经过中法战争的打击，要求实行河运的呼声激涨，这极大地推动了清代河运漕粮的进行，成为清代自大规模实施漕粮海运以来，最为重要的河运阶段，河运几乎有回光返照之势。
光绪十二年（1886），由于朝廷中支持河运的势力大增，两江总督曾国荃和江苏巡抚卫荣光也不得不考虑这些因素，故决定提出将江苏的5万石漕粮试行河运。江北漕粮自然是要河运的。漕运总督松骏也参与到这次的河运行动中来。运完此批漕粮后，江苏方面竟然为11人请奖。户部在审核的时候原本打算删减一些，但是江苏却坚称，这次河运正值天气亢旱，官员们于炎风烈日中奔走非常辛苦，实在是减无可减。
本年河运的确非常狼狈。江北及江苏回空的漕船，行驶到东昌阿城上闸遇到阻碍，船被搁浅。借黄河之水灌入运河中，使得新闸口外淤积成了平陆。而闸内至五里铺的这一段也淤塞，挑夫们非得要提高报酬，否则不肯开工清理淤泥。经过东昌府程绳武的开导，终于在九月初六日开工，昼夜赶挑，到二十日完工。各船抵达了陶城埠口门时，发现黄河的河床比当地河流的河床高出了一尺有余。接着，官员们开放大坝放漕船通行，才出运六十余只船，黄河水陡然倾落，口门处就立即淤塞，不得已只能前后筑坝，雇夫拖曳漕船。十月初二，船队抵达十里铺，但是新闸内外的淤塞更为严重。通过雇夫拖挽，连夜抢办，并派遣官员驰赴南柳林闸，直到十六日，才将江北、江苏回空漕船全部帮挽入运河，得以陆续南下。
黄河淤塞过甚的问题也确实一直让清政府很头疼，德国工程师白特概在此年接受了山东巡抚的委托，到黄河下游勘察，并且制订了一个治黄的计划，而且“这个计划曾引起同法国竞争者在供应浚泥机上的一场斗争”，但是治黄还是毫无结果。
晚清修理黄河则例
中法战争结束后，有一件事一直萦绕在清朝统治者的心头，那便是出售的招商局是否能够收回。清政府对旗昌洋行代营招商局产业始终是疑虑重重，在中法战争结束之前，就一再地下谕旨：“将招商局轮船迅速收回。”李鸿章赶忙饬令盛宣怀与旗昌补订密约，按原价收回全部的产业。光绪十一年四月二十三、二十四日，盛宣怀通知旗昌洋行的行东士米德准备办理相关的手续。经过反复交涉，士米德愿意按原价回卖，双方于六月二十日起开始换旗、换契，七月初一，轮船、机房、码头等各项产业全部收回。但旗昌在商谈时迫使招商局答应，士米德本人担任招商局总查董事，每年送给薪水银5000两，3年为限，并在外国为招商局经理商务。这成为旗昌洋行日后插手招商局营运事务的契机。招商局收回后，便按照原有的规定，参加到次年即光绪十二年的漕粮海运活动中来。
尽管河运不理想，但中法战争的教训并未很快为人们所淡忘，河运仍备受瞩目。漕运总督卢士杰起程前往江苏省会，与两江总督曾国荃和江苏巡抚松骏一起商量河运事宜，决定来年江苏再添加5万石漕粮实行河运。光绪十三年（1887）江苏10万石漕粮采用河运的方式，海运的仅剩不到70万石。因为承担河运后，州县的经耗等开支也要随之增大，所以江苏所拨10万石河运漕粮，仍须摊派到无锡、丹阳等八个州县去承担和办理。这一年，江北理应要实行河运，孰料河南、安徽发生了灾荒，清廷命令将此23万石漕粮折色，在一顿手忙脚乱之后，河运并未如期进行。有人主张让浙江也分拨漕粮试行河运，但是浙江巡抚卫荣光坚决反对，理由仍然是经费不支，清廷表示理解。
据《申报》报道，光绪十三年参与漕粮海运的沙船共有130余条，但是运载货物回南方的仅有92只，其余回南者都是空船。向来粮船回空，载货是准予免税的，以前返航基本上没有不装货物者，“今乃仅以空船回，实为向来所未有，然生意萧索，于此可见一斑”。一方面可见战争对上海经济的打击，另一方面也清晰显示，沙船的衰落步伐已经大大加速。
光绪十四年（1888），由于上年郑州黄河决口，清廷便将江苏海运的10万石漕粮截留赈灾，江北及江苏应行河运23万余石米也被一并截留，实际上没有进行河运。到了光绪十五年（1889），江北河运的漕粮因黄河发生水灾，继续被截留。这一年，因为实行河运较为困难，朝廷要求江苏将漕粮全部改归海运。光绪十五年正月，当江苏的漕米都已经全部抵达上海的时候，山东巡抚张曜却要求江苏拨出20万石以上的漕粮实行河运。他的理由是如果河运停止两年，再去兴办更为艰难，况且长时间停运后，挖掘疏通运河所花费的会更多。而且每当实行河运的时候，商船云集，衔尾而行，运河两岸的黎民百姓便能与商船进行贸易，维持生计。显然，这是出于对运河沿岸利益考虑而提出的过分要求。连直隶总督李鸿章也表示不可能实施，江苏海运如果突然改成河运有诸多为难之处，而且花费更多，不如暂缓等到下届再办。两江总督曾国荃更是感到恼火：“一切均未预备，断非咄嗟可办。”最终，清廷赞同曾国荃海运的主张，此次风波才算结束。
山东段运河图
光绪十六年（1890），清廷又命江苏拨10万石漕粮河运。江苏故意表示赞同，并声称前几次河运都是仿造江北之先例，在宝应采买漕米，结果江北与江苏同时买米，使得商贾囤货居奇。他们又建议此次应在无锡、金匮二县设立新的码头，雇用预备好民船。户部回电表示，如果改设码头，肯定会增加运费，希望江苏能按照原有的章程办理。结果，江苏布政使黄彭年、粮道景星等人顺水推舟，认为既然这番讨论已经耽误了一些时日，河运为时已迟，不如干脆将10万石连同随运的各种耗米，一律改归海运。经过这番折腾，江苏成功地避免了河运。浙江省这一年许多州县遭受水灾，杭嘉湖三府受灾尤为严重，“为数十年罕有之事”。浙江巡抚松骏向朝廷奏报灾情，表示漕米和白粮实在是难以征收和起运。清廷同意将浙江漕粮全部蠲免。不过，为了照顾仓场的粮食需求，浙江仍然动用藩司库的银两采买10万石米，统一交给招商局承运。此年江北的漕粮则照旧归为河运。
虽然十六年江苏成功地拖延了河运，但到光绪十七年（1891）它没能轻易地蒙混过关。江苏巡抚刚毅说得很明白：上一届是因为商议更改受兑的码头，来不及办河运，才改为海运，本年照旧在宝应等处采买籼米，并且在该地就近雇船受兑。因此，江苏此年仍要河运10万石。虽然河运的效果差强人意，但之后的两年，江苏省还是继续分拨10万石漕粮进行河运。即便如此，河运的数量还是远远不及海运，海运是漕运主体的地位已经牢不可破。这表明，在晚清时期，除了要考虑安全问题，经费、效率等方面的因素，已经深刻地影响了清廷的决策，并最终决定了漕粮运输方式的选择，这也正是历史发展的潮流。