漕粮改折诏的颁布，与《辛丑条约》后清廷财政局势密切相关，是清廷面对巨大危机时的无奈选择。与此相配套，则有火车剥运一事。即便如此，漕粮改折也因中央与地方财政权力的分野而大受牵制，无法得到通畅的实施。但不可否认，漕粮改折诏毕竟取得了一些实效，并在事实上成为晚清漕运制度、乃至中国漕运制度的一次总结。火车剥运也完成了清代漕粮海运史上运输工具的又一次飞跃。
向陕西剥运漕粮的活动还未结束，就出现了清廷与西方列强议和的情形，慈禧太后及光绪帝回京的可能性骤增。北京电示江苏：“须将存沪余漕，明春一并运津。”江苏回复，本打算运陕5万石，已经运出38000石，其余部分也由沪装轮赴鄂，未便再行改道。未运之粮，则会准时运赴天津。刘坤一还称，此次运往陕西漕粮5万石及白粮1万石，运费约须30余万两。开销之巨，令人咋舌。
出于自身考虑，陕西仍然希望各省能继续向陕西运粮。他们声称，陕西所存之银有439万余两，各省运到及尚在途中之米仅20余万石，“如果回銮在即，尽此数银粮支发，固无不敷”，但毕竟回期未定，加之警报叠来，“彼族似犹不忘内犯，万一要挟以万不能从之事，迫我于不能不再议战之时，则粮饷两空，将何以为筹战筹防之具乎？”即使决无议战议防之事，银粮充足也绝非坏事，“将来启銮不过多费一番转输而耳”。这当然遭到各省的反对。袁世凯表示，虽然山东米价较陕西低，但船只短少，雇觅为艰。自十里堡至河南孟津，水程1600余里，非数月不能运到。及抵孟津，又须等车陆运，再历崤函之险，由陕州西行入渭。运至陕境，约需两三月。与其缓不济急，不如协款助赈，故只是提银3万两交差。
李鸿章曾指出，京通仓米经各国出粜，暂不缺食。但京畿一带秋成中稔，银价较昂，形势不容乐观。在由其主笔、全权大臣奕劻等人联衔的奏折中，他表示，“京城自经燹之余，各处仓廒悉为洋兵占据，积储**然一空”，运漕万不可缓。另外，剥船在变乱中遭受损失的多达700余只，剩余部分又因洋兵未退，难以雇用。南粮能否转运毫无把握。加之历年排造油艌，工繁费巨，运米时船户水手偷盗搀水，百弊丛生，不如趁机改革，交由火车剥运赴京。当然，现在京津铁路尚未交还，若令承运漕粮，“权不我操，势多牵掣”。具体情形只能有待商量。江浙海运、江北河运及上届存沪余米，约共米150万石，但京仓有90万石即够支放。本年汇丰、克萨洋款本息共需银100余万两，未有抵偿。他们欲改折部分漕米。结果江苏拟折漕30万石，浙江拟折漕228000石，两省共折银136万两零，起运95万石。对此，清廷没有提出异议。
“财政攸关，莫先于整顿漕务”。京通各仓自上年兵乱后，积储已空，剥运亏耗与通坝兑收，积弊又防不胜防。经综合考虑，户部提出了改革津通漕粮剥运的建议：
1.剥船宜停造。船户近数年短交漕粮盈千累万，追比徒有具文。剥船大多损坏，若重新修造，靡费可惜。特命沿河州县查明船数，准其作为民船，揽载商货。
2.铁路宜接修。永定门车站距内城各仓在十里以外，米到之后仓场验收，尚多未便。应修辅路以便接运，应自永定门外向东折北，直至朝阳门外太平仓而止，以太平仓为江浙两省漕米栈房，火车到此交卸，暂为存储。太平仓至南新等仓，亦令垫平车道，铺设双轨，用人力推送到仓，岁可节省银三四十万两。
3.仓廒宜归并。京师内城七仓（禄米、南新、旧太、富新、兴平、北新、海运），外四仓（太平、储济、本裕、丰益），以及通州中、西两仓，共13仓，原设廒1022座，自南漕减运，失修倒塌过多。应将白粮改归禄米仓收储，漕粮归并南新、旧太、富新、兴平四仓收储。其余一律裁撤，所有房屋均充别项公所之用。
