光绪二十年（1894）七月初一，中日甲午战争爆发，并一直持续到次年二月。与中法战争如出一辙，漕粮海运随即受到战争的冲击和影响，而清廷所采取的规避措施，包括由招商局代为雇用洋商承运漕粮，和中法战争相比，没有什么太大的区别，并且河运的呼声在战后也再次得到加强。
在战争期间，轮船招商局为避免更大损失，仿效出售旗昌之例，由盛宣怀将轮船分售各国洋商。当时德商信义洋行和礼各洋行，即将招商局7艘轮船改挂德国旗帜。次年《马关条约》签订，招商局立即将出售之船“全数买回”。非常有意思的是，到了光绪二十六年，八国联军侵华，招商局为防患未然，再次将永清、丰顺等19艘轮船，变价224万余两，出售各国洋商，自己仅保留江宽、江永等10艘，计成本815000两。次年战事平息，招商局又将售出轮船，“仍照原价全部买回”。
招商局“永清号”轮船
中日双方开战时，光绪二十年的漕粮海运已经结束，但是这一年的漕运仍能感受到战争的影响。李鸿章向朝廷奏明，由于战局已开，北洋海军陆续在增加招募士兵，因此所需的漕米数量十分庞大。而日本的舰队在海面上不停的巡逻游弋，海运的安全状况不甚明了，招商局的轮船不便照常行驶，所以决定将江北及江苏河运的部分漕粮全部截留，共计13余万石。
战争爆发后，光绪二十年九月，有言官向皇帝上奏，称南方的米粮原本是由转运公所代为存储，但是在天津有奸商串通丁役横加阻挠，使得南方的商人裹足不前，而粮价则日渐昂贵。李鸿章进行详细复查。他表示，天津的米粮商店不下数百家，如果设有转运公所的话，必定会有设立的地方和承办的人员，但经过调查之后并没有发现。倒是在光绪十四年（1888），税务司根据米商杨春泰等人的请求，打算在租界设立米栈，议定米价，但遭到其他米商的反对，他们认为如果另外设立米栈，难免增加不必要的开支。第二年，税务司又想要开设南粮行栈，也遭到发号等37家粮商和增兴厚等206家米店的集体反对。
又有人奏称，天津有两艘运米的船只，是由戈什哈来负责押运的。戈什哈是清代高级官员的侍从护卫，简称“戈什”，总督、巡抚、将军、都统等官属下均设有此职。奇怪的是，将船上的米包拆开后，发现全部是火药，只有表面上的数包装的是米粮。于是，船户赶赴天津关道去查验，米包上果然有总督衙门的印章。难道是总督衙门里有人资敌吗？经过仔细调查，李鸿章向朝廷回奏，实际上并无此事。只是因为天津此时人心浮动，谣言颇多，不必相信确有其事。当然，这其实也是非常时期常有的现象。还有一个类似的小插曲，负责招商局事务的马建忠遭到弹劾，被指责偷运粮食接济日军。后来，经过南洋大臣刘坤一的复查，证明上海的米麦出口都曾经经过严密审查，招商局所运之米有案可稽，马建忠确实没有私运粮米来援敌的行为。
因战争威胁逼近，光绪二十一年（1895）九月二十八日，山东道监御史庞鸿书向朝廷奏请，变通来年的漕粮海运。日本军队的兵船经常在中国海运航线出没，虽然现在还没有大肆地骚扰沿海地区，但是往来的商船不免存有戒心。而南、北洋战舰有限，还需要分别防守在各个通商口岸，不能很好地保护运漕船只。如果还是河运，那么陶城埠至临清200余里的运河水源不足。若从十里铺用船驳运至临清，然后再从卫河运至通州，可以往来数次，运输较为便捷。他还建议，江浙两省除了河运20万石漕粮之外，还可以加运若干石，从海运经费以及山东挑浚的费用中酌情提取若干银两，作为陆运的费用。
关于运漕方式，除庞鸿书提的建议外，御史管廷献也曾向朝廷进言，说河运有“四利十便”，而且认为可以用铁路来补运河的不足。对于这一点，庞鸿书并不同意，他认为兴建铁路的工程耗费巨大，至少需要二三百万金，现在朝廷资金紧张，应该暂缓。反对修铁路运漕的，还有山东巡抚李秉衡。在他看来，直隶、湖北制造的铁轨，能否满足200余里的道路需要尚未可知，纵然现在开办，时间也十分紧迫。况且运河两岸每修建1里铁路，大约需要万金，所以他明确拒绝用铁路来运输漕粮。后来，湖广总督、署两江总督张之洞与漕运总督松椿经过仔细商量，决定在光绪二十一年仍然由江苏拨10万石漕粮参加河运。因为河运的路线长，要经过许多郊野之地，“不敢不格外慎重”，漕运总督松椿还特派防营步队去护送漕粮。
海运漕粮仍然占总数的大部分，如何进行海运又成为讨论的重点。四月初四，江苏巡抚奎俊向两江总督刘坤一致电，陈述了他改革海运的想法。如果将招商局将漕粮全部当成商米，雇用外国轮船包运，漕米的数量不免过多。若将漕粮全部改折成银两，京仓又会缺少粮食，各州县也会赔累。他建议应该将全部的白粮和部分漕粮作为商米，由招商局交给洋轮包揽运输。御史王鹏运支持奎俊的想法，认为虽然让洋商来承运商米存在着风险，但是既然不能实行河运，若舍弃海运就更无其他的办法了。朝廷命令有关大臣对此进行了复议。
