与晚清政局类似，清末漕粮海运也发生了翻天覆地的变化：既有漕粮转运陕西，又有漕粮改折诏的颁布；既有恢复本色起运的决议，又有江浙大规模截留的出现；既有轮船招商局的独揽海运，又有火车加入剥运行列。在短时间内进行如此众多而重大的变革，表明漕粮海运和清政权一样，都面临着巨大压力，进行着最后的挣扎。有学者视漕粮改折诏为清代漕运制度终结的标志，但清末江浙漕粮仍然起运本色的事实，确也无法否认。虽数量已经不及从前，但漕粮海运依然不绝如缕，并一直延续到清王朝的结束。
光绪二十六年（1900）是旧历的庚子年。义和团声势浩大的“扶清灭洋”运动、八国联军集体侵华、北京惨遭沦陷、慈禧太后携皇帝仓惶西逃……这一切，都对清代的漕粮海运产生了重大影响。首先，义和团运动爆发后，八国联军侵华，占领津京等地区，慈禧太后挟光绪帝出逃，导致漕粮海运中断，转而将部分漕粮向山西、陕西运送。其次，义和团运动被镇压后，朝廷被迫与联军签订《辛丑条约》，偿付巨额赔款，清朝的财政体系完全崩溃。为筹措赔款，清廷不得不颁布“漕粮改折诏”，虽然江浙后来又恢复本色100万石，但漕运制度已经遭到致命打击。再次，为节省费用，清廷开始采纳铁路剥漕的方式，成为继轮船之后，漕粮运输工具史上的又一重大突破。可以说，义和团运动是晚清漕粮海运的转折点。
慈禧太后像
义和团运动以中下层农民为主，他们四处毁教会、杀教士，结果被慈禧太后利用对抗洋人，并发布了清朝历史上唯一的一份宣战诏书：要对列强“大张挞伐，决一雌雄”。随后，英、法、俄、美、德、日、意、奥八国决定以“保护使馆”为由，派军入华。八国联军陆续从天津大沽口登陆，在英国海军中将西摩尔的率领下从天津租界出发，日夜兼程赶往北京。很快八国联军就攻占了通州，七月二十一日，联军直逼北京城下，慈禧太后挟光绪帝先逃山西，再逃陕西。
与此相伴随，漕运也发生了翻天覆地的变化。本来，光绪二十六年的漕粮海运正常起运，但到达天津时，已经无法按时起卸。江浙海运漕粮于四月十五日开验，到五月十八日时，江苏粮道罗嘉杰、浙江粮道郑嵩龄禀报：“现值义和拳兴，教民构釁，紫竹林一带租界，格外戒严，招商局在其境内，每日午后即不能兑剥，目前已多不便。”至五月二十九日，江苏白粮验完，漕粮则验过31起，共计平斛漕米290020石。因东浮桥为兵团拦阻，剥船无法上驶；紫竹林一带四处焚烧，回空船户已成涣散之势，继续验兑已无可能。浙江则称，已经验过漕粮18起，共米165271石，因同样原因，兑米停顿。仓场只得决定，将天津剥运及验兑活动暂行停止。尽管清廷依然责令赶紧起运，并且声称军食孔亟，毋稍延误，“致干重咎”，但停验已不可避免。
直隶总督裕禄上奏，因日军将租界老龙头浮桥封钉，派兵驻守，致使剥船不能越渡。他请求将未经剥运之米存储招商局天津栈房。在上海的未运米粮暂存上海栈房，等下届附运。但江浙两粮道未经请示即离开天津，招商局也被洋人占领，栈房内所存之米情形如何，无从探询。次日，裕禄再奏，天津米价日昂，拟将招商局津栈之米平粜，沪局存米30余万石，应设转运局，由水路运至清江，再陆运至德州，然后河运至津，可见情况之紧张。
海运后受阻后，京城粮食顿形紧张，山东巡抚毓贤提议，新疆、甘肃仓存粮石甚多，“请饬运京以济军食”。山西巡抚端方也奏请拨款派员，前往宁夏购米，并取道阿拉善部转运。但甘肃表示反对：阿拉善王向来体量国难，当无不可，且可由该部向蒙古各札萨克旗调取健驼，优给运价，雇驼陆运至托克城，“经进杀虎口，由口里驼运至京”，但如此转运，花费甚巨，除非朝廷有专款调拨，否则无法开办。