本年又出现洋商承运漕粮海运的辩论。张之洞进行了激烈地反驳：“漕米向系招商局运，贴补华商，何以议定交赫德归洋商包运？”这样不唯瘠华肥洋，且从此仰乳哺于他人，“此非干预内政而何”！盛宣怀则从李鸿章处得到解释：洋兵未撤津沽，铁路暂难交还。沪存漕米无法运京。若再迟运，年前恐无现米。通过赫德代觅洋商包运，由沪收径运到仓，每石合银不过6钱，所有费用均在其内，封河前运完，核与向年办运需费较省。但盛宣怀仍不无疑虑：
赫德像
“将来权力必尽落他人之手，洋商觊觎本已久矣。”果然，赫德很快玩出花招。本来，商场惯例是以每140斤折换为1石。赫德将合同转包给怡和、仁记后，即向清廷提议，要以100斤作1石计。也就是说，他要将成本提高40%，这样自然是“大不合算”。无奈之下，户部只好询问招商局：“如能承办，不尽之言。”盛宣怀马上回复：赫德包漕皆须转手他人，价钱必高，招商局运漕则系自己之事，“驾轻就熟，力能为之”。但盛宣怀同时指出：“惟铁路非所属，势难一气呵成。”他特派招商局委员沈能虎到京，商量与京津铁路合运漕粮事宜。
四月，沈能虎到天津，随即与铁路总办英国人宝朗谈判。最后双方达成协议，塘沽起剥至北京事宜交由仁记承办。合同还做了如下规定：漕粮须于六月初六日起运，赶在封河前运竣。自塘沽至京运脚保险，每石合银1钱4分。自火车搬卸进仓，以及搭盖棚座借资洋兵，一切费用每石合银1钱56分。倘卸米时发现缺短，由仁记赔补，每100斤作价3元5角7分，从运脚内核扣。因为京城车站已修至天坛墙外，在先农坛墙外自南而北，接修岔道，以备日运3次，火车与骡车各卸各装。自塘沽装车、永定门内卸车、赴仓交收，均令连袋过磅。所用磅秤，由沈能虎与江浙两粮道及仓场派出委员共同检查，但无论漕白正耗粮米，统以140斤为1石，分别兑收。火车装运则按吨计数，每吨1680斤，合漕米12石。火车每次运米5000吨，多则日运15000吨，平均每日进仓米在12000石左右。又因出现火车剥运，原有漕运体制再次发生变化：以往每届漕粮抵大通桥时，向由抽查漕粮御史抽查，而现在改由火车运输，“均由洋官包运保险，既不虞其偷盗，未便再事抽查”，清廷将其撤回。
北京火车站
光绪二十六年，江北漕粮正耗米136000余石，最初被直隶截留拨充军饷，后又被调入山西救赈，但德州毗连直隶，通过和山西巡抚锡良商量，将漕粮先卸临清，随后转运，并于十一月二十九日验收全完。因河水冰冻，只得在临清守候。次年正月春融后起行，于二十七日驶抵陶城。正在出运时，黄水陡落，二月十日，重挑后引黄出运。因江北河运挽运均艰，户部认为，为此十余万石米，“糜费不知凡几，而小民之苦累，尤有不忍听闻者”。若能改行海运，省数千里挽运之劳，革千百船无穷之累，沿途济漕等项工费，更可节省开支30万两。此年江北应征米129602石，不如“一律改归海”。两江总督刘坤一仍然要河运，但清廷的态度也突然坚决起来：“江北新漕，经户部奏明改办海运，即着遵照妥筹办理。”从此以后，所有海运漕粮亦均改归招商局承运，此当为清代漕粮海运史上值得一书的大事。
漕粮海运虽改由火车剥运，但这种转变所引发的问题也不少。仓场侍郎在验米时过于苛刻，每石大约亏空1斗，导致江浙亏损过多，招商局委员沈能虎置身其中，受到双方指责。浙江巡抚迁怒商局赔米，江浙粮道也怀疑沈能虎专权，盛宣怀只得请求李鸿章，让江浙粮道自行到京料理，“沈道与商局，微我师莫能救矣！”尽管如此，这些人在事后却都得到奖赏，显示出清代政治运作的另一层色彩。
