中法战争与中日甲午战争，是中国近代历史上的著名战争，不仅深刻影响了清代的政治格局，对漕粮海运也产生了巨大影响。这种影响主要体现在三个方面：其一，在战争期间，漕粮海运饱受侵袭，步履维艰；其二，在战争结束后，清廷内部河运的呼声加剧，海运的安全性受到强烈质疑；其三，甲午战后，清朝财政面临严重危机，作为偿还债务的重要手段，大规模漕粮改折开始出现。从某种意义上说，它还为漕粮改折诏的颁布，做了必要的铺垫。
从光绪九年（1883）至次年四月，由于法国侵略越南，并企图进而入侵中国，中法两国军队在越南展开激战，光绪十年四月中法订立《简明条约》。六月，法军又再次挑起战争，进犯台湾，并在马尾海战中全歼福建水师。中法之间的陆上战争也在继续，光绪十一年（1885）二月，清朝取得了镇南关大捷，扭转了战争局势。最终中法双方议和，光绪十一年四月，李鸿章与法使巴德诺在天津签订了不平等的《越南条款》，中法战争宣告结束。
对于漕粮海运而言，在中法战争期间，首当厄运的就是招商局被迫出售给美国旗昌洋行。中法战争前夕，法军的舰队在中国沿海进行海盗式的骚扰，蓄谋发动全面侵华战争。此时，招商局承担着运输军需物品和搜集法军情报的重任。光绪九年（1883）三月，法军侵占了招商局设在越南海防的栈房以及存放在该处的军米，招商局被迫停止了在越南的营运业务。唐廷枢曾与法国总督就此事进行交涉，但是毫无结果，唐廷枢又在法国的报纸上发表文章说明事实真相，并与法国有关官员晤谈，仍未能解决。李鸿章也曾出面同法国驻华公使交涉，同样毫无进展。
唐廷枢像
光绪九年（1883）中法战争爆发后，法军扬言要拦截海运船只，“遇船劫夺”，招商局的船队面临着巨大的威胁。为保存民族航运业，在李鸿章的支持下，招商局作出了将轮船名义上暂时出售给外商，以便换旗行驶的重大决定。当时，招商局的主管人员频繁更迭。光绪十年二月，郑观应受粤东防务大臣彭玉麟的委托，前往广东办理军务事宜。四月初，唐廷枢又奉命北上处理开平煤矿的有关事情。所以实际上主持局务的是李鸿章的亲信幕僚马建忠。
马建忠像
马建忠力主换旗行驶，他给李鸿章发去电报，指出轮船不出运则成本难以维持，出运又容易受到法军攻击，只有出售这一条途径。马建忠还请招商局的英国律师担文分析此时现状，细查各国律例。担文认为，战争期间轮船换旗，是各国通行的公例。最初有人建议将局船出售给怡和洋行改换英旗，担文建议换美旗应该更为妥当，因为英律苛细，而美律比较简易。等到战事平息，再换回华旗，这样招商局的产业可以保存下来，公私款项也不会减少。
数小时后，李鸿章给马建忠回电，表示既然提出了这个建议，那么不妨试一试，但一定要订立详细的密约，再禀明朝廷才能最终立案。第二天，李鸿章电示马建忠，指出招商局局本共有500余万，旗昌应该给100万新股归招商局统售，200万旧股由商人股东自换，200余万存款借项均归旗昌接认；而且还必须另立暗约，规定收回局产的事宜。发出这份电报后，他还意犹未尽，又向马建忠重申，此事纠葛甚多，简约中一定要声明详细的合同，等唐廷枢回上海后一起商议，再禀请立案方可。
