限令要兑完一帮才允许开行。但既然曾国藩反对，那就还是恢复以前的办法。至于押运的津贴银两，仍然为60两，先由驻坝委员收存好，一旦发现有盗米弃船的现象，就由验米大臣惩处管理该船的州县官员。不过这样实施的效果并不理想，据验米大臣延煦和仓场侍郎毕道沅奏报，同治八年（1869）海运的漕粮起剥，到六月底一共运了92起，没有亏欠缺损的只有14起，完好率仅为15.2%。
政府还施行了借钱给商人修船以及加大免税范围的举措。有一位名叫魏同源的商人，愿意仿宁波疍船的式样来承造船只，请求清廷按船只所装漕粮的能力折算，借给他一半的修费。魏同源所造的这批船能装米4000石，造四艘则需要28000余两银子。按照原本的规定，海运沙船每石只给1.5钱修费。考虑到现今沙船的短缺，魏同源的造船行为应该得到鼓励，政府批准了他的请求。江苏粮道英朴也向朝廷请求对东、卫等船进行免税。因为沙宁各船在交清漕粮之后，贩运货物返回南方时可以免除北口的税收，而东、卫等船承运南漕却没有得到免税的优惠。这个奏请很快也得到了批准。
同治九年（1870）年底，户部还提出了径运通仓的建议。原本自道光六年（1826）以来，因为直隶总督远在保定，朝廷为了表示对漕运的慎重起见，一直特派钦差大臣驻津验收，整顿稽查。但是，户部认为每次这样临时派遣大臣前往天津比较麻烦，不如责成直隶总督就近办理验米事宜，令其春季移住天津，反而更能调度得宜。漕米到达天津之后，通州坐粮厅还要派官员前去验收。户部提出，这样程序过于烦琐，不如实行径运通仓。这样天津就无须验米，坐粮厅官员、仓场侍郎也无须赴津，南北方各局皆可不设。当漕船抵达天津的时候，可以由直隶总督命令天津方面预备好剥船，如果剥船短少，则惟直隶总督和天津道是问。而如果漕粮到坝后，米色若有所参差，就惟江浙督抚及粮道是问。可是问题在于，如果不由北方当局经手，江浙的官员与剥船主彼此互不统属，办起事儿来可能效率不高。其实，户部的出发点在于想要省去仓场侍郎、验米大臣赴津等方面的费用；随之增加的其他费用，则可以由江浙方面支付。对于户部的这个提议，李鸿章曾私下对曾国藩表示了他的观点，他说验收和交兑的事宜本就难以解决，户部的提议对与江浙两省来说极为不便，自然是不会答应的。曾国藩也对此表示赞同。
正当众人对此事都并不看好时候，江苏粮道英朴却向朝廷主动请缨，要求将漕粮归南方各省径运，并且声称自己已经与江浙两局委员朱其昂、杜文溥等人商议过了。为此，他还特意制定了十四条相关的规章。剥船运粮的问题既与漕运制度本身的弊端相连，又和封建专制体制有关。如果认为通过南方诸省径运通仓的方式就能纠正这个海运弊端，无异于痴人说梦。可是，既然英朴主动要求扛起这个重担，两江总督曾国藩也只得批示：既然江苏粮道肯大力承办此事，不如就趁此机会试办一次。英朴又进一步要求当年就试行，这使得曾国藩很恼火，拒绝了他的请求。因为当时漕船启程在即，时间十分紧迫，仓促更张，恐怕不能够计划安排得很周密。与英朴相比，浙江粮道如山就表现得谨慎许多。他向皇帝禀称，如果改由南方的粮道委员来押运漕粮，可能会弊端更大。南方的官员在北方人生地不熟，稽查其他省份的船户是否作弊时，恐怕会出现呼应不灵的情况。
浙江巡抚杨昌濬、两江总督曾国藩和江苏巡抚张之万皆认为，如山的分析切中要害，并非推诿之辞。考虑到英朴的顽固态度，他们只能奏请，等江浙两粮道到天津后，再与李鸿章一起商议。事实上，李鸿章也反对英朴的主张。他犀利地指出，天津道管理剥船有问题，难道由江浙粮道来管理就没有弊端了吗？剥船运输确实存在问题，但导致弊端的缘由仍出在通州大坝。他还讽刺英朴是只是为了讨好朝廷而不顾其他的不利影响。经过激烈的辩论，英朴不得不答应此事还需从长计议。之后在向曾国藩报告时，他仍然辩称，是因为如山不同意实行径运，所以江苏方面不便产生分歧才不得已这么做。不久，曾国藩、张之万和杨昌濬联名上奏，称若要让漕船径自将粮食交到通州，必须要江浙两省齐心协力来办才行。两省粮道都认为现在革除剥船之弊尚无把握，所以来年所有的漕粮海运，还是难以直赴通州。此争议就这样暂时被搁置起来。
同治十年（1871）和同治十一年（1872）江浙两省的漕粮海运总体上保持平稳。之后，由于轮船招商局的创办，漕粮海运进入到一个崭新的阶段，轮船参与下的漕运事业开始焕发新的生机。