自从轮船参与运漕以来，木帆船过剩的问题就开始凸显，双方矛盾白热化。同治十二年漕粮海运结束后，李鸿章接到了江浙沙、宁船号商郁森盛等人的请愿书，书中提及沙、宁各船历年来都是勤勤恳恳，报效朝廷，现在生计日蹙，唯存漕粮海运这一线希望，商人们恳请朝廷每年能够拨给他们装运漕粮100万石。李鸿章把难题抛给了江苏巡抚张树声，而张树声的回复是：本年应运的漕米有110余万石，应该先尽沙船装载。
招商局“丰顺号”轮船
这绝非李鸿章的本意，在他的授意下，招商局迅速进行反击。朱其昂等人通过苏松太道沈秉成向张树声请愿，指出本年不但不能压缩轮船招商局所运漕粮数额，反而应该予以增加。他们认为沙、宁等船困苦凋敝，“恃运漕为养命之源”，但轮船招商局创办伊始，也是以运漕为立足之基。同治十三年江苏的漕米一共65万石，应仍按“沙八轮二”的比例，即由沙、宁船分运52万石，轮船运13万石。也就是说，应较去年多派3万石给招商局。后来，署布政使应宝时、粮道英朴等人经过商议，决定将沙、卫等船的运载量一律折减，从中提出漕粮正米3万石，并随同商耗2400石，拨归招商局承运。事后，统计这一年轮船招商局所运江苏之米，共11余万石，与上年基本持平。可见轮、沙双方都做了让步。
虽然这场轮、沙之间的斗争最终以和局收场。但是不难发现，洋务派创办招商局，最主要的原因乃是借漕粮海运之名，以兴办洋务运动之实。而沙船业的衰退固然影响了漕粮海运的发展，但是至少在光绪初年以前，沙船并非不敷，而是还有剩余。轮船招商局参与到漕粮海运之中来，对传统的木帆船业造成巨大的冲击。面对处于优势地位的轮船，木帆船欲作最后一搏，故焕发出很大的活力。可是，为了在竞争中获得一席之地，木帆船主将希望寄托于官方的政策倾斜和扶植上，而不通过改造自身来谋求发展，这也预示着它不可避免被淘汰的命运。
在这段时间内，漕粮海运发生的第二个重大变化就是江西、湖南等省开始试行海运。这个时期也是清代漕粮海运最为波澜壮阔的时候。虽然这些省份的漕粮数额很小，且皆由招商局包办，米石也非出自本省，而是从江苏等地采办，与江浙两省的海运情况完全不同。但依然显示了清廷恢复传统漕运制度的决心。从其具体的操作来看，其象征意义要远远大于经济功能。
光绪皇帝邮票像
江西、湖南和湖北是从光绪元年（1875）才开始加入到漕粮海运的行列。但是这种行为的铺垫，则早就已经开始了。同治十二年（1873）九月，清廷再次要求湖北省恢复漕运，起运本色漕米，当时湖广总督李瀚章虽然仍加以反对，但这却成为以后几年湖北采办米石的开端。李瀚章表示，如果湖南、湖北起运漕粮，虽让京师的仓库能多收22万石之米，但是也少了数十万两实银的收入。此时京仓既然还可以继续支撑，自然是银重于米，如果将来朝廷急需用米之时，能否在湖北汉镇采买，酌情运漕，雇用轮船装载漕粮到上海，然后再实行海运。这也就是说，在招商局办有成效后，湖北已经准备让轮船承办此事，估计这与李鸿章的努力有关。
经过多年的抵制后，江西省向朝廷奏称，既然湖广能够由轮船招商局包运、包交运津的漕粮，那么江西也可以参照着办理。虽然江西巡抚刘坤一在私下抱怨过：“农部止知江省米色较低，米价稍贱，不思水路如此之远而且难。”但他也看得出，这次朝廷下令恢复漕运的部文，难以用空言搪塞过去。与此同时，李鸿章也在竭力地为招商局争取生意。他给刘坤一写信，劝其尽快同意运漕。他说要江西省丁漕全征本色是万万做不到的，不过只需要稍为通融即可。江西的漕粮比较多，若无颗粒到京仓，“既非公忠体国之道，终必有变本加厉之时”。他还断言“百年以内，无能复河运之理”，而招商局的轮船是开办洋务四十年以来最得意的成果，创办之始便是以运漕为由，“各国无不折服”，都说是中国第一好事。轮船运米能力极强，现在所运的漕米数量虽然并不多，但是江西若能办漕，米数渐增，再慢慢增添船只，“国计民生均大有裨益”。招商局是由朱其昂、盛宣怀管理运米事宜，由唐廷枢、徐润负责揽载事宜，他们“皆熟习生意，殷实明干”。尤其是朱其昂和盛宣怀，对于漕运采买起运之事皆是了然于胸。如江西愿意采买粮米，或自在本地采购，或交给招商局代购，至多是出一些到江浙采买漕米的杂费。如果江西能够效仿江北运漕的例子，折征于民，办运于官，朝廷必然会同意的。
