径运通仓是中央财政与地方财政矛盾的一个反映。具体的推行则带来系列变化，既涉及经费的重新配置，也涉及人员的安排和调整，而向来直接负责其事的仓场侍郎，反而变得无所事事，只能在奏报方式上做些手脚，以期引起注意。但不管怎样，这种变革完全改变了自道光六年海运以来的成规，将剥运负担交由江浙两省承受，重新恢复了原来河运时所采用的办法。另外，轮船与木帆船在运漕问题上的矛盾，亦值得注意。
同治帝像
同治十一年的十二月十六日，仓场侍郎延煦和毕道沅向朝廷重提径运通仓的建议，不过只要求江浙粮道自雇民船，将白粮运通。据他们奏报，同治十一年白粮在剥运时，竟然出现了全船沉没、船户潜逃的事故，甚至在天津还设有船局，私立船捐名色，对剥船公然卖放。不仅用窄小破船敷衍了事，还含糊补造官剥船来冒充民船应募。他们认为雇民船运送白粮，在北省可雇，南省亦可雇。由南省自雇则可以一手经理，北省代雇反而多费周折。
在这种情况下，江浙两粮道只得表示愿意在下一年试运，并且对其中的细节进行重新拟定和核实。例如，酌量增加转运剥价，按民价招雇剥价，以吸引船户踊跃参加；为了防止舞弊行为，明确宣布只要舱面的钉封竹篾及袋绳火漆圆印稍有损伤，即使漕米无恙，也要问责；为了快速完运，还要求剥船在通州交米之后，限它们三天内回津再运。
江浙白粮成功完成径运通仓之后，同治十二年四月，李鸿章进一步向朝廷请求，所有招商局运送的漕粮，都由粮道自雇民船运往通州。因为招商局所运的漕粮都是用麻袋装盛，不会轻易被掺和偷漏，而且轮船行驶速度快，到达天津后即刻便能将粮食卸载在栈内。漕米在船里放置的时间不算太长，不受海气的熏蒸，亦无所谓的“气头”，舱底米色较沙宁各船更为洁净。如果打开麻袋验兑，重装后交给剥船运往通州仓库再行开验，漕米经过这样三次出入，三次斛量，折耗必不会少。而且如果一由官剥船经手，偷漏搀和乃是船户的惯用伎俩，“以十数万洁净无疵之米，坐使如此折耗伤损，实属可惜”。事实上，李鸿章所言不虚，确为实情。
半年后，李鸿章又和仓场侍郎延煦、毕道沅联衔合奏，主张将全部海运漕粮交由江浙粮道径运通仓。他们的理由是本届白粮径运之后，米色一律干洁，正是改章之效的明证。话虽如此，十二年径运的白粮米色实际上非常糟糕。英朴禀报，他曾亲自去上海查验，结果发现各州厅县运到上海来的白粮，碎杂多粉，多数受潮，并有掺和泥谷等现象。他甚至说道：“此种米石万难交兑，设经退回，谁执其咎？”李鸿章所谓的米色干洁，无非是想把运漕的麻烦推给江浙两省。
不过，根据李鸿章等人的建议，九月二十日，清廷还是命令江浙两省来年办理径运。两江总督李宗羲和江苏巡抚张树声向朝廷回奏，声称剥运漕粮至通州大坝的交卸事务，南方一向是不干预的，此次要求径运赴通，乃是首创之事，费用尤为巨大。天津方面此前原用款项一时间难以裁除，通州大坝的应需费用又不能不酌情筹集。与往昔相比，责任倍增，事情又更加烦琐。所需人力众多，经费庞大，应该等来年夏秋漕粮全部运往通州交兑完毕之后，察看情形，再行定案。此后，江浙两粮道英朴和如山为径运制定了规章。譬如，径运用的麻袋应该要厚密，不准以稀松的袋子滥竽充数。为了慎重起见，此年江苏特别配备了20万个麻袋，漕粮装袋后再用麻绳捆紧，然后粘贴印花。
为支持南省径运通仓，天津道丁寿昌也制定了相应的章程。其中值得注意的有三条：第一，官剥船只的分配，江苏和浙江按起运比例来分，大致为13∶7。第二，官剥船只运漕向来是畏缩不前，往往潜赴上下两河，等到通州交米后，又偷偷开往牛郎山河，所以应该勤加巡查。第三，海河一带的居民，常常上船索米斗殴，也多有匪徒偷割绳索之事，这些问题应归天津府县来办理。
在实施径运通仓之后，在天津和通州进行验收的时候也产生了一些程序变化。因为江浙两省需要自己组织人员在天津剥运，所以他们派人驻扎在大沽口，查报进口的漕米船只，进行编号给单。在剥船运输上，江苏津局委员们给出了说明：剥船舱面的印封及火漆图记，统统不允许损伤脱落；剥船在兑齐后，挨号开放，沿途赶紧行驶，不准耽误。江浙委员们还将天津至通州的路程分成九段，押运委员分段填写好押到日期，签字画押，等到剥船快要抵达下段，即将此单转交下段委员接替传递，至第9段呈送通州当局查收。
海运实施径运后，漕粮海运的绝大部分事宜均归江浙两省来承办，因为经费不敷的问题，引发了大量的额外加增。两江总督李宗羲、江苏巡抚吴元炳向朝廷奏请添加漕粮开支，要求自下年起，每石增加开支一钱。户部给他们的回复中虽然指出，海运的开销向来有定章，岂能因为改办径运，就将各项用款随便发给，任意增添，但考虑到江苏省的运费尚系原定数目，本应增加一钱，“仍由漕项内匀凑济用”，还是同意了他们的请求。
径运通仓后，仓场侍郎的职责减轻了。他们只是在同治十三年（1874）四月十七日至七月二十日，对运到通州的漕粮进行验收。因为工作轻闲，延煦等人便将此年的白粮米数进行分别奏报，而没有像以往那样，一股脑儿地合奏。