从光绪五年（1879）起至十年（1884）止，也就是中法战争对漕粮海运施加影响以前，是清代漕粮海运中最后的平静阶段。这段时间内，江浙两省的漕粮海运均做过制度上的小幅调整，但总体上说，并无太大的变革。江西、两湖及山东等地的漕运，虽然数量或多或少，但都是京师地区稳定而有力的粮食供应者，对于江浙两省的漕粮海运而言，也是一种有益的补充。
经过多年的实践，海运优点已经毋可置疑，河运漕粮困难又极多，尤其是无人应雇，使得江北漕粮的河运显得极为被动。两江总督沈葆桢向朝廷奏请，光绪五年（1879）江北漕粮再办海运，得到朝廷的批准。后来，户部原本要求光绪六年（1880）江北的漕粮恢复河运，并且欲从江苏漕粮海运中拨出部分漕粮河运，遭到沈葆桢的坚决抵制。最终双方折中，江苏不增拨漕粮河运，江北则恢复河运，共6万石漕米，但后来全部用于拨付直隶赈灾。
光绪七年（1881），因为各州县上交的漕米质量太差，江苏巡抚在向朝廷奏报漕粮海运进程的折子中特意申明：今年因为天时失调，米色不佳，米粒实难纯洁，恐怕经历长途运输之后品相会更差。仓场侍郎继格、毕道沅对江苏的这番解释不满意，他们认为可能会使下级州县误会有机可乘，而上交的漕米质量更难保证，强烈要求江苏省以后认真办理。在验兑这一年的漕粮时，仓场侍郎还发现，招商局承运的漕粮，搀杂破碎的情况与往届相比特别多。他们不得不将情况最糟糕的那部分漕粮过筛，以确保进仓漕粮的质量。光绪八年（1882）和九年（1883），江北漕粮还是实行河运。因为河运的运道十分艰阻，船户们被连累得赔了不少银子，都把河运视为畏途。两江总督左宗棠不得不派遣委员分赴各地，设法招雇，答应船户们增加雇银，这才陆陆续续招齐。
在这段时间，漕粮海运总体上按照它的规章制度正常地运作着，但沙船和招商局之间的矛盾更加凸显。两者之间冲突的激化，主要体现在争夺江、浙两省的漕粮运输权上。有人这样描述过：上海沙船，“盛时皆不愿装载粮米，及其衰也，则争先恐后，惟恐封船委员之挑剔矣”。显然，在强大的轮船面前，已经落后于时代的木帆船感到致命威胁，在奋起反抗了。
谭钟麟手迹
光绪五年（1879），江苏拨给招商局承运的漕粮占总数的四成以上。浙江派招商局运输的漕粮仍然超过了五成。光绪六年（1880）九月，上海沙船会馆向苏松太兵备道递呈了一封文书，重提李鸿章在同治十一年给他们做的保证。原来在招商局成立初期，李鸿章为了平息沙船商人的恐慌，不得不向上海沙船会馆担保：沙宁东卫各船统运江浙漕粮，以百万石为率，余则拨归轮运。现在沙船商人们指责李鸿章没有履行当时的约定，近年来轮船承运的漕粮数额有增无减，而商船的运米数量有缩无盈。上一年沙船仅被指派装载40余万石漕粮，渐渐不及半数，因而他们要求多派装漕粮。但是从事后的运作情况来看，这个要求并没有得到具体落实。
值得注意的是，浙江巡抚谭钟麟为承运四年分漕粮的商人请奖，朝廷的朱批居然是：“近闻承办海运尽为轮船垄断，沙宁各船生计萧条，以后着将轮船运米若干、商船运米若干，分晰具奏。”次年四月，当谭钟麟报告海运出运情况时，清廷也不忘提醒他：“江浙漕粮多半由轮船装运，轮船多一分则商船减一分，此一定不易之理也。该省所报米数，轮船起运者究有若干，着查明具奏，毋使商船向隅。”可见清廷对于招商局的态度，已经开始出现偏离。
光绪七年，还发生了一个小插曲。此年招商局汉广号轮船在运漕时失事。四月十九日，汉广轮船装运江苏漕米5842石，以及洋药、洋布杂货4800余件离沪。第二天遇上大雾，至次日下午四点半，行抵山东荣成县之镆铘岛触礁搁住。山东巡抚周恒祺奏称，汉广触礁后，“船底被石穿通进水，立将货物漕米抛弃一半，船身仍未见浮”。登莱青道方汝翼迅饬泰安轮船星夜驰往，会同地方文武实力救护，“维时船尾已沉，礁石嵌在船底，无法拖拉”。只是将客人与湿水米货拯救上岸，并将船上机器拆卸。招商局也从上海派人前来打捞。不料五月十四日，大风骤起，将船击成数截，沉溺于乱礁之中。所剩漕米221包，均已湿水，不能接运。他们只得将船上机器全行拆卸，同湿水米包货物，统由美利等轮船装运回沪。