刘坤一像
在这样的背景环境下，光绪元年，江西漕粮开始实行海运。先由朱其昂赴苏常江皖等处采买87780石，再由招商局运往通州，顺利交仓验收。湖南湖北也同样在光绪元年开始办理漕粮海运，分别试办本色米2万石和3万石，采买漕米的价格与江西相当，流程也类似。另外，户部还想要让河南也起运本色漕粮，但是豫省以“十余年久未办运”为名，拒绝了这个要求。
光绪二年（1876），江西仍照例由招商局采买米8万石，开支与上年完全相同。而《清史稿》中曾记载，光绪元年海运后，“江西、湖南寻停”，这是不确切的说法。此年湖北仍是采办3万石正米，各耗数量及经费开支与上年毫无二致。
到了光绪三年（1877），江西省仍是采买正米8万石。据湖北总督李瀚章的奏报，湖北亦同上年。次年，江西仅采买6万石，湖北则继续办运3万石。因山西赈灾的需要，湖北从此年这3万石冬漕中提出2万石备赈，并且还筹银4万两。为应付山西拨赈，江西给米4万石，江苏8万石，江北4万石，浙江9万余石。通过统计这些数据，江苏、山东、江西以及湖北先后为它送去50万石漕粮，由此也可以看出山西灾情极为严重。
另一方面，改由江浙两省径运通仓，并非杜绝剥船弊端的有效途径，而完全是天津方面及仓场的私利之举，径运的弊端很快就显现出来。江浙两粮道要求仓场侍郎发布文书，历数其弊：官剥船只的舞弊行为已经成为了惯技，尤其是沿河奸民常常与通坝土棍勾结在一起，搀杂偷漏。仓场侍郎随即进行回应，出台了《仓场札发严禁沿河奸发勾串舞弊告示》，其中写道：天津剥船在运通过程中，每有奸民土棍串通船户，沿途搀和，偷偷地进行买卖。比如盐关下的小牛庄，以黑米换好米。盐坨一带，以稻皮来抵换漕粮。金家窑上下以水麸抵换。北河口、西沽、丁字沽等处，以稻子抵换。穆家庄至北仓各地，有偷卖和抵盗的行为。北仓上天津、武清所管之马家口，以坏稗子抵换。又如杨村有卖碎砖上船，河西务有抵卖米，土门楼与香河马头带，有卖土与船户搀杂，通州所管之桥上，则以僵石抵换好米。刘各庄以土换米，通州河口外，或以回舱坏米，或以回舱稻皮及淤渣偷卖掺杂。河口内外至北关一带，时有盗卖的现象，船至河口外罗家口等处，又搀糠使水，进河顶验。种种弊端，“皆系就地土棍勾结串通所致”。
这样的局面，又岂是几个外省官员所能解决的呢！而径运通仓的好处，就是使得天津和仓场一劳永逸地扔掉了自己的包袱。因为问题得不到解决，就连最初积极主张径运通仓的江苏粮道英朴也不得不承认，光绪元年的粮米剥运，实在是非常糟糕。英朴要求各押运委员自起运之日始，每日都要亲自验封一次所押各船。每到达一段就要与官员逐一查看各船的封条。如果有揭开、擦损的情况，随时加贴草封，并开单注明。之后，因为有两艘官剥船只所运的漕粮米色干洁，英朴还特意在应发的水脚钱之外，再加2000文赏钱以示鼓励。他向船户保证，如果米色如仍干洁，即在加赏之外，再行赏4000文，很有“重赏之下必有勇夫”的味道。可是即便如此，仍然有许多不尽如人意之处。比如，江苏第四起剥运米，有受潮的白粳米被“验明退回”。经过风晾，共有上等米100余石，中等米1600余石，照案只能作为次等白粮来兑收。英朴亦表示，除最初20起剥运米色较好，之后各起“间有乘隙作弊，搀和稻皮土瓣及使水情事”。无奈之余，他只得另外租赁三间房屋，加雇多名夫役，风晾受伤之米。