为迎接慈禧太后回京，北京很早就开始准备。首先是安定地方局势。当时也系全权大臣之一的直隶布政使周馥给联军统帅瓦德西发电函，要求联军给予多配合。其中第二条即称：京津粮价渐贵，应招商往上海等处贩米。各商惟恐进大沽口时，洋人有所需索，畏阻不前。请通知天津联军各官，遇华商贩粮之船进口，勿收厘税，由津贩至京者亦同，“庶中外军民咸沾利益”。瓦德西表示会通知联军各统带，“尽力施行”。
庆亲王奏称，京城自遭兵灾，仓库皆被洋兵占夺，各署存款亦搜索一空，官民居户又迭被抢掠，“十室九空，生计殆尽”。掌管户部事务的大学士荣禄则称，户部内仓先被美国兵强占，后又交给德国接管，经全权大臣那桐多次催索，德国才答应于光绪二十七年四月二十日交还。该仓监督乐平、绍彝带兵前往接收，结果发现仅存粳米3700余石，粟米11600余石。至于京通地区的粮食损失数，则很难查清。
在兵荒马乱之中，漕粮的很大部分损失因洋人而起，但也不完全如此。例如光绪二十六年山东应拨西陵米30625石，由济后帮千总李建烈解交。他将其中的米14989石运至雄县，随后宣称全部被洋兵抢失。户部得到的消息却是，此项米石并非遗失，仍在雄县囤积，他们密派外委徐英前往查勘，得知现存米石计房12间。此米马上遭到封存，李建烈也受到审问：“既报洋兵全行抢失，何以尚存？”李建烈争辨，自己并未说全部被抢，也不是洋人抢走，而是在十一月二十五日被义和团抢去10400余石。户部指出：“如果拳匪与官兵交仗，何能携此笨重而逃？”况且12间库房难存米14900余石，他们推断李建烈并未实存此数。随后，山东巡抚奏称，雄县所失米为5989石，李建烈在起剥途中，“突来拳匪多人，将银钱衣物劫掠一空”。李建烈也被捆去，洋兵又接踵而至。这批漕粮“始被拳匪取食搬运，继被洋兵喂养马匹”。清廷将李建烈革职，并勒限将全部损失5989石追赔。按漕折正价每石2两，共应交银11978两。事后，李建烈只上缴银1371两，清廷将其原籍顺天府大兴县家产查抄，并继续追赔。
《辛丑条约》签约仪式
在此期间，最重要的事件当然是《漕粮改折诏》的出台。而《漕粮改折诏》的出现，完全是为了应对《辛丑条约》中所规定的巨额赔款。在此之前，英法两国甚至有将新疆和西藏作为抵押担保的意图，清廷只是担心俄国等国家不会答应才作罢，“尚不若以盐课丁漕作抵”，则事情无法收场。根据赫德的设想，当时清廷赔款之途有以下几端：各省盐课盐厘约1500万两，海关常税可500万两，漕米全部改折可得余利300万两。每年合计约2300万两，50年可以偿清赔款。赫德还欲通过土药税、印花税、户捐等方式，满足清廷的日常支出。张之洞指出，赔款关乎国计民生，也与各国商务相关，希望各国勿索现银，而是分年摊还，即使略给利息，也可通融办法。至筹款之策，不如将关税、盐课、厘金等项，不分华洋，一律加倍征收，“最为简捷公平，明白易行”。如此可添银四五千万，即使还款4亿两，10年归还，利息2厘，也不过每年还银4800万两。但如果将原有国库收入全部抵款，再用加赋筹集开支，则内外束手，“国事不可为矣”。张之洞还向两江总督刘坤一和山东巡抚袁世凯指出，如以盐漕常税备抵赔款，此举但促目前撤兵，不顾以后，“大乱四起，中国亡矣！”
刘坤一则表示，国家收入只有丁漕、货厘，洋关货药税、厘价、课厘为大宗。但药厘本由关征，漕米改折仅止两省，不致牵连全局。京仓需米，不妨以原有漕折之款招商购办，实较漕运尤为省费。核计漕米改折与药厘并计，约有六七百万之款可抵。盛宣怀也进行附和：“盐、漕常税全抵赔款，最为妥当。”认为常税可归并洋关，折漕采办也易办理。户部表示接受，将盐课、盐厘、漕折漕项及各关常税全数备抵，可得银2000万两。虽然赫德明确表示，“偿款出之加税，断非所愿”，反对提高关税，以免西洋商人受损。但户部指出，中国受此大亏，“舍加税别无法，想当亦各国所共谅”。二十七年四月十五日，李鸿章等人向朝廷奏称，在答应赔款4亿5千万两，年息4厘的基础上，联军同意撤军。至于还债之法仍可商量，抵款年限也需再议。议和的成功，为慈禧太后等人返京做好了准备。