署苏州藩司黄祖络、粮道吴承潞与盛宣怀往来筹议，最后决定由招商局在天津、上海设立商米公栈，各地方将所收的漕粮运交至上海公栈，再由招商局分别雇用洋轮装运。所有的损失都由招商局来赔偿，各种费用连同保险费，一共给银3钱8分1厘。江苏还制定了海运章程，如仍在苏州和上海设立转运局，天津的各项事宜则还是归南方各省自行打理等。其实从海运章程中可以发现，一切均照旧行事，洋轮代运在整个漕粮海运过程中，并没有引起制度上的调整。
光绪二十一年六月，奎俊向朝廷报告了江苏省漕粮海运的情况。这一年由招商局交给洋轮包运的部分，共计二十七万至二十八万石，占全部漕粮的三成。浙江也打算仿效江苏的做法，既起运正漕，雇洋轮包运，又部分改折。经过商量，他们决定折六运四。
光绪二十二年（1896），江苏仍准备提出10万石漕粮进行河运。中日甲午战争结束之后，河运的呼声又再次高涨，推行河运的行为的确可以理解。不过，有人建议两江总督刘坤一折征，因为河运较海运来说花费更多，不如将漕粮改折，变为征收银两便可以节省费用。刘坤一最初也赞同这个想法，但他考虑到京师的用粮全部依赖着南方的漕粮，这些年朝廷并没有商议着要停止河运，反而力图规复。鉴于之前中法战争时的海运被阻遏的往事，所以不得不预留河运这一条退路。所谓的河运一石米到通州，要花费10两或8两的说法，其实是将米价和运价合起来计算的，实际上海运运费差不多为2两，河运为3两左右。就算加上山东修理运河以及从天津、通州运往仓库的诸多费用，每石花费也不过4两。如果江南漕米少此销路，粮食跌价，会使农民受损。沿运河两岸靠挽运漕船为生的贫民也必会失业。不久，因为永定河河水泛滥，顺天府和直隶遭受水患，江北河运与江苏河运中的各5万石漕粮截留放赈，支援灾区。
光绪二十三年（1897），江苏海运按计划仍应拨粮河运，但直隶总督王文韶却要求将江苏漕粮统归海运。他认为南方漕粮改行海运之后，只有江北漕粮仍办理河运，原本是为了保留河运这一条运道，以备不时之需。河运要途经江南、山东，这些地方的河工每年照例会修缮河道，江北漕船每年往返一次，已经足以保存此运道。况且河运的速度迟缓，弊端极多。江北河运是由粮道押运，而江苏的河运却要临时委派官员，难以照顾周全。譬如二十二年截漕以备赈，唯独江苏的漕粮米色参差不齐，甚至有些被蒸成米团，不成颗粒。江苏的河漕无非是以天庾正供名义，动用千百号民船，历经千里险阻，最后却只剩这些腐朽霉烂的东西，他要求自二十二年起，将江苏改拨为河运的漕粮一律归为海运。与此同时，山东巡抚也抱怨，江苏与江北河运漕粮，漕船回空较晚，被阻于山东临清、清平等地，船户大多贫穷困苦，生计艰难。山东不得不于南方各省照章抚恤之外，再筹集款项加以安抚，每条船发给1000文钱。今年春寒又特别严重，再加抚一次，前后共发放10090千文钱和1068套棉衣裤。
河运改海运，江苏自然乐意接受。这一年最值得一提的是，剥船在转运漕粮的时候受到了铁路的影响。上年冬天，津卢铁路局在杨村新造铁桥时，因为河面堆雪无法进行测量，等到完工后才发现，桥梁距水面仅高一丈二尺。如果遭遇大汛的话，水位应该会再上涨七尺，仅留下五尺的空间。剥船装载了漕米后，船身会高出水面约三尺，再加上船面的舵楼舵杆高三尺，这样势必难以驶过铁桥。如果将全部的剥船仿照西方的样式，改为活桅活楼，那么需要20万两银子。最终的解决办法是，在桥东和桥西各派委员，令桥东的委员亲自开锁，让民桅过桥，再由桥西委员亲自锁舱，这样既能过桥，又能免除船主偷漕。但即便如此，仍需对部分船只进行改造，共计花费4万两白银。
中日《马关条约》的签订是中国近代史上的一个大转折，赔偿费用高达两亿两白银，这使得清朝财政面临更大的危机。由于归还吃紧，清廷不得不大量举借外债。结果还将光绪二十四年（1898）的30万江苏漕粮改折，“专款存储，听候拨还洋款”。在清朝海运的历史上，如此大规模改折，并且专门为归还洋款，自是头一遭。但是漕粮改折之后，京城的米粮又不敷所用，因此朝廷陷入进退两难的境地。
《马关条约》中文本内容
光绪二十五年（1899），清廷还是想要规复起运本色。光绪帝在三月发布上谕：京仓所存储的粮食仅供常年支放，所以折漕的省份应该规复起运本色，以备加放。接到谕令后，湖北和湖南答应明年再采买3万石漕粮运往通州。江西虽遭受同样的压力，但坚持认为江西采买漕粮自光绪五年（1879）年已经停止。由于款项已被挪用，恢复本色万无可能。安徽的情况也是如此，自太平天国起义以来，他们就没有再起运过本色。针对光绪帝的谕旨，巡抚邓华熙仍然采取传统办法，宣称起运有诸多不便之处。不料光绪帝坚持：安徽难以起运虽然是实情，但是京城缺粮且价格昂贵，八旗士兵生活困苦，如果不多征本色起运的话，无法供应兵饷和充实仓储。他谕令安徽自明年起，先行改征一半本色运往京城。邓华熙只得表示，明年可以采办5万石漕米，存放在芜湖，再交由招商局承运。虽然事后安徽并无任何动作，但它毕竟同意迈出这一步。