天主教神學家漢斯·昆和新教神學家卡爾·巴特，曾討論“莫紮特的神性”。這種神性在舒伯特身上更真切。那種內在靈魂的皈依、超越塵世的馴順，莫紮特之外，僅舒伯特一人。這種羔羊般的神性，是中世紀天主教的真正遺產。漢斯·昆和卡爾·巴特通過莫紮特彌撒曲來討論莫紮特的羔羊性。作為藝術家，舒伯特天才的自發性、那種“神跡”的特征，比莫紮特更單純。這兩個人仿佛是神秘音樂自我傳遞的介質，他們倆像地球上的“夢遊者”，神的精神密碼不斷經由他們輸送至人間，直到迅速耗盡了他們的肉身。
舒伯特像海頓一樣，在教堂長大，自幼創作彌撒曲。與莫紮特、海頓、貝多芬出於職業要求或貴族所約作曲不同，舒伯特譜寫彌撒曲有自發性質。舒伯特寫過六首彌撒曲和一些零散的《慈悲經》，其中C大調彌撒曲（D.452）的《信經》，在澎湃的樂隊和合唱之後，瞬間轉入沉寂，有數秒鍾靜默。這在一般的彌撒音樂中非常少見。這種可怕、死亡體驗般的時間消失感，把我們帶入西歐天主教思想的深處。事實上，舒伯特比貝多芬、莫紮特虔誠得多，盡管他反對教權。
老舒伯特曾為兒子的神學態度擔憂。1825年，舒伯特創作了《聖母頌》後，從施蒂裏亞寫信給父親說：“我對自己的虔誠深感驚奇，我在一首讚美聖母的歌裏表達了這種虔誠。這首聖歌似乎能喚醒每個人的虔敬之心，之所以如此，因為它融入了我的真誠感情。”
在舒伯特的聖樂作品中，生命最後一年創作的《降E大調第六號彌撒》D.950最知名。他在1828年夏完成這部作品後就去世了。作曲家無任何離世情緒，甚至沒有莫紮特那類“我已隨時準備就死”的表達，其生命之火沒有任何預告就熄滅了。這首彌撒曲甚至沒有標明演出場合。舒伯特32歲那年——就是逝世1周年時——1829年11月4日，他最愛的哥哥費爾南多指揮維也維近郊小鎮阿爾瑟（Alser）聖三一教堂唱詩班演出了這部作品。
舒伯特在生命盡頭，奉獻了一首頌歌。特別是在第二段“榮耀經”（Gloria），在那出自心靈的呐喊中，作曲家抬起臉，堅定地給神聖存在以誠摯謝意。第三段“信經”（Credo）熱情告白直達天際，即“我信他受釘十字架，下到地獄，三日後複活”。“我信複活”猶如創世之光，照亮一切渾沌黑暗。《弗朗茨·舒伯特及其時代》把這首《降E大調彌撒》看作是天主教會音樂最光榮的豐碑，足以與海頓、莫紮特、布魯克納的聖樂並列。讓我們沉浸在《羔羊經》中，一顆怎樣溫柔的心靈，才能寫出這樣的音樂，沒有抗議、抱怨，完美、和平，充滿希望。
弗朗茨去世後，老舒伯特寫信安慰弗朗茨的胞兄：“要在神麵前尋求安慰，忍受任何通過神意臨到我們的苦難，順服他聖潔的意誌。任何遭遇都應使我們深信神的智慧和良善，並給我們帶來寧靜。因此要默默向神吸取勇氣和信心。他會給你力量不致屈服，他也會祝福你一個快樂的來世。”
舒伯特還留下一部未完成的複活節神劇，題材是《新約》中耶穌使拉撒路複活的著名故事。耶穌站在拉撒路墓前，拉撒路的姐姐勸道“已下葬4天，屍體已臭了”，耶穌哭了。耶穌說：“拉撒路，出來！”拉撒路帶著裹屍布走出來。這驚天地泣鬼神的一幕，舒伯特以其音樂天賦，以其不屈不撓的信心，在吝嗇給自己掌聲的人世間，創造出了最偉大的複活之聲。
在我們每一次傾聽裏，都有“拉撒路，出來！”的召喚，於是我們參與舒伯特的複活，步入舒伯特的永生。這種神聖的安慰，這種天真的傻氣，是昨日以前的維也納，留給我們的最後遺產。