海运不通，清廷又重新命令，战局既开，宜筹粮食，要刘坤一在清江浦设转运局，委派前福建兴泉永道恽祖祁采买各处粮食，由内地水陆分运到京，所需脚费准作正开销。别的省份也应一并设局采运。经讨论，决定由江苏筹银15万两，安徽10万，江西、浙江、湖北各12万两，湖南3万，广东30万，广西4万，共98万两，或采买或解银，分批运京。不久，恽祖祁奏称采买糙米10万石，江苏解京饷银中，江宁藩司的13万两，江苏藩司的20万两，两淮运司的12万两，共计45万两，也准备由恽祖祁一并押解。不料就在此时，形势逆转直下，清廷先逃太原，后至西安，此部分银两后改由陆路运陕。
朝廷本有将上海余漕统改河运的想法，曾两次发布上谕：“海道难行，粮运必至梗阻”，令松椿、袁世凯将运河赶紧挑浚，随时疏通。但江苏巡抚聂缉椝回奏，此事须粮道回苏再行商量。浙江抚刘树堂也称，浙江改行河运毫无头绪。漕运总督松椿将实情上奏，但清廷并未死心，朱批：“仍差咨催江浙两省迅速定议。”
其实，河运也并不顺利。本年江北共运米108308石，于二十五年十二月二十六日开兑，二十六年三月全帮兑竣，用船450只，另备带提浅太平船32只。因河运艰难，直到六月二十日才挽过清江等闸。适逢义和团事起，人心不靖，“匪类时有造谣生事，藉端掳掠，长途不能不严加防范”，只得拨派营勇，随帮护送，并通知山东巡抚及直隶总督，各添派营勇100名护漕。至六月二十六日，江北漕运的头批49船，才挽入山东峄县黄林庄，速度很慢。
袁世凯像
清廷本来是命各省设法多运粮食运京，以供军食，不料七月二十日，八国联军占领北京，慈禧出逃山西。八月十四日，清廷要求将漕粮改解山西。刘坤一奏称，除江北漕粮已经抵达山东的可转运外，另在清江设立转运局，先行购米20万石，其中10万石为直隶赈济之用，10万石解交付行在，赶运山西，并特意将白粮400石交参将蒯德浦先行起解。至湖北附运10万石米粮，“一俟交齐，亦由恽祖祁妥速成起运”。这些粮食均于九月十八日赶抵临清，十月二十九日由山西委员一律验过。
山东巡抚袁世凯在一封上书中抱怨漕粮改运山西的困难：当年山西大旱，粮价上涨；又碰巧慈禧太后和光绪皇帝御驾太原，随行人员众多，要满足这么多人的吃饭问题，所需米粮更多。此时江北漕粮已经运到山东德州，由德州起运至获鹿，设法转运到山西，走这条道路比较快捷。偏偏漕船进入山东后，大雨连连，不便前行；再加上北方战乱，南方来的援兵和军火器械粮饷都要通过运河，让原本就拥堵不堪的运河变得更低效。为了解决这一难题，袁世凯在奏折中表示希望朝廷能拨款修河，想办法增加运河运力，以缓解当时面临的困境。
山东在要钱修河的同时，两江总督刘坤一和漕运总督松椿也开始叫苦。他们开列出“五难”：（1）此年江北河运漕粮共有漕粮145000余石，每石需要布袋1条，光置办这145000个布袋就是一件大难事；（2）每10石粮食需要用1辆车子，要想运送这些粮食，怎么也得准备14000余辆大车，一时间去哪里找这14000多辆车去？（3）即便能在德州雇个几百辆车，再用这些车子跑几次往返把粮食转运到山西，可是每次往返需要20多天，得跑几十次才能全部运完，耗费的时间更无法计算；（4）雇车是要花钱的，如果要陆运，光车价就得花个几十万两银子，还不包括其他的闲杂费用，买粮食的钱还不知道去哪里凑，又去何处筹措这几十万的运输费？（5）新一次的漕运马上就要开始筹办，倘使这次随行的官员不能马上返回，必然会耽搁下一次的漕运。他们主张将江北漕粮在德州候直隶派员验收，搭放军米，粮道恽祖祁则率空回南，接办新漕。清江转运局除拨运直隶赈米，尚有10万石应行运赴行在备用，“惟圣驾是否幸陕，尚无确信，此项米石如用轮运鄂入陕，劳费较省”。当然，所有问题都须“候训示遵行”。