翻看军机处光绪七年至九年的漕运数据，可以发现在江浙漕粮海运过程中，除光绪九年浙江因大灾而使得运米数下降近一半外，轮船招商局所承运的米数，基本上维持50万石的水平，比例则大致为40%。这表明，自光绪三年清廷颁布给招商局加拨漕粮的决议后，招商局利益得到了较好的维护，而沙船处境则更加艰难。这显然与李鸿章的不懈努力分不开。
还有一些小故事发生在此期间。光绪五年九月，江苏粮道英朴受到弹劾。言官称他每年押漕北上后，潜行来京，在私宅演戏宴客。又称他时乘小轿，微服冶游；每逢北上，辄勒令属员馈送礼物；署中食用，均向海运总局支取；复以敬神为名，动用公项造戏台，移至京城私宅自用。此外，他还在上海、天津开设“松盛长”银号和“裕丰”金珠号，将海运公费发交生息，勒掯委员薪水。经步军统领荣禄查证，松盛长银号、裕丰金珠店，确实有英朴股本。宅内戏台系由京城木厂盖造，无从挪用。至回京逗留，乃是“因病回京，具禀请假”。但上谕指出，英朴身任职官，“辄以重赀伙开店铺，与民争利，实属不知检束，着先行开缺，听候查办”。后来发现，英朴并无勒索津贴、故意挑剔米色等事，日常开支也未在海运经费中支取，“惟冬春赴沪验米，时乘小轿微服冶游，事亦有之”。总之，所作所为“实属有玷官箴”。虽然本人业已病故，仍着革职。
直隶总督府
经李鸿章等人奏准，自同治十一年（1872）起，官剥船每装米百石，由江浙加给剥船脚价银5两。江苏想删去此项开支，遭到李鸿章反对。他声称，天津官剥船户专为漕粮而设，每年所得工食及运漕水脚不多，通坝交米责追极严，一有短数例应赔补。船户穷极舞弊，加之各船户多系无赖，形同乞丐，“虽监追拷打，血肉横飞，于事并无实济，往往弃船而逃，转致无人供役”。若遽议裁革，必致旧弊复萌，“殊于漕运大局有碍”。
光绪七年（1881），因各州县交米太差，江苏巡抚在奏报海运漕粮头批放洋折内，特别声明：“今届米色委因天时失调，米粒实难纯洁，诚恐涉历重洋”。但仓场侍郎继格、毕道沅指出，如果因此而使各州县误会，无论情形如何，辄以柔嫩之米交兑，沪局委员亦循案通融，“流弊殆不胜言”，强烈要求江苏以后认真办理。另外，在此年的验兑过程中，仓场侍郎发现，招商局承运漕粮搀杂破碎，“较之往届特多”。因担心进仓折耗过多，他们不得不将情形最甚者过筛，计每船平斛米200石，筛出破碎土米一二石至三四石不等。他们还听说招商局每年于津通运米之时，有候补道驻津专司验兑，但本年并未常川在津，要求招商局来年必须派人在津专办。
光绪九年，还发生剥船户偷米的案件。为严加处罚，清廷决定将偷米60石以上、弃船逃走之尹占升定为绞监侯，但因尹占升尚未归案，系“缺席审判”，其执行只能有待于被抓。盗米三四十石之杨兴荣等9人，分限追赃，如两限不完，例应发配，酌予监禁勒追。他们还规定，如果以后发现全船盗卖、情罪重大及拒捕逞凶，可以奏请随即正法。次年，四川道监察章耀廷奏陈，仓场侍郎所奏“天气渐热，米近潮湿”，要求仓监挑晾一事，显系支离掩饰。挑晾虽有先例，但系指大雨时行、船已过坝，沿途迭遭雨水，既不能拆坝重晾，又非桥号所能容，偶为此权宜办理，“断未有天气干燥，米忽潮溺”。本届经此晾晒，每石约耗至5升，积至100石耗5石。如此办理，“年复一年，所耗更何如？”他要求以后遇到类似情况，不得擅自通融。
另据两江总督曾国荃等人的奏报可知，江苏八年和九年冬漕，所给沙船修艌银两准免追缴。原议每石裁减1钱，永给5分，而招商局所领修费，应亦“一体免其追缴”。朱批：“着照所请。”此奏折透露了三条信息：其一是所谓修艌经费，乃系船商自行从运费中扣交；其二是轮船与沙船遭受同等待遇；其三是这种免征推行于光绪九年和十年。
清代犯人