漕粮改折诏无法得到真正执行，表明清廷在政策上的摇摆和窘境。得以延续下来的江浙漕粮海运，正如风中之烛，在清末虽得到苟延残喘，但已风光不再。大规模缓征截留与清末政局动**的趋势不谋而合。这些都清楚地显示出，清代漕粮海运已经步入了它的最后岁月。
光绪二十九年（1903），江浙两省首次成功承运100万石，其余部分改折。清廷历来宣称，交本交折听民自便。如果折价定得过高，需要向朝廷交纳的就多。如果定得过低，百姓不交本色，官府就须自行出资采购。因此，确定折价对双方都是考验。由于江苏漕粮折价一直高于浙江，浙江巡抚聂缉槼奏称：江苏漕粮多收折色，以市价征之于民，以市价解之于上，无辗转折耗。浙漕名为本折兼收，实则本色多而折色少，且向系红白兼收，籼粳并纳，米色未能一律，不能与市价相提并论，故历年漕粮折价“苏多浙少”。
江苏粮道罗嘉杰因对招商局不满，私自与英方之太古洋行签订草约，英方以低价承包原来由沙船承运的六成漕粮。正在和中方讨论修约事宜的英国谈判大臣马凯也欲促成其事，只是盛宣怀极力反对，将合约作废，赔款了事。经过此番折腾，盛宣怀表示，愿意将招商局水脚自本年始，“每石核减银5分，实计每石例支运费7钱”。此年冬漕于三月二十一日在沪开运，至八月二十三日全数交仓兑运。按规定，仍奖励京、沪两地官员各25人，运行过程与以前大致相同。
另一方面，京城粮食供应不可能因为一纸改折诏，就突然变得容易起来。如果相应的市场机制不能建立，肯定无法期待产生良好的后果。果然，浙江道监御史瑞璐很快就上奏：“京师粮价昂贵，贫民粒食维艰，请由南省运米平粜，以代漕运。”以前南漕虽然数量有限，但仍充民食，故京城粮价不致甚昂。改折后市场上少几十万石粮食，闾阎购食维艰。袁世凯肯定这一主张，并表示南米来源愈少，“舍招商购运，别无良图”。他曾在二十八年春间奏准每年办运60万石，当时津海关道唐绍仪以及前通永道沈能虎，分别负责其事。不料两江总督魏光焘因南省米价未平，将沪镇米粮一律禁止出口。袁世凯重申：“畿辅为根本重地，浩劫遗黎，实藉南米为养命之源，岂能因噎废食！”再次奏请每年准运南米15万石。
与此同时，奉天当局则奏称，他们二十七年至二十九年的米豆均经折色，后因京仓需米，户部要求仍运本色，孰料日俄战争爆发，辽南一带俄军云集，民间艰苦百倍于昔，“为官吏者方谋恤之不暇，安忍再事督迫”。经多方辗转，始在山海关附近，先后所购得粟米3400石，重新起运本色。此次起运，部议仍由直隶运输。但直隶表示，自义和团运动后，直隶各口船捐截仅存银16000余两，官剥船只变价也仅收银22120两。加上海关所收银两和津通屯租银，也只有26989两。即使全部提用，尚不敷银二三千两。虽然此年直隶能够暂行挪垫，但以后则无剥船变价等款可提，奉天米豆惟有仍请归该省自运，或由该省筹款接济，以免他人受累。这说明，奉天又被清廷揪回了起运本色的道路。
光绪三十一年的漕粮海运，因此年出现了裁撤漕运总督、添设江淮巡抚的变故，故在奏折中看到了这样的语句：“臣查江安漕项奏销未完分数职名，向系漕督主政。前准江淮巡抚臣恩寿电商，现在漕运总督改为江淮巡抚，将漕务奏归各省办理。江安粮道系关两省漕务，商由臣主政核转。”奏折的署名，也是“会同江淮巡抚臣恩寿、安徽巡抚臣诚勋恭折具陈”。
在光绪三十年的海运过程中，江苏漕粮搀杂稻谷红米，浙江漕米也有潮湿霉变现象，仓场要求自本年始，漕粮不得散装，一律入袋缝口，逐袋戳印某州县名，到沪验收后仍装原袋。江浙回复，问题的出现系由各州县漕粮不能按期运兑，船户守候日久，不免偷米使水搀和，并由经头承揽，贿赂商局司事人等，“致有免风筛之弊”。如果将州县名字写在上面，由仓场督臣指名参办，则自运米以迄交仓，州县时有不免罪罚之惧，验米委员并京沽局员转得置身事外，即粮道督率无方，亦可尽委之州县，“似非持平之法”，将其否决。另外，此年十二月，奉天最终被批准为“永远改征折色”。如此一来，江浙两省海运的压力就更大了。
此后的漕粮海运仍在争争吵吵中进行。宣统三年是清朝的最后岁月，举行了清代的最后一次漕粮海运。江苏粮道为曲江宴，他于闰六月十二日，由省带印起程，前往天津，由此也完成了江苏粮道在清代漕粮海运中的最后一次使命。浙江仍然是起运40万石。此年的漕粮于三月二十日开验，闰六月初一日全部验完。也就是说，即使是到了最后一次漕粮海运，它的奏销方式也仍然与道光六年类似，没有发生大的变化。