遵照李鸿章的要求，马建忠向旗昌开出了中方条件。旗昌主动出价525万两收购招商局的全部产业及股票，该行如数付给银票，另成立一个“新公司”。旗昌许诺，将来招商局可按原价收回全部产业，决不失信，担文也竭力担保。不过，他们声称此事必须由美国总领事电令各国领事换旗。虽然旗昌洋行趁机大敲竹杠，马建忠考虑到战事一开，如果局船局产被法军强占，“挽救晚矣”，况且如此办理，也可一扫招商局的积习，他日收回，对招商局而言并非无益。他决定独自承担换旗的全部责任。尽管李鸿章曾于六月初十电示马建忠，可以再缓几天。但是马建忠回复他，双方已于十一日画押，上海的八艘招商局轮船已经换旗，并且电告了其他局船照此办理。事已至此，李鸿章也无别话。
这次售产换旗是在极端秘密的情况下进行的。法军怀疑招商局的轮船并非真的出售给美商，派人四处侦探破坏。为保证事情的顺利进行，招商局与美方约定，互相保密。此事不仅隐瞒了股东商人，也未向朝廷禀报，因此便引来了以下的纠纷。光绪十年（1884）六月，清廷发布上谕严词指责李鸿章出售招商局“未经具奏，殊属非是”。李鸿章赶忙将此次出售的前因后果详细汇报，坦言自本年闰五月，法国舰队侵华，局势大变。法国人四处散布谣言，要劫夺船只，招商局断难载冒险行驶。经过多方考虑，才与旗昌达成交易。双方所押契据、银行期票与收票，都是按照西方各国的律例，均交给律师担文收执。谈到将来收回的问题时，李鸿章把责任全部推给担文和马建忠，称“马建忠惟担文是问，众商惟马建忠是问”。清廷这才放心。
此次出售也留下了一些细节有待追究。总税务司赫德曾经询问了两件事情：第一，招商局现在挂的是美国旗号，不知出售时所立的合同里，有没有允许他们运粮免去二成货税的条款？第二，中美条约规定，美国商人不得将洋药（指鸦片）贩入中国通商口岸，但是现在商局轮船打着旗昌的旗号，是否应该仍然允许其深入内地贩运四川土产出口？面对赫德的疑问，李鸿章做了相对应的回复：中国创立招商局时，曾遭洋商的排挤和打压，不得不由清廷加以扶持，所以才规定招商局的轮船运粮都按照沙、宁各船的规章。招商局只是暂挂美国旗帜，交售时双方所立合同中并没有允许运粮时免掉二成货税的条文。此年漕粮海运只是暂时使用洋船，所有优惠“断不能让具他国商人”。至于贩运鸦片等事情，自然应该停止。总之，虽然局船挂着美国旗帜，但只应该论旗而不论船，各自遵守原来的约定章程，不能以此为借口。
招商局此次大胆的举动虽然最后得到了朝廷认可，但是在得知招商局售予旗昌洋行后，还是有言官猛烈地弹劾李鸿章。左春坊左庶子盛昱是言辞最激烈的一位。他声称招商局是为今莫大之要务，李鸿章将招商局转售，实在是罪不可赦，大骂李鸿章处心积虑，误国害民，已非一日。他认为李鸿章趁着法军入侵之时，乘势与朝廷为难，居心叵测。甚至说李鸿章的行为“真突出千古奸臣之上，目无君父至此已极”。盛昱也没有把马建忠遗漏，认为后者也应该一并受罚。他还担心，如果命令是通过电报发送的话，电局的学生都是马的羽翼，恐怕走漏风声，罪人会潜逃难捕，要求将马建忠就地正法。不过，盛昱觉得这样还没能充分表达他的愤怒之情，四个月后，在光绪十年十月二十六日，他又向皇帝上了一封奏折。他宣称马建忠信奉天主教，勾结夷人，而李鸿章却始终袒护信任他，屡次落入奸计之中，像这样奸宄不法之人，应该立即交给刑部按律治罪。当然，因为是由马建忠经手出售招商局，若此时将他正典刑，恐怕对以后收回招商局不利；但现在纵然不能将马建忠监禁收押，也应该将其革职。将来如果不能收回招商局，就立即将马建忠正法；如果逃匿，就将李鸿章正法，“使外国人闻之，知小臣贤奸皆难逃圣明洞鉴”。同日，他还对唐廷枢进行弹劾，说唐廷枢贪鄙近利，只是轮船账房出身，不过因为粗略懂得洋人语言，就为李鸿章保举，居然称其“堪备各国使臣”。他建议取消唐廷枢的职务。显然在李鸿章权力如日中天的情况下，清廷不会采纳他的建议。