几天后清廷给出答复，江北河运应拨山西、直隶赈灾之米，仍由恽祖祁运至德州交付，其余10石及本届截存海运漕粮20余万石，一并取道汉口，由襄河运赴行陕西。但袁世凯表示，直隶需米待赈，河运本系借黄济运，现在临近霜降，黄河水枯，米船难以浮送。刘坤一则主张，在运费项下提银20万两，抵米10万石，由直隶就近采买，由汜水等处折回米石，令恽祖祁酌量情形，连同奉饬由襄运陕之10万石，一并运送。
湖北本应照常折色，但朝廷要求仍运本色3万石，结果湖北回奏，上游岁仅中稔，各路商户咸赴下游购运，米价昂贵。以前湖北每次都按2两18分核销脚价，此年要加至2两48分。湖南以前系将折价交顺天赈济，因情况变化，也询问是否需采买米石，解运进京，但事后并未举行。至于安徽，在经过上一年的口头承诺后，本年依然声称，起运本色困难极多，只能折色。考虑到江北与安徽的关系，他们派署试用道张毅前往山东德州一带设局，派员协助江北转运，“辘轳转运”，也算是一种姿态。
慈禧太后与光绪帝在太原停留20余日后，又于闰八月初八日起程前往西安，导致陕西的供应十分吃紧。陕西方面声称：慈禧等人源源而来，用项浩繁，尤难预计。各省财赋，“丰饶无逾江浙，南疆近北惟有荆湘”，若得这几省协助，必能速成巨款。唯“非奏派专员前往坐催不可”，为达此目的，他们特派刑部郎中于启元前往江浙、候补知府吴永本前往两湖。江苏表示，愿意将存沪余漕转运，用轮船运至汉口，经襄河和樊城至老河口，由河南荆紫关、陕西龙驹寨以达西安。左宗棠出兵西征时，军需均由此运陕省，有辙可循。计水程2000里，陆程510里，大多平坦，仅龙驹寨至蓝田县420里，山岭崎岖，只能雇用驮骡，行迟而价亦甚费。具体转运经费开销，双套骡车每辆每站给制钱1600文，回空给制钱100文，喂养每车每日制钱500文，三套、四套大车则照此推算。
岑春煊像
上海招商局栈房尚存苏漕251049石，浙漕145562石。清廷谕称：“着一并取道汉口，改由襄河运赴行在。现在驻跸长安，该省适值旱灾，需粮甚多亦甚急。”但盛宣怀却对李鸿章表示，只打算将江苏的5万石运陕，外加白粮1万石（系提前赶办下一年冬漕）。因运陕舟车难雇，运费极巨，“数倍于津”。其余漕粮只能有待明年再运天津。这批漕粮从九月初开始起运，其中头批1万石、白粮1千石，运至汉口时因襄河水浅，雇觅可装百石之船数十只，20余日方抵老河口，再换艇子小船前进，每船止装米二三十包，极为艰难。
两湖总督张之洞
尽管江苏费尽心思，已经升任陕西巡抚的岑春煊仍然表示不满，认为陕西粮食欠收，“銮舆西幸长安，臣仆侍从人数已巨，加以诸军扈哔千乘万骑，皆须取给全秦”。加之办理秋赈，用粮尤多，若不设法速筹，“饥馑之内忧，更甚于军旅之外患”。江苏运漕取道汉口、襄阳等地，但襄河本非大河，秋季水浅，溯流而上，舟行迟速。自商州龙驹寨陆运，尤非容易。相反，运河必经河南卫辉府道口镇，由该处陆路陕西不过十余日，且系车马通衢。他打算从这里将漕粮转运陕西。
鉴于西安缺米，山东也不能不有所表示。袁世凯命济东泰武道吉燦升负责转运事宜，于六月二十六日在济南设立总局，配设车辆及兵勇。所雇车辆，皆以三套骡马大车为准，车行百里，支给正价银1两。逾百里者依次递增，不及者按里扣减。回空坐住之日，每辆各给喂养银8钱。该局一直持续到十一月二十九日才被裁撤。清单显示的经费开支如下：雇用长车销库平银110200两495厘，而未设局之前及撤局之后仍有花销，雇用短车销库平银54928两722厘，共银165129两217厘，统由海防捐输项下支发。河南也被要求提银10万两，购买米麦运陕。后来河南奏报，已购2000石米，于九月初八日起程，由水陆站道前赴陕西省城交纳。另外，他们还至少向陕西运送了白粮7000石。