光绪二十七年六月，刘坤一与张之洞联名上奏，建议将有漕各省漕粮全行改折。他们宣称：江浙漕粮皆系临时起运购买，海运于上海购米，交招商局承办；河运在沿运河各镇购米，交船户运通，“在民久已折征，在官并不折解”。加之剥船搀水霉变，花户盗卖回漕，暗亏尤多。旗兵得米，尽以易钱。京官仓米，皆买北稻。种种有名无实，亟应设法变通。接着，尚在西安的清廷，于七月初二日，发布了著名的漕粮改折诏，全文如下：
漕政日久弊生，层层剥削，上耗国帑，下朘民生，当此时势艰难，财用匮乏，亟宜力除糜费，核实整顿，着自本年为始，各省河运、海运一律改征折色，责成该督抚等认真清厘，将节省局费、运费等项悉数提存，听候户部指拨，并查明各州县向来征收浮费，责令和盘托出，全数归公，以期汇成巨款，仍由该督抚将提存归公各数目，先行具奏。至仓储关系紧要，全漕既经改折，自应按年筹备，详定办法，所有采买、运解、收放、储备各章程，及到仓后应如何严责成防、防弊窦之处，着漕运总督、仓场侍郎分别妥议，统限于两个月内核奏，毋稍迟误。
尽管漕粮改折诏的出台完全是为了应付《辛丑条约》，但清廷却上下一致，将改折的原因指向漕运弊端。这表明，他们对待折漕一事上，显得极为心虚。
在停办漕运诏中，清廷已规定要将漕粮全部改折。漕运总督张人骏也表示，京仓每年有50万石粮食，足够支放。但九月初六日，庆亲王奕劻等人却称“京仓未可久虚”，要求每年仍固定征收漕粮100万石，由江浙分成摊征。对于这次变化，江苏有比较清楚的记载：朝廷本来要将全部漕粮折色，“嗣准户部电，京师米价陡涨，采办恐转多费，前据浙抚奏杭嘉湖等府仍本折兼收，苏省亦可收本色，总之苏浙两省凑足百万石，由海运京”。
各省督抚原打算用折漕抵还洋款，以减轻自己的摊款压力，针对朝廷的这种举动并不甘心，他们一致认为，江浙每年购米50万石已敷应用，其余部分应行折色，如此每年可省130余万两。合之山东折漕，省出运费约20万两，省挑挖运河等费约10万两，南北各省折漕，总计可达100万两以上，以之抵还洋款，不无裨益。也就是说，他们要求朝廷只保留漕粮本色50万石。但清廷毫不动摇，仍坚持起运本色100万石。至于江浙两省在漕粮的分配比率，经往返筹商，最后决定由苏省认运本色6成，浙江认运4成，白粮在内，其余漕粮仍遵前旨改折。即便如此，据刘坤一的推算，每年亦可节省银70万两。
山东巡抚胡廷斡奏称，通过厘定山东地丁，剔除中饱，他们亦能酌提赢余，集成巨款。户部要求江苏照办，刘坤一表示，虽然江宁各属地丁与山东不同，但因还款所急，自应急公。均于留存办公经费内，每漕米1石，再行酌提钱200文。如此一来，中稔之年可多提钱10万串，约合库平银7万两。这批收入当然很快会变成专项还款。
光绪二十八年（1902），系清廷颁布漕粮改折诏后江浙两省的首次试运。本年江苏起运本色漕白交仓米60万石；浙江本应运漕白交仓米40万石，因上年受灾，奏请截留新漕10万石，故只起运30万石。值得注意的是，尽管上一年的漕粮海运已经全归招商局承运，但直到本年，清廷才正式宣布：因沙船数已不足50条，自光绪二十八年起，冬漕“全归轮运”。刘坤一原打算江北仍行海运，共交仓米129602石，只因招商局本年所运之米太多，一时周转不开，不得不加以拒绝。最终江北海运系延期到下一年出运。也就是说，在颁布改折诏后，不光是江浙两省仍保留本色起运，就连江北也并未改折。漕粮改折诏的效果，实在要大打问号。