普通股东对出售局产的事情一无所知。当他们得知消息后，相互邀集，齐赴招商局询问原由，马建忠却玩起了躲猫猫。股东们还在上海的报纸上刊登公启，严厉批评马建忠擅自出售招商局的行为，但最终无迹而终。
售卖局产闹得动静不小，风波最终还是平息。所有人最关心的是在战争状态下，漕粮应该如何解决运输问题。光绪十年的七月二十日，清廷根据仓场侍郎的建议发布上谕：由于中法战争的爆发，江浙两省提早赶办新漕。其实，在上谕发布之前，浙江巡抚刘秉璋曾向朝廷奏请将漕粮改折。他说如今战争形势叵测，沙、宁各船无法保全漕粮，轮船日行千里也许还能试运。因为招商局已经出售给旗昌洋行，雇用该行轮船就与雇用洋船没有什么差别。不论日后会不会有流弊，目前能够救急的办法只是与洋行议定雇用合同。他担心洋轮会囤积居奇，即便是订立了合同，万一到时候他们临时拿出本国公文，声称政府不允许他们代为装运，那样就无可奈何了。他最终还是想要将浙江的漕粮全部按两成折征。不过，清廷后来下谕指示：江浙漕米难以转运虽然是实情，但京仓确实急需粮米，改折恐怕不行，刘秉璋的请求只能暂缓办理。
既然不能改折，就还是要想办法来运漕。此时洋商也积极活动，纷纷想要为清廷代运漕粮。一位德国商人费实向清廷递交了呈请，打算用7条轮船运粮10年，每年运80万石，每石的运价为6钱，十年期满之后将轮船送给中国。如果每年承运的漕粮不足80万石，所缺的部分则按照每石补缴3钱银子。李鸿章回复，近年来招商局轮船所承运的漕粮最多有五成，也不过四五十万石，德国商人所奏请的80万石实在是狮子大开口，还要求不足数必须用银子补偿，况且轮船用了十年之后，早就或破或损，实在不能接受。
英国方面也蠢蠢欲动。他们表示，招商局归并旗昌之后，如果将漕粮交给太古、怡和洋行来装运的话，只需付2钱水脚银。李鸿章对此不以为然：华洋商轮由上海运米到天津，每石米大概需要4钱左右的水脚银。英国开出如此低的价钱，不过是嫉妒美国旗昌洋行独揽装运权，想要与它争夺，然后让英国的怡和、太古两个洋行分揽。洋人见利必争，现在中国的船只仅仅只有官盐、漕米这两项未失的利权，决不能轻易放手。招商局遭到洋商以跌价为手段的激烈竞争，朝廷没有别的帮扶办法，只得借运漕来加以扶持。如果趁着中法开战的时机，被洋商夺去运漕权利，战事平息后招商局就更难以维持。此例若开，流弊无穷。不仅德商、英商的要求不能允准，即便是美国旗昌洋行要运漕也不能答应。
上海怡和洋行大楼
户部对洋商代运倒是颇为心动，还向李鸿章打听具体的细节。李鸿章回复户部时强调，如果由官方雇洋轮来运漕的话，那么漕运“藩篱”就会被打破，华船的运漕独权就失去了，他日华船恢复运漕时，洋船亦必争相要求承运。如果贪一次便宜，则会转失百年久计。现在招商局的轮船虽然换了美旗，但此局尚存。只要饬令江浙粮道仍然按照旧章，将漕粮交与招商局承运，再由招商局转雇洋船分运。洋商得知漕米非招商局不能承运，日后局船收回时，可不费唇舌向他们解释。他还向户部提议，以前招商局运送货物时曾自行雇用过怡和、太古洋行的轮船。马建忠已经和旗昌洋行协商好，等收回轮船时，扣除一切开销费用之外，盈余的部分仍归招商局摊派给股东。既然如此，与其交给别家洋船，还不如仍雇用旗昌的轮船来承运，尚属于招商局的股本。