为解决粮食问题，清廷还曾令江汉关道购米50万石北运。张之洞称，汉口之米多来自湖南，米价较贵。长江下游芜湖、镇江及江北宝应县汜水镇，皆粮食交易重镇，合计米价运费，每米1石较汉口约省银1两。湖北已在汉口买米2万石，委员分赴芜湖、镇江、汜水三处购买，随买随运。但如买米50万石，需银将及200万两，湖北无法支撑，须由江南、安徽等省合办。在此议得到批准后，张之洞又于九月初九日奏称，已经派员在汉口、芜湖、镇江及宝应县之泛水镇等处，采买米10万石。原准备运交清江转运局，因行在移驻西安，清江所设转运总局移至汉口，故将此项米石从襄河运赴陕西。至于米款，则在藩库地丁银下划银10万两，粮道库漕米项下划拨银7万两，江汉关筹饷内划拨银13万两。
御史管廷献也发表建议，指出河南开封以东，秋收最丰，若采买小米由黄河上驶至孟津，车运至陕州会兴镇，雇用回空盐车转运，较为便捷。但袁世凯反对，认为山东不难采米而难转漕。黄河逆流上驶，“设遇风势稍乖，舟行尤极濡滞”。山东河面较豫省为窄，船只亦较脆薄，容易发生危险，须易船西行。现届严冬，“凌块蔽河，触船辄破，人力莫施”。又山东新漕因受兑的临清、德州与直隶接壤，洋兵自到保定之后，时游弋于河间、冀州一带。现在驻兵献县，距临、德均不过百数十里，“敌氛紧遍，岌岌可危”。京通祸乱未平，将来应运何处，或者能否起运，都在未定之中，所以除本省旗营兵米外，其余不论各色米，统令折征。
陕西专门负责漕粮转运是署刑部左侍郎薛允升，他的职衔系“会办陕西赈务”。十二月十六日，他与陕西巡抚岑春煊联衔奏称：陕西需粮原专恃龙驹寨一路，故曾在十月奏请饬南省分运，打算在樊城、亳州、周家口、龙驶寨四路水陆并运。但龙驹寨运到的漕粮及采买米石，至今不到1万石。荆紫关以上皆系山路，如果数十万石粮食专由此路挽运，非年余不能竣事。所以决定在潼关设局，招集车驮，“一俟分运之米石到潼，即行接运”。
尽管多少不一，迟速未定，在各省的源源接济下，陕西的粮食危机还是得到极大缓解。英国统帅西摩尔随即对此提出抗议：各省运赴陕银米兵械甚多，“必是接济董军（注：董福祥军队），朝廷不愿和”。张之洞答以“圣驾所在，义当接济”，以示回复。刘坤一则相对缓和，他强调，运拨军火，外人正拟阻截，即目前解陕毛瑟枪、快炮等件，虽在设法密运，亦未必专走清江，无须转运局照料。他还主张暂缓在清江设局，免至徒糜局费。
本年江苏漕粮既有海运，又有陆运，经费开支只能分开计算：运漕793645石，除提办陕运5万石，以及储津栈遭兵被失、在津办理平粜及存储沪栈折耗332620石外，实由津运通411025石。改用火车剥运米139259石，库平银411972两5分，一半银27514两归江苏自销，共384457两。运陕情况，系正米5万石，商轮耗米4千石，兑交行在验收米7611石，支给船耗4000石。又有运存龙驹寨等处、复饬退回汉口运苏拨赈米41090石，各局交仓转蚀耗米1299石，提前预办来年白粮1万石，商船耗米及经剥等米1297石，交行在户部验收5619石，运汴兑交米500石，照章支船耗1000石，以及各局添米444石，在樊城粜米3395石，赊旗店粜变米337石。统计开支库平银161469两，委员薪水盘费杂支等项，实支库平银72162两，两共233631两。樊城粜变白粮库平银8625两零，折耗漕白共米1743石，“一体豁免”。浙江则奏称，共有余漕117327石暂存上海招商局，于二十七年将所存之米分批运京。因陈漕存储过久，虫蛀鼠食，伤耗甚重。经逐一风筛，共得好米91193石，亏短米26134石，照江苏之例豁免。
由上可知，八国联军侵华占领京津，以及漕粮转运山陕，导致江浙两省的漕粮奏销，都出现了费用增大、损耗过多的局面。