在轮船招商局不断发展的同时，外国在华最大的航运企业——美国旗昌轮船公司却一蹶不振。光绪元年（1875）七月，面值两百两的股票跌至六十两，为九年以来旗昌股票行情的最低水平。光绪二年（1876）初，旗昌公司认识到，它以旧式的木质轮船组成的船队，已经难以同英国太古公司的新式铁质轮船船队抗衡，也无法使有中国政府和商人支持的轮船招商局屈服。同年春，旗昌开始散布要出卖产业的舆论。七月，盛宣怀、唐廷枢等人向李鸿章请示归并旗昌的事宜。经过一番筹划和交涉，最终到光绪三年二月，旗昌产业正式换旗过户，转归轮船招商局所有。
在购并旗昌的过程中，太常寺卿陈兰彬向清廷上奏请求加拨轮船的运漕数量。他指出，本年旗昌出售给招商局关系大局，“洋商之至强者亦敛手退让，此实中外大局一关键，而时之不可失者”，恳请提高招商局承运漕粮的份额。招商局收购旗昌之后，财政确实较为窘迫，需要这项运费收入给它提供继续发展的保障。李鸿章也附和陈兰彬的禀奏，最后朝廷同意江浙两省每年必须拨漕粮四至五成，专由招商局承运。
随后，浙江巡抚杨昌濬向朝廷回禀，称头三届浙省漕米交给轮船承运的均在三成以上。尽管沙、宁船生计艰难，不过仍然打算拨米22余万石给招商局承运，其余18余万石米，交沙宁各船分派。核计轮船所运“已在五成以上”。而江苏对多拨漕粮交由招商局承运的反应慢得多。直到光绪三年（1877）的正月，江苏仍奏称拟拨招商局承运正米11余万石，商耗8千余石，虽较上届运米增加了3余万石，但比例仍不到20%。这说明，江苏对于招商局的运漕，一直都是被动应付，而非积极配合。李鸿章曾经抱怨过，尽管朝廷多次要求江浙各省多拨漕粮，但是江苏省的漕数分拨皆不及二成，“在疆臣公忠体国，本无成见，而承办漕务人员，往往自便私图，不肯加拨”。其实，真正的原因可能是因两江总督任上的官员，长期以来是李鸿章政治上的竞争对手，如沈葆桢、刘坤一等人，从而使得他们无法通力合作。而浙江因为宁船本不够用，在船只方面每每有求于积怨甚深的江苏，并曾饱经刁难，所以最乐意接受招商局。
因为江苏所拨给招商局的漕粮数一直都比较少，光绪三年十一月，皇帝特谕江苏：“着该督抚饬令粮道，嗣后务须分四五成拨给该局轮船运送，不得减少。”接到上谕后，江苏只好决定将光绪四年的29余万石漕粮交给招商局承运，大概在总数的四成以上。至于江北漕粮，从光绪元年至四年它始终是在河运与海运之间摇摆，举棋不定。光绪元年（1875），江北漕粮因为运道艰阻改行海运。经过刘坤一等人的协商，江北漕粮海运由招商局镇江分局直接在江北雇船剥送，再由上海派轮船驶赴镇江装运。这也是以后江北海运的固定模式。
到了光绪二年（1876），比较奇怪的是，江北漕运并没有像以前或以后那样由两江总督单独奏报，而是由两江总督沈葆桢与江苏巡抚吴元炳两人共同奏报。从他们的奏折来看，淮、扬、徐、通四府共应交米82114.1658石，原本仍是计划用轮船进行海运，在镇江交兑放洋。至于水脚章程，也完全仿效上年的例子。估计和招商局“福星”号轮船失事相关（详情见后），清廷决定将此批漕粮改归河运。但恢复河运也并非是明智的选择。这批漕粮在起运之后，不停地起剥，又挑河打坝，灌塘雇车，花费很大。借黄河之水不足以济运，徒使山东河道受淤，商贾舟楫、农田灌溉都深受其害。漕船又大半被阻在章丘，船工没有工资来维持生计，只得将篷桅典售，甚至还有变卖船只的人。后来虽然得到朝廷的补恤，仍不偿所失，因而“怨诟滋深”。江北在准备下一年河运时，应征者寥寥无几，即便有好船，一听说是要装运漕米，也都裹足不前。沈葆桢一气之下奏请将江北漕粮暂办数年海运，但没有得到清廷的允许。次年江北仍行河运，但情形更不理想。漕船回空，直到十月仍有400多条船“阻淤于章丘”，无奈之下，清廷只得批准，将光绪四年的江北漕粮重新恢复海运。