江苏同意李鸿章的主张，认为如果责成沙船绅董转雇洋轮代运，既可以为沙船留日后生机，又可以免除洋人占利的坏处。不过他们发现，近些年来沙、宁船异常贫困，所以屡次请求照例承运漕粮，常常以轮船夺其生计为理由而表示不满。可是当情势大变时，沙船董事却又不愿意站出来承担任务。虽然沙船现在不能出运，但还是要为其以后预留地步。
最后，经过唐廷枢与各洋行商议后，决定仍照旧分成承运，招商局的那4成交给旗昌洋行代运，而沙、宁船所要装的6成则交给怡和、太古两洋行分运。不过他们还特意声明，如果中法战事在光绪十年十二月之前结束的话，则仍然要将1/3的数量留下来交给沙、宁船装载。
受战争影响，海运受阻，河运成为当时的一种变通之道。不过，李鸿章还是忧心忡忡，因为改行河运也有诸多障碍。首先，河道淤塞难以通行多条船只。再者，法国兵舰既然守在江口拦查过往船只，难保不会在河口进行劫夺。他听说俄国公使好像愿意出来进行调停，因此希望总理衙门能够说服俄国来出面解决。与此同时，清廷也屡次表示，要求总理衙门与英美公使理论，请他们向法国声明，漕粮北运不应该被禁阻。清政府将希望寄托在英、美国大使身上，他们又是如何回复的呢？美国的杨约翰于光绪十一年正月十七日回电，称已于四天前接到了李鸿章的电报。李鸿章在电报里说，法国想要搜查并阻止英美商船所承运的江浙漕粮，这与之前商议好的不符，而且漕粮并非是运到军营战地中去，请用电报通知美国的外交部，与法国辩论此事。杨约翰声称美国已与法方交涉过，结果法国回复他们，现在法军在与中国军队打仗，必须享有交战国的权利，搜查海面上其他船只有没有运载违禁的货物。如果按交战权来算，法国不仅必须要禁运江浙的漕粮，并且应该将凡是从广东运往北方的各种米粮都实行禁阻。美国虽然为中法之间有战事而感到很遗憾，但是却不能阻止中法按照国际公法所规定的权利来办事。也就是说，美国不会为了清廷的利益而插手此事。
与美国类似，英国的立场是：“在法律上和事实上都存在着战争状态，所以法国有权宣布封锁。”他们表示，如果英国和清廷开战，也会毫不犹豫地采取封锁漕粮海运的办法。他们甚至还为法国人的疏忽感到惋惜：“有几条装满漕粮的轮船抵达天津。很显然，这是由于法国人没有看到它们，否则的话，它们早就应该在到达之前消失。”尽管这些轮船都是打着旗昌的旗号，英方还是认为：“显然，如果法军捕获和没收这些船只，美国政府也不应该干涉。”
同样，德国外交部也指示德国驻华公使，承认法国军舰有权搜索德国船只。事实上，早在中法战争之前的光绪六年，法国驻华公使宝海在致法国内阁总理兼外交部长的信中就提道：“既然不只是俄国人，德国人甚至英国人都流露出他们的意图，那么战争爆发，各国很可能都愿意从战争造成的混乱中捞到某种好处。巴兰德先生似乎已经表明了这样的见解：即所有的基督教国家应协同一致，一起同时把中国压制下去，以便各国从中国的崩溃中获得符合各自利益的东西。”
美国史学家马士曾在他的书中写道：法国政府发出通知，自二月二十六日起，它将把运往广州以外口岸的米视为战争违禁品，采取这一政策的目的是堵截漕粮海运，“这样就可以对清廷直接施加压力，使它走上和平的途径”。可是现在这项漕粮大部分都是用挂着英、美旗帜的轮船运送的。英国公使发出一项通告来安他们的心，“这通告发得很匆促，它的措辞暗示假若英国船上装的食品被当作战争违禁品而遭夺取，英国将要使用海军来抵抗”。但法国政府又被很清楚地通知，英国政府抗议把米船地当作战争违禁品看待，而他们对于任何海上战利品所作的与这项原则相违的决定都认为不受拘束。美国政府反对这项提议中的行动比较有含蓄，“它宁愿暂时等待，在具体事件发生之前，不作哪些是战争违禁品、哪些不是的决定”。德国政府也表达了它的观点：“争执中的措施，其目的是为了增加敌人的困难以求缩短战争，如果能够对一切中立船只公平地执行，乃是战争中一个正当的步骤。”
德国学者施丢克尔在他的《十九世纪的德国与中国》一书中则做过这样的描述：当法国宣布大米为禁运品时，参加运粮的外国商人举行了抗议，“因为米粮大部分由悬挂英国、美国和德国旗的船只来运输”。英国也用各种方式来表达抗议，“并拒绝承认法国捕获审判所的判决”。即便如此，巴夏礼还是向英国船只发出警告，“使英国的船主们停止了大量运米”。由此可见，唯有利益，才是他们真正关心的东西。
即便英法德拒绝调停运漕的事情，清政府于光绪十一年正月二十六日密电两江总督曾国荃和江苏巡抚卫荣光，要求漕粮仍然北运。此时中法之间的战事已经快要接近尾声。曾国荃担心南方天气湿热，漕粮容易变质，而已经运到上海的40余万石起运遥遥无期，他希望朝廷能命令李鸿章在与法国商量合约的时候，能尽早跟法国公使商议先行起运漕粮的事情。对此，清廷居然大言不惭地宣称：“漕粮正供，为京师俸糈之用，岂可任其霉变，况北来粮石，法人何得拦阻？”甚至还让李鸿章会同英美各使臣告知法国，清廷务必要在立约之前起运漕粮，法国不得再有阻挠，实乃自欺欺人。
陕西道监察御史王赓荣也向朝廷上奏，称南方的漕粮一进入四月份，米色必变，到五月份可能会发臭。近日里从上海来的人都说，漕米已经开始微微变坏，虽然这个传闻的可信度并不确切，但是并非没有这个可能。因为条约的议定尚无准确日期，所以希望将这些漕米或者悉数出售，换成银两再押运到京城，或者运至临近的省份，改充军饷。但这没有得到朝廷的允许。
四月二十七日，中法议定的合约正式画押，法国答应漕粮可以于当天起运。由于战事已结束，局势较为稳定，仍能照常实行海运，因此浙江巡抚刘秉璋向朝廷建议，既然洋轮可以运米，沙、宁船应该也可以。他认为应拨给招商局的四成漕粮照旧交兑，不过可以从拨给洋行的六成米中酌情拨出9万余石，交给沙、宁船来承运，以表示对它们的体恤之情。总之，这一年的运输情况比较复杂，招商局旗昌轮船、太古和怡和洋行的轮船以及沙宁船都参与到运漕的行列中来。
另外，根据《述报》的记载，招商局在将船只交给旗昌后规定，其所承运的四成江浙漕粮，“凡未经海运局验兑、由各县自寄旗昌洋栈者，所有栈租麻袋芦席砻糠扎口等费均由本局给付，不与各县相涉”。可见完全贯彻了李鸿章的主张，即虽然是洋商代运，但还是由招商局具体负责。
曾国荃手迹